genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22335466--22335499	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
22335674--22335735	15	3.6	17	74	20	58	66	3	3	27	1.23
22335829--22335867	16	2.4	17	91	4	62	61	2	7	28	1.37
22340110--22340185	38	2.0	38	94	0	134	17	17	19	46	1.85
22341564--22341620	26	2.2	26	77	17	64	43	0	3	52	1.18
22341736--22341827	44	2.1	44	86	8	125	34	25	5	34	1.79
22341817--22341864	16	3.0	16	85	11	71	25	27	8	39	1.84
22344088--22344155	32	2.1	33	91	2	111	48	11	20	19	1.80
22344101--22344181	35	2.4	33	81	6	92	46	14	20	17	1.83
22355562--22355594	6	5.5	6	96	0	57	57	30	0	12	1.35
22356446--22356477	15	2.1	15	94	5	55	43	0	0	56	0.99
22357283--22357317	5	7.0	5	93	0	61	37	0	0	62	0.95
22357750--22357786	16	2.4	16	86	4	58	45	0	0	54	1.00
22361648--22361677	16	1.9	16	93	6	53	10	36	13	40	1.78
22374401--22374444	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
22380995--22381038	20	2.2	20	88	4	63	75	2	0	22	0.92
22391623--22391661	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
22393673--22393711	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
22393913--22394149	50	4.6	50	74	6	165	24	26	22	27	2.00
22400917--22400949	10	3.7	9	84	15	50	3	18	0	78	0.87
22402745--22402779	17	2.1	17	94	0	61	28	14	11	45	1.79
22427135--22427232	37	2.6	37	80	1	106	38	18	14	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22434881--22434947	32	2.1	32	100	0	134	32	11	5	49	1.64
22435384--22435450	30	2.3	27	73	22	64	37	1	1	59	1.16
22437040--22437116	34	2.2	37	76	17	85	53	7	1	37	1.38
22440269--22440312	19	2.3	19	76	0	52	47	2	2	47	1.27
22443054--22443078	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22444522--22444548	13	2.1	13	100	0	54	29	37	0	33	1.58
22445001--22445124	63	2.0	63	93	0	212	29	12	15	41	1.84
22446156--22446243	44	2.0	44	84	4	117	43	5	14	36	1.70
22449119--22449152	16	2.1	16	88	0	50	58	0	2	38	1.13
22453495--22453563	31	2.2	31	92	0	111	39	10	14	36	1.80
22463996--22464145	38	3.9	38	88	0	210	36	30	22	11	1.89
22466208--22466237	14	2.1	14	93	0	51	43	26	3	26	1.70
22471399--22471438	17	2.4	18	88	12	59	25	32	12	30	1.92
22471807--22471921	25	4.7	25	72	16	105	33	20	22	24	1.97
22473072--22473117	7	6.3	7	82	7	56	63	0	0	36	0.95
22479718--22479757	13	3.2	13	89	3	55	12	5	17	65	1.44
22481540--22481642	54	1.9	54	89	0	161	26	24	22	27	2.00
22481535--22481667	54	2.5	54	79	0	158	25	24	23	27	2.00
22483771--22483969	45	4.4	45	80	7	183	24	21	14	39	1.91
22483771--22483969	90	2.2	90	79	7	217	24	21	14	39	1.91
22483848--22484020	45	3.8	45	80	7	147	24	19	14	41	1.89
22489336--22489462	45	2.8	45	85	0	164	22	23	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22490289--22490324	8	4.5	8	100	0	72	36	11	0	52	1.37
22503436--22503573	56	2.6	50	84	8	152	27	19	27	25	1.99
22503436--22503612	50	3.4	49	76	13	160	28	19	27	24	1.99
22503842--22503913	36	2.0	36	100	0	144	36	8	27	27	1.86
22510097--22510294	50	3.8	52	76	5	170	27	19	28	24	1.99
22515275--22515352	25	3.1	25	82	12	97	32	0	2	65	1.06
22515303--22515349	13	3.6	13	74	8	51	29	0	0	70	0.88
22515291--22515353	25	2.5	24	90	10	99	31	0	1	66	1.01
22515384--22515464	8	9.6	9	74	14	50	30	2	1	65	1.13
22515393--22515466	21	3.4	21	72	12	69	32	2	1	63	1.17
22518110--22518141	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
22521984--22522295	44	6.8	44	73	9	223	27	23	19	30	1.98
22521985--22522208	93	2.5	89	84	7	272	26	22	20	30	1.98
22522365--22522661	85	3.4	85	71	14	249	32	19	17	30	1.95
22522495--22522802	45	6.8	45	73	10	207	32	21	14	30	1.94
22522265--22522802	181	3.0	181	82	2	605	31	20	16	30	1.95
22549799--22549871	29	2.5	29	95	0	128	20	27	9	42	1.83
22550953--22551009	26	2.2	26	90	0	87	24	15	24	35	1.95
22552142--22552185	22	2.0	22	86	4	63	27	0	4	68	1.09
22552148--22552203	6	9.5	6	81	14	55	25	3	1	69	1.14
22552148--22552203	13	4.8	12	78	17	55	25	3	1	69	1.14
22552194--22552235	13	3.3	12	84	12	57	7	7	9	76	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22552213--22552299	6	14.5	6	78	14	83	3	2	13	80	0.94
22553970--22554005	11	3.3	11	96	0	63	58	2	25	13	1.49
22555388--22555481	46	2.0	46	100	0	188	27	14	18	39	1.90
22557417--22557568	59	2.6	59	80	4	164	42	12	15	28	1.84
22557522--22557674	51	2.7	57	78	17	176	39	15	16	28	1.89
22557551--22557647	51	1.9	51	97	0	185	44	13	16	25	1.84
22558896--22559028	67	2.0	67	80	2	151	27	19	17	36	1.94
22564798--22564835	19	2.0	19	100	0	76	36	26	10	26	1.89
22566044--22566103	28	2.1	28	93	0	102	28	10	20	41	1.84
22566400--22566506	45	2.3	46	78	10	114	28	23	15	32	1.95
22570871--22571075	84	2.5	82	85	4	259	53	4	20	21	1.64
22571569--22571615	9	5.2	9	84	0	58	31	10	10	46	1.73
22571569--22571615	18	2.6	18	93	0	85	31	10	10	46	1.73
22573508--22573545	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
22581672--22582238	44	12.5	44	71	11	315	34	17	19	28	1.95
22581667--22581877	89	2.4	89	84	5	250	36	17	17	29	1.93
22581673--22582012	133	2.5	133	79	9	364	35	17	18	28	1.93
22581672--22582215	139	3.9	138	72	13	406	34	17	19	28	1.94
22582074--22582257	44	4.2	44	85	2	244	33	19	19	28	1.95
22582895--22582926	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
22583861--22583910	3	16.0	3	87	4	64	30	4	0	66	1.10
22583862--22583922	17	3.5	17	82	10	70	31	3	1	63	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22584819--22584855	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
22588066--22588108	22	2.0	22	95	0	77	9	16	27	46	1.77
22588161--22588380	43	5.1	43	89	1	334	30	33	17	18	1.94
22588159--22588380	85	2.6	85	89	1	336	30	33	17	18	1.94
22588161--22588397	128	1.9	127	88	2	359	30	32	17	19	1.95
22589605--22589632	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
22590267--22590297	10	3.1	10	95	0	53	51	12	19	16	1.76
22592828--22592976	75	1.9	78	86	6	216	31	8	14	44	1.76
22593775--22593865	14	6.5	14	82	5	103	29	46	0	24	1.53
22593633--22593795	82	2.0	81	86	1	227	45	29	0	24	1.58
22593775--22593865	7	13.0	7	75	4	85	29	46	0	24	1.53
22593775--22593865	28	3.2	28	80	6	121	29	46	0	24	1.53
22593775--22593865	42	2.2	42	84	4	121	29	46	0	24	1.53
22594306--22594391	41	2.1	41	93	0	145	27	24	24	23	2.00
22598636--22598674	17	2.3	17	86	8	53	66	2	0	30	1.05
22598625--22598670	23	2.0	22	83	8	56	67	6	0	26	1.15
22599335--22599385	2	25.5	2	95	0	93	49	0	0	50	1.00
22605998--22606065	36	1.9	34	91	5	109	13	0	36	50	1.42
22606270--22606683	126	3.3	126	92	0	677	32	19	21	26	1.97
22609726--22609751	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
22611038--22611070	7	4.7	7	92	0	57	57	18	0	24	1.40
22612276--22612323	22	2.2	23	82	17	66	43	0	31	25	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22612280--22612325	11	4.3	10	81	13	56	45	0	28	26	1.54
22618347--22618395	24	2.0	24	84	11	64	30	0	2	67	1.02
22619525--22619596	31	2.3	31	80	2	90	25	6	13	54	1.64
22621890--22621998	56	1.9	57	81	5	132	24	13	5	55	1.59
22621893--22622003	28	3.9	28	78	9	109	23	15	5	55	1.60
22622281--22622354	34	2.2	34	85	4	96	31	9	16	43	1.79
22622292--22622362	34	2.1	34	91	0	115	29	8	16	45	1.77
22628770--22628824	26	2.1	26	96	0	101	16	9	30	43	1.79
22629249--22629321	38	1.9	38	100	0	146	27	15	10	46	1.79
22636239--22636273	18	1.9	18	94	0	61	62	5	8	22	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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