genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  26  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7569822--7569926	4	26.2	4	98	0	201	50	23	0	25	1.49
7571152--7571182	16	1.9	16	93	0	53	35	19	25	19	1.95
7575801--7575880	30	2.6	31	88	3	119	27	13	18	40	1.89
7578101--7578257	43	3.7	43	88	1	235	27	15	24	31	1.96
7579724--7579772	2	24.5	2	95	0	89	51	0	0	48	1.00
7580682--7580720	20	2.0	19	90	5	60	33	0	2	64	1.08
7581218--7581257	5	7.8	5	91	5	62	2	0	22	75	0.93
7586594--7586700	40	2.7	38	76	13	108	24	22	27	26	2.00
7588526--7588612	30	2.9	30	81	3	95	35	45	9	9	1.68
7588673--7588715	18	2.4	18	84	7	52	20	27	9	41	1.83
7596097--7596148	14	3.3	14	74	25	50	44	11	1	42	1.51
7601515--7601553	17	2.3	17	90	0	60	33	5	0	61	1.18
7605474--7605538	30	2.2	30	97	0	121	60	16	1	21	1.45
7606190--7606295	51	2.1	51	96	0	194	39	10	12	37	1.77
7606274--7606404	63	2.1	63	88	2	192	28	14	16	41	1.87
7610424--7610714	148	2.0	147	81	8	340	31	8	6	53	1.57
7611439--7611497	25	2.4	25	80	5	66	55	13	20	10	1.66
7611428--7611497	30	2.3	30	80	4	79	54	14	21	10	1.69
7613068--7613110	21	2.0	21	90	0	68	30	13	23	32	1.93
7617730--7617784	21	2.7	21	86	5	69	16	25	16	41	1.88
7622323--7622385	31	2.0	31	96	0	117	20	11	15	52	1.73
7624176--7624201	9	2.9	9	100	0	52	23	23	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7629855--7629904	20	2.5	20	84	12	59	58	8	0	34	1.28
7630358--7630437	30	2.7	30	92	0	124	47	5	22	25	1.71
7634579--7635634	100	10.6	100	86	2	1223	24	19	23	33	1.97
7634592--7635571	50	19.7	50	69	9	529	24	18	23	33	1.97
7636943--7637007	10	6.1	11	73	18	57	0	26	0	73	0.83
7636945--7637008	15	4.4	15	68	7	51	0	25	0	75	0.81
7638001--7638039	20	2.0	20	95	5	71	0	20	0	79	0.73
7638002--7638039	10	3.7	10	83	16	51	0	21	0	78	0.74
7638052--7638119	8	8.2	8	91	4	109	11	0	10	77	0.98
7638044--7638119	25	3.2	23	88	7	82	11	1	10	76	1.09
7641539--7641932	109	3.8	101	85	9	499	36	20	15	28	1.93
7641615--7641932	109	2.9	109	94	0	564	36	19	14	29	1.92
7642261--7642302	16	2.6	17	81	7	52	52	4	4	38	1.44
7642406--7642471	3	22.0	3	84	0	78	59	1	4	34	1.27
7645228--7645252	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7646003--7646053	21	2.4	22	83	6	70	27	7	19	45	1.78
7647242--7647293	24	2.0	26	82	10	63	55	1	0	42	1.10
7647242--7647293	25	2.0	25	85	3	68	55	1	0	42	1.10
7647801--7647891	39	2.3	39	92	3	146	63	1	2	32	1.13
7647870--7647915	9	5.3	9	75	19	53	78	0	0	21	0.76
7647868--7647915	25	2.0	24	91	4	78	75	0	0	25	0.81
7647885--7647913	15	1.9	15	100	0	58	75	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7658960--7659007	20	2.5	19	86	3	60	37	6	2	54	1.38
7660847--7660907	33	1.9	30	83	9	77	62	0	0	37	0.96
7661215--7661257	22	2.0	22	85	0	59	20	11	9	58	1.61
7662500--7662568	31	2.4	27	79	11	75	42	5	15	36	1.72
7664131--7664272	73	2.0	71	90	5	223	33	16	19	30	1.95
7664962--7664999	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
7666043--7666084	13	3.3	13	83	3	50	9	2	40	47	1.49
7666137--7666180	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
7667434--7667468	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
7667767--7667831	29	2.3	29	79	15	73	70	4	1	23	1.14
7667769--7667829	9	6.6	9	74	12	52	72	4	1	21	1.13
7669206--7669467	88	3.0	89	86	2	375	31	23	14	30	1.95
7669205--7669476	44	6.1	44	80	3	294	31	23	14	30	1.94
7669470--7669797	43	7.5	42	66	8	172	24	28	22	24	1.99
7669450--7669790	88	3.9	88	89	4	492	25	27	22	24	2.00
7669495--7669797	44	6.9	43	68	6	178	24	27	23	24	2.00
7669205--7669739	44	12.1	45	70	9	172	28	25	18	27	1.98
7669689--7670035	176	2.0	175	90	0	550	24	23	22	29	1.99
7669831--7670434	218	2.8	218	90	0	913	23	22	23	30	1.99
7670196--7670296	44	2.3	43	83	6	132	29	17	20	31	1.96
7671740--7671779	7	6.0	7	86	13	50	0	12	2	85	0.71
7671743--7671780	12	2.9	14	81	18	55	0	10	5	84	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7676075--7676109	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
7689120--7689631	112	4.5	113	79	7	479	31	19	23	24	1.98
7689444--7689830	200	1.9	199	84	4	512	32	18	24	24	1.97
7689643--7689895	115	2.2	114	79	8	282	31	17	23	27	1.97
7689953--7689992	21	1.9	21	89	0	62	20	0	37	42	1.52
7692679--7692717	12	3.2	12	100	0	78	38	7	15	38	1.76
7693235--7693260	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7695190--7695241	21	2.5	20	87	9	77	32	15	46	5	1.70
7695682--7695781	41	2.4	42	85	5	123	29	25	21	25	1.99
7698586--7698627	21	2.0	21	95	0	75	28	30	9	30	1.89
7708764--7708818	26	2.1	26	86	0	74	43	16	16	23	1.87
7718098--7718363	127	2.1	130	85	5	362	30	10	8	51	1.65
7720690--7720735	13	3.5	13	81	18	60	71	0	2	26	0.97
7720690--7720737	3	16.0	3	79	16	55	70	0	2	27	0.98
7722466--7723170	132	5.3	132	84	6	855	28	23	18	29	1.98
7722466--7723170	264	2.7	263	85	5	942	28	23	18	29	1.98
7722916--7723114	44	4.5	44	67	9	136	27	24	18	29	1.98
7723178--7723341	87	1.9	88	83	1	213	24	20	25	29	1.99
7724580--7724622	7	6.1	7	89	10	70	13	16	0	69	1.19
7724581--7724634	15	3.7	15	87	7	76	14	18	0	66	1.25
7724584--7724633	21	2.4	21	87	9	68	16	20	0	64	1.30
7727442--7727481	19	2.0	20	85	4	55	47	7	20	25	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7727513--7727538	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
7729514--7729559	13	3.5	13	81	18	60	71	0	2	26	0.97
7729514--7729561	3	16.0	3	79	16	55	70	0	2	27	0.98
7730747--7730841	39	2.3	41	83	7	122	37	2	6	53	1.38
7733051--7733075	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7733696--7733857	41	4.0	41	79	4	157	20	18	25	34	1.96
7734928--7734965	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
7735315--7735358	23	2.0	23	86	4	63	18	11	18	52	1.74
7743690--7743987	24	12.6	24	69	14	149	54	4	6	34	1.47
7743687--7743949	69	3.8	67	74	10	185	54	4	6	34	1.47
7743779--7743949	45	3.7	45	71	16	127	56	4	5	33	1.44
7744762--7744806	22	2.0	22	82	4	54	31	20	6	42	1.77
7744785--7744838	19	2.8	19	91	0	81	33	18	9	38	1.83
7753966--7754006	19	2.0	21	86	9	59	51	9	7	31	1.62
7754528--7754582	19	2.9	21	76	17	57	54	5	0	40	1.23
7760134--7760164	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
7771911--7771982	35	2.1	35	94	0	126	36	16	27	19	1.93
7773260--7773343	44	1.9	44	85	4	116	30	29	21	17	1.96
7773314--7773377	17	3.7	17	85	6	76	29	29	21	18	1.97
7774499--7774547	23	2.1	23	96	0	89	18	32	4	44	1.68
7778919--7778967	23	2.1	23	96	0	89	18	32	4	44	1.68
7788115--7788161	21	2.2	21	84	0	58	44	27	6	21	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7817774--7817803	15	2.0	15	100	0	60	33	20	0	46	1.51
7818921--7819173	138	1.8	138	89	1	400	39	7	5	46	1.56
7836391--7836433	15	2.7	16	89	7	61	48	23	0	27	1.51
7836391--7836434	16	2.8	15	86	10	61	47	22	0	29	1.51
7838099--7838127	15	1.9	15	100	0	58	48	10	13	27	1.75
7838471--7838535	29	2.2	29	88	5	94	29	12	13	44	1.81
7838480--7838539	29	2.1	29	96	0	111	26	11	16	45	1.82
7849119--7849149	16	2.0	16	93	6	55	19	19	22	38	1.93
7854273--7854330	29	2.0	29	89	0	89	34	22	12	31	1.91
7855036--7855062	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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