genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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This is table  62  of  168  ( 20060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17888080--17888182	46	2.2	46	91	0	161	36	26	6	30	1.82
17888460--17888496	19	2.0	19	94	5	67	70	10	5	13	1.32
17893935--17894046	23	4.9	23	76	0	116	37	26	5	30	1.79
17893935--17894046	46	2.4	46	87	0	161	37	26	5	30	1.79
17901457--17901512	25	2.2	25	87	6	78	25	21	23	30	1.99
17901466--17901519	25	2.2	25	93	0	90	24	20	22	33	1.97
17910830--17910910	26	3.0	26	74	5	72	18	14	25	40	1.89
17913054--17913139	41	2.1	41	82	4	102	25	13	27	32	1.94
17916045--17916336	50	5.9	50	85	0	345	26	20	30	22	1.99
17920283--17920432	39	3.8	39	75	3	140	43	21	4	31	1.71
17920286--17920432	78	1.9	78	88	0	222	42	21	4	31	1.71
17920474--17920518	17	2.7	17	83	13	58	46	20	2	31	1.62
17924206--17924341	39	3.5	40	81	5	161	44	22	2	29	1.67
17924908--17925006	47	2.1	47	98	0	189	46	16	12	25	1.81
17937952--17937989	20	1.9	20	94	0	67	34	26	13	26	1.93
17939880--17940239	104	3.5	102	93	1	576	19	19	29	31	1.96
17951230--17951302	25	3.0	25	92	6	114	36	19	19	24	1.94
17961936--17962227	50	5.7	50	84	3	336	26	22	28	22	1.99
17968447--17968477	16	1.9	16	100	0	62	38	9	6	45	1.63
17968703--17968837	51	2.7	50	85	6	166	23	17	26	31	1.97
17968841--17968933	46	2.1	43	84	9	116	23	19	25	31	1.98
17969063--17969094	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17971270--17971434	82	2.0	82	97	0	312	40	9	19	30	1.84
17972915--17972948	16	2.1	16	88	0	50	35	20	2	41	1.68
17990940--17991034	42	2.2	42	83	5	111	28	25	20	26	1.99
17993456--17993578	42	2.9	42	79	3	131	29	15	24	30	1.96
18000706--18000802	40	2.4	40	98	0	185	37	16	23	22	1.94
18002303--18002328	9	2.9	9	100	0	52	19	0	11	69	1.18
18003825--18003851	11	2.5	11	100	0	54	70	7	7	14	1.32
18007021--18007072	21	2.4	21	84	12	61	28	7	17	46	1.75
18009681--18009740	29	2.1	29	96	3	113	50	10	28	11	1.71
18013210--18013267	25	2.3	25	90	0	89	32	24	20	22	1.98
18013223--18013295	25	2.9	25	87	4	94	32	19	24	23	1.97
18013234--18013313	25	3.2	25	87	3	99	28	17	28	25	1.97
18020985--18021096	25	4.5	25	79	0	116	32	23	22	22	1.98
18021063--18021111	25	2.0	25	91	0	80	30	14	28	26	1.95
18022679--18022758	42	1.9	42	84	5	108	23	27	23	25	2.00
18027773--18027829	25	2.3	25	90	0	87	28	19	21	31	1.97
18031152--18031320	70	2.3	73	88	7	238	30	29	20	19	1.97
18034464--18034566	42	2.5	42	91	0	161	28	21	25	25	1.99
18040574--18040606	13	2.3	15	85	15	52	48	0	9	42	1.35
18044719--18044995	29	9.5	29	74	10	197	38	13	24	23	1.91
18044775--18044964	87	2.2	87	83	5	231	37	14	23	24	1.92
18044741--18044995	117	2.2	117	89	2	379	37	14	24	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18044719--18045006	146	2.0	146	81	5	341	38	14	23	23	1.92
18048191--18048229	21	2.0	20	85	10	53	38	2	5	53	1.37
18050889--18050950	10	5.9	10	74	10	52	35	30	3	30	1.74
18050910--18050951	21	2.0	21	95	0	75	30	33	2	33	1.71
18051678--18051738	21	3.0	20	79	11	61	70	0	22	6	1.10
18051689--18051736	15	3.3	14	79	5	51	72	0	22	4	1.01
18053461--18053540	40	2.0	40	82	4	99	23	28	15	32	1.95
18056950--18057023	33	2.2	34	88	7	107	10	27	5	56	1.55
18057017--18057071	6	9.7	6	84	7	53	9	18	0	72	1.10
18061307--18061333	14	1.9	14	100	0	54	40	0	7	51	1.30
18066048--18066421	43	8.7	43	75	6	301	22	17	20	39	1.92
18066048--18066421	86	4.3	86	78	5	378	22	17	20	39	1.92
18066046--18066367	173	1.9	173	86	1	466	23	16	19	39	1.92
18068024--18068353	51	6.5	51	78	7	275	29	26	15	28	1.96
18068070--18068353	102	2.8	102	84	5	355	29	26	15	28	1.96
18068066--18068349	153	1.9	152	80	8	335	30	27	14	27	1.95
18075372--18075713	51	6.8	51	75	8	279	29	26	16	27	1.97
18075372--18075713	102	3.4	102	78	9	324	29	26	16	27	1.97
18077457--18077491	3	11.7	3	100	0	70	68	0	31	0	0.90
18077488--18077517	12	2.5	12	94	0	51	36	30	10	23	1.87
18079289--18079342	26	2.1	26	92	0	90	38	22	7	31	1.82
18079715--18079832	20	5.9	20	70	7	96	37	22	30	10	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18079715--18079832	40	3.0	40	79	7	132	37	22	30	10	1.87
18080847--18080893	15	2.9	16	74	25	53	78	2	17	2	0.94
18086657--18086773	32	3.6	30	74	16	83	73	5	12	8	1.23
18088861--18089083	43	5.2	43	95	0	365	34	25	17	22	1.96
18089137--18089687	50	11.0	50	72	7	411	32	23	19	25	1.97
18089138--18089687	100	5.5	100	89	3	822	32	23	19	25	1.97
18090220--18090264	15	3.1	15	83	3	56	77	2	15	4	1.02
18099363--18099411	20	2.4	21	83	13	66	34	0	2	63	1.06
18099381--18099488	19	5.3	20	79	18	109	37	0	4	58	1.19
18099434--18099498	10	6.6	10	76	13	64	30	0	6	63	1.19
18104240--18104291	20	2.7	19	88	11	79	36	0	0	63	0.95
18105107--18105154	17	2.8	18	76	20	57	39	0	2	58	1.10
18108096--18108156	21	2.9	21	95	0	104	55	6	11	26	1.59
18109161--18109219	30	2.0	30	93	0	100	33	25	25	15	1.95
18110001--18110281	50	5.6	50	81	2	298	27	21	28	22	1.99
18113064--18113306	50	4.8	50	80	4	202	26	26	19	27	1.99
18113114--18113303	100	1.8	105	83	6	255	26	27	18	26	1.98
18113114--18113311	50	3.8	52	83	5	215	26	27	19	26	1.99
18113910--18113944	17	2.1	17	100	0	70	77	5	0	17	0.96
18124061--18124096	18	2.0	18	100	0	72	38	11	11	38	1.76
18124675--18124720	24	2.0	23	82	4	56	28	50	4	17	1.65
18129436--18129504	25	2.7	26	78	10	81	34	4	36	24	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18130793--18130883	30	3.0	30	73	9	94	35	15	25	24	1.94
18141554--18141656	42	2.5	42	91	0	170	25	27	21	26	1.99
18147398--18147449	15	3.3	15	75	8	50	75	1	21	1	1.00
18147429--18147496	26	2.6	26	69	4	66	67	5	20	5	1.33
18154876--18154932	19	3.4	19	64	31	56	29	24	14	31	1.94
18154880--18154941	31	2.0	31	100	0	124	25	25	16	32	1.96
18160330--18160381	27	1.9	27	88	0	77	67	1	25	5	1.23
18161617--18161663	17	2.6	18	80	13	51	21	2	2	74	1.03
18175538--18175578	21	1.9	22	90	5	66	12	24	0	63	1.28
18180295--18180387	45	2.0	46	85	6	127	34	24	17	23	1.96
18184462--18184554	46	2.0	46	97	0	177	34	21	20	23	1.97
18186408--18186472	22	2.9	22	90	2	94	33	33	4	27	1.78
18192610--18192677	22	3.0	22	77	16	61	10	16	1	72	1.19
18194752--18194791	16	2.6	16	84	7	57	35	10	0	55	1.34
18197583--18197641	20	3.0	20	92	0	100	20	18	33	27	1.96
18199563--18199616	6	9.0	6	81	0	63	3	20	1	74	1.07
18199545--18199614	18	3.9	18	78	0	77	5	22	2	68	1.24
18199537--18199614	36	2.2	36	88	4	113	6	21	3	67	1.29
18200374--18200419	24	1.9	24	86	0	65	47	19	19	13	1.81
18201743--18201779	14	2.6	14	86	0	56	72	2	16	8	1.19
18202711--18202746	15	2.5	15	90	4	56	75	2	16	5	1.12
18202717--18202762	24	1.9	24	90	0	74	69	2	21	6	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18202766--18202808	18	2.4	18	84	7	52	60	0	23	16	1.35
18202777--18202811	18	1.9	18	94	0	61	54	0	22	22	1.45
18217216--18217260	19	2.3	19	84	7	54	24	31	11	33	1.90
18220756--18220801	23	2.0	23	83	4	58	45	17	19	17	1.85
18224884--18224934	23	2.3	22	83	6	66	29	3	27	39	1.74
18231139--18231456	17	17.6	17	67	14	138	44	9	14	30	1.77
18231124--18231444	37	8.8	36	71	14	157	45	9	15	29	1.78
18231123--18231287	73	2.2	73	82	6	208	43	10	13	32	1.78
18231138--18231454	18	17.6	18	67	18	110	44	9	14	31	1.77
18231576--18231607	17	1.9	16	100	0	55	56	12	12	18	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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