genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  1  of  199  ( 23770 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127--212	32	2.7	32	87	0	127	37	18	25	18	1.94
1511--1546	17	2.1	17	94	0	63	52	11	5	30	1.59
2505--2552	19	2.5	20	90	6	73	72	8	10	8	1.27
5350--5394	14	3.2	14	100	0	90	35	22	28	13	1.92
5495--5566	31	2.4	31	90	9	121	27	29	25	18	1.98
6147--6175	15	1.9	15	100	0	58	48	0	6	44	1.29
5733--6698	518	1.9	516	91	2	1587	36	17	17	28	1.93
12963--12995	16	2.1	16	100	0	66	6	39	6	48	1.53
15842--15891	15	3.3	15	77	5	64	28	32	22	18	1.97
15949--16005	21	2.8	21	83	2	71	42	28	17	12	1.85
19394--19544	78	1.9	78	91	0	248	27	22	21	27	1.99
21142--21175	13	2.4	15	80	19	54	32	5	26	35	1.81
21147--21175	13	2.2	13	100	0	58	31	6	27	34	1.83
25615--25679	31	2.1	31	94	0	112	53	13	6	26	1.63
26411--26461	26	2.0	26	84	7	68	60	7	5	25	1.47
26412--26468	26	2.2	26	81	6	62	63	5	5	26	1.37
26404--26655	135	1.9	135	99	0	495	46	5	10	37	1.61
26546--26596	26	2.0	26	84	7	68	60	7	5	25	1.47
26547--26603	26	2.2	26	81	6	62	63	5	5	26	1.37
31995--32043	12	3.8	13	76	17	50	59	0	0	40	0.98
41674--41708	15	2.3	15	90	0	52	57	0	11	31	1.34
46930--47024	9	10.6	9	94	0	145	22	10	28	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46922--47024	18	5.7	18	92	0	161	22	9	28	39	1.85
56035--56062	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
75000--75142	73	1.9	74	82	1	180	25	16	11	46	1.80
82277--82303	13	2.1	13	100	0	54	29	14	7	48	1.71
87050--87161	57	2.0	57	90	0	179	22	12	27	37	1.90
92444--92476	16	2.1	16	100	0	66	60	6	18	15	1.54
93185--93227	18	2.4	18	84	0	59	0	20	0	79	0.74
96667--96701	17	2.1	17	100	0	70	34	11	22	31	1.90
102837--102875	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
105093--105150	18	3.2	18	76	9	64	31	0	6	62	1.22
110262--110429	84	2.0	84	100	0	336	32	8	19	40	1.81
112467--112567	51	2.0	51	96	0	184	42	21	10	24	1.85
113699--113746	4	12.0	4	81	0	60	33	0	25	41	1.55
113699--113744	8	5.8	8	97	0	83	34	0	23	41	1.55
128119--128193	30	2.6	29	85	6	89	32	4	9	54	1.51
128236--128305	31	2.2	32	80	16	85	34	1	5	58	1.31
129117--129175	31	1.9	31	85	0	82	25	15	8	50	1.71
129856--129925	5	13.8	5	86	1	86	37	5	2	54	1.39
135828--135858	16	1.9	16	100	0	62	25	16	12	45	1.83
143131--143183	22	2.4	22	74	0	52	50	9	15	24	1.73
149961--149993	17	2.0	17	88	5	50	54	0	3	42	1.15
151769--151859	26	3.5	26	72	11	78	25	8	5	60	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156580--156629	6	7.8	6	89	8	73	80	2	0	18	0.82
172310--172352	17	2.5	17	82	14	52	51	0	0	48	1.00
174268--174314	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
175780--175831	24	2.2	24	89	0	77	38	3	5	51	1.44
193467--193493	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
203666--203706	3	13.7	3	90	10	66	0	29	2	68	1.03
203555--203799	117	2.1	116	87	5	341	17	31	6	45	1.73
203610--203827	117	1.9	116	82	4	271	22	31	5	40	1.76
203691--203991	93	3.2	93	93	4	480	25	30	5	38	1.79
204179--204211	12	2.8	12	90	0	57	0	24	0	75	0.80
208512--209182	234	2.9	233	84	4	827	40	19	10	29	1.85
211532--211564	17	1.9	17	93	0	57	42	12	0	45	1.41
212177--212208	13	2.5	13	94	0	55	0	15	3	81	0.82
220022--220060	18	2.2	18	90	0	60	69	0	0	30	0.89
220105--220145	21	1.9	21	90	5	64	34	2	4	58	1.32
222538--222587	3	16.7	3	100	0	100	0	32	0	68	0.90
225294--225339	14	3.4	14	76	11	60	50	6	15	28	1.69
225289--225340	26	2.0	26	100	0	104	50	7	15	26	1.71
234087--234120	17	2.0	17	88	0	50	29	5	23	41	1.78
235067--235115	18	2.8	17	81	15	55	67	2	2	28	1.13
235065--235186	29	4.3	28	76	13	83	59	2	3	35	1.27
238118--238372	130	2.0	130	95	0	456	33	16	18	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240817--240841	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
246094--246158	3	21.7	3	83	0	85	29	0	38	32	1.58
250745--250799	26	2.2	26	83	3	67	40	3	5	50	1.43
255112--255164	24	2.2	24	82	0	70	35	1	1	60	1.19
283590--283645	28	2.0	28	89	0	85	26	12	17	42	1.85
289019--289126	40	2.7	40	95	0	189	27	25	2	44	1.68
299917--299960	21	2.2	20	83	4	52	65	4	9	20	1.38
299917--299959	20	2.2	20	83	8	52	65	4	9	20	1.40
306029--306057	11	2.6	11	100	0	58	24	17	31	27	1.97
312130--312162	12	2.8	12	90	4	50	69	0	6	24	1.10
312183--312227	24	1.9	24	82	13	58	53	4	17	24	1.62
315274--315312	18	2.2	17	86	4	51	51	0	15	33	1.44
323211--323248	19	2.0	19	90	10	60	36	0	0	63	0.95
323573--323635	11	5.4	11	80	12	72	58	0	1	39	1.07
323548--323635	25	3.8	24	75	16	78	60	0	1	38	1.04
323586--323692	16	6.6	16	66	23	55	61	0	0	37	1.02
323550--323663	36	3.1	35	86	12	142	61	0	1	36	1.07
325125--325175	24	2.1	25	85	10	70	64	1	0	33	1.05
344612--344658	5	10.0	5	90	4	64	82	2	14	0	0.75
344612--344656	21	2.1	21	87	4	63	84	2	13	0	0.72
351914--351966	23	2.2	24	90	9	83	18	20	11	49	1.78
353986--354038	22	2.4	22	81	9	54	56	3	5	33	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
354030--354076	15	3.1	15	81	6	58	65	6	0	27	1.16
354248--354283	18	2.0	18	89	10	56	75	0	2	22	0.94
356917--356976	28	2.1	28	96	0	111	36	10	11	41	1.75
361912--361957	17	2.7	17	82	0	56	39	0	0	60	0.97
361931--361988	22	2.8	21	77	12	66	34	1	0	63	1.04
364788--364900	55	2.0	56	88	6	167	39	2	23	33	1.69
368215--368241	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
369504--369558	29	2.0	26	83	16	67	40	12	14	32	1.84
373445--373635	93	2.1	93	96	0	355	41	14	15	27	1.86
378899--378944	16	2.7	18	77	12	53	26	6	4	63	1.38
378944--378968	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
389034--389070	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
389515--389548	17	2.0	17	94	0	59	58	20	8	11	1.59
396390--396428	19	2.0	19	90	5	60	41	0	0	58	0.98
399566--399595	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
410014--410053	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
410037--410076	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
410022--410088	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
410016--410092	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
413895--413920	12	2.2	12	100	0	52	19	57	7	15	1.62
417398--417439	17	2.5	17	92	0	66	30	0	7	61	1.22
420878--420908	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
421268--421295	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
425020--425055	14	2.6	13	87	12	54	47	5	0	47	1.25
426843--426879	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
429076--429110	6	5.8	6	96	0	52	22	17	42	17	1.88
429076--429114	12	3.2	12	92	0	60	23	15	43	17	1.87
429076--429114	6	6.5	6	96	0	51	23	15	43	17	1.87
431607--431822	51	4.3	51	91	2	346	34	15	22	28	1.94
438079--438132	26	2.1	26	93	3	92	20	14	14	50	1.78
438566--438675	55	2.0	55	94	3	195	22	12	12	51	1.73
455416--455475	18	3.3	18	77	9	77	20	26	20	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199