genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   

This is table  94  of  168  ( 20060 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27908049--27908241	51	3.8	49	79	3	206	30	27	18	24	1.98
27908056--27908240	101	1.8	102	89	3	293	30	27	17	24	1.97
27909977--27910024	24	2.0	24	100	0	96	33	8	20	37	1.83
27930238--27930300	27	2.3	27	86	0	90	42	23	17	15	1.88
27930337--27930374	19	2.0	19	100	0	76	42	15	15	26	1.87
27937381--27937424	23	1.9	23	95	0	79	9	20	40	29	1.83
27937673--27937721	10	4.8	10	85	11	55	63	4	0	32	1.13
27941259--27941389	45	2.9	45	76	11	133	40	12	20	25	1.89
27942600--27942633	13	2.7	13	90	4	52	29	2	8	58	1.43
27949226--27949494	137	2.0	138	85	2	371	33	27	19	19	1.96
27949645--27949680	17	2.1	17	100	0	72	47	22	0	30	1.52
27957872--27957907	17	2.2	16	90	9	56	63	5	0	30	1.17
27959502--27959805	27	11.3	27	86	4	373	42	18	19	19	1.90
27959526--27959790	134	2.0	134	86	3	372	42	19	19	18	1.89
27960158--27960212	28	2.0	28	88	0	83	20	23	25	30	1.98
27967007--27967097	44	2.1	42	82	7	112	50	2	21	25	1.60
27972100--27972208	43	2.6	43	92	1	184	50	3	22	22	1.65
27982004--27982041	20	1.9	20	84	10	51	34	7	5	52	1.53
27982444--27982499	29	2.0	28	85	3	76	26	7	14	51	1.67
27982909--27982949	16	2.8	14	88	7	55	78	0	9	12	0.98
27983337--27983362	9	2.9	9	100	0	52	42	0	0	57	0.98
27986843--27987012	27	6.3	27	83	2	198	41	19	17	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27986843--27987012	81	2.1	81	85	4	236	41	19	17	21	1.91
27987245--27987373	58	2.2	58	88	2	188	10	13	38	37	1.79
27993612--27993650	16	2.3	16	82	8	51	10	25	2	61	1.41
27994430--27994602	27	6.4	26	84	5	202	41	19	18	20	1.90
27994430--27994600	54	3.2	53	85	3	225	42	19	18	19	1.90
27995032--27995073	19	2.2	19	100	0	84	26	28	19	26	1.98
27995875--27995965	40	2.3	40	84	0	110	30	19	21	27	1.98
28020575--28020687	42	2.7	40	73	8	100	22	14	24	38	1.91
28020488--28020687	82	2.4	82	79	5	206	21	16	25	37	1.94
28021651--28021708	22	2.6	22	88	0	80	18	0	44	36	1.50
28021632--28021709	7	11.0	7	73	13	61	19	0	43	37	1.51
28022226--28022256	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
28022287--28022329	20	2.2	19	88	12	61	79	0	4	16	0.90
28023140--28023185	24	1.9	24	91	8	76	28	43	0	28	1.55
28023592--28023616	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
28023645--28023683	17	2.4	17	87	12	55	51	2	10	35	1.50
28026291--28026450	69	2.3	69	84	2	214	42	6	7	43	1.59
28026577--28026727	16	9.0	16	84	7	185	46	21	1	31	1.60
28026558--28026729	25	6.8	26	75	16	141	45	22	1	30	1.59
28032252--28032405	66	2.3	66	89	2	229	39	18	27	14	1.90
28032678--28032925	43	5.8	42	89	5	356	19	18	32	29	1.96
28032673--28032925	86	2.9	86	92	3	404	20	18	32	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28034929--28035038	43	2.6	43	80	2	123	24	16	27	31	1.96
28035610--28035651	23	1.9	21	90	9	66	45	4	4	45	1.45
28037286--28037843	114	4.9	114	90	2	797	24	23	26	26	2.00
28038091--28038121	15	2.1	15	93	0	53	19	0	45	35	1.51
28039958--28039990	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
28040013--28040089	14	5.6	14	76	6	68	23	0	40	36	1.55
28040025--28040078	26	2.1	26	85	0	72	24	0	44	31	1.54
28040024--28040089	21	3.2	20	77	16	64	22	0	43	33	1.54
28040221--28040447	89	2.6	88	84	6	280	27	2	24	45	1.66
28040496--28040549	21	2.6	21	72	21	51	50	1	5	42	1.36
28040544--28040576	9	3.7	9	95	0	57	60	0	6	33	1.21
28040562--28040600	20	1.9	21	94	5	71	71	0	0	28	0.86
28042388--28042438	26	2.0	26	88	0	75	27	11	17	43	1.84
28044005--28044051	21	2.2	21	84	0	58	40	12	0	46	1.42
28044267--28044442	42	4.3	42	80	5	155	32	22	19	26	1.97
28044330--28044521	84	2.3	83	82	0	222	28	20	20	30	1.98
28044372--28044533	42	3.9	41	87	3	216	23	20	21	33	1.97
28044372--28044531	83	1.9	84	88	1	241	23	21	21	33	1.97
28045412--28045539	35	3.6	35	75	9	123	22	20	21	35	1.96
28045408--28045658	34	7.2	34	75	9	164	22	23	22	32	1.98
28049023--28049089	35	2.0	34	85	11	93	64	8	11	14	1.50
28062581--28062632	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28065133--28065182	24	2.0	25	92	7	84	48	8	20	24	1.76
28068258--28068711	145	3.1	145	91	2	705	40	7	9	41	1.67
28072338--28072415	19	4.1	19	83	0	75	23	28	26	21	1.99
28081533--28081637	25	4.3	25	75	10	92	37	18	21	22	1.94
28085912--28086058	63	2.3	62	81	6	163	29	25	17	27	1.98
28086636--28086686	21	2.4	21	84	12	61	74	1	21	1	1.02
28086625--28086686	15	4.2	15	79	8	58	74	1	22	1	1.00
28086626--28086686	21	3.0	21	81	15	58	73	1	22	1	1.01
28093314--28093521	91	2.3	91	92	0	335	45	2	4	46	1.39
28093436--28093496	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
28093354--28093496	44	3.2	43	69	20	121	46	1	4	48	1.30
28093548--28093736	59	3.2	57	68	19	152	41	3	4	50	1.37
28093575--28093773	66	3.2	64	68	19	186	41	3	6	49	1.44
28093537--28093834	120	2.5	120	93	1	517	42	2	5	49	1.37
28093610--28093797	61	3.1	61	69	17	192	42	1	6	48	1.39
28093662--28093713	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
28093778--28093812	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
28093960--28094064	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
28093958--28094067	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
28094046--28094115	16	4.4	16	92	0	95	34	34	0	31	1.58
28095691--28095720	15	2.0	15	93	0	51	36	0	13	50	1.42
28112057--28112307	127	2.0	127	83	6	323	46	19	10	23	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28113341--28113431	44	2.1	44	91	0	146	49	15	7	27	1.71
28115310--28115440	44	3.0	44	93	0	208	46	11	11	30	1.75
28123238--28123262	12	2.1	12	100	0	50	28	40	16	16	1.89
28141552--28141602	22	2.3	22	86	6	68	41	5	3	49	1.45
28149763--28149792	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
28150355--28150467	25	4.5	25	70	4	84	35	19	26	18	1.95
28169448--28169608	73	2.2	73	83	4	200	35	18	23	22	1.95
28170107--28170145	5	7.6	5	82	5	51	41	23	0	35	1.55
28172289--28172353	33	2.0	33	87	6	96	16	21	15	46	1.84
28176283--28176451	68	2.5	68	81	0	185	37	15	20	26	1.92
28176283--28176474	68	2.8	67	77	3	177	37	15	20	26	1.92
28179081--28179114	14	2.4	14	86	13	52	29	5	5	58	1.45
28182051--28182075	13	1.9	13	100	0	50	24	8	28	40	1.83
28182679--28182816	40	3.6	39	89	6	210	63	0	4	32	1.14
28182745--28182778	17	2.0	17	88	0	50	70	0	0	29	0.87
28182776--28182800	11	2.3	11	100	0	50	52	0	8	40	1.31
28182805--28182836	6	5.2	6	96	3	55	84	0	0	15	0.63
28187661--28187733	37	2.0	37	94	0	128	30	10	15	43	1.80
28192867--28192945	39	2.0	39	100	0	158	29	22	12	35	1.91
28196178--28196203	12	2.2	12	100	0	52	57	7	0	34	1.27
28197142--28197188	20	2.3	20	92	0	76	31	36	17	14	1.90
28202031--28202107	32	2.6	30	76	11	88	51	0	3	44	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28202756--28202805	20	2.5	20	100	0	100	48	0	12	40	1.40
28203187--28203234	23	2.1	23	85	11	64	33	4	4	58	1.36
28203507--28203553	3	15.7	3	100	0	94	65	0	34	0	0.93
28203552--28203590	3	13.0	3	100	0	78	33	0	33	33	1.58
28206511--28206578	32	2.1	33	83	10	86	58	1	7	32	1.34
28206665--28206753	24	3.7	23	77	14	92	51	4	7	35	1.51
28206774--28206823	15	3.5	13	80	15	55	64	4	2	30	1.23
28206791--28206839	18	2.7	18	90	6	73	63	0	4	32	1.13
28207165--28207231	34	1.9	35	90	3	109	32	8	10	47	1.69
28210629--28210677	25	2.0	23	84	7	62	46	0	0	53	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168