genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   

This is table  65  of  168  ( 20060 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18807079--18807129	25	2.0	25	81	7	59	9	35	0	54	1.33
18807354--18807390	20	1.9	18	89	10	56	43	0	2	54	1.14
18817430--18817459	12	2.5	12	94	0	51	10	50	23	16	1.75
18819329--18819398	35	2.0	35	91	0	113	30	25	11	32	1.91
18820386--18820416	8	3.9	8	91	0	53	41	0	0	58	0.98
18820385--18820419	16	2.2	16	100	0	70	45	0	0	54	0.99
18834247--18834302	26	2.2	25	87	9	78	41	3	0	55	1.17
18834354--18834390	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
18834423--18834479	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
18838712--18838786	2	37.5	2	97	0	141	48	0	1	50	1.09
18841351--18841390	18	2.2	18	91	8	64	32	0	0	67	0.91
18847713--18847818	53	2.0	53	94	0	185	32	17	14	35	1.90
18852728--18852849	60	2.0	60	95	3	219	25	18	21	34	1.96
18853126--18853187	22	2.8	22	92	0	97	24	25	14	35	1.93
18853316--18853345	12	2.4	12	94	5	51	43	13	33	10	1.77
18855287--18855375	10	9.0	10	71	24	64	49	1	2	47	1.21
18855279--18855450	34	4.9	35	74	13	149	51	2	1	44	1.24
18855415--18855527	26	4.6	25	74	18	85	51	0	0	46	1.13
18855355--18855525	70	2.4	69	78	9	148	52	1	1	45	1.19
18855476--18855508	17	1.9	17	93	0	57	60	0	0	39	0.97
18855420--18855521	23	4.1	27	75	14	85	53	0	0	44	1.13
18855502--18855538	15	2.4	16	82	17	51	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18855476--18855540	14	4.5	14	74	21	55	56	0	0	43	0.99
18855476--18855558	41	1.9	45	85	9	120	55	0	0	44	0.99
18855521--18855572	26	1.9	28	84	7	72	51	3	0	44	1.19
18855742--18855788	16	2.9	16	75	12	60	36	25	0	38	1.56
18857444--18857505	30	2.1	30	90	0	97	27	3	11	58	1.48
18857627--18857659	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
18860482--18860663	62	3.0	60	84	7	217	36	5	6	51	1.51
18863682--18863743	25	2.5	25	89	0	88	24	20	1	53	1.55
18863820--18864143	125	2.6	125	82	4	375	27	18	15	38	1.91
18864551--18864646	31	3.1	31	95	3	174	45	13	9	31	1.75
18867750--18867816	24	2.9	23	78	10	75	2	13	8	74	1.17
18868356--18868450	31	3.1	31	90	4	156	46	13	8	31	1.73
18886708--18886780	37	2.0	37	97	0	137	23	27	12	36	1.90
18887806--18887853	16	2.9	16	84	12	53	66	2	0	31	1.03
18887806--18887843	18	2.1	18	90	0	58	65	0	0	34	0.93
18888718--18888750	17	2.0	17	88	5	50	33	6	0	60	1.21
18889644--18889731	40	2.2	40	83	6	106	35	21	22	20	1.96
18889660--18889784	40	3.1	39	73	13	110	42	22	16	18	1.89
18889775--18890115	111	3.0	112	87	3	497	27	22	21	27	1.99
18893965--18894047	27	3.1	27	96	3	150	38	3	3	54	1.36
18894434--18894473	14	2.9	14	88	0	53	52	5	2	40	1.37
18899271--18899535	43	6.2	43	92	0	422	21	20	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18899540--18899675	39	3.4	39	76	5	121	41	19	19	20	1.91
18899540--18899676	40	3.5	39	77	5	132	41	18	18	20	1.90
18899711--18899873	41	4.0	41	86	1	236	19	23	24	32	1.98
18899715--18899873	83	1.9	82	91	3	257	20	23	23	32	1.98
18899958--18899996	19	2.2	19	86	9	55	53	0	5	41	1.23
18900117--18900144	7	4.0	7	100	0	56	28	0	28	42	1.56
18900090--18900144	22	2.5	22	82	2	58	30	0	27	41	1.56
18900169--18900225	7	7.9	7	73	7	51	22	0	45	31	1.53
18900166--18900217	15	3.5	15	76	7	52	21	0	46	32	1.52
18900162--18900235	22	3.4	22	79	3	78	24	1	41	32	1.63
18900032--18900634	306	2.0	304	81	9	703	30	2	25	41	1.69
18900924--18900983	26	2.3	25	83	11	68	75	1	3	20	1.04
18905437--18905463	13	2.1	13	100	0	54	40	0	7	51	1.30
18905539--18905703	43	3.8	43	86	2	197	26	12	32	29	1.93
18905539--18905703	86	1.9	87	85	3	226	26	12	32	29	1.93
18905552--18905737	43	4.3	43	86	2	185	26	15	30	27	1.96
18905552--18905737	86	2.1	87	81	2	205	26	15	30	27	1.96
18914266--18914296	16	1.9	16	93	0	53	32	25	0	41	1.56
18916055--18916094	5	8.0	5	97	0	62	35	25	0	40	1.56
18918940--18919016	33	2.6	30	80	13	88	14	22	28	35	1.93
18918940--18919223	103	2.8	102	90	1	417	17	22	29	30	1.97
18921888--18921955	34	2.0	34	97	0	127	11	17	27	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18932506--18932559	28	2.0	27	85	3	72	12	38	3	44	1.61
18934772--18934811	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
18934760--18934826	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
18936741--18936802	30	2.1	30	93	0	106	38	22	14	24	1.91
18939885--18939971	25	3.3	26	87	9	106	49	6	6	36	1.57
18939899--18939971	25	2.9	25	93	2	119	47	8	6	36	1.60
18942293--18942865	89	6.7	88	75	11	344	32	12	12	42	1.80
18942613--18943107	84	5.9	82	78	7	312	30	11	11	45	1.76
18942723--18943028	84	3.7	84	80	6	365	30	10	10	48	1.72
18942638--18943028	84	4.7	79	77	11	340	31	10	10	47	1.73
18944866--18944950	43	2.0	43	83	4	109	22	17	24	35	1.95
18953080--18953188	43	2.5	43	79	5	114	22	18	25	33	1.97
18954397--18954482	38	2.2	38	95	2	154	30	9	18	41	1.82
18962252--18962303	18	2.8	18	91	2	77	46	0	3	50	1.20
18963072--18963104	5	6.4	5	96	3	57	21	0	0	78	0.75
18972448--18972550	50	2.1	50	96	0	188	56	13	13	16	1.68
18972655--18972859	103	2.0	103	86	1	286	46	15	16	21	1.84
18972986--18973049	9	7.2	9	75	13	62	42	3	10	43	1.55
18972995--18973033	12	3.1	12	85	7	51	43	0	12	43	1.42
18976839--18977214	187	2.0	187	88	1	558	29	9	23	37	1.86
18978916--18978954	19	2.1	19	85	0	51	25	0	33	41	1.56
18978576--18979301	387	1.9	385	83	1	943	35	14	17	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18978998--18979782	264	3.0	260	80	5	835	37	16	16	29	1.90
18986401--18986477	37	2.1	36	80	7	84	40	1	1	57	1.15
18993771--18993802	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
19016507--19016568	30	2.1	30	96	0	115	29	17	3	50	1.62
19021091--19021128	14	2.7	14	91	0	58	39	5	15	39	1.70
19021112--19021151	18	2.2	19	90	4	64	30	12	10	47	1.74
19022504--19022564	32	1.9	32	93	0	104	52	18	3	26	1.60
19022504--19022577	32	2.5	30	85	10	91	52	18	2	25	1.59
19022537--19022591	27	2.0	27	86	6	76	50	18	3	27	1.63
19023113--19023293	91	2.0	91	97	0	344	40	17	8	32	1.81
19029275--19029401	42	3.0	42	82	4	157	16	22	17	44	1.87
19029321--19029389	21	3.3	21	76	8	68	14	21	20	43	1.87
19029363--19029415	21	2.6	21	79	5	56	11	20	20	47	1.81
19033788--19033827	21	1.9	21	89	0	62	25	7	10	57	1.57
19035527--19035566	21	1.9	21	94	0	71	30	27	17	25	1.97
19035855--19035915	31	1.9	32	83	3	79	49	1	1	47	1.21
19039929--19039959	5	6.2	5	92	0	53	19	3	0	77	0.90
19050615--19050656	11	3.7	11	79	17	50	38	0	2	59	1.10
19052418--19052450	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
19057158--19057330	25	7.4	25	83	10	181	19	24	17	38	1.93
19057158--19057330	44	3.7	49	79	13	179	19	24	17	38	1.93
19057236--19057273	19	2.0	19	94	0	67	26	28	10	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19057266--19057334	22	3.1	22	87	6	95	15	21	17	44	1.86
19059272--19059314	23	1.9	22	90	0	59	9	2	34	53	1.46
19060347--19060400	11	4.9	11	77	6	56	35	1	3	59	1.26
19061681--19061817	23	5.9	23	71	9	82	18	4	34	43	1.70
19064023--19064084	30	2.1	30	90	0	97	37	9	24	29	1.87
19064361--19064498	46	3.0	46	76	9	138	18	4	34	42	1.70
19064368--19064502	23	5.8	22	76	14	110	17	4	33	44	1.69
19074806--19075296	23	21.0	23	71	10	253	26	14	17	41	1.88
19074796--19074959	47	3.5	46	77	5	152	22	17	17	43	1.88
19074806--19074959	70	2.2	70	91	2	247	22	17	16	43	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168