genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22031385--22031416	16	2.0	16	93	0	55	46	18	0	34	1.49
22031585--22031733	50	3.0	50	85	0	199	36	25	13	24	1.92
22031601--22031756	50	3.1	48	77	12	131	37	25	12	24	1.91
22036253--22036322	25	2.8	25	76	8	70	30	25	17	27	1.97
22043270--22043316	21	2.2	21	85	7	60	44	8	8	38	1.65
22043618--22043675	5	11.2	5	82	14	73	1	18	1	77	0.94
22043623--22043674	27	1.9	27	88	7	79	1	19	1	76	0.97
22052708--22052744	20	1.9	18	89	10	56	48	5	8	37	1.56
22058419--22058462	21	2.0	22	95	4	81	50	4	9	36	1.55
22058758--22058805	13	3.7	13	91	5	71	41	27	8	22	1.82
22059204--22059280	7	11.0	7	79	8	68	32	31	1	35	1.66
22061361--22061400	21	1.9	21	100	0	80	37	5	32	25	1.77
22061360--22061407	21	2.3	21	88	0	78	33	6	29	31	1.82
22067450--22067485	18	2.0	18	100	0	72	33	5	5	55	1.46
22067451--22067491	18	2.3	18	91	4	66	36	4	4	53	1.44
22074743--22074784	20	2.1	20	82	8	50	57	2	0	40	1.12
22075567--22075622	24	2.3	24	93	0	94	39	7	7	46	1.59
22083066--22083117	24	2.2	24	92	0	86	36	3	7	51	1.49
22083466--22083503	5	7.6	5	93	0	67	42	0	15	42	1.47
22083465--22083503	20	2.0	20	100	0	78	41	0	15	43	1.46
22084803--22084869	25	2.6	25	84	13	84	35	16	17	29	1.92
22089266--22089301	16	2.2	16	100	0	72	11	25	52	11	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22089425--22089543	27	4.4	27	81	4	134	43	19	16	20	1.88
22089426--22089543	54	2.2	54	90	0	182	43	19	16	20	1.88
22089426--22089573	54	2.7	54	82	2	136	41	18	18	22	1.91
22093480--22093527	15	3.2	16	77	11	57	68	0	0	31	0.90
22096117--22096188	33	2.2	33	83	11	87	50	15	5	29	1.66
22099591--22099624	3	11.3	3	93	0	59	64	0	2	32	1.08
22101436--22101470	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
22104450--22104511	31	2.0	32	83	3	81	45	14	3	37	1.61
22113002--22113045	23	1.9	23	85	0	61	18	47	11	22	1.80
22114990--22115034	21	2.1	22	88	8	67	40	0	8	51	1.33
22124003--22124286	126	2.3	126	91	0	478	30	19	23	26	1.98
22127925--22128049	41	3.0	41	88	6	166	27	19	24	28	1.98
22130407--22130449	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
22132284--22132372	22	3.7	22	70	18	70	44	2	29	23	1.65
22132281--22132380	51	1.9	52	91	2	166	46	2	28	24	1.64
22132341--22132382	11	3.9	11	87	3	59	50	0	28	21	1.49
22136998--22137028	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
22143404--22143454	24	2.2	24	82	3	59	45	5	3	45	1.46
22144929--22144970	22	1.9	22	95	0	75	59	2	2	35	1.23
22152737--22152789	26	2.0	26	85	0	70	60	9	1	28	1.38
22154677--22154729	26	2.0	26	85	0	70	60	9	1	28	1.38
22155894--22155992	38	2.6	38	85	3	128	47	9	5	38	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22160724--22160765	22	1.9	22	90	0	66	33	16	28	21	1.95
22160717--22160803	25	3.6	25	83	6	108	40	16	24	19	1.91
22163714--22164164	224	2.0	224	98	0	866	31	15	21	32	1.94
22164891--22164973	38	2.2	37	85	6	105	48	6	4	40	1.49
22165813--22165859	21	2.3	20	82	10	51	36	17	8	38	1.80
22169676--22169731	21	2.7	21	88	0	85	23	8	39	28	1.85
22171072--22171124	27	2.0	27	92	0	88	47	13	15	24	1.81
22179345--22179394	26	1.9	26	95	0	91	52	4	4	40	1.39
22183416--22183537	38	3.2	38	85	0	172	35	26	16	22	1.95
22184581--22184606	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
22185752--22185837	21	4.0	22	80	8	106	15	22	25	37	1.93
22185751--22185837	44	2.0	41	84	6	111	16	21	25	36	1.94
22187376--22187425	3	16.7	3	100	0	100	68	0	32	0	0.90
22188428--22188454	13	2.1	13	100	0	54	77	0	22	0	0.76
22188748--22188815	21	3.3	21	68	15	61	32	8	20	38	1.84
22188728--22188815	40	2.2	41	85	2	115	31	7	19	40	1.80
22189019--22189119	45	2.2	45	85	0	139	23	17	16	41	1.90
22189099--22189142	6	7.2	6	82	5	52	20	20	13	45	1.85
22199258--22199295	19	2.0	19	100	0	76	36	5	31	26	1.79
22206886--22206941	17	3.2	17	84	5	67	37	3	14	44	1.62
22207346--22208163	409	2.0	409	95	0	1483	34	12	21	31	1.91
22224786--22224894	49	2.2	51	83	9	143	31	18	7	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22226098--22226322	43	5.3	43	85	2	274	25	25	20	28	1.99
22226098--22226322	85	2.6	86	83	3	283	25	25	20	28	1.99
22226588--22226678	43	2.1	43	84	6	114	45	9	10	34	1.73
22229453--22229477	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22229687--22229763	2	40.0	2	78	12	72	44	5	1	49	1.33
22229795--22229835	16	2.6	16	92	0	64	34	7	2	56	1.40
22233255--22233291	17	2.1	18	90	5	58	29	24	0	45	1.53
22234008--22234041	9	3.7	9	92	4	50	82	5	0	11	0.83
22234008--22234067	17	3.5	16	76	24	52	83	3	6	6	0.90
22234849--22234878	11	2.7	11	100	0	60	93	6	0	0	0.35
22234881--22234922	8	5.2	8	91	8	68	76	0	11	11	1.03
22234873--22234930	22	2.6	24	86	10	79	74	0	12	13	1.08
22234888--22234922	15	2.3	15	100	0	70	77	0	11	11	1.00
22236192--22236580	100	3.9	99	84	2	467	32	20	20	25	1.97
22236192--22236717	150	3.5	149	78	4	434	33	21	21	24	1.97
22236197--22236781	50	11.7	50	74	3	318	32	21	20	24	1.97
22236350--22236781	150	2.9	150	78	3	440	33	22	20	23	1.97
22237004--22237119	44	2.6	44	83	2	135	33	19	17	29	1.95
22238998--22239066	2	36.0	2	76	13	56	43	5	0	50	1.26
22238991--22239037	14	3.6	13	83	8	60	44	8	0	46	1.33
22239012--22239089	35	2.2	34	82	10	95	38	7	1	52	1.38
22239098--22239138	16	2.6	16	92	0	64	34	7	2	56	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22243323--22243638	114	2.8	113	92	1	524	29	22	22	25	1.99
22243576--22243697	59	2.0	60	96	1	228	26	18	26	28	1.98
22243462--22243806	173	2.0	173	91	1	566	28	20	22	28	1.99
22243636--22243937	113	2.7	113	86	4	428	31	20	20	27	1.98
22243348--22243920	287	2.0	288	92	1	954	29	21	21	27	1.99
22243944--22244041	40	2.5	40	81	3	117	20	20	21	37	1.94
22264337--22264362	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
22274959--22275147	102	1.9	100	93	2	324	56	15	0	28	1.44
22275112--22275214	12	8.2	12	70	18	50	61	14	0	24	1.33
22275111--22275202	31	2.8	33	74	12	102	60	15	0	23	1.34
22275113--22275261	65	2.3	64	87	6	205	61	16	0	22	1.35
22280261--22280291	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
22287584--22287657	26	2.9	25	74	4	76	37	5	17	39	1.73
22289627--22289688	31	2.0	31	100	0	124	38	29	3	29	1.73
22289627--22289701	31	2.4	30	89	8	98	41	26	2	29	1.69
22291106--22291418	131	2.4	131	81	0	374	38	12	16	31	1.87
22291359--22291956	95	6.4	95	83	2	689	36	14	18	30	1.91
22298787--22298826	20	2.0	20	85	0	53	50	2	2	45	1.28
22302635--22302710	15	4.9	15	78	13	66	42	3	22	31	1.72
22302674--22302711	16	2.4	17	82	13	53	39	2	15	42	1.61
22315061--22315420	71	5.1	70	82	3	353	25	21	20	31	1.98
22315061--22315434	142	2.6	142	80	2	414	25	21	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22315191--22315419	35	6.5	35	72	5	138	27	23	18	31	1.98
22315265--22315405	36	4.0	35	75	4	122	28	21	17	31	1.96
22320105--22320165	20	3.3	19	69	21	58	8	31	0	60	1.26
22320403--22320446	15	2.9	15	82	0	52	38	18	31	11	1.86
22323039--22323081	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
22323090--22323161	38	1.9	37	86	8	101	48	0	5	45	1.25
22323314--22323353	16	2.5	16	83	0	53	32	22	7	37	1.82
22328542--22328585	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
22331128--22331180	25	2.1	25	85	0	70	41	16	15	26	1.88
22332524--22332548	13	1.9	13	100	0	50	60	24	0	16	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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