genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  86  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26174328--26174401	13	5.5	13	76	15	62	16	8	4	71	1.25
26174328--26174380	13	3.6	14	82	14	63	16	9	1	71	1.21
26174344--26174401	25	2.3	24	82	8	71	15	6	5	72	1.24
26174375--26174411	10	3.6	10	85	7	56	10	2	8	78	1.06
26174375--26174414	21	1.9	21	100	0	80	12	5	10	72	1.26
26174328--26174401	14	5.4	14	74	22	68	16	8	4	71	1.25
26181058--26181628	44	12.7	44	69	15	285	33	17	20	28	1.95
26180866--26181551	142	4.9	142	89	5	1058	33	18	19	27	1.96
26181200--26181648	85	5.1	85	75	12	397	32	18	20	28	1.96
26181153--26181585	129	3.3	128	85	8	605	31	18	21	28	1.97
26180866--26181580	271	2.6	271	91	2	1124	33	18	19	27	1.96
26181512--26181648	41	3.3	41	71	9	141	27	21	20	30	1.98
26197234--26197274	18	2.4	17	83	4	55	73	2	7	17	1.17
26199228--26199282	27	2.0	28	86	6	78	52	14	9	23	1.70
26200974--26201015	18	2.3	18	95	0	75	57	4	7	30	1.47
26207812--26207888	38	2.0	38	100	0	154	38	18	7	35	1.79
26214607--26214652	24	1.9	24	90	0	74	26	6	8	58	1.52
26220730--26220805	9	8.4	9	83	0	98	36	26	10	26	1.89
26220804--26220876	37	2.0	37	97	0	137	46	15	6	31	1.71
26220816--26220873	17	3.2	17	68	13	53	51	13	3	31	1.58
26220805--26220895	37	2.5	37	87	7	114	48	14	6	30	1.69
26226926--26226974	21	2.4	21	86	3	64	30	14	26	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26234144--26234353	29	7.2	29	85	1	195	23	27	12	36	1.91
26253347--26253414	20	3.4	20	72	0	64	17	29	13	39	1.88
26253417--26253461	20	2.2	21	80	11	58	8	31	26	33	1.87
26254967--26255042	38	2.0	38	94	0	134	15	18	13	52	1.74
26255718--26255843	50	2.5	50	81	1	153	35	12	15	35	1.86
26257274--26257324	25	2.0	25	100	0	102	15	17	23	43	1.88
26257977--26258029	19	2.7	18	78	16	61	64	1	22	11	1.36
26258023--26258057	18	1.9	18	88	0	52	68	0	22	8	1.16
26257991--26258061	34	2.1	35	81	7	83	66	0	23	9	1.22
26258010--26258066	28	2.1	27	80	6	62	68	0	24	7	1.14
26260470--26260514	24	2.0	24	82	8	58	40	26	4	28	1.75
26261529--26261557	8	3.8	8	95	4	51	24	20	0	55	1.44
26276670--26276804	50	2.7	50	82	3	175	33	13	14	38	1.85
26285363--26285392	13	2.3	13	94	0	51	23	3	0	73	0.98
26287157--26287186	9	3.3	9	100	0	60	60	0	30	10	1.30
26300470--26300517	15	3.1	16	80	16	57	33	0	47	18	1.49
26311380--26311421	19	2.2	19	86	0	57	38	0	47	14	1.44
26311386--26311438	15	3.5	16	83	16	69	35	0	47	16	1.48
26313026--26313129	50	2.1	50	88	0	154	20	13	25	41	1.88
26318007--26318068	25	2.5	26	86	5	83	24	25	20	29	1.99
26325598--26325638	16	2.9	13	83	16	55	24	14	2	58	1.49
26327209--26327234	13	2.0	13	100	0	52	23	23	30	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26329546--26329584	17	2.3	17	95	0	69	20	46	20	12	1.83
26330653--26330745	48	1.9	49	84	4	127	16	12	26	44	1.84
26332611--26332703	23	4.0	23	78	2	89	45	23	15	16	1.85
26335539--26335876	39	8.6	39	86	4	430	28	5	20	45	1.72
26335539--26335876	79	4.3	78	88	3	457	28	5	20	45	1.72
26335539--26335876	118	2.9	116	84	2	444	28	5	20	45	1.72
26337210--26337358	54	2.8	54	88	3	230	13	24	11	50	1.74
26344632--26344718	28	3.1	28	69	17	74	43	1	2	52	1.21
26344816--26345028	67	3.2	66	63	19	150	46	3	3	46	1.38
26344772--26345193	137	2.9	138	82	8	436	46	4	3	44	1.42
26344920--26344954	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
26344970--26345183	50	4.2	51	62	20	122	46	5	3	44	1.41
26344896--26345223	156	2.1	156	95	0	602	46	6	3	43	1.46
26345076--26345124	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
26345076--26345130	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
26345275--26345365	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
26345346--26345398	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
26347641--26347827	49	3.8	49	89	0	266	31	26	18	23	1.97
26353325--26353518	50	3.9	50	79	4	196	27	20	29	22	1.98
26361717--26361741	6	4.2	6	100	0	50	0	32	0	68	0.90
26367146--26367182	20	1.9	18	89	10	56	59	0	8	32	1.27
26371425--26371464	20	1.9	22	85	10	57	20	5	15	60	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26375076--26375287	75	2.8	75	90	1	336	31	26	19	22	1.97
26375158--26375282	33	3.5	33	72	17	115	33	27	18	20	1.96
26382500--26382735	33	6.8	33	71	21	169	31	26	21	20	1.98
26382566--26382702	42	3.5	42	78	17	193	32	27	18	21	1.97
26382564--26382737	75	2.3	75	97	0	330	32	27	20	20	1.97
26383860--26383886	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
26389233--26389284	23	2.3	23	96	0	95	46	15	15	23	1.83
26389233--26389296	23	2.8	23	87	0	65	45	17	15	21	1.85
26389593--26389669	41	1.9	40	86	2	109	33	18	14	33	1.91
26392055--26392127	24	3.1	24	78	7	78	32	27	15	24	1.95
26404298--26404358	20	3.1	20	80	4	70	32	9	11	45	1.73
26409172--26409235	4	16.0	4	96	0	110	28	0	25	46	1.53
26414626--26414699	36	2.1	36	100	0	148	47	2	16	33	1.61
26423015--26423102	27	3.3	27	73	0	86	18	25	21	35	1.95
26424990--26425051	30	2.1	30	96	0	115	58	14	3	24	1.51
26425566--26425704	50	2.8	50	96	1	251	38	15	15	30	1.89
26427311--26427380	24	2.8	25	73	16	65	55	2	1	40	1.23
26429644--26429724	41	2.0	41	92	4	137	32	4	13	49	1.63
26430021--26430077	25	2.3	25	100	0	114	24	36	0	38	1.56
26433508--26433589	41	2.0	41	92	0	137	31	8	13	46	1.73
26449070--26449135	33	2.0	33	100	0	132	30	18	12	39	1.87
26452271--26452311	20	2.0	20	86	9	57	46	2	0	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26452530--26452567	18	2.2	17	95	4	67	52	0	0	47	1.00
26456499--26456620	51	2.4	51	81	9	151	31	18	25	24	1.97
26456533--26456640	51	2.1	51	81	6	121	36	18	23	22	1.95
26457474--26457545	26	2.8	26	84	12	87	25	26	19	29	1.99
26459222--26459265	23	1.9	23	90	9	72	36	9	11	43	1.72
26460152--26460533	27	13.9	27	75	9	297	18	18	20	42	1.89
26460152--26460534	54	7.0	53	76	11	335	18	18	20	42	1.89
26460383--26460532	62	2.5	62	82	10	183	15	18	22	44	1.87
26460355--26460533	89	2.0	89	87	0	259	16	17	21	44	1.87
26481686--26481742	4	14.2	4	96	0	105	24	1	24	49	1.60
26482756--26482932	42	4.2	42	86	2	214	31	19	19	29	1.96
26482756--26482943	84	2.3	83	86	4	254	30	18	21	29	1.97
26489362--26489423	4	15.5	4	93	0	106	24	1	24	50	1.59
26490380--26490549	84	2.0	83	88	1	250	29	18	21	30	1.97
26490407--26490560	42	3.7	41	86	4	211	27	19	23	29	1.98
26495312--26495405	49	1.9	49	91	0	152	25	24	6	43	1.78
26503255--26503487	50	4.7	50	84	2	249	21	27	21	29	1.99
26521716--26521827	50	2.2	50	87	3	154	25	22	21	31	1.98
26521716--26521827	25	4.5	25	69	12	86	25	22	21	31	1.98
26523687--26523759	37	1.9	38	86	2	103	42	2	23	31	1.68
26527099--26527348	50	4.9	50	81	9	274	24	29	20	26	1.99
26527099--26527337	100	2.3	104	85	5	326	24	29	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26546787--26546853	25	2.7	25	71	13	66	20	22	23	32	1.98
26546838--26546904	25	2.7	25	79	4	73	31	16	17	34	1.93
26546787--26546884	50	2.0	50	87	0	142	25	20	20	33	1.97
26563688--26563718	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
26563717--26563747	3	10.3	3	92	0	53	67	29	0	3	1.06
26564802--26564837	18	2.0	18	100	0	72	22	11	27	38	1.88
26568902--26568955	20	2.7	20	82	0	54	50	11	7	31	1.66
26579430--26579571	50	2.8	50	93	0	221	21	31	22	23	1.98
26579909--26579965	29	1.9	30	85	3	80	28	26	7	38	1.82
26583994--26584044	24	2.1	24	96	0	93	25	27	13	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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