genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19074876--19074998	47	2.6	47	83	2	140	25	16	17	41	1.89
19074923--19075295	70	5.3	70	89	2	516	27	13	17	41	1.86
19076929--19076991	25	2.6	24	77	5	72	20	26	17	34	1.95
19079971--19080133	54	3.0	55	78	4	186	38	19	14	26	1.91
19089869--19089919	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
19091439--19091469	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
19092946--19092978	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
19100017--19100094	35	2.1	37	81	13	90	51	2	3	42	1.34
19101926--19102195	136	2.0	136	96	0	495	29	20	21	28	1.98
19105506--19105572	32	2.1	32	84	15	86	56	20	1	20	1.50
19108445--19108474	14	2.1	15	93	6	53	40	0	6	53	1.27
19119804--19119964	82	1.9	85	88	6	249	63	6	2	27	1.31
19119933--19119989	23	2.4	25	85	11	75	73	8	1	15	1.16
19120758--19120806	20	2.5	20	80	16	57	12	2	8	77	1.07
19122871--19122970	26	3.9	25	77	7	94	61	7	6	26	1.45
19122875--19123017	24	6.2	23	72	18	82	60	6	5	27	1.43
19122951--19122990	19	2.1	19	90	0	62	62	12	2	22	1.42
19122988--19123139	27	5.6	25	73	17	126	62	3	5	28	1.33
19122988--19123132	56	2.6	54	82	7	177	60	3	5	30	1.36
19141433--19141524	27	3.4	28	80	5	91	58	14	7	19	1.59
19160987--19161051	16	4.1	16	93	0	112	36	6	33	23	1.80
19161031--19161120	45	2.0	44	87	6	128	33	5	26	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19166100--19166125	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
19167195--19167231	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
19167978--19168002	5	5.0	5	100	0	50	20	0	80	0	0.72
19168102--19168138	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
19168192--19168222	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
19172415--19172451	18	2.0	19	89	5	58	5	43	0	51	1.24
19186107--19186169	27	2.3	27	89	5	92	47	20	14	17	1.82
19186120--19186202	27	3.1	26	83	10	87	37	19	19	24	1.94
19186932--19187114	90	2.0	91	95	1	332	32	14	16	36	1.89
19187894--19187930	18	2.0	19	89	5	58	5	43	0	51	1.24
19196003--19196190	94	2.0	94	98	0	367	27	14	12	45	1.81
19196777--19197226	230	2.0	230	99	0	882	28	16	15	40	1.88
19214979--19215081	35	2.9	35	82	0	116	37	30	15	16	1.90
19220692--19220732	15	2.7	15	84	0	55	34	12	0	53	1.38
19221216--19221270	25	2.2	25	77	6	58	14	18	23	43	1.87
19223551--19223719	87	1.9	88	84	3	225	39	18	8	33	1.81
19223728--19223834	56	2.0	53	81	9	126	64	1	1	31	1.15
19223798--19223837	8	5.0	8	84	9	55	75	0	0	25	0.81
19223799--19223860	8	6.9	9	76	18	51	74	1	1	22	1.00
19223732--19223923	10	20.6	9	68	20	76	65	2	3	28	1.21
19223845--19223924	19	4.3	18	72	13	63	65	1	5	28	1.22
19223799--19223932	29	4.8	29	73	18	108	67	1	3	27	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19224143--19224193	26	2.0	26	88	3	77	37	1	0	60	1.08
19224239--19224459	87	2.5	87	85	6	270	31	9	23	36	1.87
19234611--19234655	22	2.0	23	86	4	65	42	4	20	33	1.72
19239969--19240016	13	3.7	13	76	18	55	60	0	6	33	1.22
19240029--19240105	12	6.3	12	73	15	52	74	1	23	1	0.97
19240013--19240101	30	3.0	30	79	12	87	73	1	22	3	1.05
19240059--19240098	8	5.0	8	93	0	53	80	0	20	0	0.72
19240064--19240105	4	11.0	4	85	10	61	78	0	21	0	0.75
19240928--19241063	40	3.4	40	75	9	125	27	18	23	30	1.97
19241318--19241385	31	2.1	33	83	5	86	35	2	22	39	1.69
19242516--19242560	17	2.6	17	92	0	81	26	28	31	13	1.94
19243749--19243774	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
19244799--19244835	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
19244889--19244919	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
19249094--19249141	17	2.8	17	87	0	69	16	39	0	43	1.48
19258174--19258209	15	2.5	15	90	4	56	33	8	16	41	1.78
19258236--19258269	16	2.1	16	88	0	50	41	8	14	35	1.77
19265921--19266038	29	4.1	29	80	0	128	40	21	13	24	1.89
19265939--19266067	29	4.4	29	79	5	109	41	22	10	25	1.86
19266018--19266153	28	4.8	29	81	7	118	38	22	11	27	1.88
19266055--19266163	28	3.9	28	84	3	130	35	23	12	27	1.92
19286844--19286890	24	2.0	24	87	8	69	31	0	6	61	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19286873--19286910	14	2.7	14	84	12	51	36	5	0	57	1.21
19289241--19289302	25	2.5	25	94	0	106	37	3	1	58	1.24
19296665--19296697	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
19303922--19303983	14	4.4	14	81	6	63	58	1	0	40	1.08
19304101--19304135	9	3.9	9	88	0	52	42	0	5	51	1.25
19304101--19304139	9	4.3	9	90	0	51	43	0	7	48	1.31
19309229--19309304	38	2.0	38	100	0	152	31	23	26	18	1.97
19316508--19316568	23	2.5	23	80	17	70	29	18	26	26	1.98
19317516--19317545	8	3.8	8	95	0	51	40	16	0	43	1.48
19320209--19320557	39	9.0	39	77	4	330	35	31	18	14	1.91
19322019--19322062	19	2.3	19	96	0	79	31	4	36	27	1.77
19322846--19322886	21	2.0	21	85	4	57	46	0	0	53	1.00
19322841--19322890	12	4.1	12	76	23	59	48	0	0	52	1.00
19332919--19333054	40	3.5	38	74	9	114	32	27	14	25	1.95
19332945--19333054	41	2.8	41	73	9	111	33	26	14	25	1.94
19333958--19334023	7	8.6	7	78	18	53	53	1	1	43	1.19
19333945--19334023	27	2.8	31	76	20	91	49	3	1	45	1.28
19333955--19334020	8	8.4	8	70	21	50	51	1	1	45	1.19
19338473--19338611	43	3.5	42	78	18	179	33	26	17	22	1.96
19338368--19338570	103	2.0	103	93	0	343	32	28	19	20	1.97
19338471--19338654	76	2.4	76	94	0	325	32	26	18	22	1.97
19342284--19342332	25	2.0	25	95	0	89	32	6	20	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19366821--19366880	30	2.0	31	90	3	95	20	38	0	41	1.52
19370108--19370143	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
19370124--19370214	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
19375936--19375999	30	2.2	29	84	13	80	40	4	3	51	1.38
19380185--19380236	21	2.3	23	80	9	63	63	0	34	1	1.06
19382602--19382628	13	2.1	13	100	0	54	44	22	7	25	1.79
19389603--19389634	16	2.0	16	93	0	55	65	6	0	28	1.16
19390836--19390876	19	2.2	19	86	0	55	58	2	2	36	1.24
19394305--19394357	20	2.6	20	85	8	63	41	3	1	52	1.30
19400275--19400367	45	2.1	45	89	0	141	37	3	15	44	1.62
19400555--19400706	21	7.2	21	62	3	63	17	22	17	42	1.89
19400545--19400767	42	5.3	42	86	0	284	17	21	18	42	1.89
19404074--19404113	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
19404059--19404125	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
19413591--19413624	18	1.9	18	88	5	52	5	20	2	70	1.21
19414058--19414095	3	12.7	3	83	10	51	68	28	2	0	1.03
19414312--19414379	15	4.3	15	76	23	68	26	2	29	41	1.70
19414699--19414735	12	2.7	15	76	24	53	27	8	43	21	1.80
19415609--19415638	2	15.0	2	92	0	51	53	46	0	0	1.00
19420929--19421011	30	2.8	30	88	0	121	28	22	28	19	1.98
19422322--19422380	31	1.9	30	86	3	82	49	1	18	30	1.58
19423719--19423758	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19423932--19423979	21	2.3	21	96	0	87	35	4	12	47	1.60
19424270--19424418	57	2.5	59	83	10	187	31	21	24	22	1.98
19436035--19436077	23	1.9	22	85	4	59	48	0	6	44	1.29
19436165--19436240	35	2.2	34	81	9	82	52	2	5	39	1.38
19437344--19437377	17	1.9	18	88	5	52	67	2	0	29	1.05
19444170--19444198	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
19447975--19448004	15	2.0	15	100	0	60	53	13	20	13	1.72
19450773--19450811	14	2.7	15	84	4	53	51	5	5	38	1.46
19453768--19453821	5	10.8	5	100	0	108	40	0	0	59	0.98
19454782--19454867	25	3.4	25	90	0	127	17	22	22	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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