genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19454844--19454908	22	3.0	22	86	4	87	16	27	20	35	1.94
19456436--19456478	22	2.0	22	95	0	77	20	18	32	27	1.96
19462895--19462949	20	2.7	21	82	5	85	32	12	5	49	1.64
19475153--19475203	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
19487252--19487429	50	3.6	49	81	8	184	21	26	23	28	1.99
19490939--19490998	20	2.8	20	80	9	57	68	3	5	23	1.24
19498600--19498632	14	2.4	14	100	0	66	51	21	12	15	1.75
19502922--19502962	21	2.0	21	85	0	55	24	14	26	34	1.94
19504681--19504728	18	2.6	18	96	3	87	54	20	16	8	1.68
19514773--19514960	100	1.9	99	87	1	277	28	20	22	28	1.98
19514753--19514943	50	3.8	50	69	2	159	26	20	25	27	1.99
19515103--19515265	45	3.6	45	80	4	168	31	21	23	23	1.98
19516815--19516854	21	1.9	21	84	0	53	32	5	5	57	1.42
19516799--19516858	31	2.0	30	83	3	75	33	5	3	58	1.36
19517253--19517292	13	2.9	14	82	17	57	20	5	7	67	1.34
19517303--19517332	15	2.0	15	93	0	51	16	0	16	66	1.25
19517868--19517925	28	2.1	28	96	0	107	39	17	13	29	1.88
19526537--19526634	27	3.6	27	81	0	106	26	24	11	37	1.89
19539231--19539347	50	2.3	50	83	2	137	27	22	28	22	1.99
19539611--19539649	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
19546881--19547010	50	2.6	50	85	0	161	27	22	28	21	1.99
19549482--19549572	30	3.0	30	81	1	101	34	17	14	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19558579--19558647	28	2.5	28	95	0	120	23	5	11	59	1.53
19558996--19559029	3	11.7	3	87	6	52	29	2	0	67	1.05
19579945--19580000	24	2.3	25	81	6	69	23	17	16	42	1.88
19580005--19580052	25	1.9	25	87	8	71	22	25	16	35	1.95
19587303--19587339	15	2.4	16	90	4	58	29	5	10	54	1.57
19589158--19589301	72	2.0	72	98	0	279	33	6	15	44	1.72
19591691--19591722	15	2.1	16	88	11	50	18	6	6	68	1.32
19598752--19598839	46	1.9	46	86	4	124	38	19	20	21	1.93
19599063--19599168	31	3.4	31	77	12	108	39	18	19	21	1.92
19599171--19599221	26	2.0	26	96	0	93	35	25	23	15	1.94
19599347--19599402	24	2.3	24	87	0	76	46	25	3	25	1.69
19599439--19599864	27	15.6	27	74	5	284	22	20	20	37	1.95
19603074--19603121	20	2.4	20	85	0	60	27	25	8	39	1.84
19608347--19608386	19	2.1	19	86	9	55	60	7	0	32	1.25
19608899--19608948	25	2.0	25	84	0	64	50	2	4	44	1.32
19610391--19610486	20	4.8	20	76	10	81	40	23	27	8	1.83
19613322--19613370	22	2.2	22	82	7	55	44	2	8	44	1.45
19619459--19619563	27	3.9	27	91	2	149	43	19	17	20	1.88
19619459--19619563	54	1.9	54	90	3	167	43	19	17	20	1.88
19619459--19619589	27	4.9	26	85	4	145	42	19	16	22	1.89
19627586--19627692	40	2.7	40	82	0	133	37	19	18	24	1.94
19627595--19627715	20	6.1	20	68	0	71	38	21	19	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19627608--19627776	60	2.8	60	86	0	239	39	18	17	24	1.92
19674997--19675066	9	7.3	9	76	20	54	4	21	1	72	1.09
19678699--19678736	18	2.1	18	100	0	76	26	10	34	28	1.90
19682803--19682872	30	2.4	30	77	15	74	64	4	1	30	1.21
19682853--19682929	25	3.0	27	80	14	83	70	5	1	23	1.15
19683522--19683567	24	1.9	24	81	0	56	69	13	6	10	1.35
19690305--19690364	22	2.6	21	79	12	57	38	15	15	31	1.88
19690866--19690976	42	2.6	42	86	1	159	15	36	23	24	1.93
19693401--19693430	15	1.9	16	93	6	53	23	13	16	46	1.82
19704437--19704645	53	4.0	53	83	6	250	35	12	23	28	1.91
19725031--19725105	21	3.6	21	94	1	125	41	16	22	20	1.90
19726369--19726397	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
19726589--19726645	28	2.0	28	90	6	89	56	0	5	38	1.22
19727532--19727659	43	3.0	42	82	8	150	25	18	26	28	1.98
19733008--19733063	29	2.0	28	82	3	67	37	10	5	46	1.62
19737868--19737903	17	2.1	18	94	5	65	16	5	13	63	1.47
19739120--19739155	17	2.1	17	94	0	63	36	5	2	55	1.38
19743104--19743143	20	2.0	20	85	4	55	52	7	0	40	1.30
19750019--19750054	15	2.4	15	95	0	63	30	13	0	55	1.39
19750334--19750379	24	1.9	24	90	0	74	36	2	4	56	1.31
19751865--19751903	20	2.0	20	90	5	62	64	5	0	30	1.15
19753250--19753291	22	1.9	22	90	0	66	52	0	4	42	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19753667--19753691	5	5.0	5	100	0	50	20	40	40	0	1.52
19759514--19759539	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19762801--19762848	15	3.3	14	80	8	60	52	10	0	37	1.36
19763540--19763628	39	2.4	36	78	10	97	59	23	5	11	1.52
19765460--19765930	169	2.7	178	78	9	411	45	7	14	32	1.72
19768120--19768176	19	2.8	20	84	7	71	40	5	1	52	1.34
19773500--19773663	39	4.2	39	84	0	220	37	17	29	16	1.91
19778465--19778518	26	2.1	26	100	0	108	42	3	11	42	1.58
19782122--19782159	19	2.0	19	100	0	76	36	10	21	31	1.87
19789909--19789974	32	2.1	32	97	0	123	37	19	22	19	1.94
19797900--19798132	118	2.0	118	91	0	376	40	8	15	35	1.77
19800615--19800653	5	7.8	5	82	0	51	0	30	2	66	1.05
19800611--19800654	20	2.2	20	91	0	70	0	29	2	68	1.02
19801414--19801520	28	3.8	28	86	0	133	22	19	23	34	1.96
19802832--19802892	27	2.3	27	77	5	70	24	32	13	29	1.93
19822424--19822469	20	2.3	20	78	14	51	71	6	4	17	1.24
19824366--19824420	26	2.3	22	77	20	56	58	1	0	40	1.09
19830128--19830189	23	2.7	23	85	2	81	50	1	1	46	1.20
19830165--19830204	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
19830277--19830304	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
19830193--19830402	68	3.1	68	96	1	379	40	4	8	45	1.56
19830345--19830372	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19830460--19830503	23	1.9	22	90	9	70	63	0	0	36	0.95
19830576--19830646	31	2.2	33	82	10	83	22	32	16	28	1.96
19831249--19831380	64	2.1	64	95	0	237	40	9	10	39	1.73
19831422--19831455	12	2.9	12	91	4	52	70	0	0	29	0.87
19832609--19832641	17	1.9	17	88	11	50	51	27	9	12	1.69
19844881--19844931	23	2.2	23	78	0	57	17	13	23	45	1.84
19844935--19844986	23	2.3	23	93	0	86	15	9	25	50	1.74
19854092--19854167	35	2.2	35	83	4	91	30	22	22	25	1.99
19865836--19865878	16	2.7	16	89	7	61	58	4	0	37	1.19
19881492--19881608	49	2.4	48	71	5	110	17	23	21	36	1.94
19881570--19881681	25	4.5	26	70	16	78	21	21	19	37	1.94
19883831--19883856	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
19883861--19883905	21	2.0	23	87	8	67	35	4	13	46	1.63
19884209--19884247	3	13.0	3	88	0	60	30	2	0	66	1.05
19884372--19884415	17	2.6	17	85	3	63	40	11	0	47	1.39
19884579--19884636	30	1.9	31	86	10	84	36	3	3	56	1.33
19888131--19888212	6	13.2	6	73	14	60	4	19	1	74	1.07
19888120--19888188	12	5.8	12	77	13	52	4	17	1	76	1.02
19888513--19888563	23	2.2	23	89	0	75	43	21	7	27	1.80
19890989--19891269	50	5.6	50	81	2	287	28	22	28	20	1.99
19892758--19892808	23	2.2	23	92	0	84	41	21	9	27	1.84
19897866--19897906	20	2.0	20	85	0	55	36	12	24	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19899888--19899930	19	2.3	19	88	4	61	37	11	27	23	1.89
19902025--19902077	17	3.1	17	72	0	52	16	11	28	43	1.83
19902063--19902146	17	4.9	17	76	0	78	22	11	21	44	1.85
19902141--19902264	34	3.6	34	72	4	115	28	11	25	35	1.90
19902134--19902287	68	2.3	68	87	0	227	27	11	23	37	1.89
19902134--19902287	34	4.5	34	68	8	98	27	11	23	37	1.89
19902437--19902489	26	2.0	26	85	7	72	26	15	22	35	1.93
19902680--19902756	27	2.9	27	98	0	145	44	16	19	19	1.87
19905797--19905825	14	2.1	14	100	0	58	31	13	34	20	1.92
19906736--19906760	12	2.1	12	100	0	50	16	24	0	60	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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