genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   

This is table  30  of  168  ( 20060 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7819821--7820222	136	3.0	136	92	2	666	29	23	19	27	1.98
7838421--7838453	16	2.0	17	88	5	50	21	15	0	63	1.30
7845762--7845794	16	2.0	17	88	5	50	21	15	0	63	1.30
7852041--7852173	40	3.3	40	88	4	196	30	17	21	30	1.96
7852229--7852347	40	3.0	41	85	3	170	31	15	21	31	1.95
7852056--7852407	175	2.0	175	93	1	607	29	17	20	32	1.96
7856988--7857044	28	2.0	28	100	0	114	28	7	24	40	1.81
7857853--7857911	29	2.0	29	100	0	118	27	16	16	38	1.91
7863782--7864072	50	5.7	50	82	6	316	26	23	27	22	1.99
7866320--7866395	37	2.1	37	82	9	93	42	1	2	53	1.23
7866343--7866423	32	2.5	32	82	4	92	44	2	2	50	1.28
7868963--7868992	15	2.0	15	93	0	51	70	0	10	20	1.16
7869864--7869905	20	2.1	20	91	8	68	71	0	21	7	1.09
7871742--7871815	32	2.3	33	81	9	89	27	10	5	56	1.55
7871847--7871968	50	2.4	50	83	5	165	33	14	13	37	1.86
7873001--7873030	15	1.9	16	93	6	53	43	16	13	26	1.85
7874802--7874850	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
7877308--7877350	21	1.9	24	86	13	65	55	9	0	34	1.32
7878075--7878111	10	3.8	10	89	3	58	48	0	0	51	1.00
7878075--7878136	19	3.2	20	84	8	74	56	0	1	41	1.09
7878631--7878753	37	3.2	36	77	13	122	35	4	1	58	1.27
7879880--7879986	50	2.1	50	89	0	160	32	24	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7879906--7879987	25	3.3	25	68	13	69	30	24	17	28	1.97
7879930--7880139	76	2.8	76	84	0	267	33	24	13	28	1.94
7885281--7885342	23	2.7	23	72	18	65	45	22	16	16	1.85
7887273--7887484	75	2.8	75	79	2	246	34	24	13	27	1.93
7893068--7893097	7	4.3	7	95	0	51	10	16	0	73	1.09
7896785--7896850	31	2.1	31	86	5	89	40	10	13	34	1.79
7900610--7900651	16	2.7	16	77	3	50	52	0	0	47	1.00
7904035--7904076	22	1.9	22	95	0	75	33	9	16	40	1.81
7905935--7905963	6	5.0	6	91	8	51	31	0	0	68	0.89
7906131--7906169	5	7.6	5	91	2	60	2	17	35	43	1.63
7915931--7915970	21	2.0	21	90	5	64	75	0	25	0	0.81
7916925--7916999	29	2.5	30	78	6	82	49	9	13	28	1.72
7927318--7927387	27	2.6	27	84	8	97	44	5	11	38	1.64
7927416--7927447	16	1.9	17	93	6	57	71	0	0	28	0.86
7934344--7934389	19	2.3	21	75	17	53	36	0	10	52	1.37
7934973--7935559	314	1.9	311	84	5	781	35	18	17	29	1.93
7943826--7943854	5	5.8	5	100	0	58	62	0	0	37	0.96
7958854--7958888	18	2.0	18	88	5	54	48	0	0	51	1.00
7965889--7965953	32	2.0	32	100	0	130	26	36	6	30	1.81
7986005--7986038	15	2.2	16	89	5	52	17	0	0	82	0.67
7989593--7989662	35	2.0	36	88	2	106	42	20	7	30	1.78
8005238--8005294	18	3.2	18	78	14	55	64	1	0	33	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8005293--8005353	9	6.6	9	75	20	54	52	1	1	44	1.20
8005283--8005341	19	3.2	19	81	15	70	57	1	1	38	1.19
8005771--8005852	9	9.2	8	75	17	56	34	1	1	63	1.10
8005783--8005851	16	4.4	16	78	12	81	34	0	1	63	1.03
8005785--8005844	29	2.1	27	90	6	93	33	0	1	65	1.03
8007392--8007721	36	8.9	37	81	4	326	30	16	20	33	1.94
8007397--8007701	109	2.8	109	85	2	367	29	16	20	33	1.95
8007379--8007721	73	4.6	74	77	6	311	30	15	20	33	1.94
8010706--8010801	50	1.9	50	89	0	147	28	14	19	37	1.91
8010706--8010820	50	2.3	50	84	3	142	26	15	20	37	1.92
8010869--8011156	89	3.3	84	75	11	222	27	27	19	26	1.99
8010947--8011237	44	6.7	44	74	7	207	29	25	17	27	1.97
8010863--8011155	44	6.7	45	74	12	191	26	27	19	26	1.99
8010863--8011259	218	1.8	218	91	1	661	27	25	19	27	1.99
8011229--8011492	129	2.0	129	91	1	440	23	22	21	32	1.98
8012767--8012796	13	2.3	13	94	0	51	13	10	0	76	1.01
8013664--8013733	6	11.8	6	82	8	63	11	7	11	70	1.35
8013683--8013744	29	2.1	29	88	5	90	8	6	12	72	1.26
8019851--8019994	37	4.0	37	84	5	170	29	13	20	36	1.90
8020756--8020786	16	1.9	16	100	0	62	16	19	32	32	1.94
8021423--8021465	22	2.0	22	95	0	77	53	16	11	18	1.72
8025953--8025998	4	11.5	4	100	0	92	50	23	0	26	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8027620--8027676	28	2.0	28	100	0	114	28	17	26	28	1.98
8030563--8030626	6	10.7	6	80	11	51	79	9	6	4	1.04
8031529--8031564	7	5.4	7	87	12	58	69	0	13	16	1.19
8031531--8031564	13	2.6	13	90	0	59	73	0	11	14	1.10
8032829--8033187	129	2.8	128	90	0	547	31	20	22	25	1.98
8033256--8033769	44	11.8	42	69	11	198	27	19	25	26	1.99
8033173--8033769	217	2.7	218	93	0	1016	27	19	25	27	1.99
8034495--8034549	27	2.0	28	85	3	76	41	32	5	20	1.75
8034929--8034955	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
8035752--8035788	3	12.0	3	88	5	56	35	2	0	62	1.10
8038777--8038840	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
8038784--8038840	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
8039652--8039712	4	15.2	4	96	0	113	49	24	1	24	1.60
8047708--8047796	23	4.1	23	70	21	84	35	19	7	37	1.81
8048150--8048192	22	2.0	22	90	0	68	51	16	13	18	1.77
8053187--8053223	18	2.1	18	85	14	51	43	2	8	45	1.47
8054102--8054148	19	2.4	20	73	16	53	46	0	8	44	1.33
8056763--8056872	49	2.4	47	81	7	136	27	18	8	46	1.77
8056785--8056883	49	2.0	48	84	5	128	30	16	11	42	1.82
8060975--8061111	68	2.0	68	100	0	274	27	20	17	35	1.95
8064798--8065095	149	2.0	149	98	0	578	20	21	16	41	1.90
8072918--8072944	12	2.2	12	100	0	54	29	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8074377--8074431	23	2.4	23	80	14	60	61	0	3	34	1.13
8074637--8074667	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
8076649--8076682	17	2.0	17	88	0	50	41	17	5	35	1.74
8079051--8079165	38	3.1	36	72	16	99	64	3	3	28	1.26
8079138--8079207	29	2.4	29	81	11	88	55	0	4	40	1.19
8080747--8080780	3	11.3	3	93	0	59	35	2	0	61	1.11
8085398--8085473	1	76.0	1	77	0	62	86	7	1	3	0.73
8085398--8085473	8	9.5	8	79	10	77	86	7	1	3	0.73
8085398--8085473	16	4.7	15	81	13	89	86	7	1	3	0.73
8085503--8085539	6	5.8	6	93	6	56	83	0	16	0	0.64
8085505--8085539	7	5.3	7	93	6	56	85	0	14	0	0.59
8085503--8085539	13	2.8	13	84	15	58	83	0	16	0	0.64
8087563--8090080	175	14.4	175	90	3	3606	30	20	21	27	1.98
8087563--8090080	351	7.2	350	90	2	3669	30	20	21	27	1.98
8088165--8089870	44	38.7	43	66	14	398	31	20	21	27	1.98
8087563--8090080	526	4.8	525	89	2	3696	30	20	21	27	1.98
8089118--8089396	142	2.0	141	88	3	418	31	20	21	26	1.98
8089728--8090052	161	2.0	161	93	0	560	30	20	21	27	1.98
8095921--8095959	21	1.9	19	85	10	51	51	12	2	33	1.54
8098777--8098843	34	1.9	35	90	3	109	46	10	8	34	1.70
8099534--8099621	40	2.2	41	85	2	115	31	7	19	40	1.80
8099825--8099921	45	2.2	45	88	3	151	20	16	20	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8103801--8103833	13	2.4	14	95	5	59	48	27	3	21	1.64
8105808--8105857	20	2.4	21	83	10	66	32	0	12	56	1.36
8106625--8106661	17	2.2	17	90	0	56	24	2	0	72	0.97
8111110--8111148	18	2.2	18	85	0	51	48	5	0	46	1.24
8117343--8117396	21	2.5	22	85	5	76	29	5	35	29	1.80
8124190--8124228	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
8124227--8124251	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
8126160--8126222	3	21.0	3	100	0	126	33	0	0	66	0.92
8127861--8127905	6	7.7	6	97	2	83	64	0	0	35	0.94
8129733--8129766	17	1.9	18	88	5	52	55	0	11	32	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168