genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18459939--18460014	23	3.3	23	84	0	107	23	22	25	28	1.99
18462125--18462179	28	2.0	28	92	0	92	32	23	23	20	1.98
18471047--18471120	22	3.3	22	72	9	62	40	20	22	16	1.91
18471125--18471310	32	5.8	32	82	3	223	38	18	19	23	1.93
18471125--18471310	96	1.9	95	84	1	246	38	18	19	23	1.93
18471333--18471390	27	2.1	27	84	12	75	29	18	25	25	1.98
18471473--18471567	24	4.0	24	78	0	100	41	24	7	27	1.81
18471586--18471678	27	3.5	27	88	1	134	23	24	19	32	1.98
18471586--18471715	27	4.9	27	83	5	106	23	21	21	33	1.97
18471671--18471727	27	2.1	27	86	0	78	21	19	19	40	1.92
18498720--18498758	18	2.1	18	85	9	51	66	10	2	20	1.33
18507189--18507223	18	1.9	18	94	0	61	45	11	11	31	1.76
18511468--18511511	20	2.2	20	88	4	63	29	20	29	20	1.98
18511473--18511525	20	2.5	20	81	6	61	37	22	24	15	1.92
18513847--18513881	7	5.0	7	93	6	54	85	0	0	14	0.59
18534993--18535021	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
18550408--18550466	23	2.4	26	81	13	72	22	25	20	32	1.98
18556587--18556647	17	3.9	16	76	21	51	21	3	1	73	1.06
18558861--18558887	14	1.9	14	100	0	54	33	14	14	37	1.88
18563455--18563782	27	12.2	27	83	4	346	42	17	16	22	1.88
18563991--18564050	26	2.3	26	82	5	68	23	16	13	46	1.82
18564162--18564222	28	2.2	28	87	0	86	21	18	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18564184--18564250	28	2.4	28	85	2	82	26	19	22	31	1.98
18569276--18569645	27	13.7	27	82	3	395	42	19	16	21	1.89
18571813--18571959	41	3.6	39	75	14	120	27	20	24	27	1.99
18579706--18579852	41	3.6	39	77	13	145	26	19	26	27	1.99
18580004--18580052	2	24.0	2	80	12	55	44	6	2	46	1.39
18582682--18582770	28	3.2	27	85	7	117	23	20	24	31	1.98
18584339--18584382	22	2.0	23	82	13	56	22	18	20	38	1.93
18592662--18592702	21	2.0	21	100	0	82	29	12	19	39	1.88
18595892--18595952	29	2.1	29	90	0	95	16	22	22	37	1.93
18600951--18601000	25	2.0	25	100	0	100	36	12	32	20	1.89
18601962--18602224	68	3.9	68	81	3	298	37	19	21	22	1.95
18609373--18609423	12	4.2	12	80	7	50	17	5	3	72	1.20
18613573--18613617	21	2.1	21	87	0	63	40	8	11	40	1.72
18615022--18615061	20	2.0	20	100	0	80	25	5	5	65	1.34
18630996--18631062	26	2.6	26	83	6	100	20	23	28	26	1.99
18631420--18631466	17	2.7	17	93	3	76	38	0	0	61	0.96
18634913--18634939	7	3.9	7	100	0	54	25	14	29	29	1.95
18645439--18645554	50	2.3	49	78	7	119	31	21	23	24	1.99
18645477--18645559	25	3.4	24	77	12	80	32	18	26	22	1.97
18655957--18656013	27	2.1	27	90	0	87	35	21	22	21	1.96
18656032--18656150	24	5.0	24	77	6	98	27	6	21	43	1.78
18656083--18656164	24	3.4	24	79	3	76	25	8	19	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18656233--18656287	27	2.0	27	83	13	69	23	25	18	32	1.97
18656408--18656471	22	2.9	21	76	4	65	20	18	15	45	1.86
18661349--18661405	21	2.7	21	83	2	69	19	5	5	70	1.26
18662493--18662576	34	2.5	34	86	3	107	42	28	14	14	1.84
18662527--18662607	34	2.4	34	89	0	117	41	29	13	14	1.84
18663435--18663467	16	2.0	17	88	5	50	51	9	15	24	1.72
18665290--18665327	19	2.0	19	90	10	60	39	0	39	21	1.53
18665299--18665333	15	2.3	16	85	14	56	40	0	40	20	1.52
18667885--18667957	28	2.5	30	86	8	105	32	17	23	26	1.97
18668094--18668164	26	2.7	26	86	0	88	40	19	21	18	1.91
18668062--18668164	52	2.0	52	82	0	125	38	21	22	17	1.93
18668342--18668639	27	11.0	27	84	3	287	17	18	20	42	1.89
18668340--18668634	54	5.5	54	82	2	324	16	19	20	43	1.89
18668340--18668634	81	3.6	81	83	3	353	16	19	20	43	1.89
18673801--18673828	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
18687345--18687373	12	2.4	12	100	0	58	37	0	0	62	0.96
18687435--18687620	87	2.1	87	84	0	237	37	12	27	22	1.90
18687467--18687623	29	5.4	29	72	3	109	38	12	28	21	1.89
18687570--18687663	29	3.2	29	76	0	80	40	15	23	20	1.91
18687489--18687661	87	2.0	87	81	2	204	38	13	26	22	1.91
18698018--18698108	45	2.0	45	83	8	114	40	7	17	34	1.78
18701411--18701569	79	2.0	79	97	0	300	33	9	23	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18709457--18709504	19	2.5	20	80	12	57	43	2	33	20	1.64
18710828--18710859	3	10.7	3	100	0	64	0	0	31	68	0.90
18722173--18722259	33	2.7	32	77	17	99	49	13	0	36	1.43
18722142--18722259	37	3.4	36	75	17	108	48	16	0	33	1.53
18722176--18722255	29	2.6	30	82	9	90	50	15	0	35	1.44
18724293--18724407	40	2.9	39	81	7	126	35	20	21	22	1.96
18724462--18724673	41	5.2	40	82	4	246	25	18	27	28	1.98
18725710--18725763	7	7.7	7	87	0	72	18	1	51	27	1.56
18730612--18730903	43	6.8	43	85	1	354	24	19	30	26	1.98
18730612--18730900	128	2.3	129	84	2	359	24	19	30	25	1.98
18734546--18734571	12	2.2	12	100	0	52	30	0	0	69	0.89
18736250--18736299	24	2.1	24	82	14	59	24	8	8	60	1.52
18740150--18740590	219	2.0	219	96	0	812	35	15	28	20	1.93
18746990--18747293	43	7.0	43	78	9	226	27	14	27	30	1.95
18747077--18747327	133	1.9	132	86	4	362	28	14	27	29	1.95
18746967--18747327	88	4.1	86	76	7	309	27	14	26	30	1.95
18747388--18747567	50	3.6	50	75	3	182	30	21	21	27	1.98
18747370--18747567	100	2.0	100	91	0	324	29	21	22	26	1.99
18749143--18749168	12	2.2	12	100	0	52	30	0	0	69	0.89
18751555--18751673	60	1.9	63	81	11	149	43	9	3	43	1.53
18754252--18754286	17	2.1	17	100	0	70	34	25	17	22	1.96
18765903--18766014	56	2.0	56	98	0	215	33	19	11	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18771538--18771572	17	2.1	17	89	10	54	51	11	0	37	1.38
18772417--18772514	14	7.0	14	74	4	63	33	29	1	35	1.65
18772417--18772513	21	4.7	20	71	12	70	34	29	1	35	1.65
18772438--18772514	7	11.0	7	87	5	66	33	29	0	36	1.58
18777268--18777314	21	2.2	22	88	11	71	31	6	17	44	1.73
18777722--18777767	21	2.2	21	81	14	51	30	19	6	43	1.76
18779064--18779098	17	1.9	18	88	11	54	48	0	28	22	1.51
18785410--18785455	24	1.9	24	91	8	76	63	4	2	30	1.26
18785496--18785563	30	2.2	30	97	2	127	55	16	4	23	1.58
18786917--18786969	18	2.7	21	85	8	67	62	1	0	35	1.06
18788144--18788230	11	8.3	11	65	19	51	24	29	2	43	1.66
18788144--18788193	22	2.3	22	89	6	75	24	32	2	42	1.66
18788155--18788254	51	2.0	51	86	4	139	25	27	2	46	1.64
18790339--18790379	21	2.0	20	85	4	55	29	43	24	2	1.67
18790566--18790617	26	2.0	26	85	14	72	46	0	0	53	1.00
18790576--18790617	7	6.1	7	84	15	61	47	0	0	52	1.00
18790576--18790617	12	3.1	14	86	13	61	47	0	0	52	1.00
18790625--18790699	18	3.9	18	72	16	60	49	36	0	14	1.44
18790637--18790670	12	2.8	12	86	4	50	38	41	0	20	1.53
18790693--18790800	33	3.5	33	75	14	129	39	35	2	22	1.69
18790768--18790812	21	2.1	21	100	0	72	44	33	0	22	1.53
18790704--18790911	27	7.7	27	69	20	123	41	35	1	20	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18790863--18790906	6	6.8	6	80	14	52	38	45	0	15	1.47
18790869--18790918	21	2.3	23	89	6	77	40	42	0	18	1.50
18790655--18790929	134	2.0	137	86	3	385	44	34	1	19	1.62
18790991--18791165	56	3.1	56	68	15	162	44	9	6	40	1.63
18790988--18791147	35	4.4	36	66	12	92	44	10	5	40	1.61
18790971--18791210	112	2.1	112	89	1	374	44	8	7	40	1.62
18791417--18791465	22	2.2	22	100	0	98	40	4	0	55	1.19
18791965--18791996	8	4.2	8	84	15	50	53	34	0	12	1.39
18793107--18793184	31	2.6	30	85	4	95	23	11	12	52	1.72
18794264--18794304	18	2.3	18	82	0	55	56	7	0	36	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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