genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27334566--27334603	19	2.0	19	89	0	58	15	18	28	36	1.92
27334657--27334936	41	6.9	41	79	6	282	22	18	26	33	1.96
27334658--27334936	81	3.4	79	78	6	283	22	18	25	33	1.96
27335311--27335364	21	2.6	21	80	11	58	25	0	38	35	1.57
27335319--27335376	29	2.0	29	86	3	82	25	0	39	34	1.56
27335314--27335376	21	3.0	21	75	6	56	26	0	38	34	1.57
27339170--27339216	16	2.9	17	81	6	62	44	0	25	29	1.54
27339205--27339298	45	2.1	45	82	11	113	32	5	27	34	1.80
27339531--27339597	15	4.7	14	73	19	50	59	1	0	38	1.06
27339540--27339600	26	2.4	26	83	8	81	60	1	0	37	1.07
27339437--27339794	120	3.0	120	94	1	632	51	4	1	42	1.28
27339652--27339719	26	2.7	25	72	17	68	55	1	1	41	1.18
27340986--27341089	49	2.1	49	87	3	147	50	10	5	33	1.61
27344799--27344828	12	2.5	12	94	0	51	43	20	3	33	1.68
27346595--27346801	43	4.8	43	87	2	274	20	16	31	31	1.95
27346563--27346801	85	2.8	85	85	3	295	21	15	30	32	1.95
27347091--27347118	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
27347792--27349621	871	2.1	860	84	4	2331	34	18	14	32	1.91
27351054--27351100	13	3.6	13	77	11	51	65	4	2	27	1.22
27356330--27356427	40	2.4	42	78	14	116	54	12	4	29	1.56
27367974--27368014	15	2.6	16	81	14	50	41	0	2	56	1.13
27367973--27368074	31	3.3	29	85	10	116	46	0	1	51	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27368482--27368508	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
27369093--27369148	23	2.4	24	87	3	78	16	0	23	60	1.35
27377694--27377958	43	6.2	43	83	4	304	21	25	20	32	1.98
27378323--27378374	21	2.5	21	93	0	86	1	38	19	40	1.63
27381198--27381242	12	3.7	12	88	5	63	40	20	8	31	1.83
27381148--27381237	13	6.8	13	77	13	85	44	16	8	30	1.78
27381472--27381506	18	1.9	18	88	0	52	40	20	28	11	1.87
27381786--27381819	13	2.5	13	85	4	50	2	11	8	76	1.12
27384790--27385141	41	8.6	41	73	8	254	37	26	16	19	1.93
27384842--27385141	81	3.7	81	80	5	284	37	27	16	19	1.93
27385765--27385963	88	2.2	88	84	6	258	36	20	10	32	1.87
27386009--27386075	29	2.4	29	82	9	77	64	1	5	28	1.26
27386046--27386090	21	2.1	21	84	8	56	60	4	8	26	1.46
27386002--27386075	28	2.6	28	81	8	89	62	2	6	28	1.35
27386288--27386322	18	2.0	17	88	5	52	34	0	0	65	0.93
27386887--27386925	20	1.9	20	84	5	51	28	7	2	61	1.37
27402772--27402809	19	2.0	19	85	10	51	31	7	2	57	1.41
27405076--27405235	41	3.9	41	81	3	178	20	20	23	35	1.96
27409892--27409939	21	2.3	21	81	0	60	52	31	6	10	1.60
27433836--27434065	51	4.5	50	76	6	169	31	27	13	27	1.93
27433728--27434066	102	3.3	103	82	6	392	30	27	14	27	1.95
27433726--27434066	153	2.3	149	77	9	343	30	27	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27449887--27450228	51	6.8	51	75	10	299	29	26	15	28	1.96
27449887--27450228	102	3.4	103	84	6	416	29	26	15	28	1.96
27451981--27452011	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
27455310--27455344	18	1.9	18	88	0	52	8	28	5	57	1.52
27457769--27457897	68	1.9	69	84	7	174	49	3	3	42	1.39
27464765--27464801	19	1.9	19	88	0	56	48	18	2	29	1.62
27473414--27473458	18	2.5	19	75	20	51	53	2	2	42	1.25
27478536--27478605	35	2.0	35	100	0	140	45	11	20	22	1.82
27486202--27486240	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
27486513--27486678	50	3.2	50	82	6	154	22	29	21	26	1.99
27486542--27486683	50	2.7	52	82	8	171	23	30	21	25	1.99
27491864--27491939	36	2.1	36	90	0	116	36	15	13	34	1.87
27499234--27499278	22	2.0	22	91	0	72	35	17	15	31	1.92
27505938--27506131	24	8.2	24	70	7	85	35	7	6	51	1.55
27511064--27511107	18	2.6	16	80	13	52	77	11	0	11	1.00
27511068--27511107	10	3.8	10	87	12	62	80	10	0	10	0.92
27511995--27512031	14	2.6	15	79	12	51	72	0	13	13	1.11
27513303--27513897	44	13.6	43	81	8	596	32	22	26	19	1.97
27513303--27513897	88	6.8	88	90	0	872	32	22	26	19	1.97
27515546--27515721	24	7.4	24	70	11	78	35	9	5	50	1.58
27517029--27517066	12	3.2	12	82	17	53	44	0	0	55	0.99
27517254--27517306	24	2.2	24	93	0	88	20	15	28	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27519850--27519907	23	2.5	24	85	5	91	24	20	3	51	1.62
27519852--27519907	12	4.8	12	71	4	51	25	21	1	51	1.57
27522116--27522257	43	3.3	42	82	5	160	33	24	16	26	1.96
27522140--27522298	43	3.8	41	73	8	106	31	22	17	28	1.96
27525047--27525153	7	15.7	6	72	14	52	47	30	0	20	1.57
27524997--27525153	14	11.3	14	68	10	72	46	31	1	20	1.61
27525319--27525370	21	2.5	21	80	0	59	48	30	1	19	1.60
27525317--27525370	28	1.9	28	88	0	81	50	29	1	18	1.58
27525883--27525970	40	2.2	40	83	2	104	27	22	15	34	1.95
27525479--27526121	156	4.2	154	80	7	610	30	21	15	33	1.94
27526038--27526110	38	1.9	38	91	0	119	27	21	19	31	1.97
27526875--27526918	22	2.0	22	91	4	72	54	13	9	22	1.67
27527827--27527863	15	2.4	16	82	8	51	70	0	24	5	1.08
27527932--27527976	18	2.4	18	85	3	54	60	2	24	13	1.45
27529486--27529527	20	2.0	21	86	9	59	23	11	19	45	1.83
27542767--27542812	21	2.2	21	100	0	92	23	17	28	30	1.97
27542946--27542984	18	2.2	18	100	0	78	35	23	20	20	1.96
27544279--27544305	14	1.9	14	100	0	54	88	0	11	0	0.50
27544343--27544386	19	2.3	19	88	0	61	65	4	6	22	1.35
27545321--27545360	12	3.4	11	83	16	53	17	10	2	70	1.27
27546012--27546155	44	3.3	44	94	0	252	25	25	18	30	1.98
27546124--27546302	51	3.7	48	74	10	159	29	18	15	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27546098--27546366	96	2.8	95	86	2	360	30	18	16	34	1.93
27546222--27546319	51	1.9	51	81	8	119	32	15	14	37	1.87
27546177--27546450	44	6.0	44	75	8	208	31	17	14	36	1.91
27552312--27552339	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
27562234--27562292	24	2.5	23	78	10	57	71	6	6	15	1.29
27563993--27564018	11	2.4	11	100	0	52	26	0	26	46	1.53
27568134--27568177	19	2.3	19	88	0	61	65	4	6	22	1.35
27569840--27569865	11	2.4	11	100	0	52	26	0	26	46	1.53
27571814--27571852	17	2.3	17	81	0	51	20	28	23	28	1.99
27572783--27572818	15	2.3	16	90	4	56	75	2	5	16	1.12
27577597--27577889	54	5.5	53	78	9	193	40	20	18	21	1.92
27577595--27577889	27	11.0	27	78	3	157	40	20	18	21	1.92
27577715--27577922	54	3.9	54	82	3	224	39	18	17	24	1.92
27577636--27577913	27	10.4	27	77	8	194	39	19	18	22	1.92
27577772--27577942	81	2.1	79	84	9	222	36	18	19	25	1.95
27577962--27578027	24	2.8	24	81	4	64	21	9	22	46	1.79
27577985--27578043	24	2.5	24	86	5	84	22	8	23	45	1.79
27578159--27578212	26	2.1	26	89	0	81	20	20	22	37	1.95
27578215--27578306	32	2.9	32	91	0	157	21	19	22	35	1.96
27578330--27578442	32	3.5	32	73	4	111	20	22	22	35	1.96
27589822--27589929	33	3.3	33	93	0	180	42	33	8	15	1.77
27590554--27590582	9	3.2	9	100	0	58	44	10	0	44	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27593165--27593310	64	2.2	65	91	3	231	31	20	26	21	1.98
27594447--27599082	516	9.0	516	93	0	7783	36	9	19	35	1.83
27609040--27609104	22	2.9	22	79	2	67	36	4	32	26	1.77
27616983--27620075	516	6.0	516	95	0	5502	36	8	19	35	1.83
27642541--27642811	43	6.3	43	83	0	308	21	19	26	31	1.97
27642561--27642794	129	1.8	129	86	1	344	21	20	27	29	1.98
27645880--27646300	27	15.6	27	79	11	286	42	20	19	17	1.89
27645880--27646300	81	5.2	79	79	8	338	42	20	19	17	1.89
27645880--27646300	54	7.8	54	82	5	324	42	20	19	17	1.89
27656399--27656455	30	1.9	30	82	3	71	43	12	10	33	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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