genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2232076--2232115	20	2.0	20	90	0	62	45	22	17	15	1.85
2233632--2233786	49	3.1	49	74	7	159	25	26	12	34	1.92
2235988--2236031	19	2.3	19	77	14	54	47	0	2	50	1.13
2237455--2237496	14	3.3	13	87	9	52	76	0	4	19	0.96
2240153--2240178	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
2243291--2243324	12	2.8	12	95	0	59	17	0	26	55	1.42
2244367--2244438	22	3.3	22	80	0	81	43	2	20	33	1.67
2255148--2255297	30	5.0	30	85	0	201	38	15	14	31	1.88
2258581--2258615	18	1.9	18	94	0	61	37	25	2	34	1.71
2259734--2259805	24	2.9	25	77	4	83	44	6	27	20	1.77
2260462--2260528	34	2.0	34	100	0	134	26	5	32	34	1.81
2260580--2260605	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2264473--2264742	110	2.5	105	81	10	334	33	18	17	30	1.94
2268734--2268777	21	2.0	22	86	4	63	47	2	4	45	1.35
2271830--2271972	75	1.9	76	85	4	200	28	23	18	28	1.98
2281152--2281189	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2287081--2287157	40	1.9	40	89	0	118	28	11	27	32	1.92
2287281--2287319	19	2.1	19	85	9	53	25	0	15	58	1.37
2287589--2287635	22	2.0	24	88	8	71	17	14	23	44	1.85
2292988--2293175	51	3.7	51	79	7	186	24	17	26	31	1.97
2292989--2293175	101	1.8	101	84	5	252	24	17	26	32	1.97
2292989--2293192	102	2.0	101	80	6	225	26	17	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2293182--2293268	45	1.9	45	90	0	138	26	17	22	33	1.96
2296525--2296718	50	3.9	50	79	4	196	28	21	27	22	1.99
2296918--2296956	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
2303312--2303376	32	2.0	32	90	0	103	30	7	24	36	1.84
2312964--2313008	18	2.4	18	82	10	56	62	2	0	35	1.08
2314765--2314887	11	12.4	11	67	25	69	37	2	0	60	1.10
2314755--2314879	18	6.6	18	71	18	92	36	2	0	60	1.10
2314758--2314879	57	2.1	57	90	3	192	37	2	0	59	1.11
2314815--2314897	40	2.1	40	95	0	148	34	1	0	63	1.02
2316871--2316970	50	2.0	50	100	0	200	32	14	20	34	1.92
2319983--2320023	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2320313--2320361	9	5.2	9	90	4	62	51	0	0	48	1.00
2320315--2320363	10	5.0	10	90	5	73	48	0	0	51	1.00
2320722--2320760	19	2.1	19	95	0	69	71	0	12	15	1.14
2321339--2321382	22	2.0	22	100	0	88	22	13	9	54	1.67
2325241--2325348	35	3.1	35	77	2	126	27	25	26	20	1.99
2325214--2325360	71	2.1	71	88	0	213	27	22	26	23	1.99
2325262--2325360	35	2.8	35	73	3	99	29	22	27	21	1.99
2335675--2335772	50	2.0	50	83	4	126	30	15	15	38	1.88
2337950--2337984	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
2340147--2340201	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
2343458--2343564	34	3.1	35	77	7	114	27	17	14	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2348191--2348237	21	2.2	21	84	0	58	68	0	4	27	1.08
2348565--2348629	19	3.5	19	75	6	62	33	4	1	60	1.27
2348491--2348599	46	2.3	49	83	9	147	31	6	3	58	1.40
2348725--2348898	89	2.0	89	83	7	221	36	6	20	37	1.78
2348770--2348939	89	1.9	90	79	8	195	40	7	15	37	1.74
2354130--2354216	44	2.0	44	95	2	158	39	5	27	27	1.79
2362763--2362846	25	3.4	24	75	16	82	26	23	20	29	1.99
2362754--2362823	24	2.8	26	75	18	85	24	27	18	30	1.98
2365004--2365218	116	1.9	116	89	2	333	41	14	12	30	1.83
2381191--2381246	28	2.0	28	89	0	85	35	21	14	28	1.92
2390428--2390484	26	2.2	26	90	3	89	66	0	1	31	1.02
2391454--2391491	20	1.9	20	84	10	51	31	15	10	42	1.81
2391769--2391810	21	2.0	21	85	0	57	30	9	23	35	1.87
2392187--2392253	34	1.9	35	93	3	118	46	11	8	32	1.72
2397188--2397256	33	2.2	30	82	10	75	59	2	1	36	1.21
2397468--2397514	21	2.4	19	75	10	51	51	0	6	42	1.27
2399685--2400870	250	4.8	253	76	7	902	24	13	21	40	1.90
2399666--2400883	168	7.4	168	78	7	994	24	14	21	40	1.90
2399685--2400319	84	7.6	84	84	1	801	25	13	21	40	1.89
2400300--2400431	68	1.9	68	100	0	264	25	18	18	38	1.92
2400229--2400512	152	1.9	152	88	1	435	25	16	19	39	1.92
2400368--2400883	84	6.2	83	75	8	345	23	14	21	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2400099--2400683	320	1.8	320	81	4	741	24	13	20	40	1.89
2400613--2400766	77	2.0	76	81	7	177	22	13	24	40	1.90
2403760--2403840	21	3.8	21	77	7	83	66	7	0	25	1.17
2403770--2403838	22	3.1	22	77	8	77	66	7	0	26	1.17
2404051--2404108	22	2.5	23	83	5	64	50	1	3	44	1.29
2404181--2404217	9	4.1	9	100	0	74	32	0	10	56	1.34
2404314--2404357	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
2404768--2404830	26	2.4	27	75	17	69	34	4	1	58	1.29
2405872--2405914	23	1.9	22	86	13	61	55	18	2	23	1.54
2439220--2439275	29	1.9	29	85	7	78	35	7	19	37	1.79
2442752--2442784	12	3.0	11	87	12	50	27	0	0	72	0.85
2444501--2444544	19	2.3	19	80	4	52	45	2	20	31	1.64
2448839--2448892	25	2.2	24	84	9	74	22	24	16	37	1.94
2450151--2450307	43	3.6	42	76	13	142	25	17	27	29	1.98
2450140--2450289	43	3.5	43	78	10	162	26	16	24	32	1.96
2450140--2450288	42	3.5	42	77	10	122	26	16	24	32	1.96
2450770--2450834	2	32.5	2	100	0	130	50	0	0	49	1.00
2452004--2452040	15	2.4	15	95	4	65	40	40	10	8	1.70
2465776--2466162	44	8.9	44	71	12	239	29	20	23	26	1.99
2465779--2466030	131	1.9	128	81	7	294	28	21	23	26	1.99
2465751--2466162	218	1.9	218	95	0	752	29	20	24	26	1.99
2466576--2466612	15	2.4	15	95	4	65	40	40	10	8	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2473088--2473141	23	2.4	23	78	12	58	64	5	0	29	1.16
2476902--2476943	21	2.0	21	81	9	50	45	11	9	33	1.73
2483242--2483275	16	2.1	16	89	10	52	41	5	20	32	1.76
2485704--2485834	70	1.9	70	98	0	253	38	15	13	32	1.86
2488216--2488254	6	6.5	6	93	0	60	0	33	10	56	1.33
2488221--2488260	18	2.2	19	86	8	57	0	37	10	52	1.35
2496830--2497315	212	2.3	216	83	3	581	30	17	19	32	1.96
2497109--2497322	113	1.9	113	87	1	313	27	16	21	34	1.95
2498659--2499235	103	5.4	106	82	8	564	31	18	17	32	1.94
2501818--2501857	20	2.0	21	90	5	64	77	7	12	2	1.07
2503870--2503988	36	3.3	36	97	0	220	30	18	13	37	1.89
2505045--2505085	16	2.5	17	76	11	50	51	17	2	29	1.58
2514715--2515141	147	2.9	147	95	2	767	25	27	8	39	1.84
2525557--2525695	67	2.1	66	82	5	163	32	27	13	26	1.94
2525915--2525999	28	2.8	31	75	17	88	47	1	11	40	1.48
2525928--2525984	28	2.0	28	93	0	96	47	0	10	42	1.38
2527183--2527218	5	7.2	5	87	12	56	19	2	0	77	0.88
2527951--2527994	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
2530201--2530262	25	2.5	25	84	5	72	20	16	20	41	1.90
2532928--2532959	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
2533088--2533123	14	2.6	14	95	0	63	55	2	0	41	1.14
2533478--2533535	29	2.0	29	100	0	116	27	6	20	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2534037--2534100	26	2.4	28	78	17	75	25	40	9	25	1.85
2536527--2536683	43	3.7	42	75	8	149	24	19	29	27	1.98
2538577--2538606	14	2.1	14	100	0	60	23	20	26	30	1.98
2547241--2547286	21	2.2	21	84	7	58	52	6	4	36	1.47
2552146--2552201	22	2.5	22	91	2	94	28	30	0	41	1.57
2552195--2552281	29	3.2	29	64	26	82	31	26	0	42	1.56
2552173--2552285	51	2.2	51	96	0	208	29	26	0	44	1.55
2553426--2553450	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
2554086--2554120	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
2554531--2554629	44	2.3	43	85	7	128	41	0	10	48	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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