genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24485139--24485167	13	2.2	13	100	0	58	13	6	17	62	1.52
24485277--24485322	16	2.9	16	84	12	67	41	8	23	26	1.83
24485278--24485332	16	3.4	16	78	14	60	41	9	21	27	1.83
24485592--24485639	20	2.4	20	96	0	87	64	0	0	35	0.94
24485575--24485639	25	2.9	22	86	13	89	63	0	0	36	0.95
24489803--24489835	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
24490745--24490800	21	2.5	22	80	11	69	25	26	10	37	1.88
24490758--24490801	21	2.1	21	91	0	70	20	27	9	43	1.82
24492533--24493090	185	3.0	184	88	2	823	33	8	17	40	1.79
24493590--24493632	22	2.0	22	86	9	61	48	11	16	23	1.78
24503283--24503467	101	1.8	102	89	3	293	23	16	28	31	1.96
24503279--24503474	51	3.9	51	79	4	209	23	16	29	30	1.96
24503389--24503469	26	3.2	26	62	28	64	22	14	29	33	1.94
24503471--24503565	45	2.1	45	96	0	172	27	18	23	30	1.98
24505498--24505530	17	2.0	17	88	5	50	69	6	21	3	1.24
24506363--24506419	3	19.0	3	82	7	71	33	3	1	61	1.23
24509841--24509882	21	2.0	22	95	4	77	52	9	0	38	1.34
24509841--24509882	11	3.9	11	93	6	77	52	9	0	38	1.34
24515243--24515341	45	2.2	45	84	7	123	31	21	6	41	1.77
24521032--24521102	29	2.4	29	79	9	99	45	19	11	23	1.83
24520994--24521123	29	4.5	29	76	7	95	43	19	11	25	1.84
24522870--24522931	27	2.3	26	75	2	61	29	17	27	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24524287--24524311	10	2.5	10	100	0	50	52	8	0	40	1.31
24525579--24525617	10	4.0	10	84	15	55	10	0	30	58	1.31
24525579--24525617	19	2.1	19	90	9	62	10	0	30	58	1.31
24530433--24530478	17	2.6	18	78	21	53	10	21	2	65	1.35
24533683--24533737	27	2.0	27	96	0	101	47	25	14	12	1.80
24542063--24542112	21	2.3	22	86	3	66	26	12	22	40	1.88
24542085--24542174	47	1.9	47	81	4	110	21	15	26	36	1.93
24542324--24542368	22	2.0	22	87	8	65	28	0	20	51	1.48
24547113--24547145	17	1.9	17	93	0	57	66	0	9	24	1.20
24550054--24550290	29	8.4	29	72	12	93	24	27	11	36	1.90
24562695--24562747	26	2.0	27	88	3	81	26	20	22	30	1.98
24568537--24568598	29	2.1	29	82	11	74	54	16	9	19	1.68
24568920--24569055	49	2.8	49	86	0	200	32	21	16	30	1.95
24585895--24585955	25	2.4	25	81	10	72	37	3	3	55	1.32
24587719--24587825	43	2.5	42	79	10	121	20	19	26	33	1.97
24601366--24601464	28	3.5	28	91	0	153	31	12	26	30	1.92
24608651--24608697	22	2.1	22	84	7	60	17	21	19	42	1.89
24610825--24610857	17	1.9	17	93	0	57	15	12	15	57	1.65
24616657--24616707	19	2.8	17	75	18	50	58	0	9	31	1.30
24617547--24617650	42	2.4	43	79	1	111	30	17	20	31	1.95
24618202--24618302	48	2.1	48	81	3	123	23	14	18	42	1.88
24621078--24621508	50	8.6	50	85	1	517	27	19	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24627664--24627739	28	2.7	28	91	0	116	56	2	6	34	1.39
24627667--24627717	2	26.5	2	80	7	52	54	1	3	39	1.30
24627794--24627848	27	2.0	27	86	6	76	65	5	1	27	1.25
24627794--24627848	14	4.1	13	81	9	65	65	5	1	27	1.25
24630659--24630695	18	2.1	18	100	0	74	43	29	21	5	1.75
24632181--24632381	51	4.0	52	77	7	216	24	17	28	28	1.98
24639262--24639335	32	2.3	32	81	9	80	27	35	13	24	1.93
24641846--24642092	50	4.8	50	78	6	203	28	21	27	22	1.99
24650117--24650471	175	2.0	176	86	1	498	40	18	14	27	1.89
24651074--24651133	28	2.1	28	90	0	93	35	15	20	30	1.93
24651349--24651492	52	2.8	52	79	2	173	40	20	8	30	1.81
24659125--24659165	20	2.0	20	95	0	73	26	14	26	31	1.95
24659127--24659181	20	2.8	20	85	0	56	27	16	32	23	1.96
24659573--24659609	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
24660673--24660728	13	4.2	13	76	10	51	42	3	0	53	1.18
24660765--24660828	30	2.2	29	86	8	85	45	0	1	53	1.10
24660803--24660837	18	1.9	18	94	0	61	42	0	0	57	0.99
24662937--24662986	4	12.5	4	95	0	91	50	28	0	22	1.49
24664285--24664323	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
24672081--24672110	14	2.1	14	93	0	51	13	3	0	83	0.77
24676525--24676552	13	2.2	13	100	0	56	46	0	0	53	1.00
24679015--24679049	18	1.9	18	100	0	70	34	5	8	51	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24680115--24680146	14	2.3	15	89	10	50	46	0	6	46	1.27
24686919--24686957	20	2.0	20	84	0	51	30	23	2	43	1.67
24686918--24686975	30	2.0	29	86	10	82	31	20	5	43	1.74
24691844--24691901	20	2.9	20	84	0	62	17	37	13	31	1.89
24692272--24692326	24	2.3	24	93	3	94	38	1	18	41	1.61
24692036--24692557	275	1.9	275	98	0	1008	36	8	21	33	1.83
24708098--24708127	11	2.7	11	94	0	51	30	0	43	26	1.55
24709325--24709419	46	2.1	46	93	0	163	36	21	18	23	1.95
24711801--24711864	33	2.0	31	84	6	83	34	14	23	28	1.93
24717068--24717252	101	1.8	102	87	5	277	25	17	26	30	1.98
24717065--24717250	51	3.7	50	80	6	207	25	17	26	30	1.97
24717478--24717509	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
24725443--24725487	19	2.4	19	96	3	83	46	8	15	28	1.76
24728904--24728992	3	29.7	3	69	13	58	58	5	0	35	1.22
24728884--24728987	33	3.2	33	93	4	169	54	6	0	38	1.27
24729960--24730019	26	2.3	26	82	8	68	65	1	1	31	1.13
24729966--24730025	31	1.9	31	83	10	77	66	3	1	28	1.17
24731376--24731479	49	2.1	49	85	8	140	36	7	10	45	1.68
24731399--24731515	49	2.5	47	79	6	139	31	8	12	47	1.72
24731850--24731944	37	2.6	37	84	0	127	43	15	17	23	1.88
24735541--24735761	99	2.2	101	81	7	250	21	27	23	27	1.99
24735541--24735761	50	4.3	50	82	5	230	21	27	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24736579--24736620	21	2.0	21	100	0	84	23	19	14	42	1.87
24740027--24740157	50	2.6	51	78	3	140	29	22	27	20	1.99
24753410--24753443	16	2.2	15	89	5	50	79	2	5	11	1.02
24760158--24760343	51	3.7	49	78	9	180	26	16	26	30	1.96
24764395--24764459	20	3.2	20	64	23	55	18	18	16	46	1.85
24773032--24773115	42	2.0	42	97	0	159	21	29	23	25	1.99
24774104--24774200	28	3.5	28	89	0	140	30	15	25	27	1.96
24790341--24790549	44	4.8	44	69	9	147	32	19	24	23	1.98
24790339--24790638	132	2.3	132	87	3	453	31	19	24	25	1.98
24795066--24795094	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
24795181--24795233	23	2.3	23	100	0	106	22	20	26	30	1.98
24795654--24795717	29	2.2	29	94	2	112	25	10	18	45	1.82
24797910--24798006	48	2.0	48	92	5	162	31	16	8	43	1.77
24802072--24802343	23	11.9	23	80	10	299	49	24	0	25	1.53
24802090--24802310	45	4.9	45	76	16	176	49	25	0	24	1.54
24802072--24802335	68	3.9	68	84	7	333	49	25	0	25	1.54
24802072--24802343	91	3.0	91	88	3	370	49	24	0	25	1.53
24802399--24802580	54	3.2	54	66	15	152	41	8	5	44	1.59
24802338--24802580	115	2.1	116	93	0	416	39	9	6	44	1.62
24805590--24805835	125	2.0	125	88	1	368	34	20	15	30	1.93
24813054--24813104	23	2.3	22	83	12	61	37	17	21	23	1.94
24825765--24825908	47	3.1	47	67	16	129	44	1	4	49	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24825735--24825940	91	2.3	91	92	0	331	45	2	4	47	1.37
24825855--24825915	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
24825773--24825915	44	3.2	43	69	20	121	46	1	4	48	1.30
24825945--24826157	56	3.6	57	69	20	152	40	3	4	51	1.39
24825994--24826194	66	3.2	64	68	19	188	40	3	6	48	1.47
24826094--24826134	15	2.8	15	82	10	50	43	0	2	53	1.13
24825956--24826255	122	2.5	121	91	3	498	42	2	5	49	1.40
24826199--24826233	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24826466--24826520	16	3.4	16	84	0	56	32	32	1	32	1.69
24826479--24826535	16	3.6	16	90	0	78	35	35	0	29	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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