genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14030296--14030358	22	2.9	22	82	0	81	42	31	9	15	1.79
14030296--14030369	22	3.4	22	77	7	78	41	32	12	13	1.81
14031226--14031279	22	2.4	22	81	9	65	38	18	1	40	1.61
14031892--14031920	12	2.3	13	94	5	51	37	6	27	27	1.82
14036248--14036279	16	2.0	16	93	0	55	46	0	3	50	1.17
14041538--14041569	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
14050049--14050086	20	1.9	20	88	0	58	55	2	0	42	1.14
14050049--14050091	20	2.2	20	83	4	52	51	4	0	44	1.22
14057012--14057079	21	3.2	21	67	22	61	39	1	7	51	1.39
14057760--14057841	40	2.0	40	86	4	112	37	14	13	34	1.85
14059235--14059392	72	2.2	73	96	2	291	45	15	11	27	1.80
14059285--14059429	34	4.1	34	69	15	98	45	13	11	29	1.78
14060710--14060734	12	2.1	12	100	0	50	8	44	32	16	1.76
14068157--14068242	39	2.2	40	87	6	122	39	2	3	54	1.30
14069850--14069904	24	2.3	24	84	3	67	63	1	3	30	1.22
14069879--14069922	17	2.5	17	82	13	54	59	2	2	36	1.23
14075167--14075196	6	5.0	6	100	0	60	0	16	66	16	1.25
14075278--14075353	14	5.4	13	80	9	62	30	1	3	64	1.20
14075298--14075345	7	6.9	7	86	6	62	35	0	6	58	1.23
14075277--14075350	7	10.8	6	78	17	51	31	1	4	63	1.21
14075297--14075345	21	2.3	21	90	10	82	34	0	6	59	1.22
14078009--14078064	15	3.9	14	79	13	53	66	1	1	30	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14078271--14078309	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
14078471--14078515	23	2.0	23	91	4	74	46	13	4	35	1.63
14078481--14078525	23	2.0	23	86	4	65	40	15	4	40	1.67
14078504--14078578	19	3.8	19	82	6	78	37	12	9	41	1.74
14078515--14078577	21	3.1	21	93	4	103	38	9	9	42	1.70
14079781--14079826	19	2.3	20	81	7	58	67	0	6	26	1.15
14095098--14095143	16	2.7	17	75	21	51	30	0	6	63	1.20
14100756--14100874	40	3.0	40	80	7	134	35	20	20	24	1.96
14101328--14101692	116	3.2	116	85	0	471	26	12	20	40	1.88
14101796--14101917	23	5.3	23	78	11	133	18	39	1	40	1.60
14101796--14101919	46	2.7	46	92	0	203	19	38	1	40	1.61
14102044--14102077	12	2.8	12	90	4	50	5	8	20	64	1.43
14102976--14103063	46	1.9	45	84	6	115	36	13	1	48	1.50
14103284--14103336	20	2.5	21	87	6	72	39	9	0	50	1.35
14103352--14103443	34	2.6	34	84	5	121	40	2	1	56	1.18
14103550--14103808	9	27.7	9	70	16	127	45	20	0	32	1.57
14103577--14103681	48	2.2	47	94	1	183	45	21	0	32	1.52
14103619--14103756	39	3.6	39	86	7	194	45	21	0	32	1.52
14103602--14103672	14	4.6	14	69	24	54	45	25	0	29	1.54
14106152--14106180	14	2.1	14	93	6	51	27	0	17	55	1.42
14106956--14107157	43	4.7	43	75	8	142	29	20	20	29	1.98
14108387--14108431	24	2.0	23	87	12	67	42	4	0	53	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14110730--14110764	16	2.2	16	90	10	54	51	2	17	28	1.59
14111346--14111447	45	2.3	45	84	3	125	45	16	17	20	1.86
14111434--14111649	45	4.8	44	87	2	279	37	16	19	25	1.92
14111392--14111590	90	2.2	90	83	1	238	40	15	20	24	1.90
14111434--14111651	90	2.4	90	89	0	328	38	16	20	25	1.92
14111389--14111648	135	1.9	134	82	1	306	39	15	19	25	1.91
14112619--14112719	50	2.0	50	100	0	202	18	21	27	31	1.97
14113418--14113459	21	2.0	21	95	0	75	40	9	16	33	1.81
14131904--14131969	26	2.5	26	85	0	87	40	12	13	33	1.82
14131904--14131979	26	2.9	25	80	7	80	42	10	15	31	1.81
14141867--14141934	25	2.7	26	84	6	88	36	7	25	30	1.83
14142870--14142901	9	3.4	9	91	8	55	53	0	0	46	1.00
14142872--14142902	10	3.2	10	95	4	55	48	0	0	51	1.00
14143328--14143461	69	2.0	68	87	1	196	41	2	5	50	1.39
14147159--14147195	17	2.2	17	100	0	74	29	5	24	40	1.77
14151499--14151550	14	3.7	13	80	12	50	65	1	1	30	1.14
14155298--14155325	13	2.2	13	100	0	56	32	7	21	39	1.80
14155717--14155886	90	1.9	91	82	3	218	43	10	18	28	1.82
14167130--14167182	15	3.5	15	69	5	52	54	11	3	30	1.53
14167130--14167191	31	2.0	31	100	0	124	58	9	3	29	1.46
14167190--14167218	13	2.1	14	93	6	51	55	6	0	37	1.27
14167194--14167250	18	3.1	18	73	14	53	57	1	0	40	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14181230--14181311	26	3.2	26	82	3	103	18	21	17	42	1.89
14181236--14181440	24	8.3	23	67	13	74	20	23	18	38	1.94
14183763--14183831	27	2.6	27	88	0	93	20	28	15	34	1.94
14185650--14185688	20	1.9	21	89	5	62	35	25	2	35	1.70
14187402--14187453	27	1.9	27	84	7	70	42	7	3	46	1.51
14190224--14190265	3	14.0	3	80	9	50	30	2	2	64	1.19
14190744--14190788	16	2.6	17	89	6	65	37	4	6	51	1.49
14191559--14191583	11	2.3	11	100	0	50	28	24	16	32	1.96
14212520--14212610	42	2.1	43	84	6	114	21	24	31	21	1.98
14212532--14212631	42	2.4	42	81	6	105	21	26	32	21	1.98
14215508--14215546	17	2.2	18	86	4	53	64	2	5	28	1.28
14217077--14217684	50	12.1	50	68	8	320	23	19	23	33	1.97
14217077--14217734	100	6.7	100	82	7	690	23	19	22	33	1.97
14218972--14219040	7	10.1	7	72	21	58	13	15	1	69	1.26
14218972--14219040	13	5.1	13	79	13	68	13	15	1	69	1.26
14218972--14219009	19	2.0	19	89	0	58	13	15	0	71	1.16
14218981--14219022	19	2.2	18	84	16	50	9	16	2	71	1.23
14224577--14224613	14	2.5	15	91	8	58	56	0	8	35	1.29
14224797--14224830	18	1.9	18	88	5	52	55	0	5	38	1.24
14242858--14242883	9	2.9	9	100	0	52	0	0	30	69	0.89
14245958--14246109	52	2.9	52	96	0	268	34	15	23	26	1.94
14246083--14246229	37	4.0	37	91	1	235	36	15	22	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14248881--14248924	20	2.3	20	84	7	56	70	2	0	27	0.99
14255105--14255196	25	3.7	25	79	5	114	28	23	21	26	1.99
14257822--14257873	20	2.8	18	78	21	63	51	3	1	42	1.31
14258325--14258364	19	2.1	19	85	0	53	37	2	5	55	1.35
14259739--14259784	15	2.9	17	75	18	53	41	2	0	56	1.11
14261757--14261824	28	2.4	28	92	0	109	35	23	17	23	1.95
14261935--14261989	26	2.1	26	89	0	83	34	20	21	23	1.97
14262133--14262268	54	2.5	53	83	4	184	17	18	20	43	1.88
14262126--14262268	27	5.3	26	81	6	144	18	18	20	43	1.88
14264769--14264926	69	2.3	69	92	0	262	23	23	17	36	1.95
14266904--14267021	42	2.7	45	73	11	120	31	19	16	33	1.94
14266913--14267293	90	4.3	90	79	2	290	29	19	14	36	1.92
14267031--14267267	90	2.6	90	85	0	330	27	18	14	38	1.91
14273140--14273526	39	9.9	39	81	5	381	18	18	29	34	1.95
14273140--14273526	117	3.3	116	83	2	454	18	18	29	34	1.95
14280133--14280182	17	3.0	17	73	21	52	38	0	16	46	1.47
14280496--14280962	39	12.0	39	88	2	618	15	17	31	35	1.92
14280798--14280870	23	3.5	23	66	24	70	10	19	34	35	1.87
14284577--14284614	18	2.2	17	86	9	51	21	7	2	68	1.28
14286718--14286778	22	2.8	22	80	7	61	32	6	22	37	1.80
14287987--14288024	19	2.0	19	100	0	76	42	10	10	36	1.74
14292084--14292108	13	1.9	13	100	0	50	24	8	20	48	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14292411--14292553	61	2.4	60	82	11	177	42	0	2	54	1.17
14293356--14293593	41	5.8	41	81	5	266	22	21	26	29	1.99
14293356--14293587	123	1.9	122	83	5	297	22	20	26	30	1.98
14294681--14294746	27	2.4	28	76	2	71	18	1	37	42	1.59
14294680--14294746	7	9.7	7	80	3	64	17	1	38	41	1.59
14295157--14295204	24	2.0	25	83	4	62	35	4	2	58	1.29
14295399--14295485	41	2.1	41	93	0	147	29	16	17	36	1.91
14299239--14299480	43	5.6	43	90	1	360	23	16	31	28	1.96
14302714--14302770	23	2.4	24	94	2	98	40	10	1	47	1.48
14303745--14303807	27	2.3	27	91	0	99	49	9	31	9	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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