genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  85  of  168  ( 20060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25020765--25020804	17	2.3	18	82	8	55	45	2	0	52	1.14
25024457--25024484	14	2.0	14	100	0	56	42	7	0	50	1.30
25024784--25024861	38	2.1	38	97	0	147	50	7	21	20	1.73
25033940--25033986	20	2.3	20	85	0	58	25	19	29	25	1.98
25039101--25039130	15	1.9	15	93	6	51	83	0	13	3	0.77
25051631--25051706	25	3.0	26	80	14	81	77	1	19	1	0.91
25051629--25051701	37	2.0	37	81	10	87	79	1	17	1	0.88
25062021--25062059	20	2.0	20	85	10	53	35	7	17	38	1.79
25065665--25066071	198	2.1	198	97	0	771	27	18	22	31	1.97
25070259--25070368	49	2.2	49	100	0	220	30	10	30	29	1.91
25073781--25073843	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
25081132--25081178	20	2.3	20	88	0	76	40	17	21	21	1.91
25082890--25082914	12	2.1	12	100	0	50	24	28	0	48	1.52
25085432--25085505	20	3.8	20	81	12	91	25	25	20	28	1.99
25088927--25089045	25	4.8	25	80	10	127	25	22	25	26	2.00
25095366--25095706	27	12.6	27	83	1	398	40	20	15	23	1.90
25099598--25100041	50	8.9	50	87	0	595	21	30	21	26	1.98
25107231--25107299	25	2.8	25	75	16	72	23	21	24	30	1.99
25107281--25107339	25	2.4	25	85	0	73	25	20	22	32	1.98
25113016--25113120	40	2.7	40	82	2	133	38	6	8	46	1.61
25116586--25116617	16	2.0	16	100	0	64	37	25	6	31	1.81
25126851--25126888	14	2.7	15	84	12	53	0	15	0	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25126857--25126888	14	2.4	13	94	5	55	0	15	0	84	0.63
25129093--25129118	11	2.4	11	100	0	52	84	7	0	7	0.77
25166794--25166842	18	2.6	19	78	18	57	73	2	2	22	1.04
25168023--25168047	13	1.9	13	100	0	50	60	0	8	32	1.26
25172409--25172521	41	2.8	41	81	0	127	23	27	14	34	1.93
25176818--25176876	30	2.0	30	86	6	84	27	28	8	35	1.86
25177124--25177173	25	2.0	25	100	0	100	28	4	12	56	1.54
25182182--25182384	41	5.0	41	82	0	253	21	27	16	34	1.95
25182212--25182267	21	2.8	19	74	12	58	17	30	14	37	1.90
25182182--25182384	82	2.5	82	85	3	282	21	27	16	34	1.95
25182191--25182258	21	3.3	21	70	12	59	22	33	16	27	1.95
25184100--25184129	16	1.9	16	93	6	53	46	3	23	26	1.68
25186992--25187078	41	2.1	41	100	0	174	29	13	27	28	1.94
25187035--25187362	102	3.2	101	88	3	464	28	15	26	29	1.96
25187035--25187352	51	6.3	50	81	6	372	28	15	26	28	1.96
25189229--25189272	22	2.0	22	86	8	63	29	0	20	50	1.49
25194581--25194644	21	3.0	21	88	0	92	17	15	17	50	1.79
25203743--25203807	22	2.9	22	79	2	67	26	32	4	36	1.77
25212782--25212881	40	2.5	40	83	1	130	17	21	25	37	1.94
25215665--25215706	11	3.9	11	84	3	50	9	14	9	66	1.44
25215665--25215706	22	2.0	21	85	4	57	9	14	9	66	1.44
25216915--25217004	40	2.2	40	94	0	153	14	32	17	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25216915--25217004	20	4.5	20	72	8	76	14	32	17	35	1.90
25216915--25217025	40	2.8	40	88	2	152	13	31	18	36	1.90
25222395--25222568	40	4.4	39	86	5	197	14	31	20	33	1.93
25222403--25222570	20	8.4	20	75	3	151	13	30	20	35	1.92
25222413--25222574	80	2.0	80	85	2	218	12	29	22	35	1.91
25224423--25224467	20	2.2	20	88	7	65	26	6	6	60	1.47
25235759--25235938	51	3.6	50	80	6	177	24	18	27	30	1.98
25235759--25235943	101	1.8	101	89	3	291	24	18	27	30	1.98
25238516--25238555	6	6.7	6	85	0	53	7	17	0	75	1.03
25238516--25238556	18	2.3	18	95	0	73	9	17	0	73	1.09
25238525--25238567	18	2.4	18	88	7	61	9	20	2	67	1.30
25240550--25240622	3	24.3	3	77	0	74	34	2	4	58	1.31
25240801--25240849	25	2.0	25	87	0	71	24	6	10	59	1.53
25256352--25256383	6	5.5	6	96	3	57	68	0	0	31	0.90
25257719--25257785	27	2.5	27	85	4	82	25	28	10	35	1.89
25258784--25258827	21	2.1	21	100	0	88	31	25	9	34	1.87
25271644--25271674	15	2.1	14	94	5	53	54	0	9	35	1.33
25274578--25274880	9	34.0	9	75	12	218	33	0	19	46	1.57
25274578--25274871	52	5.3	52	85	10	333	33	0	19	46	1.55
25275081--25275142	28	2.4	24	73	19	61	53	8	3	35	1.47
25275124--25275317	38	5.7	37	71	23	165	51	13	2	33	1.53
25275096--25275310	66	3.3	66	95	0	367	51	12	2	34	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25275162--25275267	28	3.4	28	73	22	77	50	11	2	35	1.53
25276133--25276170	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
25277823--25277868	21	2.1	22	84	11	60	47	0	4	47	1.21
25278422--25278520	7	13.9	7	71	8	74	43	34	3	19	1.66
25278666--25278732	7	9.6	7	81	0	53	46	34	0	19	1.50
25278666--25278720	14	3.9	14	80	0	74	43	38	0	18	1.50
25278767--25278832	14	4.7	14	74	7	53	54	25	0	19	1.44
25278847--25279296	156	2.9	156	79	2	465	28	20	17	33	1.95
25279823--25279848	9	2.9	9	100	0	52	19	0	11	69	1.18
25294741--25294817	9	8.2	9	77	8	66	68	3	1	25	1.14
25294980--25295045	28	2.4	28	82	7	73	62	1	7	28	1.32
25295008--25295156	9	16.9	9	67	20	57	66	0	6	26	1.21
25295088--25295153	8	7.9	8	73	20	55	71	0	6	22	1.08
25295089--25295129	19	2.2	19	86	0	55	75	0	4	19	0.98
25295488--25295538	19	2.7	18	82	14	59	31	0	1	66	1.03
25295578--25295623	24	2.0	23	83	12	58	32	2	2	63	1.19
25295679--25295725	24	1.9	25	86	4	69	36	2	2	59	1.21
25295789--25295814	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
25297943--25298045	31	3.4	29	75	9	80	39	14	11	33	1.82
25301098--25301143	21	2.1	23	84	8	60	32	34	2	30	1.70
25303304--25303371	12	5.8	11	77	16	57	22	4	0	73	1.01
25303306--25303371	17	3.8	17	73	21	57	21	4	0	74	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25304213--25304405	102	1.9	102	79	10	216	27	14	26	31	1.95
25304390--25304459	10	7.0	9	76	19	59	80	1	2	15	0.91
25304390--25304462	16	4.9	15	79	12	71	79	1	2	16	0.92
25308070--25308116	24	2.0	24	86	0	67	21	38	14	25	1.92
25314237--25314274	18	2.1	18	95	0	67	21	18	18	42	1.90
25320145--25320178	14	2.5	14	90	4	52	20	0	0	79	0.73
25320145--25320178	13	2.5	13	90	9	50	20	0	0	79	0.73
25321142--25321180	18	2.2	18	90	4	62	33	2	0	64	1.08
25321459--25321510	22	2.3	23	87	6	72	65	3	0	30	1.10
25323821--25323896	40	1.9	40	86	5	109	19	28	28	22	1.98
25324781--25324822	15	2.8	15	78	7	50	35	2	0	61	1.09
25325051--25325100	21	2.4	21	83	9	66	36	22	6	36	1.79
25325706--25325746	19	2.2	19	100	0	82	36	26	0	36	1.57
25328214--25328352	63	2.2	61	80	12	158	31	8	19	40	1.82
25328467--25328621	41	3.8	41	91	0	238	27	19	20	32	1.96
25328481--25328667	82	2.3	82	80	5	200	27	20	21	29	1.98
25345562--25345733	50	3.5	50	80	2	159	29	22	26	22	1.99
25354051--25354077	13	2.1	13	100	0	54	29	0	7	62	1.22
25354195--25354370	50	3.8	43	83	11	165	23	22	33	21	1.97
25354233--25354410	50	3.5	50	85	0	230	24	21	32	21	1.98
25357978--25358162	50	3.7	50	83	3	237	25	20	30	23	1.99
25365641--25365715	33	2.2	34	92	2	125	42	13	6	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25372822--25372865	18	2.4	18	85	11	54	4	22	2	70	1.17
25378283--25378319	17	2.2	17	95	0	65	54	2	18	24	1.57
25401981--25402026	20	2.3	21	77	11	60	8	15	2	73	1.16
25401989--25402051	23	2.9	22	77	17	69	6	14	3	76	1.11
25402952--25402998	20	2.5	20	89	6	71	23	12	0	63	1.28
25402951--25402996	18	2.5	19	86	13	69	23	13	0	63	1.30
25404244--25404278	19	1.9	19	88	11	56	54	8	0	37	1.31
25405232--25405294	27	2.3	28	79	15	78	46	11	14	28	1.78
25405787--25405845	11	5.2	11	75	20	50	42	0	35	22	1.54
25408936--25408969	13	2.6	13	100	0	68	76	0	5	17	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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