genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22864476--22864543	31	2.2	30	85	12	86	42	0	0	57	0.98
22874249--22874528	95	3.0	94	84	2	339	31	15	26	27	1.96
22874249--22874528	94	3.0	94	85	1	346	31	15	26	27	1.96
22877616--22877815	101	2.0	101	92	2	330	25	27	6	41	1.78
22888236--22888264	13	2.2	13	100	0	58	13	20	13	51	1.75
22897155--22897183	15	1.9	15	100	0	58	27	20	13	37	1.91
22897878--22897916	20	1.9	21	84	5	53	38	30	10	20	1.86
22901878--22901925	20	2.4	20	89	6	71	56	10	20	12	1.65
22901847--22901920	15	4.9	15	70	6	51	55	14	22	6	1.63
22902457--22902491	10	3.6	10	92	3	54	31	0	5	62	1.18
22905115--22905260	70	2.1	70	90	1	229	29	6	17	46	1.73
22908165--22908262	28	3.5	28	76	13	76	21	2	27	48	1.61
22908246--22908300	20	2.7	21	80	5	60	12	0	38	49	1.41
22908707--22909265	189	3.0	187	83	3	694	29	14	23	32	1.94
22911201--22911503	123	2.5	117	89	4	446	39	10	6	42	1.65
22911594--22911703	32	3.4	31	73	10	87	34	3	2	59	1.29
22911726--22912059	30	11.1	30	70	18	130	42	14	3	40	1.61
22911863--22912077	9	26.7	9	74	11	120	42	13	1	41	1.55
22911838--22912011	78	2.2	78	92	0	285	42	14	2	40	1.60
22911911--22912132	48	4.8	48	89	6	314	41	15	3	39	1.63
22913570--22913598	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
22914286--22914602	43	7.4	43	93	1	460	36	19	23	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22921524--22921555	12	2.8	12	90	9	50	34	3	0	62	1.11
22928645--22928681	17	2.2	17	90	4	58	18	2	10	67	1.32
22935213--22935239	11	2.5	11	100	0	54	51	22	7	18	1.70
22938308--22938363	26	2.2	26	86	0	76	37	17	8	35	1.82
22939075--22939142	34	2.0	34	85	5	93	20	25	23	30	1.98
22941751--22941798	24	2.0	24	100	0	96	41	12	12	33	1.80
22943693--22943734	16	2.6	16	88	0	57	28	26	4	40	1.76
22943811--22943897	41	2.1	41	93	0	147	45	19	9	25	1.79
22949970--22950009	16	2.5	16	84	8	55	67	5	5	22	1.30
22950799--22950851	27	2.0	27	88	0	79	32	11	0	56	1.35
22953470--22953501	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
22964879--22964930	26	2.0	26	96	0	95	17	15	13	53	1.72
22965771--22966247	261	1.8	261	85	4	685	31	21	21	25	1.98
22965871--22966785	217	4.2	217	89	1	1341	31	21	21	25	1.98
22966388--22966620	129	1.8	129	91	5	391	30	23	21	24	1.99
22965771--22966763	44	22.9	43	70	10	544	31	21	21	25	1.98
22971679--22971741	16	3.9	16	91	0	99	41	0	34	23	1.55
22971680--22971748	16	4.3	16	88	0	75	43	1	31	23	1.63
22971726--22971822	45	2.2	44	85	5	124	31	4	27	36	1.76
22971999--22972164	37	4.7	36	70	18	143	50	4	1	43	1.31
22974638--22974691	20	2.9	19	83	8	67	59	0	1	38	1.08
22974698--22974822	19	6.8	18	73	13	94	64	3	4	28	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22974745--22974823	38	2.1	38	85	4	106	65	2	5	26	1.26
22974716--22974827	10	12.0	9	69	16	52	63	2	3	30	1.25
22975079--22975131	26	2.0	26	82	10	63	43	3	0	52	1.19
22976527--22976687	33	4.8	33	70	21	118	32	28	21	18	1.96
22976529--22976793	102	2.6	103	90	1	417	32	29	20	18	1.96
22983318--22983478	33	4.8	33	69	21	118	32	27	21	18	1.96
22983320--22983584	102	2.6	103	90	1	408	32	28	20	18	1.96
22991557--22991593	19	1.9	19	100	0	74	37	5	21	35	1.77
22998537--22998570	16	2.2	16	94	5	61	47	17	0	35	1.48
23000305--23000801	130	3.9	131	78	9	497	30	20	12	36	1.90
23000557--23000605	26	1.9	25	87	4	71	30	30	14	24	1.94
23000469--23000690	120	1.9	120	82	5	288	31	21	10	36	1.88
23000338--23000788	250	1.8	250	84	1	618	31	20	11	36	1.89
23001139--23001409	3	90.0	3	81	14	310	2	34	0	63	1.07
23003940--23003981	22	1.9	22	100	0	84	40	21	4	33	1.74
23009820--23009863	22	1.9	24	86	9	65	65	4	2	27	1.23
23010928--23010979	22	2.4	22	74	6	61	38	13	0	48	1.43
23011336--23011376	16	2.6	15	88	7	55	48	2	2	46	1.28
23012061--23012094	6	5.7	6	100	0	68	35	47	0	17	1.48
23012117--23012143	8	3.4	8	100	0	54	66	11	0	22	1.22
23012475--23012535	9	6.6	9	78	10	61	22	40	1	34	1.64
23012493--23012535	10	4.5	10	85	2	54	23	41	2	32	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23014805--23014861	24	2.4	24	91	5	89	22	29	19	28	1.98
23014822--23014863	12	3.5	12	75	12	50	19	28	26	26	1.98
23017150--23017176	12	2.2	12	100	0	54	0	0	11	88	0.50
23019119--23019215	40	2.4	41	83	10	128	32	7	13	46	1.70
23019119--23019205	20	4.3	20	77	10	97	31	8	14	45	1.74
23022885--23023500	318	1.9	318	98	0	1196	31	17	18	32	1.94
23028600--23028630	5	6.2	5	100	0	62	19	0	0	80	0.71
23031707--23031754	13	3.4	14	85	8	53	33	0	4	62	1.14
23032360--23032438	7	11.1	7	77	8	52	37	40	0	21	1.54
23032560--23032611	21	2.5	21	80	0	59	32	44	0	23	1.54
23032551--23032597	7	6.7	7	90	0	58	29	44	0	25	1.54
23032560--23032593	7	4.9	7	96	0	59	29	52	0	17	1.45
23032778--23032818	21	2.0	21	90	0	64	29	46	0	24	1.53
23033276--23033391	41	2.8	40	79	6	135	26	29	21	22	1.99
23034466--23034597	44	3.0	44	86	0	192	42	11	16	29	1.83
23045311--23045362	25	2.1	24	82	10	61	19	23	17	40	1.91
23061292--23061333	21	1.9	22	85	9	59	30	2	16	50	1.58
23066905--23066998	44	2.1	45	92	5	156	36	26	4	32	1.76
23066980--23067047	16	4.2	16	92	0	109	27	25	5	41	1.78
23067852--23067902	16	3.2	16	91	2	77	29	0	35	35	1.58
23068138--23068172	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23068025--23068341	157	2.0	157	96	0	580	44	3	4	47	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23068275--23068316	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
23068284--23068325	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
23072690--23072717	13	2.2	13	100	0	56	64	21	14	0	1.29
23074698--23074773	3	25.3	3	89	0	98	31	3	3	60	1.33
23076169--23076213	17	2.6	17	100	0	90	42	6	22	28	1.79
23079338--23079475	74	1.9	74	93	0	240	34	10	18	36	1.85
23080209--23080403	59	3.3	58	84	4	241	40	14	7	37	1.75
23083053--23083086	17	1.9	18	88	5	52	17	0	55	26	1.42
23087259--23087476	108	2.0	108	99	0	427	33	11	14	40	1.82
23091803--23091875	38	1.9	38	86	5	103	23	5	17	53	1.65
23094182--23094223	21	2.0	21	85	0	57	38	2	16	42	1.61
23094685--23094771	26	3.4	26	78	12	92	18	22	21	36	1.95
23094801--23094862	24	2.6	24	82	10	90	16	24	19	40	1.91
23094801--23094918	25	4.8	25	73	7	73	22	26	18	33	1.97
23099362--23099393	12	2.7	12	95	0	55	15	9	40	34	1.80
23101483--23101545	29	2.2	29	82	0	81	33	22	17	26	1.96
23101502--23101564	29	2.2	29	82	0	72	31	17	9	41	1.82
23114126--23114160	18	1.9	18	88	0	52	45	0	37	17	1.48
23114668--23114711	18	2.4	18	80	3	52	43	4	0	52	1.22
23114821--23114894	26	2.9	26	82	6	89	35	5	20	39	1.75
23124398--23124430	14	2.2	16	89	10	52	42	12	3	42	1.57
23126844--23127077	29	8.0	30	81	7	234	37	14	27	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23126837--23127106	58	4.6	58	82	3	290	37	13	26	22	1.91
23126844--23127106	87	3.0	88	79	8	275	38	13	26	22	1.91
23129837--23129886	23	2.1	23	85	3	64	30	22	24	24	1.99
23134736--23134786	13	3.6	13	76	19	57	17	27	37	17	1.93
23134719--23134823	30	3.5	30	89	0	156	16	29	36	18	1.92
23134943--23134994	21	2.5	21	75	6	52	25	25	26	23	2.00
23142838--23142874	8	4.9	8	80	12	51	62	2	0	35	1.10
23142941--23142992	26	2.0	27	88	3	79	48	0	0	51	1.00
23142918--23142992	27	2.8	27	78	8	82	48	2	0	49	1.15
23143840--23143897	24	2.5	24	80	2	73	17	31	20	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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