Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   

This is table  86  of  168  ( 20060 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25409012--25409056
13
3.5
13
96
0
81
77
0
6
15
0.96
25423069--25423118
23
2.3
23
86
6
68
56
12
6
26
1.58
25423386--25423466
28
2.8
30
66
21
80
44
12
8
34
1.73
25426230--25426287
15
3.8
15
83
2
71
75
0
20
3
0.94
25426230--25426286
8
7.2
8
78
9
64
75
0
21
3
0.95
25436081--25436142
10
5.9
10
74
10
52
33
32
3
30
1.74
25436081--25436143
21
3.0
21
88
2
90
33
33
3
30
1.74
25437791--25437837
20
2.3
20
85
7
60
25
17
29
27
1.97
25441876--25441949
22
3.4
22
84
0
103
31
27
14
27
1.95
25445566--25445633
28
2.4
29
85
9
88
51
11
10
26
1.70
25447490--25447583
18
5.6
18
74
23
87
9
29
4
56
1.50
25447490--25447583
33
2.8
33
90
1
134
9
29
4
56
1.50
25447630--25447669
17
2.3
18
87
8
57
7
17
0
75
1.03
25453648--25453720
29
2.5
29
95
0
128
45
13
9
31
1.76
25455095--25455159
22
2.9
22
76
2
58
26
33
4
35
1.77
25464095--25464139
20
2.3
19
84
7
54
31
11
33
24
1.90
25467461--25467502
12
3.6
12
80
6
59
16
4
2
76
1.07
25467460--25467502
11
3.5
13
75
18
56
16
4
2
76
1.05
25467452--25467502
23
2.3
23
93
3
86
13
5
1
78
1.02
25469053--25469097
20
2.3
19
84
7
54
33
11
31
24
1.90
25472377--25472441
22
2.9
22
88
2
85
33
32
4
29
1.78
25478417--25478441
11
2.3
11
100
0
50
16
12
0
72
1.13
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25478422--25478456
16
2.3
15
90
5
52
8
8
2
80
1.01
25478437--25478478
12
3.7
11
87
12
59
9
7
7
76
1.17
25478437--25478480
22
2.0
22
91
8
72
11
6
9
72
1.27
25480345--25480395
10
5.1
10
85
7
68
15
3
1
78
0.99
25480346--25480395
11
4.9
11
85
11
63
16
4
2
78
1.00
25481855--25481899
20
2.3
19
84
7
54
31
11
33
24
1.90
25486565--25486613
26
2.0
24
84
8
62
67
4
6
22
1.30
25486640--25486676
19
2.0
19
89
5
58
62
5
8
24
1.44
25488779--25488833
15
3.8
14
80
7
65
74
1
21
1
1.01
25495206--25495259
27
2.0
28
81
3
65
50
12
7
29
1.68
25498572--25498682
45
2.5
45
98
0
213
25
20
17
36
1.94
25506146--25506202
30
1.9
29
82
10
71
56
0
26
17
1.41
25506162--25506285
54
2.3
54
83
2
142
55
3
25
15
1.55
25506570--25506634
22
2.9
22
79
2
67
36
4
32
26
1.77
25510574--25510620
20
2.3
20
85
7
60
27
29
17
25
1.97
25512437--25512465
14
2.0
15
93
6
51
34
20
6
37
1.80
25514438--25514475
20
1.9
20
88
0
58
23
18
31
26
1.97
25519608--25519666
21
2.9
22
78
16
74
5
22
3
69
1.23
25519608--25519666
20
2.9
20
75
25
61
5
22
3
69
1.23
25519610--25519668
18
3.1
19
75
20
52
5
23
3
67
1.26
25521709--25521746
20
1.9
19
94
5
67
23
28
15
31
1.96
25523572--25523610
11
3.5
11
83
10
53
76
5
2
15
1.06
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25523572--25523615
23
2.0
22
90
4
70
68
4
6
20
1.31
25524494--25524540
21
2.2
21
88
7
69
68
0
23
8
1.17
25524510--25524555
21
2.2
21
84
7
58
73
0
17
8
1.07
25532951--25532991
17
2.4
18
80
8
50
14
24
4
56
1.58
25535146--25535185
11
3.7
11
83
16
57
7
7
5
80
1.03
25535142--25535186
20
2.3
19
88
7
72
6
6
4
82
0.95
25563716--25563751
18
2.0
18
89
10
56
19
13
0
66
1.24
25566459--25566496
20
1.9
19
94
5
67
23
28
15
31
1.96
25570177--25570228
11
4.5
11
79
9
59
15
5
1
76
1.05
25626005--25626056
12
4.2
12
79
13
61
26
5
5
61
1.42
25626008--25626051
13
3.5
13
84
12
56
18
4
4
72
1.19
25627713--25627742
13
2.3
13
94
0
51
36
16
13
33
1.88
25634800--25634864
22
2.9
22
79
2
67
36
4
32
26
1.77
25647776--25647811
18
1.9
18
88
5
54
55
8
11
25
1.62
25648730--25648764
18
1.9
18
88
11
54
57
0
20
22
1.41
25668728--25668779
18
2.8
18
75
13
52
7
25
0
67
1.17
25695714--25695768
28
2.0
28
82
13
69
67
0
18
14
1.24
25697736--25697773
20
1.9
20
84
10
51
28
28
18
23
1.98
25712056--25712098
1
43.0
1
90
0
68
95
0
4
0
0.27
25712056--25712098
16
2.8
16
96
3
79
95
0
4
0
0.27
25718697--25718743
15
3.1
15
84
9
60
70
0
17
12
1.17
25718773--25718812
12
3.3
12
82
0
53
60
2
22
15
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25737886--25737926
15
2.8
15
88
3
57
4
21
0
73
1.02
25740723--25740782
10
5.9
10
75
9
50
30
15
28
26
1.96
25740726--25740782
20
2.8
20
81
7
62
28
15
29
26
1.96
25741610--25741770
80
2.0
80
100
0
322
37
19
16
26
1.93
25742723--25742803
12
6.8
12
69
17
53
12
24
1
61
1.38
25742738--25742793
18
3.0
20
68
26
59
10
26
0
62
1.28
25742832--25742878
15
3.1
15
84
9
60
12
17
0
70
1.17
25743915--25743985
12
5.4
13
76
18
67
4
18
1
76
1.03
25743925--25743986
13
4.7
13
78
11
63
3
17
1
77
0.98
25745525--25745571
20
2.3
20
85
7
60
25
17
29
27
1.97
25747531--25747602
33
2.1
34
89
2
110
38
8
12
40
1.73
25753689--25753715
10
2.7
10
100
0
54
74
7
11
7
1.23
25754225--25754297
29
2.5
29
90
0
119
46
13
9
30
1.75
25757339--25757377
11
3.5
11
96
3
69
15
0
7
76
0.99
25757339--25757379
12
3.5
12
93
6
75
17
0
7
75
1.02
25760414--25760613
100
2.0
100
92
0
328
33
11
19
36
1.87
25768001--25768033
16
2.1
16
94
0
57
6
21
24
48
1.72
25768182--25768262
12
6.8
12
69
17
53
12
24
1
61
1.38
25768197--25768252
18
3.0
20
68
26
59
10
26
0
62
1.28
25768290--25768336
15
3.2
14
79
8
58
12
21
0
65
1.25
25768290--25768349
28
2.1
29
84
12
79
11
21
0
66
1.23
25770972--25771018
20
2.3
20
85
7
60
25
17
29
27
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25773585--25773803
109
2.0
109
100
0
438
31
20
18
29
1.96
25774851--25774878
11
2.5
11
100
0
56
28
0
10
60
1.30
25774944--25775051
41
2.6
41
94
0
180
29
17
18
34
1.94
25778787--25778848
24
2.6
24
97
0
115
35
32
4
27
1.78
25783073--25783125
21
2.5
21
90
3
79
33
35
0
30
1.58
25783082--25783125
10
4.2
11
82
5
56
29
38
0
31
1.58
25785045--25785099
19
2.8
20
80
8
67
76
1
14
7
1.08
25785026--25785101
36
2.2
33
83
6
89
75
3
14
6
1.16
25785094--25785131
15
2.4
16
82
4
51
71
2
21
5
1.19
25790159--25790183
11
2.3
11
100
0
50
36
36
8
20
1.82
25790297--25790352
28
2.0
28
100
0
112
39
17
14
28
1.89
25794014--25794062
22
2.3
21
82
3
62
38
4
2
55
1.31
25794134--25794170
19
1.9
20
88
5
58
64
2
5
27
1.28
25799187--25799247
20
3.0
20
77
17
72
70
1
19
8
1.21
25799165--25799247
41
2.0
41
81
4
96
67
4
18
9
1.37
25801225--25801274
22
2.3
22
83
10
66
20
2
4
74
1.08
25810130--25810186
22
2.5
22
88
2
78
33
33
3
29
1.75
25810135--25810198
22
3.0
21
84
6
74
29
32
6
31
1.82
25810493--25810565
29
2.5
29
95
0
128
31
9
13
45
1.76
25819152--25819194
20
2.2
20
86
0
59
53
2
30
13
1.53
25832593--25832622
12
2.5
12
100
0
60
76
6
0
16
0.99
25838616--25838641
13
2.0
13
100
0
52
53
23
7
15
1.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25838619--25838661
17
2.6
17
92
3
70
53
25
11
9
1.67
25842650--25842684
18
1.9
18
88
11
54
22
20
0
57
1.41
25871663--25871727
28
2.4
28
86
2
87
10
21
3
64
1.38
25873853--25873896
16
2.8
16
92
0
70
11
11
2
75
1.15
25873874--25873920
13
3.8
12
88
5
58
10
6
4
78
1.06
25882688--25882788
52
1.9
52
93
0
175
33
21
17
26
1.96
25884728--25884810
42
2.0
42
100
0
166
38
9
19
32
1.84
25887486--25887532
20
2.3
20
85
7
60
27
29
17
25
1.97
25887476--25887535
10
5.9
10
75
9
50
26
28
15
30
1.96
25889739--25889777
15
2.7
15
88
4
53
69
0
10
20
1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168