genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1615847--1615876	13	2.3	13	100	0	60	16	0	43	40	1.48
1620598--1620657	30	2.0	30	87	3	86	43	3	21	31	1.69
1620867--1620898	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
1620993--1621189	50	3.8	50	87	4	250	25	23	30	20	1.99
1620993--1621189	100	1.9	103	88	6	301	25	23	30	20	1.99
1625566--1625643	21	3.8	21	71	19	56	39	8	26	24	1.85
1625662--1625714	21	2.6	21	85	8	65	43	7	26	22	1.80
1633856--1633894	12	3.1	12	82	13	51	43	0	0	56	0.99
1641492--1641597	53	2.0	52	94	1	185	50	7	13	29	1.69
1642362--1642386	12	2.1	12	100	0	50	36	0	24	40	1.55
1644987--1645037	18	2.7	19	72	24	54	70	0	0	29	0.87
1645685--1645742	20	2.9	21	73	17	59	43	0	0	56	0.99
1645717--1645770	12	4.7	12	76	15	51	44	0	1	53	1.11
1665866--1666017	54	2.8	54	77	0	151	17	31	24	26	1.97
1677055--1677119	11	6.2	11	70	25	52	35	29	0	35	1.58
1677020--1677090	22	3.2	22	88	7	101	33	26	1	38	1.65
1677061--1677119	30	2.0	30	96	0	109	32	32	0	35	1.58
1677091--1677142	22	2.4	22	83	3	70	34	30	0	34	1.58
1677167--1677227	28	2.2	27	83	13	72	42	1	1	54	1.20
1677176--1677237	28	2.2	28	85	5	90	40	0	1	58	1.08
1677328--1677361	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
1679583--1680216	28	22.9	28	82	7	708	45	20	0	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1685810--1685834	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
1692235--1692287	11	4.9	10	77	22	54	45	1	32	20	1.62
1692235--1692296	22	2.8	21	85	11	72	45	1	30	22	1.62
1695307--1695418	59	1.9	58	80	5	127	47	14	10	27	1.77
1701022--1701224	44	4.7	44	73	8	164	25	23	21	29	1.99
1701267--1702421	132	8.8	132	93	1	1899	27	24	18	29	1.98
1703812--1703844	13	2.3	15	85	15	52	12	15	0	72	1.12
1703812--1703844	7	4.7	7	85	14	50	12	15	0	72	1.12
1704802--1704841	19	2.1	19	90	0	62	67	7	12	12	1.41
1706686--1706725	19	2.0	20	85	4	55	47	7	20	25	1.75
1708893--1708920	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1708950--1708991	6	6.7	6	84	10	57	78	0	2	19	0.86
1711124--1711161	19	2.0	19	100	0	76	31	31	0	36	1.58
1714107--1714151	20	2.2	20	92	0	81	64	0	4	31	1.13
1714607--1714658	20	2.6	20	81	6	61	21	53	17	7	1.68
1715508--1715570	3	20.3	3	95	3	108	31	0	1	66	1.01
1718008--1718050	19	2.3	19	84	8	52	23	20	16	39	1.92
1720281--1720336	14	3.9	14	81	13	62	80	0	19	0	0.71
1720278--1720345	22	3.0	24	79	14	81	80	0	17	1	0.78
1720280--1720346	19	3.3	19	80	16	73	80	0	17	1	0.79
1720277--1720345	7	10.8	6	72	17	50	81	0	17	1	0.77
1720629--1721013	97	4.0	97	91	0	590	25	15	10	47	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1721682--1721717	16	2.3	16	95	4	65	38	22	5	33	1.77
1721927--1722790	46	18.6	46	92	2	1361	26	15	28	29	1.96
1723026--1723145	42	2.8	43	75	6	109	28	16	24	30	1.96
1723711--1723748	20	1.9	20	88	0	58	21	52	15	10	1.72
1724614--1724667	3	17.3	3	86	3	72	29	1	3	64	1.21
1726689--1726739	27	1.9	27	84	4	68	21	0	5	72	1.05
1739301--1739359	32	1.9	30	82	6	73	44	1	5	49	1.34
1741158--1741212	25	2.2	25	86	0	74	21	25	18	34	1.96
1745303--1745337	12	2.9	12	86	0	52	14	17	17	51	1.77
1745554--1745623	23	3.0	23	82	2	95	28	11	17	42	1.83
1745560--1745639	23	3.4	23	81	5	90	32	10	16	41	1.81
1747296--1747347	26	2.0	26	85	7	70	26	15	11	46	1.80
1748389--1748439	9	5.7	9	90	0	84	43	21	11	23	1.85
1749328--1749357	15	2.1	15	93	6	53	23	6	6	63	1.43
1749342--1749393	26	2.0	26	92	0	86	28	11	9	50	1.70
1752243--1752299	30	1.9	30	82	13	73	50	0	5	43	1.24
1755256--1755294	21	1.9	20	84	5	51	41	0	2	56	1.13
1758410--1758617	100	2.1	100	95	0	371	31	8	21	38	1.83
1762119--1762146	12	2.3	12	100	0	56	50	0	10	39	1.37
1764127--1764151	6	4.2	6	100	0	50	16	16	0	68	1.22
1765666--1765789	46	2.8	46	91	3	200	28	21	16	33	1.96
1765751--1765883	37	3.6	37	93	0	221	26	21	12	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1769849--1769960	41	2.7	41	87	5	138	31	22	17	28	1.97
1776082--1776121	21	1.9	21	94	0	71	20	12	12	55	1.69
1776444--1776481	17	2.2	18	85	4	51	39	0	0	60	0.97
1776496--1776546	20	2.7	18	82	8	57	37	1	5	54	1.36
1776695--1776725	9	3.4	9	95	0	53	41	16	12	29	1.85
1782871--1782943	35	2.1	36	86	2	103	50	1	0	47	1.09
1785086--1785139	20	2.9	18	76	12	56	25	0	7	66	1.17
1788963--1788990	13	2.2	13	100	0	56	42	7	21	28	1.79
1789686--1789745	13	4.6	13	87	4	86	38	25	8	28	1.84
1791381--1791460	42	1.9	42	84	5	108	13	37	28	20	1.91
1795058--1795128	27	2.5	26	82	17	72	35	5	0	59	1.21
1798143--1798182	20	2.0	21	85	5	55	40	10	2	47	1.50
1799730--1799808	11	7.5	11	78	18	80	39	2	0	58	1.12
1799722--1799783	30	2.2	27	85	8	79	35	1	0	62	1.05
1799711--1799812	9	10.6	9	74	15	55	35	1	0	62	1.06
1799713--1799824	39	2.8	39	91	2	179	34	2	0	61	1.16
1802634--1802767	60	2.2	60	81	5	171	36	11	18	33	1.86
1803352--1803402	7	7.3	7	88	0	75	47	35	0	17	1.48
1810142--1810175	15	2.3	15	85	5	52	67	2	0	29	1.05
1815088--1815491	204	2.0	204	88	1	596	24	20	21	34	1.97
1817605--1817634	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
1819044--1819104	26	2.3	26	75	10	61	29	22	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1819429--1819470	21	2.0	21	90	4	68	45	9	11	33	1.73
1820055--1820106	24	2.2	24	96	0	95	40	7	26	25	1.82
1821740--1821783	22	2.0	22	100	0	88	22	18	13	45	1.84
1824752--1824778	12	2.2	12	100	0	54	25	25	25	22	2.00
1827345--1827643	87	3.4	90	91	5	459	46	3	5	45	1.40
1827636--1827845	54	3.6	54	70	21	149	44	1	3	50	1.31
1827771--1827805	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
1827962--1828057	44	2.1	46	94	3	169	35	31	4	29	1.76
1828039--1828076	16	2.4	16	95	0	67	26	34	2	36	1.71
1839215--1839239	13	1.9	13	100	0	50	64	16	8	12	1.49
1839956--1840030	23	3.1	23	74	20	73	60	20	2	17	1.48
1839855--1840069	120	1.8	115	81	8	247	52	22	1	23	1.55
1840630--1840727	52	1.9	50	83	8	126	36	14	3	45	1.60
1840870--1840910	16	2.5	17	84	11	59	73	0	0	26	0.84
1849529--1849586	23	2.5	24	78	15	77	58	8	5	27	1.49
1851191--1851220	15	2.0	15	93	0	51	10	16	20	53	1.71
1852972--1853200	55	4.1	56	81	7	239	51	15	7	24	1.70
1852973--1853187	116	1.9	116	85	2	297	52	14	7	24	1.68
1855866--1855917	11	4.7	11	78	4	52	25	21	0	53	1.45
1856548--1856574	13	2.1	13	100	0	54	29	22	0	48	1.51
1860515--1860757	50	4.8	50	92	0	396	20	31	22	25	1.98
1860852--1860882	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1864321--1864345	10	2.5	10	100	0	50	32	0	16	52	1.44
1866155--1866188	18	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
1872288--1872391	53	2.0	53	98	0	199	22	14	37	25	1.92
1876494--1876587	41	2.2	42	81	3	109	22	20	24	32	1.97
1876979--1877019	20	2.0	20	100	0	82	19	4	4	70	1.24
1887355--1887420	22	3.0	22	93	0	105	25	25	15	33	1.95
1891399--1891692	110	2.7	109	90	2	468	34	20	16	28	1.94
1892022--1893005	50	19.7	50	71	5	612	31	25	20	22	1.98
1891991--1893000	100	10.1	100	85	2	1260	31	25	21	22	1.98
1891991--1893000	299	3.4	299	86	1	1355	31	25	21	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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