genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   

This is table  3  of  168  ( 20060 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
644235--644279	18	2.5	18	92	7	74	26	31	24	17	1.97
644284--644354	28	2.5	28	90	0	115	32	12	30	23	1.92
647303--647367	10	6.4	11	74	25	63	60	0	3	36	1.13
647314--647407	17	5.6	16	68	21	59	60	0	2	37	1.09
647276--647397	39	3.3	37	84	12	153	59	0	2	37	1.11
647276--647413	39	3.7	38	80	10	144	62	0	2	35	1.08
655926--655968	20	2.2	20	95	0	77	16	11	11	60	1.59
658153--658247	37	2.6	37	79	3	102	38	16	11	32	1.85
664817--664850	17	2.1	17	88	5	52	50	0	17	32	1.47
665721--665817	42	2.3	42	90	0	158	36	10	26	26	1.89
670337--670377	21	2.0	21	85	4	57	60	2	2	34	1.23
674186--674236	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
675256--675435	39	4.9	35	71	11	119	22	25	22	29	1.99
675252--675466	35	5.9	36	72	13	134	21	24	22	31	1.98
675251--675435	74	2.5	74	89	1	282	22	24	22	30	1.99
682512--682627	42	2.8	41	81	3	124	26	16	25	31	1.96
683221--683444	22	10.0	22	73	12	168	23	8	22	45	1.80
683307--683381	11	6.9	10	74	15	60	22	5	25	46	1.73
683221--683446	91	2.5	90	93	0	380	23	9	22	45	1.80
683397--683436	11	3.6	11	82	0	53	22	7	25	45	1.78
683329--683475	68	2.1	69	87	3	217	21	10	21	46	1.80
685712--685750	6	6.5	6	93	0	69	0	15	15	69	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
686118--686164	14	3.3	15	85	11	64	51	12	0	36	1.40
686112--686169	14	4.1	14	82	6	55	46	13	1	37	1.54
686993--687056	27	2.4	27	84	5	76	26	28	21	23	1.99
688708--688732	13	1.9	13	100	0	50	56	24	12	8	1.62
688937--688973	17	2.1	19	90	10	60	45	0	5	48	1.25
688951--689004	15	3.5	15	80	7	56	44	7	5	42	1.55
688951--689004	16	3.5	15	80	12	58	44	7	5	42	1.55
692256--692342	36	2.4	36	78	16	92	39	2	3	55	1.30
694791--694827	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
697459--697487	15	1.9	15	100	0	58	48	17	13	20	1.81
698905--698932	14	2.0	14	100	0	56	7	28	0	64	1.20
698885--698929	19	2.5	18	83	16	58	6	26	0	66	1.16
702863--702958	45	2.2	45	86	5	133	34	27	5	33	1.79
702937--702976	16	2.5	16	83	0	53	25	30	2	42	1.68
715581--715632	19	2.6	20	78	9	61	51	5	1	40	1.37
715923--715968	9	4.9	9	84	5	56	69	6	0	23	1.11
717094--717136	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
720592--720643	26	2.0	26	96	0	95	44	0	3	51	1.19
720620--720669	21	2.4	21	82	0	55	36	4	6	54	1.44
726930--727142	67	3.1	67	63	24	172	46	7	7	39	1.58
726978--727195	71	3.1	71	62	22	172	47	5	8	38	1.59
726901--727592	138	5.1	138	92	2	1155	45	6	8	39	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
726901--727590	275	2.5	272	91	4	1099	45	6	8	39	1.60
727639--727666	14	2.0	14	100	0	56	21	21	0	57	1.41
728456--728515	24	2.5	24	84	12	88	43	0	0	56	0.99
728458--728518	22	2.6	24	87	10	83	44	0	0	55	0.99
732417--732478	27	2.3	28	83	10	76	48	8	16	27	1.74
732785--732809	10	2.5	10	100	0	50	56	0	0	44	0.99
733030--733076	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
737595--737659	2	32.5	2	90	0	103	1	3	47	47	1.27
747077--747126	21	2.4	21	93	0	82	32	38	8	22	1.83
752922--753321	205	2.0	202	83	5	513	39	14	9	37	1.78
763163--763215	22	2.3	24	87	12	76	56	0	1	41	1.10
763328--763363	6	6.0	6	100	0	72	33	16	50	0	1.46
769218--769256	19	2.1	19	85	0	51	41	0	20	38	1.53
769392--769416	9	2.8	9	100	0	50	36	0	24	40	1.55
778110--778135	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
778649--778747	43	2.3	42	86	8	130	22	29	11	37	1.88
781434--781525	19	4.8	19	93	0	157	38	8	16	36	1.79
781434--781532	38	2.7	38	95	3	175	38	8	17	36	1.79
781504--781548	23	2.0	22	82	4	54	42	6	17	33	1.76
782080--782156	37	2.1	38	80	7	86	38	7	1	51	1.39
782578--782611	15	2.3	15	94	0	59	17	0	17	64	1.29
788076--788192	59	2.0	61	89	3	184	52	1	1	44	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
796440--796482	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
800564--800759	46	4.3	46	95	1	342	32	16	22	28	1.96
802019--802307	125	2.3	125	93	0	497	26	20	21	31	1.98
824191--824236	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
825291--825409	60	2.0	60	93	0	202	28	33	5	31	1.81
826235--826316	23	3.5	23	73	6	92	29	18	15	36	1.92
826235--826439	48	4.2	48	83	8	270	26	16	14	42	1.86
826235--826420	100	1.9	99	89	3	293	25	15	14	44	1.85
827619--827704	43	2.0	43	95	0	154	32	4	13	48	1.63
828244--828296	28	2.0	27	85	7	72	41	1	7	49	1.42
829393--829489	49	2.0	49	97	0	185	31	19	10	38	1.85
832562--832605	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
840641--840695	19	2.8	21	72	13	53	58	0	1	40	1.09
842063--842099	12	3.1	12	96	0	65	54	8	2	35	1.44
847529--847553	11	2.3	11	100	0	50	32	16	20	32	1.94
850200--850293	31	3.0	31	93	3	161	32	8	14	43	1.76
850893--850925	7	4.7	7	92	7	50	75	9	15	0	1.03
858268--858335	25	2.7	26	74	17	72	36	5	2	54	1.40
858667--858707	20	2.0	21	85	4	57	26	7	2	63	1.33
859986--860209	44	5.1	44	69	6	193	26	19	27	26	1.99
859942--860239	88	3.4	88	95	0	524	25	20	26	26	1.99
860249--860366	50	2.4	50	82	0	128	24	23	24	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860561--860808	44	5.9	42	70	9	164	30	20	20	28	1.98
860564--860798	129	1.8	127	88	3	355	29	20	21	28	1.98
862098--862146	3	16.3	3	80	16	57	34	0	2	63	1.06
862081--862146	24	2.9	23	84	6	73	30	0	4	65	1.13
862099--862147	18	2.7	18	85	14	66	36	0	2	61	1.08
862636--862681	25	1.9	23	82	8	56	47	4	4	43	1.42
867617--867653	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
868346--868417	37	1.9	37	97	0	135	8	19	20	51	1.72
868906--868979	20	3.6	21	74	15	66	28	5	1	64	1.23
868911--868957	10	4.8	10	78	2	51	31	8	0	59	1.27
868922--868985	31	2.1	31	85	5	85	31	4	1	62	1.25
873408--873456	18	2.8	18	81	9	57	59	0	0	40	0.98
877123--877176	27	2.1	25	86	6	72	25	5	5	62	1.39
880973--881054	25	3.3	25	81	3	85	30	20	29	19	1.97
880992--881062	25	2.8	25	86	0	70	33	18	29	18	1.95
883624--883671	20	2.5	20	76	13	55	41	6	0	52	1.27
917269--917374	46	2.3	46	80	3	124	21	33	24	19	1.97
919525--919564	17	2.4	17	86	0	53	72	10	12	5	1.26
924929--925047	31	3.9	31	77	4	116	28	10	15	45	1.79
926373--926429	28	2.0	28	100	0	114	43	21	0	35	1.52
935392--935432	21	1.9	21	85	5	55	41	9	14	34	1.79
938497--938536	16	2.6	16	85	14	50	50	2	2	45	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
940223--940282	21	2.9	21	84	0	75	35	1	3	60	1.23
954806--954924	43	2.8	43	81	2	132	24	31	19	25	1.98
959747--959801	7	7.9	7	85	0	65	30	54	0	14	1.41
959950--959982	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
960031--960067	14	2.6	14	95	0	65	48	29	0	21	1.50
960401--960484	40	2.1	41	88	4	127	27	27	23	21	1.99
964992--965025	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
989835--989923	30	3.0	29	85	6	124	30	11	14	43	1.80
1001288--1001312	9	2.8	9	100	0	50	68	0	0	32	0.90
1001290--1001352	20	3.2	20	72	12	51	58	1	1	38	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168