genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27121064--27121111	5	8.8	5	84	15	60	2	18	0	79	0.84
27121063--27121112	11	4.5	11	85	12	66	2	18	0	80	0.82
27121063--27121111	17	2.9	16	91	8	80	2	18	0	79	0.83
27121063--27121105	6	7.7	6	87	10	56	0	18	0	81	0.69
27124387--27124455	34	2.0	34	100	0	138	26	20	8	44	1.80
27124555--27124652	50	2.0	50	97	0	187	48	16	2	32	1.57
27146219--27146278	24	2.5	24	83	0	75	46	1	3	48	1.28
27146591--27146649	25	2.3	26	88	2	84	55	1	3	38	1.26
27147220--27147247	6	4.7	6	100	0	56	35	0	32	32	1.58
27151762--27151806	13	3.5	13	76	11	56	40	4	22	33	1.74
27151762--27151822	26	2.3	26	86	5	88	40	4	22	31	1.75
27155802--27156146	102	3.4	102	81	8	357	27	14	26	31	1.95
27155802--27156141	51	6.7	50	73	8	242	27	14	26	31	1.95
27162914--27163252	51	6.7	51	76	9	311	28	15	26	29	1.96
27162914--27163255	102	3.4	101	82	7	394	28	15	26	29	1.96
27170047--27170230	51	3.7	49	75	9	176	27	14	25	32	1.95
27171159--27171204	3	15.3	3	86	8	67	30	36	0	32	1.58
27175397--27176436	357	2.9	353	88	1	1505	28	20	16	34	1.94
27189268--27189334	34	2.0	34	82	11	84	31	22	25	20	1.98
27199905--27199967	23	2.6	24	82	7	74	47	20	14	17	1.82
27203256--27203280	8	3.1	8	100	0	50	28	0	0	72	0.86
27204560--27204636	5	15.4	5	84	10	104	18	3	1	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27209282--27209418	35	3.9	35	85	0	166	40	17	17	24	1.91
27217107--27217132	10	2.6	10	100	0	52	23	0	7	69	1.14
27218063--27218116	19	2.9	19	86	8	67	53	5	0	40	1.24
27218123--27218147	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
27221974--27222008	15	2.3	15	100	0	70	48	14	14	22	1.79
27225156--27225366	62	3.4	62	95	0	377	21	24	9	43	1.83
27228027--27228060	9	3.9	9	96	3	61	41	0	0	58	0.98
27229991--27230077	28	3.1	28	69	17	74	43	1	2	52	1.21
27230149--27230183	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27230089--27230422	156	2.3	145	82	11	380	47	5	3	43	1.43
27230125--27230452	156	2.1	156	97	0	620	46	6	3	42	1.46
27230305--27230353	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
27230305--27230359	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
27230575--27230610	16	2.2	16	95	0	63	38	38	0	22	1.54
27248265--27248309	24	1.9	23	86	4	63	24	6	22	46	1.75
27249124--27249287	40	4.1	40	80	3	161	29	21	22	25	1.99
27249168--27249279	39	2.9	38	85	4	134	25	23	25	26	2.00
27249704--27249900	7	27.9	7	67	13	55	21	1	34	43	1.60
27249699--27249899	14	14.2	14	70	11	88	22	0	32	43	1.60
27249762--27249820	21	2.8	21	81	0	64	18	0	35	45	1.50
27251501--27252156	328	2.0	323	95	2	1188	23	7	28	41	1.80
27253941--27254125	43	4.3	43	81	2	228	23	20	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27255431--27255742	96	3.3	94	83	5	351	29	14	20	36	1.91
27255423--27255742	48	6.7	47	73	9	227	29	14	20	36	1.92
27264032--27264074	14	3.2	14	74	12	54	53	0	0	46	1.00
27264136--27264196	25	2.5	24	92	7	104	34	37	11	16	1.85
27268528--27268600	19	3.8	19	92	0	128	38	9	15	36	1.80
27268528--27268626	19	4.9	21	86	6	93	37	8	16	38	1.78
27274220--27274303	42	2.0	42	88	0	123	32	15	28	23	1.95
27275465--27276491	132	7.8	132	93	0	1743	28	18	24	29	1.98
27275536--27276135	44	13.6	44	65	12	167	28	18	24	28	1.98
27276818--27276928	19	5.8	19	89	0	177	39	9	13	37	1.76
27276825--27276928	38	2.7	38	98	0	199	40	8	12	38	1.74
27276818--27276954	19	6.9	21	85	4	114	38	8	14	38	1.76
27281572--27281604	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
27282013--27282037	7	3.6	7	100	0	50	12	16	0	72	1.13
27287657--27287761	36	2.9	37	82	12	112	48	9	9	32	1.68
27287691--27287815	56	2.2	58	81	7	139	43	11	9	36	1.73
27287733--27287781	20	2.5	20	90	6	73	38	14	10	36	1.80
27287767--27287802	17	2.2	17	90	5	56	47	11	5	36	1.63
27287784--27287825	22	2.0	21	86	9	59	45	7	7	40	1.59
27287747--27287824	37	2.1	37	85	2	102	43	10	6	39	1.64
27287848--27287984	37	3.6	39	76	6	113	42	8	12	37	1.72
27287890--27288186	18	16.7	18	72	10	202	44	10	13	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27287888--27288021	37	3.7	36	74	6	110	42	6	14	35	1.73
27288286--27288323	20	1.9	20	88	0	58	42	7	13	36	1.73
27288882--27288941	11	5.2	11	78	11	66	0	23	0	76	0.78
27288865--27288936	17	4.0	18	75	18	62	1	19	0	79	0.81
27288874--27288938	13	5.1	13	73	16	64	0	21	0	78	0.75
27288865--27288941	24	3.2	24	83	5	95	1	20	0	77	0.83
27288867--27288948	42	2.0	42	83	9	105	1	24	0	74	0.89
27289497--27289657	30	5.5	28	77	10	135	40	4	24	30	1.76
27289521--27289659	29	4.7	29	78	9	147	38	5	25	30	1.77
27289497--27289659	59	2.7	59	80	10	172	40	4	23	30	1.76
27290021--27290497	162	3.0	163	90	5	735	34	20	16	28	1.94
27290021--27290497	79	5.9	79	82	11	544	34	20	16	28	1.94
27290444--27290558	60	1.9	62	89	3	180	31	19	16	33	1.94
27291426--27291466	15	2.8	15	88	3	57	0	7	4	87	0.65
27291426--27291500	17	4.4	16	77	14	62	1	4	10	84	0.82
27291439--27291487	22	2.2	23	82	13	59	2	2	10	85	0.76
27291454--27291500	13	3.5	13	78	18	51	2	0	14	82	0.75
27291450--27291497	21	2.3	21	85	7	62	2	0	16	81	0.79
27302520--27302616	38	2.6	37	84	9	117	47	8	9	35	1.66
27302600--27302648	20	2.5	20	90	6	73	38	14	10	36	1.80
27302634--27302669	17	2.2	17	90	5	56	47	11	5	36	1.63
27302651--27302692	22	2.0	21	86	9	59	45	7	7	40	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27302614--27302857	37	6.2	37	67	16	118	45	9	11	34	1.72
27302719--27303038	18	17.7	18	69	14	180	45	10	13	31	1.77
27302757--27303025	37	7.4	36	72	14	137	45	9	13	31	1.76
27302831--27303020	35	5.3	35	77	9	159	45	10	13	31	1.76
27302887--27302951	17	3.8	16	78	10	67	43	12	15	29	1.83
27303138--27303175	20	1.9	20	88	0	58	42	7	13	36	1.73
27303718--27303774	11	5.1	11	78	16	55	1	21	0	77	0.86
27303718--27303774	17	3.4	16	78	9	60	1	21	0	77	0.86
27304328--27304486	29	5.4	29	74	12	137	40	5	23	30	1.76
27304351--27304489	59	2.4	59	83	9	183	38	5	25	30	1.77
27304351--27304487	29	4.6	30	81	6	163	38	5	25	30	1.78
27305088--27305118	14	2.2	14	100	0	62	19	6	6	67	1.35
27306173--27306200	6	4.7	6	100	0	56	0	67	0	32	0.91
27306461--27306488	6	4.7	6	100	0	56	0	14	0	85	0.59
27308732--27308782	24	2.2	24	77	22	56	33	0	5	60	1.21
27308938--27309004	34	1.9	35	93	3	118	46	13	8	31	1.74
27313029--27313125	12	9.4	11	68	21	50	59	1	4	35	1.23
27313002--27313125	39	3.0	40	82	11	126	59	1	4	34	1.26
27313039--27313114	31	2.6	28	84	12	84	61	1	2	34	1.18
27313394--27313436	21	2.0	21	86	0	59	16	16	16	51	1.77
27319642--27319675	16	2.1	16	88	0	50	17	29	23	29	1.97
27319647--27319764	41	2.9	41	87	0	155	17	22	26	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27323238--27323278	16	2.6	16	92	0	64	31	29	9	29	1.89
27326588--27326778	61	3.2	60	71	11	201	42	1	4	51	1.29
27326584--27326813	120	1.9	120	97	0	433	43	0	4	51	1.29
27326747--27326793	18	2.6	18	90	6	69	42	0	0	57	0.98
27326744--27326860	41	2.7	40	73	20	101	43	0	1	53	1.16
27329115--27329169	19	2.9	18	81	7	58	76	1	3	18	1.02
27329115--27329169	13	4.3	13	76	15	53	76	1	3	18	1.02
27331362--27331401	18	2.2	18	90	0	62	20	30	10	40	1.85
27331871--27331928	25	2.3	25	93	0	98	41	0	13	44	1.44
27331828--27331956	70	1.9	69	91	3	215	36	0	12	50	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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