genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8136320--8136344	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8141229--8141262	15	2.3	15	89	0	50	50	20	14	14	1.78
8144322--8144448	45	2.8	45	83	5	141	43	13	16	26	1.85
8146349--8146382	14	2.2	16	90	10	54	41	2	0	55	1.15
8154751--8154798	25	1.9	25	82	0	60	41	0	16	41	1.48
8155558--8155622	20	3.2	20	70	8	60	16	27	16	38	1.91
8155560--8155648	40	2.2	40	86	7	119	17	29	14	38	1.90
8157314--8157349	11	3.3	11	92	0	54	22	5	41	30	1.76
8165091--8165141	22	2.3	22	80	6	59	31	29	0	39	1.57
8165175--8165241	31	2.2	31	89	5	100	32	1	0	65	1.02
8165193--8165233	21	2.0	20	85	4	55	34	0	0	65	0.93
8167570--8167955	29	13.3	29	94	1	659	43	27	0	28	1.57
8167605--8168007	58	7.3	49	85	12	245	44	25	0	29	1.56
8176092--8176127	18	2.0	18	100	0	72	38	27	0	33	1.57
8184063--8184155	37	2.5	37	81	6	109	32	36	12	18	1.89
8189942--8189988	11	4.4	11	84	12	62	34	0	0	65	0.93
8190001--8190053	20	2.7	20	82	5	63	35	1	7	54	1.40
8190132--8190171	18	2.2	18	95	0	71	35	7	5	52	1.51
8190993--8191044	25	2.1	25	85	3	70	51	7	19	21	1.71
8196209--8196248	17	2.5	17	92	8	66	80	0	15	5	0.88
8202183--8202238	21	2.8	19	84	10	76	33	19	12	33	1.89
8202194--8202237	21	2.1	21	95	0	79	38	15	9	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8202744--8202787	19	2.2	21	88	8	65	61	6	0	31	1.22
8202746--8202813	19	3.6	20	78	9	63	55	8	1	33	1.40
8203489--8203582	10	10.0	9	76	14	57	40	1	2	56	1.18
8203489--8203587	9	10.8	9	77	17	80	40	1	2	56	1.17
8203489--8203587	29	3.6	29	75	16	95	40	1	2	56	1.17
8209626--8209677	20	2.6	20	81	0	50	44	19	21	15	1.87
8212408--8212491	29	2.8	29	89	3	114	55	0	2	41	1.12
8212871--8212946	29	2.6	29	85	0	98	35	5	13	46	1.65
8213266--8213307	17	2.5	18	81	11	54	33	0	2	64	1.07
8213882--8213934	21	2.3	23	81	12	56	56	1	0	41	1.10
8213961--8214007	23	2.0	24	83	4	60	70	4	0	25	1.05
8214540--8214572	17	1.9	17	88	11	50	66	0	3	30	1.06
8215255--8215281	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8223998--8224042	14	3.1	15	73	20	51	60	0	2	37	1.09
8223998--8224059	30	2.1	29	85	11	83	59	0	4	35	1.19
8229959--8230023	25	2.6	26	74	16	64	43	3	3	50	1.33
8238489--8238536	24	2.0	24	84	8	62	45	0	14	39	1.45
8238658--8238683	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8245704--8245738	16	2.2	16	89	0	52	20	2	8	68	1.29
8247339--8247414	37	2.1	36	83	11	93	39	2	2	55	1.28
8247827--8247994	57	2.9	57	96	0	300	20	19	17	43	1.88
8256148--8256338	57	3.4	57	88	4	287	42	17	16	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8256556--8256595	16	2.5	17	76	15	50	40	2	5	52	1.37
8261394--8261440	13	3.5	13	77	13	51	19	17	10	53	1.72
8264020--8264059	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
8264803--8264974	43	4.0	43	76	10	147	30	26	16	26	1.97
8267332--8267368	18	2.1	18	90	5	58	29	2	16	51	1.58
8273979--8274101	61	2.0	61	96	0	228	26	15	25	32	1.95
8275836--8275932	11	8.4	11	69	26	58	55	0	4	40	1.19
8275854--8275905	14	3.4	14	76	23	59	57	0	1	40	1.10
8275845--8275939	47	2.0	47	82	17	117	55	0	3	41	1.15
8275827--8275893	19	3.6	19	67	20	52	58	0	2	38	1.14
8276255--8276312	29	2.0	29	100	0	116	31	20	6	41	1.79
8282539--8282589	23	2.3	23	86	6	70	39	0	5	54	1.24
8282558--8282604	10	4.6	10	76	12	51	36	2	2	59	1.21
8293732--8293864	62	2.2	58	86	7	178	49	4	3	42	1.41
8294283--8294322	9	4.4	9	90	0	62	37	25	10	27	1.88
8294274--8294314	18	2.3	18	91	0	64	43	21	7	26	1.79
8294371--8294412	21	2.0	21	100	0	84	33	0	4	61	1.17
8295194--8295225	9	3.4	9	95	4	55	43	0	0	56	0.99
8295194--8295225	5	6.8	5	89	10	50	43	0	0	56	0.99
8300707--8300762	24	2.3	24	84	9	69	55	1	0	42	1.10
8304392--8304442	17	2.9	17	82	8	59	58	3	15	21	1.53
8308260--8308318	30	1.9	31	86	3	84	45	1	22	30	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8309740--8309785	2	23.0	2	100	0	92	0	0	50	50	1.00
8310338--8310537	57	3.4	57	90	5	294	30	21	26	22	1.99
8310665--8310794	67	2.0	66	89	4	199	23	16	30	28	1.97
8316245--8316311	34	1.9	35	87	3	100	44	11	8	34	1.73
8336990--8337042	20	2.7	20	87	0	79	37	7	20	33	1.81
8341292--8341342	16	3.1	16	83	11	50	68	1	27	1	1.11
8341276--8341342	17	3.9	17	75	14	57	73	2	22	1	1.06
8344050--8344106	18	3.2	18	75	12	64	7	12	1	78	1.01
8344530--8344570	21	2.0	21	85	0	55	31	7	2	58	1.38
8344536--8344580	21	2.1	21	87	0	63	35	2	2	60	1.22
8348539--8348573	18	1.9	18	88	0	52	20	8	11	60	1.57
8349656--8349703	17	2.8	17	87	0	69	27	25	2	45	1.64
8353238--8353287	17	2.9	17	85	11	75	22	26	6	46	1.74
8354555--8354644	34	2.7	33	80	10	101	44	0	15	40	1.47
8354555--8354660	34	3.2	32	79	9	97	43	0	13	43	1.43
8354714--8355235	126	4.2	126	87	0	677	36	15	16	31	1.90
8354736--8355232	251	2.0	251	86	1	692	37	15	17	29	1.90
8358515--8358557	18	2.4	18	88	0	59	44	9	25	20	1.81
8366812--8366895	42	2.0	42	97	0	159	40	27	14	17	1.88
8366947--8367256	43	7.2	43	90	2	464	27	33	17	20	1.95
8366947--8367246	128	2.3	129	90	2	462	27	33	17	21	1.96
8371553--8371609	27	2.1	27	100	0	114	21	17	3	57	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8372779--8373095	41	7.7	41	93	1	503	29	28	22	20	1.98
8373582--8373614	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
8377261--8377295	6	5.8	6	93	0	61	82	0	2	14	0.77
8377557--8377581	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
8377874--8377914	18	2.3	18	82	0	55	56	4	0	39	1.21
8378363--8378387	9	2.8	9	100	0	50	12	0	0	88	0.53
8386176--8386217	21	2.0	21	90	0	66	23	26	11	38	1.90
8385992--8386435	240	1.8	241	89	3	649	37	17	13	31	1.89
8395692--8395744	22	2.7	18	85	11	61	39	1	1	56	1.21
8395846--8395914	35	2.0	35	88	0	102	31	10	1	56	1.41
8400598--8400767	80	2.1	80	93	2	286	27	20	14	38	1.90
8401493--8401552	14	4.3	13	76	21	50	86	3	10	0	0.67
8401493--8401550	24	2.4	24	88	2	80	86	3	10	0	0.69
8401493--8401549	5	11.8	5	83	7	55	85	3	10	0	0.70
8401825--8401989	85	2.0	84	86	3	233	27	16	9	46	1.77
8402895--8403194	89	3.4	89	88	0	447	30	23	22	23	1.99
8403219--8403566	44	8.0	44	77	6	258	29	18	25	26	1.98
8403175--8403750	87	6.6	88	77	7	266	28	18	25	27	1.98
8403358--8403778	87	4.8	86	83	6	377	28	18	25	28	1.98
8403525--8403778	87	2.9	87	94	0	429	27	18	24	29	1.98
8404407--8404510	44	2.4	44	77	3	111	29	22	25	23	1.99
8406255--8406327	3	24.3	3	81	5	76	36	2	0	60	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8406326--8406369	3	14.7	3	95	0	79	2	0	29	68	1.02
8406296--8406371	6	12.7	6	95	0	53	15	0	17	67	1.24
8406419--8406493	3	25.0	3	100	0	150	33	0	0	66	0.92
8406419--8406521	9	11.1	9	84	6	80	32	0	2	65	1.08
8406643--8406676	13	2.6	13	90	0	50	32	2	2	61	1.26
8409571--8409643	37	2.0	37	89	5	112	32	12	16	38	1.86
8409599--8409820	104	2.1	104	85	1	293	30	14	18	37	1.90
8417284--8417371	44	2.0	44	93	0	149	18	21	17	43	1.88
8418146--8418172	8	3.4	8	100	0	54	77	0	0	22	0.76
8418572--8418639	29	2.3	29	87	5	93	36	5	13	44	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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