genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  45  of  168  ( 20060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12620305--12620381	36	2.1	36	87	0	109	16	1	46	35	1.56
12620341--12620388	22	2.2	22	84	0	60	18	2	43	35	1.62
12621067--12621099	16	2.1	16	94	0	57	57	6	9	27	1.53
12621371--12621418	25	1.9	25	83	8	62	45	4	0	50	1.21
12622588--12622635	23	2.1	22	85	11	62	22	18	8	50	1.74
12623454--12623487	15	2.3	15	100	0	68	41	5	5	47	1.52
12623463--12623531	17	3.3	21	73	23	65	37	2	2	56	1.29
12623851--12623952	20	5.3	20	70	13	79	46	8	5	39	1.59
12623787--12624434	142	4.6	142	88	5	978	45	10	5	39	1.62
12623995--12624146	55	2.7	55	95	1	268	45	8	5	40	1.57
12624050--12624230	76	2.4	76	96	1	328	46	6	4	41	1.51
12624050--12624260	76	2.8	75	90	4	273	45	9	4	39	1.58
12623851--12624364	273	1.9	274	94	1	906	45	9	5	39	1.60
12626608--12626653	21	2.2	21	88	7	67	47	4	4	43	1.42
12626672--12627765	66	16.3	66	73	18	630	45	10	5	38	1.60
12626604--12627063	142	3.2	142	96	1	816	44	10	4	40	1.59
12627055--12627142	29	3.2	29	62	23	71	44	10	7	37	1.68
12626980--12627184	54	3.8	54	94	1	338	45	8	6	39	1.60
12627030--12627113	25	3.2	25	64	23	64	45	9	5	39	1.61
12627068--12627155	29	3.2	29	62	28	73	47	10	6	35	1.64
12626696--12627662	392	2.4	397	89	4	1428	46	9	5	38	1.60
12627089--12627662	142	4.2	142	92	3	937	46	9	5	38	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12627427--12627471	21	2.2	20	96	4	81	51	4	4	40	1.42
12627503--12627598	20	4.8	20	71	10	70	50	6	5	38	1.50
12627442--12627727	127	2.2	131	91	3	463	47	11	4	36	1.60
12627696--12627804	20	5.8	20	71	18	81	48	6	4	40	1.49
12627707--12627813	56	1.9	54	81	12	128	46	7	3	42	1.50
12627922--12628084	9	19.4	9	69	14	98	47	20	3	28	1.65
12627929--12628059	25	5.2	24	73	14	88	47	21	3	27	1.68
12627815--12628058	116	2.1	116	82	8	302	46	20	4	29	1.69
12627973--12628091	41	2.9	41	87	0	157	52	18	1	27	1.55
12628012--12628065	25	2.2	25	82	0	63	55	18	0	25	1.43
12627933--12628088	66	2.4	66	80	6	181	48	20	3	28	1.65
12633470--12633596	66	1.9	66	90	3	202	43	16	25	14	1.86
12633470--12633617	66	2.2	66	85	2	199	41	18	25	14	1.89
12633611--12633657	21	2.2	21	80	0	58	34	14	42	8	1.77
12634003--12634291	43	6.7	43	80	5	271	21	19	32	27	1.97
12634019--12634291	86	3.2	86	81	4	302	20	19	32	27	1.97
12636103--12636155	23	2.3	23	100	0	106	16	5	26	50	1.67
12636103--12636166	23	2.8	23	90	0	65	18	6	21	53	1.67
12636893--12637002	54	2.0	55	85	5	152	28	19	31	20	1.97
12648655--12648694	21	1.9	21	89	0	62	45	35	10	10	1.71
12653179--12653339	49	3.3	48	73	9	130	29	28	13	29	1.94
12658718--12658750	15	2.1	16	88	5	50	63	3	3	30	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12658987--12659018	16	1.9	17	93	6	57	56	0	21	21	1.43
12666543--12666657	37	3.1	37	93	0	194	16	14	27	40	1.88
12669603--12669655	21	2.5	21	90	0	79	15	43	18	22	1.87
12674799--12674852	20	2.8	20	71	2	56	46	22	18	12	1.83
12684345--12684404	13	4.5	13	74	12	50	31	3	15	50	1.60
12684425--12684472	14	3.6	13	86	10	62	27	4	14	54	1.59
12685149--12685191	17	2.5	17	96	0	77	23	9	44	23	1.82
12691171--12691223	26	2.0	26	100	0	106	41	18	15	24	1.89
12692544--12692612	20	3.5	20	80	7	68	52	7	7	33	1.57
12692557--12692617	20	3.0	20	85	0	86	52	6	8	32	1.57
12695431--12695736	81	3.7	80	76	10	231	44	12	12	31	1.79
12698082--12698182	50	2.0	50	92	3	168	40	6	12	39	1.70
12700983--12701188	43	4.8	43	90	1	317	28	33	18	19	1.96
12703055--12703085	10	3.1	10	95	0	53	51	12	19	16	1.76
12704799--12704842	19	2.2	20	84	12	54	27	0	2	70	0.99
12705521--12705584	7	9.0	7	70	16	51	39	32	0	28	1.57
12705521--12705577	21	2.7	21	78	10	62	38	33	0	28	1.57
12705544--12705600	28	2.0	28	86	6	80	38	36	0	24	1.56
12705827--12705912	15	5.8	15	78	6	59	36	41	1	20	1.60
12705828--12705878	23	2.2	24	89	3	77	33	47	1	17	1.59
12705842--12705899	15	3.9	15	81	2	73	34	44	0	20	1.52
12705867--12705907	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12705894--12705941	14	3.4	14	80	5	51	47	33	0	18	1.49
12706214--12706330	41	2.9	41	94	0	198	29	29	21	18	1.97
12707561--12707710	65	2.3	65	97	1	282	44	1	8	46	1.41
12708144--12708255	61	1.9	58	88	5	170	39	3	5	51	1.42
12708141--12708276	58	2.3	58	81	9	152	39	3	6	50	1.46
12723545--12723631	41	2.1	41	100	0	174	35	36	12	14	1.85
12724399--12724487	37	2.4	37	90	1	135	53	22	3	20	1.60
12731572--12731766	51	3.9	50	79	6	223	28	28	18	24	1.98
12731580--12731764	101	1.8	101	91	3	309	29	27	18	24	1.98
12737184--12737255	30	2.4	30	86	11	94	81	1	12	4	0.89
12737194--12737263	21	3.3	22	88	7	92	81	0	12	5	0.86
12738147--12738585	44	9.7	44	70	11	244	29	18	21	30	1.97
12740522--12740588	24	3.1	21	80	17	68	55	2	7	34	1.43
12740524--12740707	23	8.2	22	72	10	81	53	4	7	34	1.48
12741508--12741552	22	2.0	22	86	4	63	33	17	6	42	1.76
12741531--12741584	19	2.8	19	97	0	99	33	16	11	38	1.84
12741697--12741727	14	2.2	14	94	0	53	12	0	9	77	0.99
12741792--12741820	15	1.9	15	100	0	58	13	6	0	79	0.93
12745587--12745685	9	11.0	9	74	10	78	35	2	17	45	1.60
12745587--12745676	36	2.5	36	96	0	162	35	1	16	46	1.55
12745737--12745762	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
12747500--12747528	13	2.1	14	93	6	51	55	6	3	34	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12749439--12749477	19	2.1	19	85	0	51	74	2	5	17	1.12
12749721--12749867	48	3.0	49	80	12	169	45	6	27	19	1.76
12749931--12750061	40	3.2	40	84	1	154	20	24	16	38	1.92
12751903--12751943	20	2.0	21	85	9	57	36	7	9	46	1.65
12752063--12752096	15	2.3	15	90	10	52	32	2	2	61	1.26
12757088--12757134	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
12764580--12764724	53	2.7	56	78	12	171	41	18	17	22	1.90
12764580--12764722	27	5.4	27	80	8	132	41	18	18	21	1.90
12764673--12764788	27	4.3	27	83	2	117	34	19	19	25	1.96
12764851--12764905	24	2.3	24	81	6	67	20	7	23	49	1.74
12765053--12765180	32	4.0	32	82	6	143	20	21	21	37	1.94
12777332--12777398	32	2.1	32	100	0	134	23	29	17	28	1.97
12783628--12783688	28	2.2	28	88	2	88	29	22	16	31	1.96
12788157--12788195	20	1.9	21	89	5	62	33	25	12	28	1.93
12790177--12790213	15	2.5	15	95	0	65	10	27	27	35	1.90
12796104--12796159	23	2.6	21	74	23	53	21	5	7	66	1.37
12803737--12803946	29	7.5	26	80	7	114	23	16	24	34	1.95
12803766--12803946	29	6.4	28	84	5	170	25	16	23	34	1.95
12803735--12804001	58	4.7	58	76	9	198	25	15	24	34	1.95
12803782--12803944	87	1.9	87	82	7	206	26	16	23	32	1.96
12806852--12806878	13	2.1	13	100	0	54	22	14	22	40	1.90
12807872--12807937	33	2.0	33	96	0	123	22	33	19	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12808006--12808134	26	4.9	26	69	12	93	22	27	15	34	1.94
12808007--12808132	52	2.4	53	82	5	157	22	27	15	34	1.94
12808844--12808868	9	2.8	9	100	0	50	44	24	12	20	1.85
12810581--12811108	113	4.6	113	75	4	420	31	19	21	27	1.97
12811200--12811395	90	2.2	89	96	3	365	26	3	27	42	1.70
12811540--12811616	7	10.3	7	75	10	55	22	3	32	41	1.72
12811537--12811616	16	5.3	15	71	13	56	21	3	33	41	1.71
12812607--12812653	22	2.1	22	96	0	85	27	8	23	40	1.83
12812992--12813107	36	3.2	36	66	16	105	28	6	17	47	1.73
12812959--12813159	71	2.8	71	93	1	341	25	5	17	51	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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