genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17185839--17186078	120	2.0	120	92	0	399	34	17	10	38	1.83
17192144--17192192	18	2.5	19	80	12	55	28	18	10	42	1.83
17192586--17192625	17	2.3	18	86	4	55	65	12	7	15	1.47
17193809--17193840	16	2.0	16	100	0	64	62	12	12	12	1.55
17195249--17195296	21	2.3	22	85	10	73	58	8	16	16	1.61
17203694--17203722	13	2.1	14	93	6	51	62	6	0	31	1.22
17209514--17209540	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
17212507--17212546	15	2.6	16	80	4	55	35	2	20	42	1.65
17218056--17218080	12	2.1	12	100	0	50	32	16	24	28	1.96
17219448--17219494	17	2.8	17	81	12	60	80	4	4	10	0.98
17219441--17219494	17	3.3	15	80	17	54	77	5	3	12	1.07
17222351--17222432	24	3.2	24	70	12	65	60	2	6	30	1.33
17222401--17222484	8	10.6	7	71	25	53	65	1	4	28	1.20
17222407--17222455	17	2.8	17	84	9	64	63	0	4	32	1.13
17222363--17222466	25	4.0	25	75	18	81	60	1	5	31	1.31
17222404--17222466	17	3.8	16	74	14	56	65	1	4	28	1.22
17224650--17224683	16	2.3	15	90	10	52	41	0	2	55	1.15
17225351--17225385	18	2.0	18	94	5	63	65	0	0	34	0.93
17231584--17231618	5	7.0	5	87	12	54	80	0	0	20	0.72
17233979--17234073	41	2.3	41	96	0	172	28	20	27	24	1.99
17234243--17234418	41	4.3	41	93	0	298	28	19	27	23	1.98
17242912--17242966	25	2.2	25	96	0	101	10	30	10	47	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17246132--17246170	18	2.4	16	87	12	53	35	0	0	64	0.94
17246132--17246166	18	2.0	17	94	5	61	34	0	0	65	0.93
17246515--17246541	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
17249966--17250006	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
17252007--17252043	15	2.5	15	95	0	65	29	18	16	35	1.93
17254136--17254175	19	2.0	20	86	13	57	45	7	10	37	1.66
17261129--17261219	39	2.4	39	94	1	157	49	12	9	28	1.72
17276566--17276668	51	2.0	51	98	0	197	45	16	13	24	1.83
17279466--17279545	38	2.1	38	95	0	142	36	8	18	36	1.82
17292230--17292477	49	4.9	50	77	8	209	27	19	27	25	1.99
17300877--17300942	15	4.5	15	72	11	55	40	0	1	57	1.08
17301010--17301055	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
17300853--17301173	120	2.7	120	96	0	588	42	1	5	50	1.34
17301130--17301171	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
17301121--17301162	15	2.9	14	86	10	50	45	0	0	54	0.99
17301312--17301405	45	2.1	43	88	7	136	34	26	5	34	1.79
17301384--17301448	16	4.1	16	91	0	112	21	35	4	38	1.74
17306048--17306126	29	2.7	29	82	2	95	29	13	18	37	1.90
17313508--17313673	43	3.9	43	81	2	192	25	29	19	25	1.99
17313508--17313673	86	1.9	85	84	3	217	25	29	19	25	1.99
17314599--17314629	14	2.2	14	94	0	53	48	9	6	35	1.62
17321855--17321894	12	3.2	12	92	3	62	20	7	2	70	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17321855--17321887	13	2.5	13	100	0	66	18	6	0	75	1.00
17328153--17328202	14	3.6	14	80	0	55	46	34	0	20	1.51
17328324--17328444	41	3.0	41	80	2	118	29	26	17	26	1.97
17337065--17337264	100	2.0	100	97	0	373	38	11	17	33	1.85
17337688--17337966	152	1.8	153	95	0	497	39	11	16	32	1.84
17337714--17338017	152	2.0	148	83	7	362	39	11	17	32	1.85
17342946--17343022	23	3.4	22	81	13	86	44	3	1	50	1.28
17346473--17346499	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
17350055--17350164	54	2.0	54	98	0	211	30	21	6	41	1.78
17350394--17350613	45	4.9	45	86	1	282	33	23	16	26	1.96
17351799--17351862	20	3.2	20	84	0	92	45	23	23	7	1.79
17351780--17351899	20	5.9	20	78	2	80	46	17	25	10	1.80
17351801--17351876	40	1.9	40	88	0	116	43	21	27	7	1.80
17359935--17359980	19	2.4	19	82	10	58	47	13	2	36	1.54
17360777--17360844	33	2.0	34	83	8	86	11	1	45	41	1.50
17360791--17360870	22	3.7	21	78	9	81	12	1	47	38	1.49
17362842--17363230	135	2.9	135	82	1	465	25	24	16	33	1.96
17362831--17363250	203	2.1	204	87	2	603	25	24	16	33	1.95
17362825--17363250	68	6.3	68	81	2	453	25	24	15	34	1.95
17364352--17364399	22	2.1	24	88	7	73	16	25	22	35	1.95
17372729--17372902	68	2.6	67	81	9	201	23	22	16	37	1.94
17395303--17395346	15	2.9	16	86	13	74	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17396432--17396471	15	2.9	13	82	13	53	62	0	0	37	0.95
17400765--17401325	138	4.1	138	92	0	917	44	6	9	39	1.62
17401301--17401448	75	2.0	75	90	0	233	30	14	10	45	1.77
17402537--17402629	31	3.0	31	83	7	118	19	23	19	37	1.94
17406360--17406392	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
17412340--17412382	19	2.3	19	88	8	61	32	9	0	58	1.30
17414126--17414280	80	1.9	80	90	0	247	29	22	23	24	1.99
17414128--17414292	40	4.1	40	86	0	222	30	21	21	26	1.98
17414332--17414441	40	2.8	40	90	0	175	30	22	20	25	1.98
17414586--17414646	21	3.0	20	72	11	52	18	0	32	49	1.48
17414749--17414786	14	2.8	14	88	4	51	26	0	28	44	1.54
17414817--17414867	14	3.6	14	75	0	57	19	0	39	41	1.52
17414839--17414891	21	2.5	20	79	11	54	18	0	41	39	1.51
17417725--17417751	14	1.9	14	100	0	54	37	7	7	48	1.59
17419654--17419862	83	2.5	83	80	6	219	25	15	25	33	1.95
17419644--17419870	43	5.4	43	78	8	236	26	15	24	33	1.95
17421360--17421390	4	8.0	4	92	7	55	51	0	0	48	1.00
17434500--17434645	41	3.6	41	87	0	193	26	27	20	26	1.99
17435484--17435538	12	4.2	12	77	20	56	43	9	3	43	1.53
17445468--17445663	41	4.8	41	78	9	204	34	16	27	21	1.95
17445468--17445663	82	2.4	82	84	5	245	34	16	27	21	1.95
17445575--17445640	20	3.2	20	68	4	60	34	21	30	13	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17449052--17449219	41	4.1	41	84	4	223	36	16	29	18	1.92
17449096--17449163	21	3.3	21	66	12	59	30	16	33	19	1.93
17456486--17456541	26	2.2	26	96	0	103	32	16	10	41	1.82
17466184--17466219	18	1.9	19	94	5	65	44	0	19	36	1.51
17472122--17472221	4	25.0	4	97	0	191	25	1	25	49	1.57
17472261--17472301	9	4.9	9	80	14	52	48	0	14	36	1.44
17472261--17472301	16	2.5	17	88	4	57	48	0	14	36	1.44
17478074--17478114	21	2.0	21	85	0	55	41	17	14	26	1.88
17480265--17480331	33	2.0	33	94	0	116	41	4	28	25	1.74
17487759--17487783	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
17498841--17498932	43	2.1	43	95	0	166	22	15	27	34	1.94
17498841--17498953	43	2.6	43	90	4	156	24	15	24	34	1.95
17506719--17506770	25	2.0	26	82	10	63	5	15	11	67	1.40
17510102--17510419	51	6.3	50	78	7	252	30	15	24	29	1.95
17510102--17510423	102	3.2	102	85	3	409	30	15	24	29	1.95
17510135--17510417	51	5.6	50	80	4	273	29	15	25	29	1.96
17514535--17514572	19	2.0	19	94	0	67	50	0	0	50	1.00
17515811--17515883	25	2.9	24	78	8	65	28	21	21	27	1.99
17515829--17515895	25	2.7	25	76	17	68	29	25	22	22	1.99
17522538--17522879	50	6.9	50	81	3	314	27	22	29	20	1.99
17522539--17522822	150	1.9	150	82	1	354	27	22	29	20	1.98
17523540--17523794	114	2.2	113	90	2	395	23	22	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17523694--17523867	73	2.4	73	87	1	242	25	24	23	27	2.00
17523580--17523987	187	2.2	187	86	2	579	24	23	26	26	2.00
17523767--17523984	114	1.9	114	93	0	373	22	23	25	27	2.00
17524232--17524261	15	2.0	15	93	0	51	20	0	43	36	1.52
17524282--17524325	23	1.9	23	86	9	63	15	0	45	38	1.47
17524556--17524637	22	3.8	22	77	7	71	25	0	35	39	1.56
17524178--17524782	292	2.1	290	80	5	666	31	2	24	41	1.68
17525278--17525319	17	2.4	18	73	11	52	76	4	0	19	0.96
17525276--17525322	13	3.4	13	78	21	51	78	4	0	17	0.90
17525684--17525952	148	1.8	146	84	4	371	46	11	13	27	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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