genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29067787--29067883	25	3.9	25	69	1	70	38	17	20	23	1.93
29068094--29068159	25	2.7	23	73	11	69	39	19	27	13	1.89
29068492--29068521	10	2.8	11	90	10	53	36	26	0	36	1.57
29071273--29071318	2	24.0	2	78	8	51	50	0	2	47	1.13
29077042--29077314	35	7.4	35	72	13	199	31	23	21	23	1.98
29076999--29077332	75	4.5	75	84	3	417	32	23	21	23	1.98
29077359--29077407	20	2.4	21	89	3	82	36	24	2	36	1.67
29077375--29077466	37	2.5	36	85	7	96	35	22	2	39	1.67
29093190--29093237	24	2.0	24	100	0	96	37	8	20	33	1.83
29097086--29097176	20	4.4	21	77	16	84	38	0	6	54	1.26
29105200--29105390	28	6.9	27	78	9	163	25	23	16	35	1.94
29105213--29105397	55	3.4	56	82	5	191	25	22	16	35	1.95
29108186--29108237	27	1.9	27	100	0	104	36	15	9	38	1.80
29112260--29112326	28	2.4	28	92	2	109	26	29	14	28	1.96
29114685--29114716	15	2.1	15	94	0	55	71	0	0	28	0.86
29122943--29123022	26	3.1	26	81	1	99	22	21	22	33	1.97
29122949--29123023	25	3.0	25	80	2	87	21	21	22	34	1.97
29123125--29123189	28	2.4	27	84	5	87	26	20	23	30	1.98
29130671--29130829	26	6.1	26	82	0	183	21	22	22	34	1.97
29130671--29130817	78	1.9	78	85	0	204	21	22	21	34	1.97
29130671--29130829	52	3.1	52	87	0	219	21	22	22	34	1.97
29130932--29130994	28	2.3	28	81	5	76	26	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29138337--29138527	64	3.0	64	100	0	382	28	28	14	29	1.95
29138958--29139016	7	8.0	7	80	12	57	74	1	11	11	1.15
29138957--29139016	14	4.0	15	79	14	70	75	1	11	11	1.13
29138957--29139007	8	6.6	8	78	17	63	78	1	9	9	1.04
29138958--29138999	22	2.0	22	95	4	77	78	2	9	9	1.05
29140247--29140385	45	3.2	45	66	13	117	30	23	23	22	1.99
29140385--29140722	129	2.6	127	87	2	496	30	19	23	25	1.98
29140732--29141266	219	2.4	218	85	2	689	29	19	22	28	1.98
29141285--29141560	50	5.5	50	71	5	207	32	23	19	24	1.97
29141271--29141564	100	2.9	100	90	0	453	32	23	20	24	1.98
29142963--29143019	3	18.3	3	75	7	51	28	5	3	63	1.33
29145670--29145706	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
29146575--29146616	18	2.4	17	84	7	57	52	2	0	45	1.13
29150979--29151087	57	1.9	57	96	3	202	21	42	1	34	1.63
29150996--29151086	27	3.3	27	69	24	89	19	40	2	37	1.64
29166623--29166647	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
29170485--29170526	21	2.0	21	100	0	84	14	28	19	38	1.90
29174978--29175071	37	2.6	36	81	11	102	32	22	1	43	1.60
29178641--29178680	3	13.7	3	85	15	57	62	0	0	37	0.95
29187280--29187507	43	5.3	43	83	2	262	26	29	20	23	1.98
29187251--29187507	86	2.9	86	81	5	268	28	29	20	22	1.98
29189545--29189592	22	2.2	22	100	0	96	14	20	16	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29197019--29197091	23	3.1	23	86	9	103	28	6	6	57	1.51
29197033--29197091	23	2.6	23	97	0	109	32	3	6	57	1.41
29197669--29197704	7	5.1	7	86	0	54	27	50	2	19	1.62
29197837--29197966	61	2.1	63	91	2	210	47	23	0	29	1.52
29198130--29198163	14	2.4	14	95	0	59	44	35	0	20	1.52
29198489--29198646	41	3.9	41	90	0	235	27	30	20	20	1.98
29198681--29198817	40	3.4	40	85	5	179	16	22	23	37	1.94
29202184--29202310	41	3.1	41	89	0	191	33	18	27	20	1.96
29202239--29202305	20	3.3	20	68	12	64	35	19	25	19	1.95
29206931--29206995	27	2.4	28	87	10	98	30	0	23	46	1.53
29207076--29207111	18	1.9	19	88	5	56	41	0	2	55	1.14
29207877--29208001	55	2.3	54	80	4	142	24	10	15	49	1.75
29208011--29208131	55	2.2	55	88	1	181	28	7	14	48	1.71
29217598--29217642	21	2.1	21	83	0	54	22	33	20	24	1.97
29218011--29218100	41	2.2	41	86	4	119	31	32	22	14	1.94
29222213--29222253	20	2.1	18	86	13	55	63	4	0	31	1.15
29222920--29222987	21	3.0	24	77	14	72	39	13	5	41	1.68
29222943--29223039	21	4.7	21	92	2	153	39	11	9	40	1.73
29226601--29226642	16	2.5	18	77	14	54	45	2	2	50	1.27
29230237--29230282	11	4.2	11	83	10	67	17	34	2	45	1.61
29230236--29230278	22	2.0	22	95	0	77	18	32	2	46	1.62
29230271--29230348	40	2.0	40	89	5	122	26	28	0	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29230237--29230300	11	5.8	12	79	17	52	21	32	1	43	1.62
29231489--29231513	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
29232159--29232201	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
29232684--29232893	116	1.8	117	80	9	259	40	6	7	46	1.58
29233657--29233694	15	2.6	15	91	4	60	44	34	0	21	1.52
29245988--29246034	17	2.8	17	71	12	51	74	0	21	4	0.99
29249672--29249725	25	2.2	25	86	6	74	24	14	3	57	1.54
29250508--29250532	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
29251436--29251479	7	6.3	7	82	17	56	68	0	15	15	1.22
29251436--29251479	21	2.1	21	91	0	70	68	0	15	15	1.22
29252820--29252958	44	3.2	44	67	15	115	25	26	22	25	2.00
29252715--29253297	88	6.6	88	81	2	637	28	24	24	23	2.00
29255165--29255221	3	19.0	3	80	7	53	33	5	3	57	1.38
29255260--29255334	20	3.5	20	72	19	69	25	5	6	62	1.41
29259714--29259740	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
29274548--29274582	18	1.9	18	88	0	52	28	17	11	42	1.83
29280877--29281004	62	2.1	62	100	0	256	36	17	14	31	1.90
29284867--29284940	22	3.3	22	75	5	60	41	20	21	16	1.90
29284932--29285068	32	4.3	32	85	0	168	37	21	21	20	1.95
29285076--29285126	26	2.0	26	92	0	84	33	25	23	17	1.96
29285242--29285346	24	4.4	24	80	7	97	44	23	8	22	1.80
29285254--29285349	24	4.0	24	80	8	106	45	22	7	23	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29285367--29285446	27	3.0	27	81	5	92	26	20	17	36	1.94
29285429--29285473	23	2.0	23	86	8	65	24	20	22	33	1.97
29285488--29285629	27	5.3	27	81	5	155	21	18	17	42	1.89
29291308--29291367	5	12.0	5	100	0	120	0	20	0	80	0.72
29293820--29293860	19	2.1	20	86	4	57	56	4	9	29	1.53
29294311--29294449	40	3.5	40	71	8	115	29	17	23	28	1.97
29301920--29301996	40	1.9	40	83	0	100	31	18	19	31	1.96
29312623--29312674	28	2.0	25	85	11	68	51	3	5	38	1.44
29314528--29314559	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
29317148--29317178	11	2.8	11	100	0	62	9	16	16	58	1.63
29317899--29317958	33	1.9	34	83	16	85	16	11	1	70	1.25
29322248--29322429	90	2.0	90	98	0	355	41	11	22	24	1.87
29325206--29325239	18	1.9	17	88	5	50	70	0	5	23	1.09
29328452--29328640	91	2.1	91	85	2	263	43	12	11	32	1.78
29329675--29329810	66	2.1	65	95	1	245	27	19	14	37	1.91
29337792--29337827	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
29344090--29344120	5	6.2	5	100	0	62	19	0	0	80	0.71
29345209--29345278	29	2.4	29	81	13	81	35	0	0	64	0.94
29345219--29345277	30	1.9	31	86	6	84	38	0	0	61	0.96
29348254--29348339	43	2.0	43	88	0	127	54	0	20	24	1.45
29349761--29349854	49	1.9	49	91	0	152	43	8	24	23	1.81
29351326--29351390	21	3.1	21	70	16	55	58	9	1	30	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29353069--29353121	13	4.1	13	80	9	72	30	7	26	35	1.84
29352956--29353168	91	2.3	90	74	16	211	28	6	25	39	1.79
29357835--29357945	55	2.0	55	100	0	222	30	7	29	32	1.84
29360223--29360301	31	2.5	30	86	8	104	30	15	10	44	1.79
29360495--29360540	24	2.0	23	86	4	65	28	4	2	65	1.23
29360945--29361034	30	2.9	31	75	15	105	56	8	4	30	1.50
29361383--29361469	19	4.7	19	70	23	78	29	10	13	45	1.77
29361363--29361484	54	2.3	55	89	2	194	31	9	16	41	1.81
29364852--29364918	26	2.6	25	79	11	64	17	5	2	73	1.17
29364856--29364927	12	5.9	12	75	16	60	18	5	2	73	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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