genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11298371--11298490	5	21.3	6	66	24	57	48	1	2	47	1.25
11298375--11298490	60	1.9	62	89	3	182	48	1	2	47	1.26
11298962--11299004	9	4.6	9	82	8	50	39	0	4	55	1.20
11298962--11299004	19	2.3	19	92	8	70	39	0	4	55	1.20
11301024--11301112	25	3.6	25	92	0	142	22	23	21	32	1.98
11301054--11301132	25	3.2	25	88	0	77	18	26	20	34	1.96
11301023--11301132	50	2.2	50	81	0	121	21	26	19	32	1.97
11301914--11301946	17	1.9	17	93	0	57	72	0	0	27	0.85
11302523--11302570	24	2.0	24	91	0	78	52	10	4	33	1.55
11304450--11304497	24	2.0	24	91	0	78	52	10	4	33	1.55
11308309--11308369	29	2.1	30	84	9	81	36	3	1	59	1.24
11308904--11308935	4	8.0	4	92	0	55	25	3	0	71	1.00
11310841--11310870	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
11328332--11328374	19	2.2	20	87	4	61	69	0	0	30	0.88
11328693--11328735	17	2.4	19	81	18	56	27	0	0	72	0.85
11328693--11328737	19	2.6	18	86	10	58	28	0	0	71	0.87
11329832--11329857	8	3.2	8	100	0	52	88	0	0	11	0.52
11330995--11331028	15	2.3	15	100	0	68	26	5	29	38	1.80
11332873--11332913	21	2.0	21	85	0	55	36	21	0	41	1.54
11335474--11335525	18	2.8	19	77	11	54	53	1	3	40	1.30
11336004--11336057	17	3.1	17	78	7	54	31	0	3	64	1.11
11336776--11336807	5	6.4	5	100	0	64	59	21	0	18	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11337081--11337136	22	2.5	22	85	0	67	39	17	17	25	1.92
11339293--11339532	50	4.7	50	81	4	205	29	22	27	21	1.99
11339346--11339539	50	3.9	50	81	2	212	27	22	28	21	1.99
11353160--11353213	6	9.0	6	100	0	108	33	0	16	50	1.46
11353867--11353941	28	2.7	28	81	2	80	21	22	21	34	1.97
11363658--11363690	17	2.0	17	88	5	50	30	0	12	57	1.35
11364236--11364275	4	10.8	4	79	15	50	25	27	0	47	1.52
11364236--11364271	15	2.4	15	90	0	54	25	27	0	47	1.52
11364236--11364285	15	3.3	15	83	10	50	24	26	2	48	1.62
11365123--11365162	19	2.1	19	90	9	64	30	10	10	50	1.69
11368081--11368337	79	3.3	78	85	6	324	38	3	16	40	1.67
11368486--11368584	40	2.4	41	88	1	155	29	19	18	33	1.95
11368725--11368897	35	5.2	35	64	23	102	31	8	15	44	1.77
11368751--11368974	33	6.9	31	67	20	118	29	8	17	44	1.79
11368723--11369015	66	4.5	66	90	0	414	30	7	17	44	1.77
11368760--11369034	31	8.4	32	73	15	208	30	7	17	44	1.76
11380306--11380369	21	3.0	21	68	8	56	42	3	3	51	1.33
11385763--11385842	24	3.2	26	76	15	73	62	0	5	32	1.17
11385887--11385921	16	2.1	17	89	5	54	62	2	8	25	1.38
11386392--11386450	10	5.9	10	75	11	50	35	3	1	59	1.24
11386398--11386543	20	7.7	19	66	16	54	29	2	2	65	1.17
11386520--11386567	19	2.4	20	79	6	62	37	0	2	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11386518--11386567	20	2.5	21	80	9	68	38	0	2	60	1.09
11386521--11386590	26	2.6	27	80	15	81	34	0	4	61	1.16
11386524--11386590	27	2.4	29	82	9	86	35	0	4	59	1.18
11386628--11386652	12	2.1	12	100	0	50	24	0	8	68	1.16
11387046--11387100	12	4.8	12	75	22	55	52	1	0	45	1.11
11387046--11387104	22	2.6	24	75	20	72	54	1	0	44	1.10
11387281--11387340	29	2.1	28	84	6	75	43	0	21	35	1.53
11389383--11389533	42	3.5	43	85	4	180	26	18	25	29	1.98
11391763--11391812	11	4.6	10	79	16	55	72	2	22	4	1.12
11392650--11392789	40	3.5	40	79	6	142	27	18	23	30	1.98
11393612--11393666	16	3.5	15	75	22	51	54	1	5	38	1.34
11397775--11397805	6	5.2	6	96	0	53	16	64	3	16	1.42
11402148--11402181	13	2.5	14	90	4	52	76	2	20	0	0.92
11438779--11438978	85	2.3	88	84	9	254	42	16	8	33	1.78
11438807--11439033	85	2.6	85	81	8	217	40	16	9	34	1.80
11439040--11439077	20	1.9	20	88	0	58	36	18	10	34	1.85
11439142--11439221	28	2.8	28	81	14	92	57	0	3	38	1.17
11439172--11439249	39	2.1	36	83	11	95	61	0	3	34	1.14
11439177--11439244	19	3.5	19	73	15	59	55	0	4	39	1.20
11439467--11439536	29	2.4	29	100	0	140	32	8	2	55	1.45
11439467--11439584	29	4.1	27	86	6	101	29	8	1	60	1.36
11439584--11439672	9	9.8	9	72	16	67	32	2	1	64	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11439770--11440001	91	2.6	89	84	4	272	34	12	15	36	1.86
11439773--11440030	91	2.9	91	83	4	258	35	12	15	37	1.85
11440871--11441137	42	6.3	41	83	4	225	31	23	17	26	1.97
11440871--11441137	85	3.2	84	79	5	254	31	23	17	26	1.97
11440871--11441113	127	1.9	125	80	10	280	31	23	18	25	1.97
11441475--11441522	23	2.1	23	100	0	96	35	20	12	31	1.90
11443009--11443180	84	2.0	84	89	2	265	27	23	24	24	2.00
11443091--11443576	114	4.3	114	88	0	706	24	22	25	26	2.00
11443795--11443833	15	2.7	15	84	4	53	20	0	35	43	1.52
11443791--11443838	22	2.2	21	81	3	60	22	0	29	47	1.51
11443854--11443924	15	4.9	15	73	11	58	21	0	32	46	1.51
11443874--11443925	7	7.3	7	77	12	52	19	0	34	46	1.50
11444176--11444253	21	3.7	21	77	5	77	24	0	39	35	1.56
11444197--11444260	14	4.5	14	78	3	65	21	0	42	35	1.54
11444722--11445124	147	2.7	147	90	4	618	38	13	14	33	1.85
11453661--11453886	43	5.3	43	80	2	226	31	23	17	26	1.97
11458432--11458563	43	3.1	42	77	13	137	48	31	2	18	1.60
11458432--11458590	50	3.2	49	81	6	171	48	31	1	18	1.59
11458509--11458590	34	2.4	35	84	10	98	51	30	0	18	1.47
11458481--11458630	62	2.4	63	82	10	166	47	32	1	19	1.58
11458428--11458644	7	31.1	7	73	4	107	47	31	1	19	1.59
11458898--11458932	14	2.5	14	90	0	52	51	20	0	28	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11459048--11459123	40	1.9	40	83	0	98	21	23	19	35	1.96
11459195--11459293	41	2.4	41	98	1	191	22	19	24	34	1.96
11459195--11459339	41	3.6	41	87	1	186	23	20	21	34	1.97
11459047--11459493	197	2.3	197	81	4	528	25	22	18	33	1.97
11459393--11459495	40	2.6	40	76	4	111	26	23	18	32	1.97
11459235--11459611	155	2.4	154	79	5	443	25	22	18	33	1.96
11461638--11461715	25	3.1	25	88	0	111	28	19	17	34	1.95
11470583--11470634	11	4.7	11	78	0	59	50	9	21	19	1.76
11470577--11470634	22	2.6	22	77	0	62	51	8	18	20	1.72
11471562--11471601	21	1.9	21	84	0	53	57	0	2	40	1.12
11472212--11472268	19	3.0	19	77	10	62	40	3	1	54	1.28
11475545--11475587	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
11477370--11477432	2	31.5	2	100	0	126	49	0	0	50	1.00
11480881--11480914	16	2.1	16	88	0	50	20	14	8	55	1.65
11482399--11482458	26	2.3	26	91	0	93	28	15	15	41	1.86
11484295--11484325	14	2.2	14	94	0	53	58	22	0	19	1.40
11484931--11485003	29	2.6	29	79	16	82	38	0	2	58	1.12
11484936--11485003	5	13.4	5	77	20	70	39	0	1	58	1.07
11486294--11486320	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
11488083--11488132	23	2.1	24	85	10	68	40	14	4	42	1.64
11490547--11490692	57	2.5	57	80	11	140	24	17	23	33	1.96
11501829--11502189	166	2.2	166	87	5	498	54	11	8	26	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11502322--11502358	11	3.4	11	88	0	56	54	0	0	45	1.00
11502327--11502408	25	3.3	25	87	1	112	57	0	2	40	1.12
11504499--11504533	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
11508465--11508492	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
11508481--11508550	19	3.4	19	73	21	61	45	2	0	51	1.16
11509551--11509596	11	4.3	10	84	13	56	23	30	2	43	1.66
11509592--11509638	21	2.2	21	88	3	67	42	10	4	42	1.59
11509600--11509640	21	2.0	21	100	0	82	43	4	4	46	1.46
11511276--11511368	30	3.1	29	77	14	84	34	44	10	10	1.74
11511841--11511881	9	4.1	11	79	20	54	26	0	9	63	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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