genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  82  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24683912--24684514	133	4.5	133	85	5	634	27	25	16	31	1.96
24683912--24684540	222	2.8	221	88	2	888	27	25	16	30	1.97
24685801--24685850	14	3.6	14	74	15	50	12	22	0	66	1.24
24686795--24686834	19	2.1	19	90	9	64	67	5	15	12	1.38
24688705--24688744	19	2.0	20	85	4	55	47	7	20	25	1.75
24688778--24688803	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
24691603--24691651	18	2.9	16	79	8	53	81	2	4	12	0.91
24699388--24699464	29	2.6	29	87	4	100	48	14	12	24	1.79
24699567--24699599	15	2.1	17	88	11	52	57	0	0	42	0.98
24710982--24711140	46	3.4	46	79	6	158	27	20	19	32	1.97
24711009--24711137	48	2.8	45	78	7	141	27	19	19	33	1.96
24711914--24712283	182	2.0	182	94	0	641	26	4	25	43	1.73
24726137--24726187	25	2.0	25	96	0	93	43	17	0	39	1.49
24728760--24728797	19	2.0	19	85	10	51	23	13	2	60	1.45
24728892--24729009	51	2.3	51	94	1	202	32	18	0	48	1.54
24729173--24729461	144	2.0	144	95	1	517	25	25	4	43	1.74
24729664--24729694	4	8.0	4	92	7	55	74	0	0	25	0.82
24729998--24730093	31	3.1	31	95	3	174	45	13	9	31	1.75
24739554--24739624	32	2.2	32	97	0	133	36	25	2	35	1.71
24746092--24746404	43	7.3	43	79	5	301	33	23	15	27	1.95
24751194--24751270	22	3.4	23	83	3	86	49	25	0	24	1.51
24751193--24751314	30	4.1	30	81	6	126	47	27	0	24	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24751265--24751316	22	2.4	22	90	6	79	46	30	0	23	1.53
24751461--24751695	84	2.8	84	85	1	299	34	17	17	30	1.94
24751599--24752008	124	3.3	123	84	3	518	33	18	16	31	1.93
24754767--24754799	16	2.1	15	94	5	57	36	0	0	63	0.95
24757977--24758017	7	5.9	7	97	0	73	53	0	0	46	1.00
24757977--24758025	21	2.4	21	86	3	73	48	0	0	51	1.00
24761072--24761126	28	1.9	29	85	3	76	30	0	23	45	1.53
24781558--24781584	14	1.9	14	100	0	54	29	0	22	48	1.51
24782253--24782345	46	2.0	46	100	0	186	30	21	15	33	1.94
24791118--24791166	17	2.5	20	78	15	59	69	0	4	26	1.06
24791120--24791163	17	2.4	19	88	7	65	72	0	4	22	1.02
24791120--24791168	19	2.8	17	84	9	62	71	0	4	24	1.03
24791143--24791208	29	2.3	29	84	5	80	59	0	3	37	1.13
24791143--24791225	29	2.9	28	78	8	78	60	0	4	34	1.18
24791128--24791283	75	2.1	74	78	8	163	62	2	3	31	1.27
24793338--24793375	18	2.1	18	85	9	51	52	18	21	7	1.70
24794536--24794577	22	1.9	22	100	0	84	21	9	21	47	1.79
24799562--24799612	22	2.3	22	96	0	93	25	13	21	39	1.90
24799568--24799621	22	2.8	20	86	13	69	25	11	20	42	1.85
24803122--24803157	18	2.0	18	94	0	63	27	16	30	25	1.97
24806048--24806082	17	2.1	16	94	5	61	74	8	0	17	1.06
24806929--24807039	55	2.0	55	100	0	222	10	45	21	21	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24808155--24808189	18	1.9	18	88	11	54	28	11	2	57	1.48
24819567--24819688	44	2.8	43	82	2	145	29	18	24	27	1.98
24821607--24821641	18	1.9	18	88	11	54	28	11	2	57	1.48
24822010--24822057	22	2.2	21	82	14	53	33	2	4	60	1.27
24826111--24826162	20	2.7	20	81	3	70	32	0	3	63	1.12
24829605--24829794	40	4.8	40	84	0	209	37	15	28	17	1.91
24829634--24829738	20	5.3	19	69	8	66	37	16	32	14	1.88
24830264--24830489	113	2.0	113	99	0	443	43	18	12	26	1.85
24840305--24840413	45	2.4	45	84	3	130	47	18	16	17	1.83
24840391--24840516	45	2.8	45	81	2	128	37	15	21	26	1.92
24840485--24840597	45	2.5	45	82	4	138	45	17	18	18	1.86
24846311--24846360	26	1.9	26	91	0	82	18	16	34	32	1.92
24846380--24846565	43	4.4	41	76	8	169	22	16	25	36	1.94
24846380--24846572	84	2.3	84	91	0	314	22	18	24	35	1.96
24848982--24849036	21	2.6	21	80	8	58	3	3	18	74	1.11
24857243--24857338	29	3.3	29	77	0	102	37	22	14	25	1.92
24857220--24857358	29	4.8	30	73	7	101	34	21	13	30	1.92
24857244--24857405	58	2.8	58	81	5	166	36	21	12	29	1.91
24860439--24860533	25	3.8	25	75	10	95	27	24	21	27	1.99
24861628--24861666	20	2.0	20	90	10	62	17	5	25	51	1.66
24879346--24879655	167	1.9	167	87	0	458	26	18	29	25	1.98
24879617--24880510	50	18.0	50	67	3	354	28	20	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24879350--24879710	167	2.2	167	82	2	420	26	18	27	27	1.98
24879636--24880538	99	9.1	99	88	2	1040	28	19	24	26	1.99
24889454--24889516	24	2.5	25	85	12	76	17	15	3	63	1.44
24889476--24889529	24	2.3	23	81	12	65	24	16	0	59	1.37
24894410--24894810	167	2.4	166	80	5	484	27	19	26	26	1.99
24894735--24895005	50	5.4	50	67	7	151	28	21	25	25	1.99
24894745--24895645	99	9.1	99	86	2	988	29	20	24	25	1.99
24894969--24895221	50	5.1	50	63	6	129	26	18	27	28	1.98
24896797--24896827	14	2.3	14	94	5	55	32	6	0	61	1.21
24896783--24896825	21	2.0	21	82	8	52	27	6	2	62	1.33
24896842--24896909	11	5.9	11	70	21	50	33	2	0	63	1.10
24897898--24897955	12	4.8	12	74	17	50	51	3	1	43	1.28
24897890--24897959	37	1.9	35	88	5	104	48	4	2	44	1.37
24899965--24900287	51	6.4	49	74	8	218	30	26	13	29	1.94
24899997--24900288	102	2.9	102	89	2	410	30	26	14	28	1.95
24899998--24900287	153	1.9	151	84	4	386	30	26	14	28	1.95
24906261--24906388	25	5.2	24	77	11	107	23	22	21	32	1.98
24906287--24906404	50	2.4	50	87	4	159	25	23	19	31	1.98
24906287--24906404	25	4.8	25	76	15	111	25	23	19	31	1.98
24907489--24907527	20	2.0	20	90	10	62	12	5	30	51	1.62
24909885--24909918	14	2.5	14	90	4	52	50	2	20	26	1.63
24916265--24916504	27	8.9	27	83	5	297	43	19	17	19	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24916265--24916506	81	3.0	81	88	0	340	42	19	17	19	1.89
24922370--24922427	29	2.0	28	83	3	71	50	12	3	34	1.57
24922593--24922630	19	2.0	19	85	10	51	34	2	2	60	1.24
24938573--24938611	20	2.0	20	85	10	53	43	5	0	51	1.24
24942059--24942101	16	2.7	16	96	0	77	53	4	20	20	1.63
24945814--24946025	110	1.9	110	87	3	311	33	17	16	31	1.93
24946360--24946486	63	2.0	64	89	3	195	28	19	7	44	1.77
24952587--24952643	10	5.7	10	80	15	64	68	1	10	19	1.28
24958137--24958169	14	2.5	14	90	9	52	24	9	27	39	1.85
24958083--24958282	51	3.9	50	77	7	197	26	14	26	33	1.94
24960836--24960868	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
24962078--24962125	22	2.3	21	80	20	57	43	14	22	18	1.87
24962363--24962428	31	2.2	30	84	13	82	43	0	0	56	0.99
24967321--24967357	9	4.2	9	86	6	58	56	29	0	13	1.37
24968152--24968180	15	1.9	15	100	0	58	0	24	0	75	0.80
24968211--24968243	13	2.4	14	90	5	50	72	0	6	21	1.05
24971172--24971267	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
24971570--24971628	29	2.1	27	81	12	66	23	6	1	67	1.24
24971811--24971874	21	3.3	19	83	12	76	75	9	12	3	1.16
24971809--24971860	21	2.4	21	90	3	77	75	7	13	3	1.17
24971809--24971874	19	3.2	21	79	12	75	75	9	12	3	1.14
24971854--24971882	8	3.8	8	90	9	51	79	10	10	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24971852--24971887	15	2.4	15	80	0	54	83	8	8	0	0.82
24977437--24977528	32	2.9	31	95	3	166	30	9	15	44	1.78
24977830--24977888	29	2.1	27	81	12	66	23	6	1	67	1.24
24979377--24979423	21	2.2	21	85	7	60	65	2	2	29	1.15
24979376--24979440	21	3.2	20	78	6	58	58	3	6	32	1.38
24990708--24990774	13	5.1	13	80	10	82	29	7	26	35	1.84
24990708--24990772	27	2.4	28	87	7	91	30	7	26	35	1.84
24991011--24991086	19	3.8	19	74	19	57	48	2	2	46	1.30
24992836--24993117	72	3.9	72	90	1	440	54	16	6	22	1.64
24999456--24999646	43	4.4	43	85	2	222	42	18	16	22	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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