genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  28  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8192048--8192307	97	2.7	97	91	0	403	35	18	13	32	1.90
8197890--8197986	11	9.2	11	75	11	78	23	28	4	43	1.72
8199792--8199834	18	2.4	18	80	0	50	20	27	9	41	1.83
8203450--8203861	126	3.3	126	91	2	650	25	21	20	32	1.97
8203904--8204222	91	3.4	92	85	4	381	36	17	2	42	1.64
8204020--8204167	46	3.3	45	68	19	135	33	15	2	48	1.59
8213454--8213478	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8214886--8214917	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8216658--8217112	43	10.7	43	79	4	388	28	23	23	24	2.00
8216707--8217112	212	1.9	215	83	3	525	28	23	23	24	2.00
8217606--8217651	21	2.2	21	84	0	56	4	39	17	39	1.69
8217534--8217701	87	1.9	87	86	4	241	13	28	16	41	1.86
8223163--8223365	9	23.7	9	67	22	98	32	2	17	47	1.61
8223148--8223233	16	5.8	16	70	19	60	32	2	19	45	1.63
8223163--8223363	59	3.3	59	82	11	239	32	2	17	47	1.61
8223270--8223348	19	4.3	18	72	19	65	29	0	20	50	1.48
8223263--8223346	35	2.4	35	97	0	159	29	0	20	50	1.49
8223290--8223362	16	4.9	15	69	27	57	28	1	19	50	1.56
8223832--8223904	39	1.9	36	83	8	92	39	12	9	38	1.76
8223870--8223926	17	3.4	16	80	9	62	43	8	5	42	1.58
8223952--8224189	17	13.2	17	67	15	95	41	10	15	33	1.81
8223935--8224077	36	3.9	36	82	7	171	43	11	15	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8224095--8224138	22	2.0	23	90	4	72	38	9	9	43	1.68
8224912--8224951	21	2.0	21	95	5	73	0	17	0	82	0.67
8224916--8224952	12	3.2	12	85	7	51	0	13	0	86	0.57
8225055--8225098	23	2.0	23	86	4	63	2	27	43	27	1.67
8226451--8227115	76	8.7	76	87	6	703	33	20	17	27	1.95
8227914--8228008	1	95.0	1	70	0	64	1	6	7	85	0.79
8227914--8228008	26	3.8	23	75	22	77	1	6	7	85	0.79
8227914--8227997	17	4.9	17	75	7	80	1	5	7	85	0.78
8237340--8237392	25	2.1	24	82	10	61	32	11	5	50	1.61
8237439--8237511	39	1.9	36	83	8	92	39	12	9	38	1.76
8237477--8237533	17	3.4	16	80	9	62	43	8	5	42	1.58
8237559--8237684	18	6.9	17	68	12	81	44	10	14	30	1.78
8237542--8237684	36	3.9	36	75	14	130	43	11	15	30	1.81
8237559--8237684	36	3.5	36	83	3	155	44	10	14	30	1.78
8237702--8237745	22	2.0	23	90	4	72	38	9	9	43	1.68
8237723--8237783	18	3.5	17	76	17	63	40	9	14	34	1.79
8237911--8237960	17	3.0	17	71	11	50	46	14	16	24	1.83
8238016--8238064	17	2.8	17	76	14	55	44	10	18	26	1.81
8238508--8238548	22	2.0	21	90	9	66	0	17	0	82	0.66
8238518--8238542	13	1.9	13	100	0	50	0	20	0	80	0.72
8238651--8238694	23	2.0	23	86	4	63	2	27	43	27	1.67
8239197--8239288	7	13.3	7	78	11	66	0	22	0	77	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8239198--8239288	6	14.3	6	83	6	101	0	23	0	76	0.78
8239195--8239288	24	3.8	24	86	9	120	0	22	0	77	0.77
8239216--8239290	38	1.9	39	84	12	102	0	26	0	73	0.84
8239210--8239292	43	1.9	43	85	9	116	0	26	0	73	0.83
8239414--8239452	17	2.2	17	86	9	51	0	15	17	66	1.25
8239428--8239480	12	3.5	16	68	21	51	1	15	11	71	1.22
8239427--8239480	17	3.5	17	67	27	57	1	14	11	72	1.21
8239428--8239486	28	2.1	28	100	0	118	3	16	10	69	1.30
8239428--8239498	28	2.5	28	90	4	90	2	19	11	66	1.36
8239719--8239805	30	2.9	30	77	6	86	43	3	20	32	1.69
8239806--8239838	12	2.6	13	90	4	50	18	0	3	78	0.87
8240185--8240239	25	2.3	24	79	14	60	52	3	5	38	1.42
8242753--8242804	25	2.0	26	85	10	72	48	23	3	25	1.68
8243661--8244199	114	4.7	112	69	12	301	20	20	20	37	1.95
8243662--8244371	341	2.1	340	93	0	1204	21	20	20	36	1.95
8244767--8244973	42	5.0	42	82	8	244	31	26	14	27	1.95
8247088--8247131	23	1.9	23	81	9	54	6	20	18	54	1.66
8250259--8250310	16	3.2	16	76	10	52	28	0	17	53	1.44
8250664--8250727	30	2.2	31	80	8	71	45	6	4	43	1.50
8255769--8255812	24	1.9	24	86	9	65	31	6	18	43	1.76
8263022--8263082	32	1.9	33	90	6	99	62	4	9	22	1.46
8263123--8263245	62	2.0	62	95	1	221	65	9	13	11	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8266504--8266569	23	3.2	23	60	28	56	39	25	6	28	1.80
8266502--8266583	39	2.1	39	100	0	164	42	24	6	26	1.78
8272517--8272567	26	1.9	27	92	4	86	66	0	3	29	1.09
8272697--8272735	18	2.1	19	90	4	62	33	0	0	66	0.92
8303101--8303332	41	5.7	41	94	0	392	23	29	19	27	1.98
8303100--8303381	123	2.3	122	87	6	410	24	28	19	28	1.98
8306349--8306375	14	1.9	14	100	0	54	22	18	7	51	1.70
8308355--8308411	13	4.3	13	78	10	62	61	7	31	0	1.23
8308354--8308415	28	2.2	28	82	5	72	59	8	32	0	1.26
8310736--8310817	28	2.9	28	96	3	148	60	7	31	0	1.24
8310736--8310808	9	8.0	9	71	18	53	58	8	32	0	1.27
8314292--8314461	94	1.8	91	82	6	216	31	6	9	52	1.59
8315141--8315369	119	1.9	120	84	7	313	43	3	10	43	1.53
8318263--8318304	4	10.8	4	79	5	50	21	28	0	50	1.49
8332661--8332704	19	2.4	19	80	3	54	54	0	4	40	1.21
8334704--8334754	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
8334885--8334915	14	2.2	14	100	0	62	41	0	6	51	1.27
8335160--8335202	18	2.4	19	80	11	54	13	4	6	74	1.19
8347380--8348066	99	7.1	100	86	5	799	31	25	20	22	1.98
8347414--8347664	49	5.1	50	69	9	133	33	23	20	22	1.97
8348729--8348768	20	2.0	20	100	0	80	75	5	15	5	1.15
8349478--8349519	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8349647--8349673	14	1.9	14	100	0	54	40	0	7	51	1.30
8349918--8349960	18	2.4	19	80	11	54	13	4	6	74	1.19
8352756--8352786	13	2.3	14	94	5	55	74	0	25	0	0.82
8355382--8355435	21	2.7	19	75	16	56	35	11	1	51	1.48
8356123--8356687	126	4.5	124	83	3	652	30	17	21	29	1.96
8359860--8361018	22	54.0	21	76	8	917	25	0	29	44	1.59
8359860--8361018	43	27.0	42	78	8	1009	25	0	29	44	1.59
8360508--8360588	36	2.3	35	82	6	99	25	0	29	44	1.54
8360526--8360603	36	2.1	37	83	2	95	25	0	28	46	1.53
8360504--8360621	36	3.1	35	65	25	85	25	0	30	44	1.55
8360955--8361034	27	3.2	26	70	17	69	23	0	32	43	1.54
8360988--8361046	14	4.3	14	70	12	50	18	1	35	44	1.60
8361288--8361334	21	2.2	21	85	7	60	2	23	36	38	1.67
8362251--8362276	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
8362445--8362482	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
8363023--8363052	15	2.0	15	93	0	51	3	36	33	26	1.73
8363429--8363525	51	1.9	51	85	6	135	45	3	24	26	1.68
8363487--8363563	11	6.9	11	73	24	72	45	1	27	25	1.61
8363487--8363563	33	2.3	33	82	10	102	45	1	27	25	1.61
8366256--8366311	5	11.2	5	96	0	103	39	1	0	58	1.08
8367345--8367370	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
8368863--8368972	43	2.5	44	77	15	120	25	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8369604--8369655	19	2.7	19	93	0	95	36	9	15	38	1.80
8369604--8369680	38	1.9	40	87	10	113	37	7	15	38	1.77
8369865--8369909	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
8370149--8370180	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
8377021--8377427	44	9.2	45	75	6	348	32	17	21	28	1.96
8377000--8377427	88	4.8	89	87	2	578	31	17	21	28	1.97
8377000--8377478	265	1.8	265	82	5	619	31	17	21	28	1.96
8377558--8377655	44	2.2	45	88	1	144	31	14	26	27	1.95
8377646--8377863	44	5.1	43	67	14	130	30	19	22	27	1.98
8378302--8378338	19	2.0	19	89	5	58	27	48	18	5	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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