genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  84  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25386493--25386715	122	1.8	122	85	0	311	25	26	14	34	1.94
25386689--25386752	33	1.9	33	90	0	101	34	25	10	29	1.90
25391579--25391618	20	2.0	20	90	0	62	32	20	5	42	1.73
25393798--25393871	29	2.6	28	75	12	69	31	12	18	37	1.88
25393783--25393935	28	5.4	28	74	6	146	26	13	21	39	1.90
25393784--25393940	57	2.8	57	85	0	197	26	12	21	39	1.89
25402786--25402851	22	3.0	22	93	0	105	33	15	25	25	1.95
25403362--25403491	45	2.9	43	79	5	143	25	23	12	39	1.89
25411139--25411192	26	2.1	26	100	0	108	31	27	14	25	1.95
25420583--25420727	23	6.3	23	80	0	155	32	23	18	25	1.97
25420583--25420726	46	3.1	46	85	2	191	32	23	18	25	1.97
25420967--25421003	18	2.0	20	89	10	60	51	18	0	29	1.47
25433845--25433926	25	3.3	25	79	3	94	32	21	18	26	1.97
25447976--25448032	24	2.4	24	97	2	107	28	0	22	49	1.50
25451414--25451470	26	2.2	27	84	12	75	42	0	0	57	0.98
25451494--25451537	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
25451620--25451675	15	3.5	15	71	19	51	50	1	0	48	1.11
25452009--25452067	28	2.1	27	96	3	109	30	10	11	47	1.73
25455224--25455263	14	2.9	14	84	0	53	42	15	7	35	1.75
25455189--25455255	34	1.9	35	84	3	91	46	10	8	34	1.70
25459005--25459059	18	2.8	19	81	10	67	27	25	21	25	2.00
25459172--25459239	24	3.0	23	72	8	68	44	20	16	19	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25469025--25469076	26	2.0	26	100	0	104	26	26	15	30	1.96
25476067--25476144	24	3.5	23	74	11	81	43	20	16	19	1.88
25476056--25476144	46	2.0	43	84	6	115	39	17	20	22	1.92
25476245--25476320	34	2.2	35	81	9	95	38	13	17	31	1.88
25479619--25479667	23	2.2	23	88	3	73	44	20	8	26	1.79
25479597--25479682	45	1.9	44	81	6	102	44	18	9	27	1.80
25506151--25506199	22	2.2	23	85	3	64	75	2	4	18	1.06
25507068--25507164	46	2.1	45	83	9	115	68	7	5	19	1.33
25540400--25540440	11	3.7	11	86	0	64	65	2	7	24	1.30
25540400--25540448	22	2.3	21	85	3	62	71	2	6	20	1.18
25543557--25543594	20	1.9	19	89	5	58	26	28	13	31	1.93
25550302--25550356	15	3.8	15	85	2	69	1	21	1	74	1.01
25551124--25551173	20	2.6	19	78	6	55	36	2	10	52	1.47
25552031--25552092	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
25552031--25552093	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
25552392--25552426	13	2.7	13	90	0	52	74	2	8	14	1.17
25552404--25552475	18	4.5	17	75	19	82	75	4	8	12	1.18
25568202--25568263	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
25568202--25568264	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
25570288--25570329	12	3.8	12	78	15	54	11	2	7	78	1.04
25575887--25575952	22	2.9	23	75	8	64	36	4	30	28	1.77
25581253--25581282	15	2.1	14	93	6	51	6	20	0	73	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25581301--25581345	19	2.3	20	85	11	58	6	13	4	75	1.15
25583567--25583618	21	2.4	22	87	6	70	15	3	5	75	1.14
25584158--25584183	13	2.0	13	100	0	52	23	7	23	46	1.78
25585829--25585876	12	3.8	12	83	10	60	72	4	2	20	1.11
25585829--25585874	13	3.5	13	84	3	65	76	4	2	17	1.06
25586866--25586904	15	2.4	15	87	12	51	66	2	20	10	1.33
25608036--25608082	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
25613078--25613148	36	2.0	36	88	0	106	39	21	28	11	1.87
25614698--25614762	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
25620329--25620368	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
25621425--25621461	13	2.8	13	100	0	74	18	8	0	72	1.08
25621502--25621550	12	3.9	12	82	10	62	10	6	10	73	1.25
25621502--25621547	13	3.5	13	85	11	67	8	4	8	78	1.09
25627257--25627374	12	9.8	12	74	13	64	8	18	1	71	1.20
25627243--25627357	15	8.1	14	67	21	53	9	20	1	68	1.26
25627303--25627374	30	2.4	30	84	9	85	5	18	1	75	1.07
25627328--25627373	6	7.7	6	90	9	76	2	17	0	80	0.81
25628219--25628253	18	2.1	16	89	10	52	11	8	5	74	1.22
25636085--25636189	23	4.6	23	75	0	102	33	6	25	34	1.82
25636078--25636189	46	2.4	46	86	0	161	32	6	25	36	1.81
25640339--25640389	16	3.3	15	81	13	52	7	17	1	72	1.18
25640384--25640442	19	3.2	18	73	9	57	6	11	3	77	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25648361--25648394	17	2.0	17	88	0	50	14	8	2	73	1.19
25648711--25648815	23	4.6	23	78	0	111	32	6	26	34	1.83
25648704--25648815	46	2.4	46	87	0	170	31	6	25	36	1.81
25665274--25665332	30	2.0	30	86	6	84	30	23	15	30	1.95
25666463--25666506	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
25679584--25679670	25	3.5	25	78	6	95	25	22	22	28	1.99
25683410--25683440	15	2.1	15	100	0	62	25	0	38	35	1.56
25684026--25684090	20	3.3	19	75	16	69	36	9	27	26	1.87
25689128--25689203	20	3.8	20	82	5	84	27	26	14	31	1.95
25689150--25689203	10	5.5	10	73	18	51	25	29	16	27	1.97
25694052--25694115	22	2.9	22	83	0	83	35	6	32	25	1.81
25697989--25698026	10	3.9	10	82	6	51	10	10	0	78	0.95
25697986--25698026	19	2.1	19	90	4	64	14	12	0	73	1.11
25698292--25698347	24	2.4	23	72	3	58	23	3	32	41	1.71
25701292--25701321	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
25708853--25708912	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
25709127--25709163	9	4.1	9	85	0	56	29	8	13	48	1.71
25717794--25718143	173	2.0	173	92	0	583	31	19	12	35	1.90
25739953--25739988	17	2.2	16	90	5	54	66	2	0	30	1.06
25740353--25740377	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
25744355--25744402	13	3.7	13	86	10	71	75	8	4	12	1.18
25744353--25744402	26	1.9	26	95	0	91	72	10	4	14	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25744441--25744480	12	3.0	14	85	14	66	65	0	12	22	1.26
25744441--25744479	13	3.0	13	88	11	62	64	0	12	23	1.28
25762171--25762224	26	2.1	26	100	0	108	37	7	20	35	1.81
25764644--25764823	27	6.6	27	88	2	236	29	28	7	34	1.85
25768919--25769006	46	1.9	46	83	4	115	39	15	20	23	1.91
25769138--25769202	22	3.0	22	71	8	60	43	16	20	20	1.89
25769195--25769303	32	3.4	32	76	6	114	37	22	21	19	1.94
25769472--25769581	24	4.6	24	88	0	139	45	22	8	23	1.79
25769654--25769739	27	3.2	26	80	8	93	27	23	15	33	1.94
25770092--25770134	17	2.4	17	80	7	50	20	46	18	13	1.83
25774926--25774975	24	2.1	24	85	14	68	48	6	12	34	1.65
25776597--25776677	12	6.8	12	69	17	53	12	23	1	62	1.36
25776612--25776667	18	3.0	20	68	26	59	10	26	0	62	1.28
25776611--25776679	36	1.9	36	91	5	113	10	24	0	65	1.24
25777904--25777954	11	4.5	11	73	22	52	19	1	5	72	1.15
25783788--25783849	19	3.2	19	69	13	54	14	30	17	37	1.90
25783776--25783953	39	4.6	39	80	4	180	21	33	13	30	1.92
25783820--25783925	38	2.8	38	84	4	133	23	33	12	30	1.91
25783776--25783939	77	2.1	78	85	5	217	21	34	12	31	1.91
25789511--25789559	24	2.0	24	100	0	98	16	8	20	55	1.66
25790401--25790514	37	3.0	37	87	9	185	26	3	23	46	1.68
25790397--25790522	39	3.3	39	85	9	188	25	3	23	48	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25790484--25790545	31	1.9	33	87	6	92	30	3	20	45	1.67
25797800--25797853	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
25797800--25797873	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
25797800--25797864	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
25799486--25799510	13	1.9	13	100	0	50	68	8	8	16	1.38
25800575--25800713	12	11.6	12	71	11	52	68	3	17	10	1.33
25800601--25800659	18	3.3	18	85	0	82	72	6	15	5	1.23
25800597--25800733	6	22.7	6	68	6	71	70	3	16	8	1.27
25800566--25800730	69	2.4	71	76	17	177	68	3	18	9	1.31
25800748--25800810	33	1.9	33	84	12	85	53	6	26	12	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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