genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14554405--14554470	29	2.3	28	92	7	114	34	15	24	25	1.94
14555195--14555239	22	2.0	22	100	0	90	35	13	31	20	1.91
14555300--14555575	50	5.5	50	89	1	392	24	20	32	22	1.98
14556313--14556603	50	5.8	50	80	2	282	27	21	27	23	1.99
14562226--14562459	50	4.7	49	83	2	279	27	20	30	21	1.98
14562224--14562459	99	2.4	100	83	5	298	27	20	30	22	1.98
14563634--14565220	791	2.0	792	96	0	2926	33	8	20	37	1.82
14566523--14566771	50	4.8	50	85	3	300	24	22	30	22	1.99
14583414--14583470	22	2.5	23	82	2	71	12	7	29	50	1.66
14583402--14583472	23	3.1	22	79	4	79	14	7	28	50	1.68
14585263--14585431	67	2.5	67	88	0	239	22	24	18	34	1.96
14585313--14585551	120	2.0	120	89	0	361	21	25	16	35	1.94
14587190--14587224	18	1.9	18	88	0	52	54	2	42	0	1.15
14590225--14590569	54	6.4	54	78	7	308	43	20	17	17	1.88
14590225--14590585	81	4.5	80	78	7	349	43	20	18	18	1.88
14590225--14590585	27	13.4	27	77	1	278	43	20	18	18	1.88
14590914--14590971	27	2.1	29	87	6	84	27	25	20	25	1.99
14597723--14597971	27	9.3	27	81	4	290	42	18	21	16	1.89
14597723--14597958	107	2.2	107	83	1	294	42	19	21	16	1.89
14600854--14600895	21	2.0	21	100	0	84	47	0	9	42	1.36
14600856--14600905	21	2.4	21	89	0	73	48	0	8	44	1.32
14602206--14602245	21	1.9	21	94	0	71	47	15	5	32	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14602194--14602273	20	3.9	21	76	9	76	41	13	6	38	1.70
14605825--14605855	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
14619870--14620036	74	2.3	69	79	10	160	23	9	22	43	1.83
14626949--14627000	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
14631423--14631492	25	2.8	26	78	6	90	24	17	21	37	1.94
14645629--14645680	27	1.9	27	100	0	104	36	23	11	28	1.90
14646330--14646502	39	4.4	39	82	2	186	34	16	31	17	1.92
14646329--14646392	20	3.2	20	68	4	58	37	17	26	18	1.93
14646408--14646471	20	3.2	20	74	12	69	29	15	37	17	1.91
14646406--14646500	20	4.8	21	71	13	67	29	15	37	16	1.90
14646417--14646476	19	3.1	19	70	13	59	30	16	36	16	1.91
14646330--14646502	78	2.2	78	84	2	213	34	16	31	17	1.92
14646767--14646805	19	2.1	19	90	0	60	2	43	10	43	1.52
14650407--14650458	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
14650394--14650574	59	3.0	59	70	15	190	43	1	4	50	1.31
14650356--14650574	120	1.8	120	97	0	420	43	1	5	49	1.35
14650356--14650542	61	3.1	60	70	14	177	43	1	6	48	1.38
14650536--14650577	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
14650527--14650568	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
14650792--14650845	16	3.4	16	84	0	72	27	35	3	33	1.75
14657701--14657760	25	2.3	25	80	5	66	40	11	20	28	1.87
14660931--14661048	38	3.0	38	88	9	191	34	7	20	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14662093--14662166	29	2.6	29	78	4	78	21	14	28	35	1.93
14664720--14664768	18	2.7	18	80	0	62	22	36	4	36	1.73
14664741--14664783	21	2.0	21	81	0	50	20	39	4	34	1.74
14664727--14664794	18	3.6	19	75	13	68	25	36	5	32	1.80
14677038--14677205	46	3.7	46	86	4	214	17	23	15	43	1.87
14677038--14677248	91	2.3	91	81	4	221	17	22	16	43	1.88
14677175--14677342	45	3.7	45	85	0	201	22	20	18	38	1.94
14678767--14678915	56	2.7	56	91	4	221	38	14	21	25	1.92
14678796--14678890	28	3.4	27	69	21	88	41	16	16	25	1.89
14678829--14678910	27	3.0	28	65	22	73	43	12	20	23	1.85
14678898--14679086	27	6.7	28	71	13	86	29	16	25	28	1.97
14678767--14679045	56	4.9	56	80	9	214	35	15	22	26	1.94
14679020--14679086	27	2.5	27	87	0	98	20	20	26	31	1.98
14679937--14679982	24	1.9	24	81	0	56	13	36	32	17	1.88
14690841--14690868	8	3.5	8	100	0	56	0	21	14	64	1.29
14699520--14699622	53	1.9	54	88	2	154	32	14	25	28	1.95
14699703--14699903	61	3.3	61	81	3	210	33	15	25	25	1.95
14712390--14712416	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
14712799--14712919	41	3.0	41	95	0	206	32	22	17	28	1.96
14715852--14716001	47	3.2	47	91	0	237	38	21	12	28	1.89
14717061--14717099	16	2.4	17	91	4	62	69	0	23	7	1.14
14718659--14718710	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14718950--14718981	13	2.5	13	94	0	55	9	12	15	62	1.54
14721209--14721266	24	2.4	24	85	0	80	55	6	10	27	1.59
14722272--14722320	24	2.0	26	88	8	75	71	2	0	26	0.97
14722360--14722401	9	4.6	9	80	16	50	66	0	2	30	1.04
14722361--14722406	10	4.7	10	78	13	51	67	0	2	30	1.03
14722361--14722406	19	2.4	19	85	10	58	67	0	2	30	1.03
14722482--14722530	18	2.7	17	78	12	53	28	4	0	67	1.09
14727753--14727777	12	2.1	12	100	0	50	44	0	16	40	1.47
14732342--14732380	21	1.9	20	89	5	60	17	17	15	48	1.81
14732286--14732485	105	1.9	105	85	2	276	24	7	19	49	1.73
14733323--14733396	26	2.8	25	86	8	94	31	13	12	43	1.81
14733334--14733396	26	2.5	26	89	2	101	33	11	12	42	1.78
14737058--14737083	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
14744469--14744503	8	4.4	8	89	10	54	88	0	11	0	0.51
14744469--14744503	15	2.4	14	90	9	52	88	0	11	0	0.51
14744475--14744503	9	3.3	9	95	4	51	89	0	10	0	0.48
14746729--14747228	131	3.8	132	90	1	756	30	21	23	25	1.99
14747216--14747984	44	17.8	41	71	11	359	30	18	21	29	1.97
14747217--14747494	127	2.2	129	92	2	454	29	18	21	30	1.97
14747341--14747902	173	3.2	172	76	9	665	29	18	21	30	1.97
14747303--14747713	219	1.9	214	86	3	590	29	18	20	31	1.96
14747517--14747845	127	2.5	129	85	3	421	29	18	21	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14747216--14748063	346	2.5	346	94	0	1477	30	18	21	29	1.97
14747692--14748086	218	1.8	217	94	0	700	30	19	21	29	1.97
14747305--14748147	44	19.8	41	69	11	313	29	18	21	30	1.97
14748052--14748166	41	2.9	39	70	5	122	28	15	25	30	1.96
14748003--14748166	80	2.0	80	97	0	310	27	16	24	31	1.96
14747789--14748326	298	1.8	298	84	3	751	29	18	23	27	1.98
14753877--14753912	18	2.0	18	100	0	72	27	16	0	55	1.42
14765812--14765848	18	2.1	18	90	5	58	48	13	0	37	1.43
14767578--14767617	19	2.1	19	86	9	55	45	2	5	47	1.38
14768201--14768234	18	1.9	17	94	5	59	41	5	5	47	1.52
14773725--14773755	14	2.2	14	94	0	53	25	12	25	35	1.92
14776028--14776214	51	3.7	50	83	3	214	31	26	15	26	1.96
14783730--14783911	51	3.6	50	82	3	195	29	25	16	28	1.97
14794275--14794635	122	3.0	122	81	3	361	26	23	15	34	1.94
14794275--14794635	61	5.9	61	81	3	316	26	23	15	34	1.94
14803940--14803968	14	2.1	14	100	0	58	20	6	27	44	1.77
14818392--14818782	196	2.0	195	90	2	613	31	23	14	30	1.94
14820123--14820152	15	2.0	15	100	0	60	40	6	13	40	1.71
14820127--14820160	15	2.3	15	89	0	50	44	8	11	35	1.72
14823722--14823762	19	2.2	19	86	0	64	70	4	14	9	1.30
14823805--14823839	18	1.9	18	88	0	52	77	0	22	0	0.78
14824454--14824492	16	2.4	16	87	8	53	48	2	25	23	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14837164--14837239	37	2.1	37	97	0	143	34	25	17	23	1.96
14837304--14837410	50	2.1	50	87	0	160	20	32	21	25	1.97
14837320--14837457	50	2.6	50	84	6	159	24	29	20	25	1.99
14839612--14839939	109	3.0	107	84	5	392	36	9	28	25	1.87
14843323--14843356	17	1.9	18	88	5	52	23	17	32	26	1.97
14845683--14845734	7	7.1	7	91	8	86	46	40	0	13	1.43
14845683--14845734	15	3.5	15	97	2	97	46	40	0	13	1.43
14845681--14845734	22	2.4	23	93	6	94	46	38	0	14	1.45
14851061--14851108	22	2.2	22	85	7	62	64	2	4	29	1.23
14851071--14851095	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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