genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21441599--21441657	30	1.9	31	86	3	84	44	8	18	28	1.79
21442126--21442469	102	3.4	101	81	4	374	29	15	24	30	1.96
21442126--21442459	51	6.6	50	76	7	280	29	15	24	30	1.95
21444560--21444813	29	8.6	30	71	8	108	23	25	14	37	1.92
21444604--21444666	30	2.1	30	85	5	83	30	25	15	28	1.96
21444646--21444724	29	2.7	29	88	2	113	18	26	12	41	1.87
21444581--21444804	58	3.8	59	70	7	168	24	25	13	36	1.92
21446155--21446188	3	11.3	3	93	0	59	38	0	29	32	1.58
21452974--21453013	17	2.3	17	82	4	53	55	5	35	5	1.44
21454936--21455007	30	2.4	30	100	0	144	30	22	15	31	1.94
21461006--21461099	45	2.1	45	91	0	152	31	24	18	25	1.97
21461096--21461332	50	4.7	50	83	4	280	29	28	17	24	1.97
21464066--21464147	42	2.0	42	82	4	103	30	24	15	29	1.96
21466121--21466157	18	2.1	18	100	0	74	27	0	27	45	1.54
21469554--21469615	30	2.1	30	100	0	124	11	22	19	46	1.81
21473818--21474141	110	3.0	110	86	1	449	34	16	16	32	1.91
21474645--21474705	2	31.0	2	82	9	72	50	0	4	44	1.23
21477838--21477870	17	1.9	17	93	0	57	48	0	12	39	1.40
21478388--21478422	15	2.3	15	90	9	54	42	0	11	45	1.40
21478396--21478432	19	1.9	19	100	0	74	43	0	8	48	1.32
21481220--21481402	51	3.7	48	78	10	147	32	26	15	25	1.96
21481218--21481453	101	2.3	101	80	1	249	30	26	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21482624--21482749	19	6.6	19	73	3	101	15	19	30	34	1.94
21482609--21482749	57	2.5	57	80	5	160	15	21	29	33	1.94
21484381--21484420	20	2.0	20	100	0	80	40	20	30	10	1.85
21490074--21490136	25	2.6	24	75	5	63	20	28	17	33	1.95
21490164--21490245	25	3.2	25	77	16	71	18	25	23	32	1.97
21497482--21497515	5	6.6	5	93	6	59	41	0	20	38	1.53
21497721--21497747	10	2.7	10	100	0	54	33	40	18	7	1.78
21497845--21497907	25	2.6	24	80	5	72	19	31	19	30	1.96
21497919--21497978	25	2.4	25	80	2	68	15	25	25	35	1.94
21497935--21498032	25	3.9	23	69	20	63	19	25	21	33	1.97
21498059--21498141	25	3.3	25	81	6	114	21	25	21	31	1.98
21511879--21511927	20	2.4	20	93	3	80	53	14	10	22	1.71
21514050--21514111	9	6.3	9	72	17	52	66	3	4	25	1.27
21514162--21514215	10	5.3	10	80	12	56	77	1	3	16	1.00
21521619--21521772	75	2.0	76	86	3	213	50	5	2	41	1.38
21523627--21523816	105	1.8	105	84	0	263	33	21	10	34	1.88
21524480--21524674	98	2.0	98	93	0	336	37	23	9	29	1.87
21525342--21525391	26	2.0	26	92	4	84	58	4	8	30	1.45
21525646--21525697	25	2.2	25	82	6	63	69	3	5	21	1.26
21525969--21526102	19	6.7	21	78	10	77	40	14	6	38	1.72
21525969--21526026	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
21526005--21526115	19	5.8	19	89	0	177	37	13	9	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21526005--21526108	38	2.7	38	98	0	199	38	12	8	40	1.74
21526482--21527025	132	4.2	132	93	2	881	28	23	19	28	1.98
21526559--21526871	44	7.1	44	64	16	137	28	22	19	29	1.98
21533776--21533827	25	2.2	25	82	6	63	69	3	5	21	1.26
21534135--21534208	19	3.9	19	83	0	103	37	12	9	40	1.75
21535806--21535831	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
21536018--21536098	41	2.0	41	85	4	110	25	25	20	27	1.99
21537759--21537787	13	2.2	13	100	0	58	65	6	6	20	1.40
21541813--21542028	43	5.0	43	85	6	276	20	18	31	29	1.96
21542125--21542168	21	2.1	21	91	0	70	38	27	20	13	1.90
21554290--21554326	19	1.9	19	94	0	65	35	8	13	43	1.74
21560424--21560629	41	5.0	41	87	1	279	18	28	16	36	1.93
21560440--21560587	20	7.2	20	65	10	75	16	29	16	37	1.91
21567136--21567162	9	3.0	9	100	0	54	66	11	11	11	1.45
21570981--21571090	9	12.2	9	72	18	68	60	0	1	37	1.14
21572332--21572370	19	2.1	19	85	9	53	30	2	2	64	1.21
21576488--21576576	9	10.0	9	69	18	53	58	1	3	37	1.22
21576529--21576572	19	2.4	19	88	3	63	54	0	4	40	1.21
21579031--21579076	22	2.0	23	84	16	60	50	10	8	30	1.68
21585400--21585509	9	11.9	9	66	22	59	30	3	1	64	1.21
21585429--21585483	20	2.7	21	76	21	62	25	0	3	70	1.03
21585429--21585491	20	3.2	20	72	20	60	25	1	3	69	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21585865--21585898	15	2.4	14	95	5	59	52	8	14	23	1.69
21587807--21587851	22	2.0	22	100	0	90	53	0	8	37	1.32
21590392--21590531	55	2.6	55	88	1	210	26	9	16	47	1.76
21590697--21590823	60	2.1	60	82	7	159	39	3	14	43	1.61
21597720--21597761	19	2.2	19	83	8	50	9	4	45	40	1.58
21606235--21606278	17	2.6	17	86	10	56	6	18	0	75	1.02
21607757--21607794	14	2.5	16	87	8	53	31	5	2	60	1.33
21612342--21612392	22	2.3	22	100	0	102	27	33	0	39	1.57
21612364--21612476	51	2.2	51	96	0	208	28	30	0	41	1.56
21612489--21612536	20	2.4	20	85	0	69	35	0	0	64	0.94
21612477--21612544	30	2.2	32	89	7	104	35	0	1	63	1.04
21612489--21612544	10	5.6	10	78	0	58	33	0	0	66	0.92
21614734--21614802	25	2.7	25	86	2	102	46	2	11	39	1.55
21614798--21614863	18	3.7	18	95	0	123	51	21	0	27	1.48
21614841--21615110	29	9.7	29	77	9	267	45	25	0	28	1.57
21614956--21615120	18	9.7	18	65	16	91	46	24	0	29	1.53
21614980--21615049	35	2.0	34	88	2	104	45	21	0	32	1.52
21614798--21615110	82	3.8	82	80	8	355	46	24	0	28	1.55
21615116--21615342	55	3.9	55	74	18	219	38	10	6	44	1.63
21615207--21615241	18	1.9	18	94	0	61	37	8	2	51	1.47
21615263--21615289	10	2.7	10	100	0	54	40	7	0	51	1.30
21615207--21615342	66	2.1	64	86	9	186	38	8	5	47	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21618450--21618799	124	2.8	124	93	2	596	31	22	16	30	1.95
21621219--21621254	18	2.1	16	90	10	54	33	5	0	61	1.19
21623618--21624068	102	4.4	102	88	1	604	29	24	14	30	1.95
21623618--21624067	51	8.9	51	75	5	387	29	24	14	30	1.95
21625565--21625599	17	2.1	17	89	5	54	48	2	5	42	1.41
21630272--21630307	18	1.9	19	88	5	56	38	22	0	38	1.54
21630580--21630630	17	3.2	17	76	23	58	3	29	0	66	1.09
21630580--21630636	29	2.0	28	89	6	87	3	28	0	68	1.06
21631232--21631406	88	2.0	88	90	2	280	46	13	12	28	1.79
21634218--21634546	40	8.6	40	69	11	186	23	21	19	35	1.96
21634218--21634413	75	2.6	75	90	0	302	21	21	19	36	1.95
21634292--21634535	115	2.1	115	82	1	292	23	20	18	38	1.93
21646641--21646698	28	2.1	28	96	0	107	43	17	13	25	1.86
21653472--21653511	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
21661085--21661156	29	2.5	29	84	10	87	45	4	0	50	1.21
21661116--21661156	2	21.5	2	87	9	59	46	0	0	53	1.00
21661085--21661173	29	3.1	29	79	6	83	43	4	2	49	1.35
21668904--21668944	20	2.0	20	85	0	55	46	4	17	31	1.69
21675070--21675103	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
21690927--21690955	10	3.0	10	95	5	51	41	0	0	58	0.98
21698013--21698064	15	3.5	15	84	5	70	51	0	17	30	1.45
21698472--21698504	14	2.4	14	90	5	50	18	0	30	51	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21708692--21708736	24	2.0	23	83	12	58	53	11	4	31	1.56
21728483--21728990	27	18.8	27	89	0	665	19	18	21	40	1.91
21740113--21740194	25	3.3	25	84	3	103	25	15	25	32	1.96
21747554--21747647	25	3.8	25	87	2	127	29	17	22	30	1.96
21757542--21757634	27	3.5	26	72	5	80	23	25	23	26	2.00
21757567--21757659	25	3.6	25	73	18	84	23	21	24	30	1.99
21757542--21757661	52	2.3	53	88	5	183	24	24	24	27	2.00
21764851--21764918	25	2.7	25	81	0	91	22	22	23	32	1.98
21766631--21766664	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
21768059--21768124	29	2.3	29	79	7	73	42	12	19	25	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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