genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22638484--22638534	20	2.5	21	84	9	70	33	3	5	56	1.42
22638499--22638537	18	2.2	17	86	4	51	35	2	2	58	1.25
22641134--22641670	288	1.9	285	88	3	826	27	19	16	35	1.94
22645484--22645513	8	3.9	8	91	8	53	90	10	0	0	0.47
22645492--22645554	17	3.6	17	80	6	63	80	3	12	3	0.94
22646066--22646105	8	5.0	8	90	0	62	70	0	17	12	1.18
22646055--22646105	16	3.2	16	91	5	77	68	0	19	11	1.20
22647408--22647983	50	11.6	50	68	4	320	29	23	25	21	1.99
22647386--22648043	100	6.6	100	91	0	926	28	23	25	22	1.99
22649546--22649595	17	2.8	18	85	8	59	34	4	4	58	1.36
22650908--22650939	7	4.4	7	92	7	55	87	0	12	0	0.54
22650908--22650939	15	2.2	15	94	5	57	87	0	12	0	0.54
22656764--22656944	50	3.6	50	79	5	163	20	27	22	28	1.99
22665326--22665394	30	2.3	30	82	2	77	21	15	17	44	1.86
22665573--22665644	22	3.3	22	92	3	119	27	34	0	37	1.57
22665573--22665628	11	5.1	11	71	16	53	23	35	0	41	1.55
22665681--22665741	28	2.1	29	96	3	115	37	0	0	62	0.96
22666823--22666847	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
22667498--22667532	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
22668017--22668454	29	15.2	29	86	5	543	44	27	1	26	1.63
22668119--22668160	7	6.1	7	91	5	68	30	54	0	14	1.40
22671682--22671948	125	2.1	124	92	2	437	33	19	16	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22675125--22675582	102	4.4	101	83	11	517	40	1	4	53	1.32
22675238--22675422	59	3.1	58	69	14	169	40	1	5	52	1.36
22675328--22675582	100	2.5	100	95	0	456	38	1	4	55	1.27
22675510--22675562	18	3.0	17	91	5	79	39	1	1	56	1.21
22678621--22678843	111	2.0	113	88	4	335	30	13	11	45	1.77
22679356--22679499	73	2.0	73	88	0	216	36	18	18	27	1.94
22679887--22679935	2	24.5	2	91	0	80	46	0	4	48	1.20
22679991--22680079	20	4.2	21	77	11	85	50	1	8	39	1.41
22680031--22680082	26	2.1	24	85	7	68	50	1	9	38	1.46
22680381--22680430	3	16.7	3	83	8	66	62	4	2	32	1.25
22681797--22683361	100	15.6	100	87	0	2081	25	20	21	32	1.98
22683277--22683616	100	3.4	100	86	2	452	25	22	20	30	1.98
22684489--22684539	12	4.5	11	81	16	52	1	17	1	78	0.94
22684489--22684539	17	3.0	17	85	5	59	1	17	1	78	0.94
22684975--22685005	14	2.1	15	94	5	55	0	3	12	83	0.75
22687529--22687666	74	1.9	74	93	0	240	31	19	19	28	1.96
22688044--22688074	16	1.9	16	100	0	62	38	0	9	51	1.35
22688041--22688075	10	3.5	10	88	0	52	42	0	8	48	1.33
22691186--22691239	16	3.0	19	73	15	60	55	0	3	40	1.17
22691355--22691398	3	14.7	3	95	0	79	31	2	0	65	1.05
22692998--22693029	15	2.0	17	88	11	50	62	9	0	28	1.26
22693189--22693228	19	2.0	20	85	4	55	47	2	12	37	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22695347--22695508	46	3.6	46	77	9	197	29	19	21	29	1.97
22695299--22695812	90	5.8	90	74	7	426	29	21	18	30	1.97
22695388--22695807	175	2.4	175	93	0	705	30	21	18	30	1.97
22695292--22695937	44	14.8	44	69	11	317	29	21	18	30	1.97
22695670--22695936	129	2.1	129	92	0	444	31	21	17	29	1.96
22703648--22703778	66	2.0	67	90	1	210	28	33	19	19	1.96
22703905--22704013	57	1.9	57	90	3	175	24	27	19	28	1.98
22711619--22711666	19	2.6	18	81	15	53	45	8	20	25	1.79
22713945--22713979	13	2.7	13	90	0	52	42	11	0	45	1.40
22716795--22716833	15	2.8	14	88	7	53	25	7	2	64	1.33
22716806--22716834	15	1.9	15	100	0	58	27	10	0	62	1.28
22718613--22718647	13	2.7	13	90	0	52	42	11	0	45	1.40
22729330--22729416	10	8.8	9	72	16	57	22	26	12	37	1.90
22729350--22729416	20	3.3	20	81	6	73	23	25	13	37	1.92
22731957--22732020	20	3.2	20	84	4	67	32	14	28	25	1.94
22734107--22734188	30	2.9	28	81	13	82	14	17	2	65	1.37
22734172--22734210	14	2.9	13	82	17	53	7	17	5	69	1.32
22736610--22736667	20	2.9	20	87	5	73	31	15	29	24	1.95
22742405--22742501	19	5.2	19	78	2	97	39	16	12	31	1.86
22742405--22742501	37	2.6	38	75	3	106	39	16	12	31	1.86
22742625--22742666	22	1.9	22	90	0	66	26	16	16	40	1.90
22747500--22747556	28	2.0	28	100	0	114	63	7	0	29	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22747507--22747553	14	3.4	14	71	11	51	68	6	0	25	1.13
22747777--22747815	12	3.2	12	86	10	53	58	5	0	35	1.20
22749943--22749979	17	2.2	17	95	0	65	16	2	2	78	0.98
22750560--22750599	19	2.1	19	85	0	53	30	2	2	65	1.19
22750830--22750880	2	25.5	2	83	0	57	41	3	5	49	1.45
22751199--22751236	13	2.8	14	80	19	53	21	5	7	65	1.38
22751247--22751277	15	2.1	15	93	0	53	16	0	16	67	1.23
22755122--22755171	20	2.6	19	84	9	66	66	0	10	24	1.22
22755493--22755519	14	1.9	14	100	0	54	7	0	33	59	1.25
22759850--22759903	20	2.7	20	79	2	63	37	5	9	48	1.59
22764138--22764172	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
22766836--22766950	40	2.9	40	83	7	146	32	20	23	23	1.98
22767009--22767246	41	5.8	41	86	3	309	19	22	29	28	1.98
22767366--22767499	66	2.0	66	98	0	259	45	5	7	41	1.54
22767539--22767651	33	3.2	35	67	23	94	17	6	30	45	1.73
22767624--22767691	7	9.6	7	83	3	73	19	0	32	48	1.49
22767629--22767691	14	4.4	14	85	2	81	17	0	34	47	1.48
22767679--22767718	21	1.9	21	89	0	62	20	0	37	42	1.52
22767731--22767769	20	1.9	21	89	5	62	23	0	23	53	1.46
22771911--22771977	35	1.9	35	81	6	82	40	2	1	55	1.24
22772101--22772400	42	7.1	43	89	3	421	23	19	32	25	1.98
22772101--22772400	85	3.5	85	88	2	433	23	19	32	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22778286--22779507	143	8.7	144	85	2	1391	30	19	21	27	1.98
22780996--22781037	19	2.2	19	86	0	57	19	4	2	73	1.12
22781060--22781097	18	2.1	18	85	9	51	26	5	5	63	1.37
22781236--22781291	3	18.0	3	78	14	51	33	1	5	58	1.31
22782852--22782878	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
22784154--22784401	50	4.9	50	81	6	250	28	21	27	22	1.99
22789404--22789637	50	4.6	50	75	4	175	28	21	26	23	1.99
22794016--22794120	40	2.6	40	87	0	147	22	16	24	36	1.94
22794016--22794141	40	3.2	39	82	4	144	22	14	26	36	1.92
22797382--22797410	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
22801790--22801818	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
22813459--22813494	14	2.6	14	90	0	54	22	5	11	61	1.50
22832857--22832945	43	2.1	43	97	0	169	52	8	8	29	1.63
22833578--22833672	48	2.0	48	93	0	163	40	12	23	24	1.89
22838934--22839023	20	4.5	20	70	10	58	13	31	17	37	1.89
22839158--22839191	7	4.9	7	96	0	59	41	2	14	41	1.61
22850880--22850967	40	2.2	41	79	6	99	22	19	15	42	1.89
22854591--22854628	15	2.5	15	100	0	76	21	15	34	28	1.94
22856248--22856432	27	6.9	27	85	2	221	42	19	16	21	1.89
22856384--22856461	27	2.9	27	83	5	79	41	24	19	15	1.90
22856260--22856457	81	2.4	80	79	6	193	41	19	18	20	1.91
22856479--22856599	24	5.1	24	81	2	136	28	8	19	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22856498--22856609	47	2.4	47	86	1	152	28	7	20	43	1.78
22856481--22856609	48	2.7	48	82	1	161	29	8	19	42	1.81
22856781--22857002	63	3.5	63	81	6	252	22	19	20	37	1.94
22856786--22856999	32	6.8	32	75	4	148	22	19	20	37	1.94
22860361--22860445	19	4.6	19	72	5	66	41	14	11	32	1.82
22860365--22860471	55	1.9	55	84	0	142	41	16	12	29	1.85
22860558--22860588	16	1.9	16	93	0	53	32	25	12	29	1.93
22860588--22860637	22	2.3	22	96	0	91	34	12	14	40	1.82
22860588--22860658	22	3.2	21	88	4	88	32	14	12	40	1.83
22864409--22864434	9	2.9	9	100	0	52	57	0	0	42	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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