genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16919078--16919131	28	1.9	28	96	0	99	25	22	24	27	2.00
16919242--16919311	26	2.7	26	84	6	90	37	21	25	15	1.93
16919492--16919768	27	10.3	27	79	2	261	15	19	21	43	1.87
16919491--16919768	109	2.6	107	84	5	328	15	19	21	43	1.88
16919491--16919768	82	3.4	82	80	5	262	15	19	21	43	1.88
16926330--16926379	25	2.0	25	84	0	64	24	22	4	50	1.66
16933239--16933433	61	3.2	61	82	0	237	28	24	15	31	1.96
16933263--16933434	32	5.6	32	70	14	128	27	25	15	31	1.95
16937449--16937487	20	2.0	20	89	0	60	23	20	12	43	1.86
16937431--16937500	20	3.5	20	80	0	59	25	24	11	38	1.89
16952638--16952778	40	3.5	40	88	0	210	25	19	22	32	1.97
16952987--16953027	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
16954156--16954293	41	3.4	41	84	4	181	38	17	27	16	1.91
16955181--16955219	20	2.0	20	100	0	78	25	17	10	46	1.80
16957345--16957412	30	2.3	30	82	7	86	41	17	10	30	1.83
16957326--16957496	91	1.9	90	85	4	236	42	15	11	30	1.82
16966273--16966302	16	1.9	15	93	6	51	73	0	6	20	1.05
16967103--16967135	14	2.3	15	89	5	50	24	3	0	72	0.98
16969250--16969371	50	2.5	48	75	15	115	31	2	1	63	1.17
16969296--16969335	16	2.4	17	88	12	57	37	0	0	62	0.95
16969312--16969388	36	2.0	41	85	12	110	33	1	0	64	1.01
16969361--16969413	26	2.0	26	81	0	61	30	1	7	60	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16970240--16970544	42	7.0	42	76	13	174	31	20	21	25	1.98
16970306--16970409	55	1.9	53	84	7	138	30	20	22	26	1.98
16970238--16970493	138	1.8	139	84	7	351	33	19	22	25	1.97
16970378--16970531	42	3.6	42	88	0	218	33	20	20	25	1.97
16970381--16970555	42	4.1	42	85	5	199	31	21	20	26	1.98
16970979--16971006	12	2.3	12	100	0	56	0	42	17	39	1.50
16970991--16971035	21	2.1	21	91	0	72	2	46	20	31	1.62
16972575--16972805	27	8.6	27	87	6	272	32	1	16	49	1.56
16972575--16972805	36	6.7	36	82	10	252	32	1	16	49	1.56
16972575--16972812	63	3.8	63	92	4	365	32	1	15	50	1.54
16974057--16974082	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
16976485--16976832	113	3.1	111	81	6	412	27	22	18	30	1.98
16976801--16977287	114	4.3	113	80	6	536	24	22	19	32	1.97
16976801--16977287	227	2.1	227	84	2	638	24	22	19	32	1.97
16977958--16978019	24	2.6	24	89	0	88	32	27	4	35	1.78
16979658--16979881	43	5.2	43	89	3	326	32	29	17	19	1.95
16981793--16981818	11	2.4	11	100	0	52	69	0	15	15	1.20
16982754--16982784	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
16986659--16986772	14	8.1	14	71	13	83	35	42	0	21	1.53
16986659--16986784	21	6.0	21	68	13	89	36	41	0	22	1.54
16986671--16986784	35	3.3	33	84	9	122	36	41	0	21	1.54
16986767--16986801	15	2.4	14	86	9	52	40	37	0	22	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16987184--16987460	41	6.8	41	85	2	360	31	31	18	18	1.95
16987516--16987648	40	3.3	40	83	4	144	22	24	20	33	1.97
16990046--16990094	22	2.3	22	80	16	59	22	10	10	57	1.62
16992367--16992467	45	2.3	45	83	8	118	43	18	16	20	1.88
16995196--16995244	25	2.0	25	87	0	71	34	14	18	32	1.91
17004916--17005038	25	4.9	25	88	7	169	21	24	25	29	1.99
17004916--17005053	50	2.8	50	86	6	156	21	23	25	29	1.99
17008189--17008225	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
17008463--17008517	21	2.4	24	76	11	62	58	1	1	38	1.20
17011012--17011057	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
17017496--17017578	23	3.7	23	77	7	82	39	21	6	32	1.78
17017509--17017706	46	4.3	47	71	10	167	40	21	4	33	1.74
17017511--17017591	23	3.5	23	75	9	76	39	20	4	34	1.75
17018609--17018785	7	24.9	7	71	14	85	45	32	1	21	1.59
17018681--17018728	15	3.3	15	88	5	71	47	33	0	18	1.49
17018609--17018785	21	8.3	21	72	15	94	45	32	1	21	1.59
17018586--17018788	14	14.2	14	73	11	108	43	33	0	21	1.60
17019169--17019293	40	3.1	40	84	2	135	28	22	16	32	1.96
17022229--17022277	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
17025286--17025379	19	4.9	19	85	0	107	17	22	28	31	1.96
17027388--17027473	44	2.0	44	90	0	136	47	3	10	38	1.55
17027463--17027506	6	7.2	6	87	12	63	50	2	0	47	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17027697--17027764	25	2.7	25	90	6	102	39	5	7	47	1.56
17028133--17028221	44	2.0	44	91	0	142	47	3	8	40	1.52
17029130--17029239	55	2.0	55	96	0	202	39	10	12	38	1.77
17033668--17033773	55	1.9	55	94	0	185	39	7	12	40	1.71
17033670--17033757	29	3.1	29	63	21	78	37	7	13	40	1.74
17040624--17040714	29	3.2	29	73	14	89	29	13	28	28	1.94
17040596--17040685	28	3.2	28	74	14	94	31	10	26	32	1.89
17040577--17040755	57	3.1	57	84	4	218	28	11	27	32	1.91
17045172--17045249	42	1.9	41	89	5	122	38	19	12	29	1.89
17046890--17046918	12	2.3	13	94	5	51	0	13	0	86	0.58
17047115--17047394	154	1.8	154	91	2	465	42	5	9	43	1.59
17048309--17048370	27	2.3	27	94	0	106	35	11	8	45	1.70
17052872--17052946	32	2.3	32	81	4	80	18	26	13	41	1.87
17054093--17054289	108	1.8	109	84	4	272	26	25	17	30	1.97
17054093--17054317	108	2.1	108	81	6	258	27	24	17	31	1.97
17059882--17059909	13	2.2	13	100	0	56	53	14	0	32	1.41
17060422--17060488	34	1.9	35	84	3	91	46	10	8	34	1.70
17065215--17065257	22	2.0	22	81	9	52	16	25	23	34	1.95
17067054--17067333	68	4.1	68	80	0	310	38	17	22	21	1.93
17069014--17069084	35	2.0	35	88	0	106	29	28	9	32	1.89
17069113--17069166	22	2.5	22	90	0	81	25	25	29	18	1.98
17074129--17074199	35	2.0	35	86	0	97	29	26	9	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17074888--17074968	22	3.7	22	86	0	117	29	25	13	30	1.94
17078679--17079035	68	5.3	67	76	6	292	36	19	20	23	1.95
17078679--17079027	136	2.6	134	77	6	375	37	18	20	23	1.94
17081854--17081916	21	3.0	21	75	15	58	28	17	23	30	1.97
17089702--17089734	16	1.9	18	88	11	52	36	3	0	60	1.12
17089731--17089793	23	3.0	21	80	19	69	44	7	0	47	1.32
17090361--17090401	21	2.0	21	85	0	55	26	0	60	12	1.31
17090457--17090485	15	1.9	15	100	0	58	27	0	65	6	1.18
17110578--17110687	45	2.5	45	87	1	150	51	16	19	12	1.75
17111346--17111399	27	2.0	27	82	13	67	44	5	42	7	1.55
17113492--17113539	19	2.6	19	81	15	64	58	6	0	35	1.23
17113945--17114003	25	2.3	26	80	11	68	45	3	1	49	1.28
17117228--17117275	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
17118150--17118189	19	2.1	19	90	0	62	32	32	10	25	1.89
17120153--17120332	55	3.3	55	81	7	181	24	30	1	43	1.61
17120705--17120740	19	1.9	19	88	5	56	47	8	11	33	1.69
17125425--17125476	25	2.0	26	82	10	63	42	13	5	38	1.68
17125592--17125621	15	1.9	16	93	6	53	50	0	6	43	1.28
17125575--17125771	62	3.0	65	74	16	192	51	4	3	40	1.39
17125713--17125789	37	2.1	36	80	7	84	54	2	1	41	1.22
17126702--17126767	23	2.9	23	86	0	87	43	24	15	16	1.86
17128424--17128490	25	2.7	25	81	2	73	23	25	14	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17128434--17128546	25	4.6	25	77	9	81	23	23	20	33	1.97
17128901--17128953	25	2.1	25	100	0	106	32	20	11	35	1.88
17138678--17138715	16	2.3	17	86	4	51	65	5	2	26	1.27
17140388--17140458	21	3.4	21	80	1	72	38	19	8	33	1.82
17141171--17141253	41	2.0	41	86	4	114	27	32	16	22	1.96
17152283--17152442	43	3.7	43	80	5	180	32	27	19	20	1.97
17165627--17165737	40	2.8	40	92	0	186	18	22	25	33	1.97
17168771--17168806	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
17169966--17170048	33	2.5	33	92	3	132	22	3	21	51	1.63
17185726--17185768	19	2.2	20	88	8	63	44	9	2	44	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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