genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  71  of  168  ( 20060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20806941--20806966	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
20813925--20813986	26	2.3	27	80	11	72	54	4	1	38	1.31
20813915--20813997	28	3.0	28	71	16	75	55	4	2	37	1.34
20813989--20814015	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
20815917--20815986	10	7.1	9	72	22	52	68	1	2	27	1.12
20815917--20815989	20	3.7	20	80	7	78	67	1	2	28	1.13
20815899--20815963	28	2.3	27	75	17	69	67	3	1	27	1.14
20815917--20815989	19	3.7	19	78	10	76	67	1	2	28	1.13
20816247--20816304	20	2.9	19	74	25	57	51	0	5	43	1.24
20816377--20816454	32	2.4	33	85	4	97	53	14	3	28	1.58
20817718--20817970	126	2.0	126	98	0	488	35	13	10	40	1.79
20819581--20819628	18	2.7	18	96	0	87	35	12	12	39	1.81
20820052--20820224	72	2.4	72	82	5	233	27	6	12	54	1.61
20830788--20830822	14	2.5	13	86	13	52	74	0	0	25	0.82
20831267--20831614	123	2.8	123	96	0	624	28	16	22	31	1.96
20834102--20834184	25	3.3	25	96	0	148	43	14	0	42	1.45
20834078--20834239	45	3.5	44	76	14	164	46	13	1	38	1.51
20834658--20834697	18	2.2	18	86	0	53	40	7	27	25	1.82
20836380--20836421	11	3.7	12	81	6	52	59	0	0	40	0.97
20838825--20838864	7	5.7	7	93	0	71	30	0	12	57	1.36
20844931--20845189	126	2.1	125	92	0	428	27	19	16	35	1.94
20845020--20845400	195	2.0	195	100	0	762	30	19	15	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20845215--20845527	122	2.5	123	84	4	403	30	20	15	33	1.93
20844931--20845526	321	1.9	321	87	2	876	29	20	16	34	1.94
20845696--20845732	7	5.3	7	100	0	74	45	40	0	13	1.43
20845599--20845818	111	2.0	110	83	5	282	41	20	1	35	1.63
20845715--20845882	90	1.9	90	94	0	300	40	17	1	40	1.60
20846071--20846147	40	1.9	41	84	10	106	23	27	27	22	1.99
20857038--20857342	147	2.1	149	82	4	375	49	18	3	28	1.63
20858566--20858642	37	2.1	37	100	0	154	36	27	7	28	1.85
20861496--20861557	32	1.9	32	96	0	115	48	16	8	27	1.74
20863986--20864173	50	3.8	49	86	2	250	26	22	28	21	1.99
20867494--20867523	15	2.0	15	93	0	51	13	13	16	56	1.67
20869804--20870065	88	3.0	88	81	5	224	29	15	15	39	1.89
20869803--20870068	45	6.0	45	80	7	202	29	15	15	39	1.89
20869878--20870037	43	3.7	41	76	11	133	30	14	16	38	1.89
20869869--20870068	88	2.3	87	83	4	231	28	17	16	38	1.91
20878453--20878504	4	12.5	4	88	8	77	23	0	1	75	0.91
20878450--20878503	17	3.3	16	85	14	83	24	0	1	74	0.92
20880933--20881106	93	1.9	92	84	4	233	28	15	28	28	1.96
20881096--20881133	16	2.4	17	87	12	55	81	0	0	18	0.69
20885891--20885924	17	1.9	17	88	5	50	58	5	5	29	1.45
20888222--20888255	17	1.9	17	88	5	50	61	11	2	23	1.43
20890212--20890351	43	3.3	43	86	0	208	22	27	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20890320--20890447	44	2.9	44	80	2	132	21	24	17	35	1.95
20890744--20890793	21	2.4	21	89	0	73	4	46	16	34	1.65
20893330--20893426	21	4.4	21	72	12	70	37	41	2	19	1.63
20893330--20893414	21	3.8	23	76	11	79	35	42	2	20	1.65
20894573--20894623	17	3.3	15	82	12	59	35	45	1	17	1.60
20895139--20895380	41	5.9	38	81	9	232	31	26	21	21	1.98
20895139--20895380	82	3.0	81	82	4	265	31	26	21	21	1.98
20895139--20895367	123	1.9	123	86	5	329	31	25	21	21	1.98
20895473--20895550	40	2.0	40	86	0	111	23	20	21	34	1.97
20928899--20928951	13	4.1	13	78	7	54	45	5	1	47	1.37
20934860--20934913	14	3.8	15	76	18	53	42	5	0	51	1.25
20938805--20938855	27	1.9	26	84	4	66	56	9	9	23	1.61
20948955--20948999	21	2.1	21	95	0	81	44	17	15	22	1.86
20954325--20954427	36	2.8	36	80	4	118	33	23	13	30	1.93
20954408--20954499	30	3.1	30	87	6	107	28	18	20	32	1.96
20959077--20959158	43	1.9	41	85	7	110	47	2	20	29	1.63
20961552--20961667	58	2.0	58	100	0	232	44	13	31	10	1.78
20963326--20963389	28	2.3	27	81	5	65	51	14	7	26	1.69
20967561--20967595	18	1.9	18	94	0	61	34	8	17	40	1.80
20967711--20967751	21	2.0	21	85	9	57	21	36	0	41	1.54
20967887--20967946	30	2.0	31	83	9	79	20	38	0	41	1.52
20973341--20973394	26	2.1	26	100	0	108	37	7	18	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20979202--20979284	30	2.9	28	83	5	94	30	20	21	27	1.98
20979396--20979462	26	2.6	26	82	0	80	37	22	23	16	1.94
20979501--20979686	92	2.0	92	98	0	363	39	19	11	29	1.86
20979732--20979892	27	6.0	27	82	2	189	15	19	22	42	1.88
20979721--20979900	54	3.3	54	81	1	209	17	17	22	42	1.89
20980547--20980633	40	2.4	37	78	14	99	50	10	29	9	1.67
20982661--20982699	18	2.1	19	85	4	53	74	10	0	15	1.07
20990864--20990910	21	2.2	21	77	7	51	8	14	2	74	1.15
20991256--20991281	11	2.4	11	100	0	52	76	0	0	23	0.78
20991405--20991461	24	2.3	25	87	3	80	35	5	1	57	1.31
20992255--20992335	40	2.0	40	100	0	162	34	14	14	35	1.88
20994545--20994601	24	2.4	24	90	0	87	47	7	5	40	1.53
20994557--20994608	24	2.2	24	92	0	86	51	3	3	40	1.38
21021349--21021397	25	2.0	25	91	0	80	32	16	14	36	1.89
21032194--21032545	67	5.4	64	67	15	193	34	13	12	38	1.83
21032110--21032777	131	5.1	131	81	2	644	33	13	13	39	1.84
21032111--21032777	260	2.6	261	83	3	797	33	13	13	39	1.84
21034331--21034406	28	2.8	28	91	2	118	32	14	25	27	1.94
21039202--21039226	10	2.5	10	100	0	50	20	0	8	72	1.10
21039245--21039330	20	4.5	19	75	16	63	43	0	5	51	1.26
21039249--21039320	20	3.7	19	78	9	74	43	0	4	52	1.20
21047898--21048164	133	2.0	133	96	0	489	50	15	7	27	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21048927--21048989	23	2.9	21	73	13	54	68	4	7	19	1.33
21057456--21057489	17	2.0	17	88	0	50	5	14	29	50	1.67
21057577--21057646	32	2.2	32	82	7	81	35	12	8	42	1.74
21060344--21060369	13	2.0	13	100	0	52	15	15	0	69	1.20
21061697--21061723	12	2.2	12	100	0	54	14	0	7	77	0.97
21061737--21062316	240	2.4	241	85	4	740	31	12	12	43	1.80
21063924--21064129	42	4.9	42	78	2	171	27	24	19	28	1.98
21077339--21077414	26	2.9	26	82	3	91	35	15	7	40	1.77
21079111--21079142	10	3.2	10	95	0	55	50	43	0	6	1.27
21081928--21081975	23	2.1	23	100	0	96	39	4	12	43	1.62
21082738--21082816	39	2.0	39	95	0	140	31	7	15	45	1.74
21085322--21085410	38	2.2	41	86	5	121	53	5	1	39	1.32
21085835--21085865	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
21085919--21085964	9	5.1	9	91	0	65	50	13	6	30	1.66
21086178--21086237	30	2.0	31	83	3	77	20	38	0	41	1.52
21096926--21096959	18	1.9	18	88	5	52	55	2	2	38	1.30
21097173--21097229	9	6.2	9	74	9	53	40	3	1	54	1.28
21097178--21097224	20	2.4	20	79	10	53	36	4	2	57	1.30
21098675--21098718	20	2.2	20	83	0	52	68	0	0	31	0.90
21102978--21103138	17	9.4	17	65	6	74	20	18	28	32	1.96
21102958--21103034	34	2.3	34	84	4	93	20	20	27	31	1.98
21103020--21103084	34	1.9	34	83	0	85	21	16	29	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21112649--21112724	29	2.7	29	74	13	77	59	2	1	36	1.20
21112671--21112814	9	14.4	10	67	21	72	57	3	2	36	1.27
21112695--21112732	11	3.2	12	81	11	51	60	2	0	36	1.11
21112672--21112736	10	6.2	10	81	15	60	63	3	0	33	1.10
21113284--21113343	21	2.9	21	80	7	68	43	1	1	53	1.20
21113284--21113321	11	3.5	11	82	7	51	44	2	0	52	1.14
21113334--21113367	17	2.0	17	88	0	50	32	0	2	64	1.08
21113285--21113408	10	12.8	10	67	21	52	40	1	2	55	1.22
21113467--21113504	19	2.0	19	90	10	60	26	0	10	63	1.27
21113598--21113658	31	2.0	31	86	0	86	24	3	21	50	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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