genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7634438--7634477	14	2.9	14	85	7	55	45	25	0	30	1.54
7634807--7635040	41	5.7	41	95	0	387	30	32	21	16	1.95
7643901--7643925	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
7654677--7654759	41	2.0	42	93	4	143	21	30	22	25	1.99
7655732--7655761	7	4.1	7	91	8	51	26	16	0	56	1.40
7655732--7655761	15	2.1	15	93	6	53	26	16	0	56	1.40
7657269--7657446	45	4.0	45	77	10	186	36	15	18	29	1.92
7657263--7657443	89	2.0	89	89	0	272	36	16	18	28	1.93
7657316--7657611	89	3.3	88	75	8	260	32	17	18	31	1.94
7657321--7657609	44	6.5	44	71	12	133	32	17	18	31	1.94
7657356--7657604	136	1.8	137	81	4	315	32	17	18	31	1.94
7657795--7657826	14	2.2	15	94	5	57	50	18	6	25	1.70
7658439--7658527	44	2.0	44	95	0	160	37	25	20	16	1.93
7659188--7659320	3	44.7	3	78	7	110	33	1	3	60	1.23
7661106--7661230	42	3.0	42	87	0	169	22	24	20	32	1.98
7661441--7661490	21	2.4	21	86	0	64	6	46	16	32	1.71
7664519--7664721	9	22.8	9	73	15	163	32	1	19	46	1.61
7664547--7664721	34	4.9	34	76	10	172	32	1	20	46	1.58
7664679--7664730	18	2.9	18	88	0	50	30	3	21	44	1.70
7664679--7664730	27	1.9	27	84	0	68	30	3	21	44	1.70
7664739--7664811	35	2.1	34	85	9	96	30	2	13	53	1.54
7664593--7664874	86	3.3	84	81	9	227	32	2	15	48	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7664806--7664830	12	2.1	12	100	0	50	40	0	12	48	1.40
7665872--7665909	13	2.9	13	77	14	51	50	31	0	18	1.47
7666509--7666568	29	2.1	28	96	3	111	46	20	6	26	1.75
7668471--7668511	14	2.9	15	78	10	50	48	43	0	7	1.30
7668495--7668535	21	2.0	21	95	0	73	39	46	2	12	1.54
7669659--7669793	72	1.9	73	82	4	175	27	22	17	32	1.96
7669810--7670026	114	1.9	114	88	0	326	23	24	20	32	1.98
7669736--7670045	114	2.7	114	80	3	311	26	23	18	30	1.98
7669736--7670082	114	3.0	114	79	5	283	27	23	18	31	1.97
7688105--7688157	27	2.0	27	84	0	70	32	16	9	41	1.81
7692048--7692108	31	2.0	30	81	6	70	31	1	13	54	1.49
7693337--7693384	21	2.4	21	77	16	57	54	0	0	45	0.99
7695639--7695762	21	6.1	20	67	10	72	35	4	0	59	1.22
7695699--7695783	30	2.8	29	72	13	82	31	3	0	64	1.10
7695696--7695784	20	4.4	20	75	10	74	31	3	0	65	1.09
7696545--7696588	21	2.2	20	84	12	54	20	38	0	40	1.53
7698544--7698599	28	2.0	28	100	0	112	32	21	28	17	1.96
7698799--7698828	14	2.2	13	94	5	51	80	20	0	0	0.72
7699507--7699618	44	2.6	44	81	8	122	27	23	20	28	1.99
7699660--7700504	44	19.2	44	61	16	144	24	22	20	31	1.98
7699610--7700686	132	8.2	132	92	1	1730	25	23	20	30	1.98
7712863--7712913	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7712967--7713015	22	2.2	21	92	7	80	61	4	2	32	1.26
7717372--7717504	66	2.0	66	98	0	257	38	20	24	16	1.93
7718991--7719466	69	6.9	69	75	1	346	31	25	22	20	1.98
7718983--7719564	207	2.8	207	80	1	637	32	25	22	19	1.98
7719092--7719525	69	6.3	68	76	5	199	32	24	22	20	1.98
7718983--7719570	138	4.3	138	74	6	411	32	25	22	19	1.98
7720826--7720864	15	2.6	15	87	0	51	46	12	30	10	1.75
7723001--7723061	22	2.8	22	87	0	86	39	6	24	29	1.80
7725857--7725925	26	2.5	28	81	11	81	71	1	1	26	1.03
7725868--7725928	27	2.3	26	78	15	72	67	1	0	31	1.01
7725887--7725924	17	2.2	17	90	9	60	71	2	0	26	1.00
7726654--7726696	12	3.8	12	81	6	54	41	0	0	58	0.98
7727797--7727821	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
7728467--7728506	18	2.2	18	90	0	62	22	32	7	37	1.82
7728934--7728981	25	1.9	25	100	0	96	45	0	14	39	1.45
7729024--7729566	23	24.2	23	76	14	357	47	25	0	26	1.55
7729020--7729555	45	12.0	44	75	15	346	47	26	0	26	1.55
7729024--7729555	112	4.8	112	85	5	663	47	25	0	26	1.55
7729560--7729800	115	2.1	114	92	2	403	38	9	6	46	1.62
7732786--7733161	123	3.0	125	89	3	573	31	22	15	30	1.95
7733836--7733918	39	2.1	40	88	2	123	32	6	9	51	1.59
7735541--7735658	25	4.7	25	75	11	98	24	27	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7735624--7735678	24	2.2	25	77	3	58	23	21	18	36	1.95
7741314--7741362	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
7741761--7741843	43	1.9	43	82	4	105	50	2	22	24	1.61
7746463--7746854	46	8.3	46	93	3	595	34	14	21	28	1.93
7746396--7746854	92	4.8	93	88	7	645	33	14	22	28	1.94
7746468--7746946	46	10.8	41	91	5	266	34	15	21	28	1.94
7746818--7746963	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
7746443--7746843	150	2.8	149	86	7	490	34	15	22	28	1.94
7756387--7756961	31	18.7	31	88	1	775	30	8	17	43	1.79
7756415--7756961	123	4.4	123	89	2	787	29	8	18	43	1.79
7756387--7756961	92	6.2	93	88	1	793	30	8	17	43	1.79
7764088--7764178	35	2.6	35	85	0	119	27	15	15	41	1.87
7764542--7764571	16	1.9	15	93	6	51	46	16	10	26	1.78
7766522--7766551	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
7771632--7771656	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
7774203--7774247	19	2.3	18	82	14	54	28	2	8	60	1.39
7774198--7774247	20	2.5	21	81	15	61	28	2	8	62	1.35
7775785--7775826	20	2.2	20	83	12	52	61	0	4	33	1.17
7776254--7776432	10	19.6	9	67	19	77	60	1	5	32	1.28
7776288--7776350	21	3.0	21	84	9	76	57	1	1	39	1.18
7776489--7776551	19	3.2	21	77	18	64	63	1	0	34	1.04
7776489--7776579	10	9.5	10	71	13	59	62	1	3	32	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7779833--7779949	62	1.9	61	86	5	166	48	5	5	41	1.47
7783079--7783467	206	1.9	206	93	0	679	36	10	19	34	1.85
7783536--7783578	21	2.0	21	100	0	86	41	4	30	23	1.74
7787760--7787803	22	1.9	24	86	9	65	43	2	11	43	1.53
7789472--7789513	10	4.3	10	84	6	59	26	0	7	66	1.17
7789465--7789509	19	2.5	19	89	7	67	24	0	4	71	1.05
7792091--7792148	28	2.1	28	96	0	107	31	13	18	36	1.90
7800225--7801307	542	2.0	542	97	0	2040	38	13	18	29	1.89
7803038--7803070	16	2.0	17	88	5	50	21	15	0	63	1.30
7806401--7806460	9	6.6	9	77	7	59	81	3	6	8	0.96
7807240--7807474	40	5.8	40	78	6	265	23	20	24	32	1.98
7807238--7807478	82	2.9	82	91	0	383	22	19	24	32	1.97
7807587--7808704	46	25.1	46	62	13	233	28	23	19	27	1.98
7807485--7808704	134	9.1	134	95	0	2160	28	23	19	27	1.98
7809164--7809355	109	1.8	103	83	8	251	47	9	16	26	1.78
7809698--7809748	12	3.9	12	83	16	66	1	13	1	82	0.85
7809690--7809748	20	3.0	18	85	11	73	3	13	1	81	0.90
7809697--7809740	7	6.4	7	85	15	65	2	13	0	84	0.73
7809703--7809751	15	3.5	14	77	22	50	2	14	2	81	0.87
7810200--7810251	11	4.5	11	79	13	50	3	9	5	80	0.99
7811547--7811597	12	3.9	12	83	16	66	1	13	1	82	0.85
7811539--7811597	20	3.0	18	85	11	73	3	13	1	81	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7811546--7811589	7	6.4	7	85	15	65	2	13	0	84	0.73
7811552--7811600	15	3.5	14	77	22	50	2	14	2	81	0.87
7812029--7812101	11	6.5	11	82	14	78	4	6	8	80	1.00
7812024--7812101	10	7.2	10	73	15	57	3	7	7	80	1.00
7813397--7813447	12	3.9	12	78	16	57	3	13	1	80	0.94
7813396--7813439	7	6.4	7	80	15	56	4	13	0	81	0.83
7813874--7813940	11	6.2	10	74	19	55	4	8	5	80	1.01
7818572--7818632	9	6.6	9	78	10	61	81	3	6	8	0.95
7819413--7819816	82	4.9	82	96	0	718	22	20	25	32	1.98
7819927--7820122	46	4.3	44	65	17	123	32	24	17	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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