genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  89  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27371810--27371861	24	2.2	24	89	0	77	34	3	7	53	1.48
27379514--27379575	31	2.0	31	93	6	108	29	20	24	25	1.99
27383010--27383084	27	2.8	27	83	0	78	29	33	14	22	1.94
27393766--27393859	46	2.0	46	93	0	161	48	18	8	24	1.75
27394182--27394235	3	18.0	3	88	0	81	1	29	3	64	1.21
27399444--27399690	50	4.9	50	87	0	314	22	31	20	25	1.98
27399708--27399803	44	2.2	44	94	1	165	26	20	12	40	1.88
27408401--27408482	41	2.0	42	87	2	121	32	26	25	14	1.95
27412762--27412819	30	1.9	30	85	0	80	43	3	22	31	1.70
27413032--27413062	13	2.4	13	94	0	53	32	0	12	54	1.38
27413157--27413442	50	5.7	50	94	0	491	25	23	31	19	1.98
27424328--27424375	19	2.6	19	78	18	57	60	0	2	37	1.09
27432480--27432613	39	3.4	39	91	2	207	32	1	19	46	1.59
27432499--27432590	8	11.8	8	71	13	57	32	0	18	48	1.48
27432475--27432635	39	4.1	39	86	4	103	33	3	19	44	1.66
27435568--27435641	31	2.4	29	81	14	87	64	2	2	29	1.21
27435920--27435966	20	2.3	20	85	7	60	29	8	34	27	1.87
27436391--27436447	11	5.2	11	75	6	53	70	12	14	3	1.30
27436400--27436447	23	2.1	23	92	0	78	70	10	14	4	1.29
27437404--27437479	23	3.6	20	80	16	82	42	2	0	55	1.14
27437404--27437462	23	2.7	23	89	5	86	40	3	0	55	1.16
27437865--27437899	17	2.1	17	88	0	52	34	5	20	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27448471--27448541	18	3.9	18	68	5	54	19	11	9	59	1.59
27449961--27450006	3	15.3	3	100	0	92	34	0	0	65	0.93
27450372--27450397	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27456305--27456613	44	6.9	44	74	7	246	31	18	21	27	1.97
27456491--27456604	41	2.7	44	86	4	144	27	21	22	28	1.99
27456891--27457095	44	4.7	44	69	8	159	31	16	21	30	1.95
27456885--27457177	129	2.3	129	83	3	383	31	17	20	30	1.96
27457563--27457611	14	3.4	15	77	8	57	30	8	16	44	1.76
27457580--27457646	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
27457977--27458063	43	2.0	43	84	0	111	44	19	6	28	1.76
27471061--27471125	26	2.5	26	97	0	121	26	3	21	49	1.64
27471641--27471671	16	2.0	15	93	6	53	35	6	12	45	1.68
27471704--27471728	7	3.6	7	100	0	50	36	0	16	48	1.46
27471762--27471787	12	2.2	12	100	0	52	30	23	19	26	1.98
27489472--27489555	37	2.3	37	89	4	125	26	9	26	38	1.87
27498327--27498358	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
27498453--27498649	50	3.8	50	89	4	277	25	23	30	20	1.98
27498453--27498649	100	1.9	103	91	6	328	25	23	30	20	1.98
27507387--27507440	18	2.9	18	72	2	54	40	38	1	18	1.61
27507536--27507602	9	7.4	9	94	0	98	25	8	25	40	1.84
27513990--27514084	45	2.1	45	88	0	145	27	17	23	31	1.97
27517351--27517386	18	2.0	18	100	0	72	33	33	5	27	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27522099--27522273	88	2.0	87	85	5	237	34	21	9	34	1.86
27522317--27522357	19	2.2	18	87	12	57	51	0	4	43	1.23
27522346--27522380	17	2.0	18	88	5	54	57	0	0	42	0.99
27522607--27522727	55	2.1	58	83	8	151	29	5	4	60	1.39
27522607--27522725	57	2.1	55	83	9	143	29	5	4	60	1.39
27522744--27522790	18	2.5	18	82	6	58	25	2	2	70	1.10
27522858--27523078	87	2.5	88	79	8	241	32	9	19	38	1.83
27524281--27524310	6	5.0	6	100	0	60	0	16	0	83	0.65
27533711--27534281	68	8.4	68	82	0	615	32	17	23	25	1.97
27533711--27534281	136	4.2	136	85	2	698	32	17	23	25	1.97
27533712--27534281	204	2.8	203	83	0	701	32	17	23	25	1.97
27541907--27541955	21	2.4	19	78	18	53	26	14	18	40	1.89
27541912--27541957	21	2.1	21	88	8	65	26	15	17	41	1.88
27543845--27543874	15	2.0	15	93	0	51	13	23	3	60	1.48
27544908--27545369	239	1.9	239	90	0	728	29	8	25	36	1.85
27547939--27547984	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
27554864--27555055	50	3.8	50	82	4	208	22	30	20	26	1.99
27561621--27561738	11	11.4	11	77	19	87	57	0	3	38	1.15
27561644--27561705	10	6.3	10	78	15	67	66	0	1	32	1.02
27561648--27561738	22	4.3	22	79	13	109	57	0	4	38	1.19
27561594--27561727	41	3.2	40	83	9	146	59	0	2	37	1.15
27565739--27565770	8	4.0	8	100	0	64	25	0	0	75	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27572545--27572595	9	6.0	8	81	18	59	23	5	0	70	1.09
27572559--27572593	13	2.7	13	100	0	70	22	5	0	71	1.07
27572545--27572595	4	12.0	4	80	19	59	23	5	0	70	1.09
27572991--27573049	15	4.1	14	78	8	57	35	38	10	15	1.81
27574169--27574217	20	2.5	20	78	15	57	38	4	0	57	1.18
27579485--27579510	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
27582414--27582485	23	3.0	23	74	13	67	41	4	5	48	1.45
27584206--27584259	14	3.7	15	69	18	51	38	0	0	61	0.96
27584318--27584360	22	2.0	22	95	0	77	30	11	6	51	1.65
27585174--27585215	19	2.4	17	88	11	59	59	0	0	40	0.97
27585478--27585528	16	3.2	16	86	5	68	39	1	27	31	1.68
27590143--27590385	50	4.8	50	92	0	396	19	31	23	25	1.98
27590480--27590511	13	2.4	13	94	5	55	56	12	0	31	1.37
27590725--27590782	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
27593120--27593180	30	2.0	30	96	0	113	26	21	16	36	1.94
27604037--27604238	9	21.9	9	70	17	87	65	0	2	30	1.14
27604037--27604157	18	6.7	18	74	11	97	68	0	2	28	1.08
27604185--27604235	19	2.7	19	78	0	57	70	0	3	25	1.04
27605988--27606438	229	2.0	229	98	0	875	30	15	15	37	1.89
27609475--27609636	79	2.0	80	95	1	290	35	10	16	37	1.83
27609844--27609889	18	2.6	18	82	6	58	30	2	0	67	1.03
27615866--27615894	9	3.2	9	100	0	58	31	10	10	48	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27616534--27616633	19	5.1	19	75	20	107	57	12	1	30	1.42
27616534--27616634	21	5.1	20	78	14	104	57	11	0	29	1.41
27618631--27618734	49	2.1	49	90	0	163	32	6	11	49	1.65
27619333--27619435	51	2.0	51	98	0	197	29	13	25	32	1.94
27619442--27619478	4	9.5	4	94	5	67	51	0	0	48	1.00
27622047--27622101	20	2.8	20	85	0	74	43	3	12	40	1.60
27622439--27622496	19	3.0	20	76	5	73	41	6	15	36	1.74
27623376--27623418	20	2.1	21	86	4	61	32	23	9	34	1.87
27623940--27623978	13	3.2	12	86	13	53	33	0	7	58	1.26
27628672--27628779	40	2.7	41	77	11	116	37	12	16	33	1.87
27630238--27630277	20	2.0	21	85	14	57	27	0	37	35	1.57
27633423--27633471	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
27633867--27633952	43	2.0	43	84	4	111	52	4	23	19	1.65
27633939--27633984	20	2.4	19	88	3	65	47	0	26	26	1.52
27635215--27635308	49	1.9	49	84	0	125	42	7	22	27	1.80
27638882--27638927	20	2.3	20	100	0	92	30	8	8	52	1.62
27640160--27640201	20	2.1	20	86	8	59	54	16	21	7	1.65
27644815--27644910	37	2.6	37	89	0	147	35	21	13	29	1.92
27649147--27649183	18	2.1	18	100	0	74	54	21	5	18	1.64
27657522--27657577	25	2.3	24	93	6	103	60	0	3	35	1.14
27657867--27657896	14	2.2	14	94	5	53	30	0	0	70	0.88
27658921--27658998	30	2.6	29	79	4	84	48	2	3	44	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27660134--27660162	7	4.3	7	95	4	51	89	0	10	0	0.48
27665368--27665407	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
27671124--27671152	8	3.6	8	100	0	58	75	0	0	24	0.80
27676228--27676264	16	2.2	17	90	4	58	51	5	8	35	1.55
27677534--27677570	16	2.2	17	90	4	58	51	5	8	35	1.55
27680095--27680158	22	2.9	22	92	0	101	31	28	15	25	1.96
27682097--27682156	25	2.3	26	88	2	95	31	23	10	35	1.88
27689046--27689091	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
27697129--27697767	44	14.7	44	73	13	344	28	21	23	26	1.99
27697129--27697762	216	2.9	217	88	3	881	28	21	23	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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