genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24830117--24830220	19	5.2	19	80	6	100	35	12	25	26	1.92
24830199--24830354	51	3.1	50	83	5	154	34	14	16	34	1.89
24830377--24830420	22	2.0	22	86	8	63	25	13	9	52	1.70
24831093--24831269	96	1.8	96	81	2	221	29	7	16	45	1.76
24833294--24833364	24	3.0	24	82	0	70	69	2	22	5	1.23
24836161--24836207	19	2.4	20	89	3	78	27	17	27	27	1.97
24836188--24836235	23	2.0	24	84	4	62	33	12	29	25	1.92
24836221--24836331	50	2.2	50	86	0	150	31	12	16	39	1.86
24836387--24836529	40	3.6	39	79	9	155	35	23	20	20	1.96
24836560--24836751	83	2.3	83	81	4	244	25	20	23	30	1.99
24836560--24836754	41	4.7	41	87	1	246	24	21	24	29	1.99
24837336--24837408	7	10.4	7	80	5	76	12	0	53	34	1.38
24841948--24842046	35	2.8	35	96	0	180	40	8	11	40	1.70
24842234--24842505	86	3.2	86	89	1	384	19	16	30	33	1.94
24842234--24842505	129	2.1	130	85	2	359	19	16	30	33	1.94
24842234--24842471	43	5.5	43	87	2	352	20	15	31	31	1.94
24842576--24842692	53	2.2	54	90	3	191	33	11	16	39	1.84
24848529--24848569	13	2.9	14	86	10	57	58	0	2	39	1.11
24848529--24848570	15	2.9	15	89	6	61	57	0	2	40	1.12
24853265--24853302	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
24854867--24854899	17	1.9	17	93	0	57	39	12	0	48	1.40
24858372--24858402	10	3.1	10	95	0	53	9	19	3	67	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24859176--24859392	44	4.7	44	67	13	148	26	23	22	26	2.00
24858898--24859249	181	1.9	182	81	5	424	28	22	20	28	1.98
24859079--24859546	143	3.3	143	87	2	622	27	22	20	29	1.98
24859189--24859613	143	3.0	143	82	7	476	26	21	20	30	1.98
24863199--24863232	12	2.8	12	90	0	50	14	29	20	35	1.93
24864330--24864369	19	2.2	18	86	4	53	62	17	5	15	1.49
24866713--24866746	15	2.2	16	89	5	52	14	0	8	76	1.01
24870878--24871026	74	2.0	74	100	0	298	26	14	18	39	1.90
24872344--24872378	17	2.0	18	94	5	63	31	5	17	45	1.71
24872878--24872979	29	3.4	29	78	4	105	50	18	7	23	1.73
24873170--24873202	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
24876155--24876226	3	24.3	3	88	2	110	0	31	0	68	0.90
24876353--24876440	29	3.0	29	78	6	79	38	6	4	50	1.50
24877455--24877492	16	2.2	18	86	9	53	26	0	5	68	1.11
24880449--24880530	37	2.2	37	89	4	121	21	17	25	35	1.95
24880965--24880990	11	2.4	11	100	0	52	15	7	23	53	1.67
24883418--24883652	51	4.7	50	80	5	240	26	17	25	30	1.97
24883418--24883664	101	2.5	101	82	5	320	27	17	25	29	1.97
24883418--24883693	101	2.7	102	80	6	319	27	15	25	30	1.96
24883414--24883694	152	1.8	151	80	6	334	28	15	25	30	1.96
24884572--24884664	47	2.0	48	82	2	116	24	15	26	33	1.95
24889718--24889756	17	2.3	17	90	0	60	30	25	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24896731--24896920	30	6.3	29	80	7	157	36	12	26	25	1.91
24896731--24896920	60	3.2	60	73	12	192	36	12	26	25	1.91
24896793--24896986	30	6.5	30	74	11	96	32	11	26	28	1.91
24896933--24897013	30	2.7	30	84	0	90	33	8	25	32	1.86
24899273--24899437	42	3.9	42	77	1	134	29	15	24	30	1.95
24899584--24899668	44	1.9	44	97	0	161	38	7	23	30	1.81
24901224--24901263	21	1.9	21	89	0	62	37	2	12	47	1.55
24901735--24902028	82	3.6	82	91	1	450	34	5	16	43	1.72
24901989--24902104	61	1.9	62	82	5	146	31	7	19	41	1.80
24901983--24902109	31	4.1	31	73	13	118	30	7	18	44	1.76
24902719--24902747	15	1.9	15	100	0	58	34	6	10	48	1.64
24907220--24907468	50	4.9	50	78	5	216	26	22	27	23	1.99
24911850--24912133	82	3.5	82	95	0	496	34	5	17	42	1.72
24912091--24912292	31	6.5	31	68	16	125	28	8	19	43	1.81
24920526--24920634	42	2.6	43	79	1	112	29	17	21	32	1.96
24920534--24920637	43	2.5	42	79	1	109	30	17	22	29	1.96
24921159--24921227	22	3.1	22	89	0	111	24	24	14	36	1.93
24922630--24922688	25	2.3	26	91	5	102	18	49	3	28	1.64
24922977--24923041	8	7.8	8	75	10	58	24	7	0	67	1.16
24923242--24923292	21	2.3	23	83	10	61	19	9	3	66	1.36
24924688--24924733	6	7.8	6	86	11	60	26	0	2	71	0.97
24924674--24924733	12	5.4	11	79	15	61	23	0	3	73	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24924686--24924733	24	2.0	23	88	11	71	25	0	2	72	0.95
24924668--24924754	6	14.5	6	75	13	54	19	2	4	73	1.12
24926452--24926518	25	2.7	25	79	9	66	31	26	20	20	1.98
24928940--24928966	7	3.9	7	100	0	54	44	14	0	40	1.46
24931694--24931746	21	2.5	21	87	0	79	30	35	9	24	1.87
24932872--24932955	30	2.8	30	92	0	141	22	25	33	19	1.97
24936034--24936065	9	3.6	9	91	0	55	56	0	34	9	1.32
24942115--24942175	28	2.2	29	79	8	72	36	22	18	22	1.95
24942286--24942354	25	2.7	26	86	4	104	39	20	21	18	1.93
24946478--24946515	20	1.9	19	89	5	58	52	0	0	47	1.00
24955307--24955544	119	2.0	117	86	3	325	32	19	16	31	1.94
24955706--24955761	23	2.5	23	85	2	69	53	10	5	30	1.58
24957211--24957261	6	8.3	6	84	4	57	58	3	21	15	1.53
24962883--24962936	27	2.0	27	82	7	65	50	0	9	40	1.35
24964600--24964655	29	1.9	29	100	0	112	25	17	17	39	1.92
24964744--24964941	100	2.0	100	97	0	378	26	3	23	46	1.68
24975624--24975687	21	2.9	21	86	11	76	31	3	3	62	1.26
24975646--24975775	55	2.4	56	80	6	151	33	4	5	56	1.43
24975884--24975929	20	2.3	21	77	7	60	30	4	0	65	1.12
24975881--24976012	27	5.2	26	70	17	89	28	4	5	62	1.37
24979741--24979777	17	2.2	17	95	0	65	78	0	18	2	0.87
24979753--24979784	12	2.4	14	90	10	50	75	0	25	0	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24980682--24980862	50	3.6	49	75	3	173	26	22	24	26	2.00
24980672--24980892	100	2.2	101	89	2	329	30	20	23	25	1.99
24980903--24982012	44	25.6	43	70	10	516	32	20	19	26	1.97
24980899--24981147	129	1.9	129	87	1	365	31	22	20	24	1.98
24980946--24981318	173	2.2	173	88	0	532	32	22	20	24	1.98
24981119--24981613	129	3.9	129	88	1	701	32	21	19	26	1.97
24981594--24981917	129	2.5	128	83	2	398	34	19	19	26	1.96
24981386--24981782	173	2.3	171	85	3	539	35	20	19	24	1.95
24981389--24981827	173	2.6	171	81	6	453	35	20	19	25	1.96
24983523--24983586	25	2.9	22	86	11	78	29	3	3	64	1.24
24983783--24983828	20	2.3	21	77	7	60	30	4	0	65	1.12
24983780--24983911	27	5.2	26	71	17	98	28	3	5	62	1.34
24984448--24984568	60	2.0	60	96	0	224	27	19	19	34	1.95
25000951--25000993	21	2.0	22	86	4	61	48	0	11	39	1.40
25005382--25005411	15	2.0	15	93	0	51	60	3	3	33	1.30
25010199--25010225	12	2.2	12	100	0	54	48	7	0	44	1.31
25011214--25011533	110	3.0	109	88	2	466	30	15	19	35	1.93
25016465--25016919	44	10.3	44	68	14	233	29	23	22	24	1.99
25016464--25016868	88	4.6	88	93	0	675	29	23	22	24	1.99
25016902--25017387	95	5.1	95	90	1	749	29	18	23	29	1.98
25017288--25017639	126	2.8	126	88	0	524	29	17	21	30	1.97
25017564--25017709	44	3.2	44	66	21	118	26	19	23	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25017577--25017732	43	3.4	43	68	19	118	27	16	26	30	1.96
25017415--25017836	221	1.9	221	90	0	666	28	18	22	30	1.97
25017549--25017734	95	2.0	95	95	2	338	26	16	25	31	1.97
25017202--25017867	347	1.9	347	90	0	1064	29	18	22	30	1.97
25017636--25017881	126	2.0	126	87	1	359	29	19	21	29	1.98
25018690--25018714	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
25019337--25019391	3	19.0	3	78	14	62	29	3	0	67	1.08
25019353--25019391	20	2.0	20	94	0	69	28	2	0	69	1.02
25019725--25020039	110	2.9	109	91	2	492	30	16	19	33	1.94
25020409--25020446	20	1.9	20	94	0	67	36	18	15	28	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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