genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  62  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18434687--18434744	29	2.0	29	96	0	107	46	3	25	24	1.68
18446792--18446821	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
18447955--18448024	25	2.8	25	84	0	104	32	21	21	24	1.98
18454653--18454759	38	2.8	38	81	8	119	35	29	14	19	1.92
18459037--18459117	39	2.1	39	92	0	135	29	23	9	37	1.87
18465602--18465646	22	2.0	22	83	8	56	26	51	4	17	1.65
18465834--18465886	27	2.0	27	85	7	74	37	11	16	33	1.85
18465849--18465914	26	2.5	26	80	2	78	31	13	19	34	1.91
18474434--18474464	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
18474517--18474553	9	4.1	9	86	13	58	43	13	10	32	1.79
18475189--18475215	5	5.4	5	100	0	54	22	18	18	40	1.91
18484216--18484263	13	3.5	13	81	13	53	37	6	6	50	1.53
18493978--18494010	5	6.8	5	93	6	50	21	0	3	75	0.93
18495525--18495684	27	6.0	27	75	10	141	38	10	26	25	1.88
18495525--18495668	54	2.7	53	83	4	166	40	9	25	25	1.85
18495526--18495680	79	1.9	79	83	5	195	38	10	26	25	1.88
18497372--18497518	42	3.5	42	88	0	213	42	17	23	17	1.89
18505951--18506016	5	13.2	5	96	0	123	39	0	1	59	1.07
18506070--18506102	15	2.1	16	94	5	59	78	0	21	0	0.75
18506629--18506768	40	3.5	40	74	6	133	28	17	22	31	1.96
18511250--18511382	61	2.2	61	95	0	239	20	10	39	30	1.86
18513196--18513285	8	12.1	8	68	13	50	43	2	1	53	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18513191--18513285	20	4.7	20	72	23	67	44	2	1	52	1.19
18513243--18513284	5	8.4	5	100	0	84	40	0	0	59	0.97
18513313--18513361	10	5.1	10	83	11	50	71	2	20	6	1.18
18513309--18513377	4	17.0	4	72	19	54	71	1	23	4	1.12
18513290--18513376	33	2.7	33	77	12	90	73	1	18	6	1.12
18513307--18513377	29	2.5	28	77	6	72	71	1	22	4	1.11
18513336--18513388	20	2.7	20	82	2	63	71	0	28	0	0.86
18514069--18514131	21	3.2	20	73	18	53	33	0	15	50	1.45
18514227--18514361	41	3.4	41	76	9	145	25	17	25	31	1.97
18514227--18514361	40	3.4	40	74	7	132	25	17	25	31	1.97
18523386--18523505	40	3.0	40	84	6	120	34	7	0	57	1.33
18523590--18523617	11	2.5	11	100	0	56	14	0	14	71	1.15
18524316--18524361	23	2.0	23	83	8	58	52	2	4	41	1.33
18525069--18525210	72	2.0	72	95	0	257	35	19	16	28	1.93
18525694--18525800	2	54.0	2	81	5	128	50	0	4	44	1.22
18527650--18527861	44	4.6	45	75	10	153	28	23	18	30	1.97
18528168--18528852	50	13.7	50	75	4	574	27	19	20	32	1.97
18528167--18528742	100	5.8	100	86	2	787	27	19	20	32	1.97
18528167--18528844	200	3.4	199	84	2	847	27	19	20	32	1.97
18530252--18530301	15	3.3	15	83	10	66	0	22	0	78	0.76
18530260--18530292	11	2.8	12	86	13	50	0	21	0	78	0.75
18530252--18530294	21	2.0	21	86	8	61	0	20	0	79	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18533607--18533650	3	15.0	3	95	4	81	68	0	0	31	0.90
18533831--18533863	17	1.9	17	93	0	57	51	0	33	15	1.43
18541148--18541227	19	3.9	21	82	14	96	37	18	8	35	1.82
18541752--18541913	45	3.6	45	81	2	112	24	23	21	30	1.99
18541799--18541914	45	2.6	45	87	0	151	23	24	23	29	1.99
18542037--18542252	44	4.9	45	68	4	116	22	25	25	25	2.00
18542033--18542474	88	5.0	88	89	0	643	23	27	24	24	2.00
18542152--18542463	44	7.1	44	68	8	195	24	27	23	23	2.00
18546766--18546992	41	5.5	41	89	2	357	24	26	19	29	1.99
18546774--18546992	83	2.7	81	90	2	348	24	25	19	30	1.98
18550705--18550784	19	3.9	21	82	14	96	37	18	8	35	1.82
18552132--18552343	105	2.0	106	86	6	297	35	16	17	30	1.93
18552917--18552947	12	2.6	12	94	0	53	58	0	9	32	1.31
18553087--18553153	3	23.3	3	74	8	50	56	2	5	34	1.39
18555286--18555317	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
18555366--18555413	24	2.0	25	84	8	64	50	0	31	18	1.48
18558388--18558423	18	1.9	19	88	5	56	50	8	8	33	1.63
18563870--18563912	21	2.0	21	82	8	52	44	11	0	44	1.40
18567935--18567974	16	2.5	16	91	0	62	42	7	22	27	1.80
18571409--18571484	30	2.5	30	86	0	107	26	25	10	38	1.88
18571528--18571601	30	2.5	31	80	13	91	29	24	9	36	1.87
18571408--18571715	120	2.6	119	83	3	361	23	25	12	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18571649--18571715	30	2.3	30	87	7	93	25	23	11	38	1.89
18578645--18578700	25	2.3	25	81	3	60	48	26	10	14	1.76
18579126--18579189	30	2.1	30	85	0	83	17	28	12	42	1.85
18581042--18581087	13	3.5	14	88	8	62	19	6	28	45	1.75
18581042--18581082	13	3.2	13	96	0	73	17	7	29	46	1.74
18583376--18583534	80	2.0	80	100	0	318	59	8	11	20	1.59
18585734--18585993	72	3.6	72	78	9	285	56	14	5	23	1.58
18599469--18599529	9	6.6	9	77	7	50	34	3	3	59	1.30
18599440--18599507	18	3.7	18	75	15	59	39	4	0	55	1.20
18604182--18604249	30	2.2	30	84	2	82	29	26	5	38	1.80
18605832--18605880	20	2.5	20	80	3	64	55	0	2	42	1.11
18618107--18618151	19	2.4	18	82	17	56	15	0	13	71	1.15
18618101--18618157	21	2.7	21	70	22	55	15	0	12	71	1.13
18621173--18621233	30	2.0	30	90	0	95	29	14	21	34	1.93
18621698--18622107	88	4.7	86	80	7	328	33	13	10	42	1.79
18626006--18626077	3	24.3	3	74	13	60	65	5	2	26	1.28
18626014--18626096	27	3.3	24	79	14	78	66	6	2	25	1.27
18632737--18632774	14	2.8	14	84	4	51	26	18	5	50	1.68
18644069--18644125	24	2.4	24	90	0	87	38	5	8	47	1.57
18645450--18645518	30	2.3	30	92	2	120	42	18	17	21	1.90
18647422--18647479	24	2.4	24	82	0	71	36	5	8	50	1.56
18650427--18650550	54	2.3	54	81	2	142	20	27	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18654514--18654574	17	3.6	17	79	14	63	6	0	18	75	1.01
18654511--18654574	16	4.0	15	79	15	67	6	0	17	76	0.98
18657175--18657213	20	2.0	20	90	5	62	48	10	12	28	1.74
18672748--18672798	24	2.1	24	100	0	102	31	11	17	39	1.86
18675387--18675411	13	1.9	13	100	0	50	76	0	16	8	1.02
18676528--18676577	21	2.4	21	86	6	66	12	6	6	76	1.16
18676540--18676580	21	1.9	22	95	5	75	9	7	4	78	1.10
18680679--18680734	25	2.2	25	81	6	69	21	21	25	32	1.98
18687609--18687729	12	10.0	12	70	18	72	77	7	7	7	1.12
18687628--18687703	26	3.0	25	88	5	109	76	7	10	5	1.15
18687614--18687741	62	2.1	62	82	5	152	76	7	8	7	1.16
18687612--18687736	35	3.7	34	73	9	105	77	7	8	7	1.12
18687627--18687741	62	1.9	60	84	8	153	76	7	9	6	1.15
18687668--18687743	35	2.2	35	88	4	109	75	6	10	7	1.20
18689684--18689765	23	3.4	23	80	8	67	20	25	21	31	1.98
18704761--18704791	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
18715966--18715999	15	2.3	15	89	0	50	61	26	8	2	1.40
18724195--18724230	12	2.7	14	87	12	58	38	13	0	47	1.44
18725703--18725728	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
18726618--18726657	19	2.0	20	85	4	55	65	10	5	20	1.42
18726618--18726657	20	2.0	20	85	9	55	65	10	5	20	1.42
18733918--18733987	37	1.9	35	86	11	97	41	0	2	55	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18734291--18734340	23	2.2	23	88	0	73	38	12	14	36	1.83
18735043--18735114	34	2.0	38	84	13	98	43	0	6	50	1.29
18739810--18739860	24	2.1	24	100	0	102	31	3	27	37	1.75
18740606--18740672	26	2.6	26	85	0	80	29	25	23	20	1.99
18742641--18742672	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
18743054--18743100	24	2.0	24	100	0	94	21	17	25	36	1.94
18744299--18744402	37	3.0	37	68	22	89	39	4	3	51	1.41
18760211--18760256	18	2.5	18	76	16	58	65	0	0	34	0.93
18761180--18761218	21	2.0	21	85	10	55	28	0	7	64	1.21
18761186--18761277	25	3.7	25	73	12	73	29	2	4	64	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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