genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28211126--28211151	10	2.6	10	100	0	52	57	23	0	19	1.40
28211142--28211642	243	2.1	243	95	0	903	39	23	8	28	1.84
28212105--28212141	16	2.3	16	100	0	74	35	18	5	40	1.74
28214504--28214529	11	2.4	11	100	0	52	30	0	0	69	0.89
28214797--28214846	24	2.1	24	96	0	91	32	8	8	52	1.60
28216312--28216377	3	21.0	3	76	14	62	68	1	3	27	1.13
28216311--28216377	17	4.0	18	76	18	65	68	1	2	26	1.12
28216312--28216377	20	3.3	19	81	8	78	68	1	3	27	1.13
28216312--28216377	22	3.1	21	76	23	68	68	1	3	27	1.13
28216329--28216376	14	3.6	13	83	10	53	68	2	4	25	1.18
28216940--28216972	15	2.3	14	94	5	57	78	0	3	18	0.87
28218048--28218635	44	13.4	44	66	5	211	29	23	17	29	1.97
28218003--28218650	132	4.9	132	93	0	1062	29	23	17	29	1.97
28219956--28219986	12	2.5	13	94	5	55	9	6	0	83	0.79
28222802--28222847	19	2.4	19	85	7	58	47	8	19	23	1.77
28224111--28224151	21	2.0	21	100	0	82	60	0	0	39	0.96
28224095--28224166	24	3.2	24	75	20	66	59	0	2	37	1.12
28227163--28227203	13	3.2	13	82	6	57	9	26	0	63	1.25
28230370--28230452	39	2.2	37	83	14	98	48	3	3	44	1.37
28236198--28236403	91	2.3	91	88	2	290	31	25	14	29	1.94
28240096--28240126	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
28242397--28242435	19	2.1	19	90	0	60	41	7	0	51	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28245968--28246010	21	2.0	21	82	8	52	39	16	6	37	1.75
28247956--28247982	10	2.7	10	100	0	54	51	11	11	25	1.70
28252745--28252796	27	1.9	27	92	0	86	44	17	9	28	1.80
28257244--28257290	22	2.1	22	92	0	76	8	27	23	40	1.83
28261980--28262019	20	2.0	20	95	0	71	7	25	22	45	1.78
28261985--28262029	20	2.2	20	84	0	54	13	28	15	42	1.85
28264011--28264124	27	4.2	27	79	4	122	34	21	28	16	1.95
28269003--28269072	32	2.2	32	100	0	140	17	25	30	27	1.97
28281456--28281507	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
28281723--28281764	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
28284327--28284392	13	4.8	13	89	10	89	60	9	30	0	1.27
28284435--28284554	19	6.1	19	69	22	86	51	10	36	0	1.43
28284412--28284542	42	3.2	42	68	22	132	51	12	35	1	1.49
28284399--28284553	81	1.9	81	100	0	310	52	10	34	1	1.45
28286642--28286724	43	1.9	43	85	0	112	30	27	18	24	1.98
28300480--28300537	29	2.0	29	100	0	116	31	20	13	34	1.92
28304968--28305079	32	3.5	32	73	10	93	27	1	3	66	1.18
28319277--28319551	100	2.8	100	87	0	379	30	22	23	24	1.99
28319269--28319436	50	3.4	50	66	9	126	30	21	25	23	1.99
28323681--28323760	28	3.0	27	79	15	85	50	3	1	45	1.28
28325231--28325274	2	22.5	2	86	13	65	50	2	0	47	1.13
28325469--28325543	3	25.0	3	88	0	105	60	0	4	36	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28326253--28326277	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
28327040--28327579	44	12.6	44	76	8	375	23	23	22	30	1.99
28327165--28327406	131	1.9	130	91	0	403	23	24	21	30	1.99
28327041--28327582	175	3.2	174	86	4	696	23	23	22	30	1.99
28327204--28327543	131	2.6	132	83	3	384	24	24	21	29	1.99
28327597--28328150	44	12.7	43	74	9	324	27	23	19	29	1.98
28327596--28328278	219	3.1	218	94	1	1181	27	23	19	28	1.99
28328406--28328455	25	2.0	25	88	0	73	26	20	20	34	1.96
28328317--28328555	125	1.9	126	85	0	327	25	19	21	33	1.97
28328526--28328784	50	5.2	50	70	7	215	24	19	22	33	1.97
28328447--28328785	99	3.4	99	87	4	454	24	19	22	32	1.97
28328993--28329536	87	6.3	87	91	1	887	23	24	23	28	1.99
28328993--28329536	260	2.1	260	91	1	885	23	24	23	28	1.99
28328993--28329536	173	3.1	173	94	1	928	23	24	23	28	1.99
28330771--28330809	13	3.0	13	80	0	51	15	10	0	74	1.07
28336241--28336284	2	22.5	2	86	13	65	50	2	0	47	1.13
28336481--28336555	3	25.0	3	88	0	105	60	0	4	36	1.16
28338502--28338545	20	2.1	21	84	12	56	54	2	0	43	1.12
28338491--28338538	18	2.5	19	78	18	55	47	2	2	47	1.25
28348797--28348836	18	2.1	20	90	9	66	52	15	10	22	1.71
28353255--28353320	28	2.4	27	82	5	71	31	21	21	25	1.98
28353419--28353495	26	2.9	26	75	21	79	38	23	18	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28359177--28359242	26	2.5	27	78	7	73	34	25	21	18	1.96
28361676--28361840	42	4.0	41	84	2	222	23	21	20	34	1.97
28367592--28367824	9	26.9	9	71	15	170	32	1	20	45	1.61
28367581--28367685	25	4.2	25	78	7	113	34	1	18	45	1.60
28367596--28367813	34	6.4	34	71	17	125	31	1	20	45	1.62
28367660--28367813	62	2.4	63	81	10	170	30	1	21	46	1.59
28367632--28367796	87	1.9	87	81	5	199	30	1	21	46	1.61
28367719--28367824	25	4.1	25	75	10	90	30	0	20	48	1.56
28367673--28367824	43	3.5	43	80	7	155	31	1	20	46	1.59
28368166--28368211	13	3.6	12	85	11	56	45	2	10	41	1.51
28368255--28368367	53	2.2	53	83	13	137	53	2	3	40	1.32
28368494--28368552	13	4.5	13	85	8	75	47	1	10	40	1.47
28368494--28368563	26	2.8	27	79	12	78	47	1	10	41	1.46
28368059--28368705	328	2.0	318	90	8	1012	47	2	8	41	1.48
28368811--28368876	19	3.2	23	64	28	65	45	12	0	42	1.41
28368773--28368848	27	2.8	26	72	18	75	46	10	5	38	1.61
28368807--28368884	39	2.0	39	100	0	156	46	12	0	41	1.42
28368938--28368973	16	2.2	16	95	0	63	55	5	11	27	1.57
28370411--28370498	44	2.0	44	93	0	149	35	22	17	25	1.95
28370473--28370778	147	2.1	147	80	2	328	36	24	15	23	1.93
28371220--28371260	21	2.0	21	85	0	55	51	36	0	12	1.40
28372215--28372250	18	2.0	18	89	10	56	69	5	0	25	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28372219--28372258	18	2.2	19	86	4	55	70	5	0	25	1.08
28372464--28372756	113	2.6	113	87	2	392	27	24	17	30	1.97
28372580--28372934	190	1.9	190	86	1	505	27	22	18	32	1.97
28373398--28373444	21	2.2	22	84	3	60	46	10	2	40	1.50
28374679--28374712	17	1.9	18	88	5	52	50	8	5	35	1.58
28381604--28381650	21	2.2	22	88	3	69	29	2	0	68	1.02
28384254--28384320	25	2.7	25	95	2	118	49	0	8	41	1.34
28386914--28387711	69	11.6	69	77	2	600	20	21	24	33	1.97
28399042--28399066	9	2.8	9	100	0	50	56	20	0	24	1.43
28399087--28399120	17	1.9	18	88	5	52	52	0	0	47	1.00
28406254--28406306	26	2.0	27	85	3	72	49	9	1	39	1.46
28406449--28406538	44	2.0	44	86	0	126	37	8	4	48	1.55
28407630--28407664	16	2.2	16	94	0	61	37	0	17	45	1.48
28414953--28415004	18	2.8	19	80	8	63	57	0	0	42	0.98
28415928--28415976	23	2.1	24	85	11	66	34	0	2	63	1.06
28416377--28416449	31	2.4	31	88	0	101	27	24	24	23	2.00
28417768--28417856	42	2.1	42	85	2	115	23	20	35	20	1.95
28418355--28418398	22	1.9	22	81	9	52	31	11	13	43	1.80
28418449--28418501	25	2.1	25	96	0	97	39	18	15	26	1.90
28419091--28419143	27	2.0	27	88	3	81	62	0	1	35	1.06
28419819--28419864	18	2.5	18	82	10	58	36	6	6	50	1.54
28420762--28420814	22	2.5	22	84	9	65	64	1	0	33	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28423951--28424296	132	2.6	132	93	0	568	30	23	17	28	1.97
28424499--28424761	133	2.0	133	94	0	463	29	23	19	27	1.98
28426116--28426170	27	2.0	27	100	0	110	25	29	10	34	1.90
28430036--28430230	98	2.0	98	96	0	363	36	24	10	28	1.88
28431779--28431910	19	6.8	19	91	3	219	36	15	10	37	1.82
28431772--28431909	59	2.4	59	91	4	221	36	14	10	38	1.80
28432951--28433148	63	3.1	62	77	5	200	22	23	28	24	1.99
28436079--28436125	14	3.1	16	79	11	55	51	0	0	48	1.00
28439148--28439181	18	2.0	17	88	11	52	41	8	2	47	1.50
28441629--28441657	13	2.2	13	100	0	58	44	34	6	13	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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