genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  4  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1313172--1313205	4	8.5	4	86	0	50	26	5	0	67	1.13
1325202--1325260	30	2.1	30	87	9	88	33	0	0	66	0.92
1325226--1325280	22	2.5	21	80	19	60	38	0	0	61	0.96
1333486--1333538	26	2.0	27	85	3	72	37	16	5	39	1.73
1346751--1346968	9	24.0	9	66	19	80	61	4	5	28	1.35
1348079--1348166	39	2.2	40	80	7	101	57	0	7	34	1.28
1348219--1348302	44	1.9	43	85	2	114	47	2	14	35	1.57
1348238--1348321	44	1.9	44	80	4	98	46	2	14	36	1.57
1348341--1348405	2	32.5	2	96	0	121	0	0	49	50	1.00
1348450--1348481	3	10.7	3	93	0	55	62	0	3	34	1.11
1349981--1350279	129	2.3	129	92	0	490	29	22	17	30	1.97
1349962--1350500	44	12.3	45	70	13	240	30	21	18	30	1.97
1350128--1350596	175	2.7	175	94	0	812	29	21	19	30	1.97
1350075--1350596	44	12.0	44	68	12	272	28	21	19	30	1.97
1350500--1350679	98	1.8	98	92	2	308	28	21	19	31	1.97
1350603--1350722	43	2.8	44	76	3	118	28	20	20	31	1.97
1350730--1351504	86	9.0	86	88	3	840	25	24	21	28	1.99
1350798--1351025	44	5.2	43	62	17	112	27	25	21	26	1.99
1351105--1351243	44	3.2	44	68	11	131	23	23	25	27	2.00
1351363--1351500	43	3.2	43	69	11	138	24	23	24	27	2.00
1352689--1352740	7	7.0	7	81	16	61	13	13	0	73	1.11
1352698--1352741	7	5.6	8	91	8	65	11	11	0	77	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1352689--1352740	23	2.3	22	90	9	79	13	13	0	73	1.11
1353498--1353537	6	6.3	6	88	11	62	0	20	0	80	0.72
1353499--1353535	7	5.6	7	90	3	51	0	16	0	83	0.64
1353498--1353535	14	2.9	13	92	7	60	0	18	0	81	0.69
1353498--1353537	13	3.2	12	89	10	62	0	20	0	80	0.72
1353558--1353633	7	10.6	7	82	13	84	13	0	10	76	1.02
1353558--1353650	22	4.3	21	75	17	75	13	0	8	77	0.99
1353543--1353655	37	3.1	37	78	16	119	14	0	9	75	1.10
1353558--1353650	28	3.2	29	81	13	111	13	0	8	77	0.99
1355367--1355459	46	2.0	46	97	0	177	25	7	35	31	1.84
1355741--1355789	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
1357832--1357915	44	1.9	43	85	2	114	47	2	14	35	1.57
1357851--1357934	44	1.9	44	80	4	98	46	2	14	36	1.57
1357936--1358006	35	2.0	35	83	0	88	46	1	11	40	1.48
1358061--1358090	3	10.0	3	92	0	51	63	0	3	33	1.11
1360657--1360913	129	2.0	129	92	0	433	35	12	18	33	1.89
1366348--1366399	25	2.1	25	82	3	61	55	0	1	42	1.10
1372196--1372251	8	6.5	8	80	15	67	69	0	1	28	0.98
1372158--1372264	36	2.9	38	89	9	170	62	0	2	34	1.10
1372183--1372242	28	2.3	25	88	8	84	63	0	1	35	1.05
1375665--1375701	19	1.9	19	88	0	56	13	5	2	78	1.03
1383969--1384004	17	2.2	16	90	5	54	52	2	5	38	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1384007--1384049	22	2.0	21	86	4	59	51	4	0	44	1.22
1391755--1391781	13	2.1	13	100	0	54	33	7	14	44	1.73
1397104--1397179	37	2.1	37	87	5	109	32	18	13	35	1.89
1399070--1399099	12	2.4	13	94	5	53	36	0	36	26	1.57
1402287--1402325	19	2.0	21	85	10	55	17	7	30	43	1.77
1404918--1404971	27	2.0	27	85	0	72	31	16	12	38	1.87
1409714--1409766	24	2.2	24	89	0	79	50	7	5	35	1.54
1416256--1416303	5	10.0	5	91	8	82	58	0	0	41	0.98
1417402--1417440	21	2.0	21	85	10	55	48	2	0	48	1.15
1422612--1422657	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
1425541--1425588	16	3.2	16	82	8	57	72	4	0	22	1.01
1425562--1425606	21	2.1	22	91	4	74	71	4	2	22	1.15
1434834--1434911	39	2.0	39	87	2	113	28	17	12	41	1.87
1435628--1435670	21	2.0	21	100	0	86	30	9	18	41	1.82
1444831--1444889	22	2.7	22	78	17	68	33	0	1	64	1.04
1444837--1445018	63	3.0	59	74	18	151	30	3	3	62	1.27
1444872--1445018	63	2.4	60	84	9	192	29	4	3	63	1.29
1445743--1445807	16	4.5	14	74	11	51	63	0	1	35	1.04
1445723--1445790	31	2.2	31	84	5	84	60	1	2	35	1.21
1445768--1445807	20	2.0	20	85	9	55	65	0	0	35	0.93
1447964--1448012	13	4.6	10	79	20	55	69	0	0	30	0.89
1447962--1448013	11	4.7	11	80	17	63	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1449743--1449768	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1449833--1449870	10	3.9	10	86	6	51	21	0	2	76	0.91
1453790--1453815	12	2.2	12	100	0	52	0	7	0	92	0.39
1455059--1455156	46	2.2	46	94	1	171	33	3	19	43	1.66
1459166--1459263	46	2.2	46	94	1	171	33	3	19	43	1.66
1460417--1460449	4	8.2	4	93	0	57	69	3	0	27	1.03
1461329--1461429	45	2.2	45	92	0	166	15	7	16	59	1.59
1462454--1462496	14	3.0	14	80	13	52	72	11	6	9	1.29
1463118--1463161	22	2.0	22	95	0	79	34	29	0	36	1.58
1463132--1463191	30	2.0	30	96	0	111	33	35	0	31	1.58
1463133--1463198	11	6.2	12	70	25	51	30	34	0	34	1.58
1463162--1463203	22	1.9	22	95	0	75	35	33	0	30	1.58
1463249--1463309	29	2.1	29	84	6	79	37	0	1	60	1.07
1463400--1463433	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
1465583--1465885	23	11.7	28	77	17	316	47	20	0	31	1.57
1465588--1465885	51	5.8	51	79	15	337	47	21	0	30	1.55
1468056--1468335	123	2.3	125	85	5	388	31	23	16	28	1.96
1468645--1468708	27	2.4	27	97	0	119	23	28	39	9	1.86
1468791--1468828	17	2.3	16	95	4	67	73	5	10	10	1.23
1468763--1468880	51	2.3	49	81	11	132	62	5	10	21	1.47
1469749--1469802	16	3.4	16	92	0	90	44	5	3	46	1.44
1469776--1469837	22	2.7	23	90	5	90	48	1	1	48	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1472231--1472287	11	5.4	11	78	14	66	70	0	0	29	0.88
1472249--1472273	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
1475984--1476066	28	3.0	27	71	13	80	48	7	10	33	1.66
1475970--1476086	54	2.1	55	90	4	182	49	5	12	31	1.65
1475971--1476055	26	3.2	26	73	6	89	50	5	10	32	1.61
1477181--1477209	14	2.1	14	100	0	58	65	6	0	27	1.18
1477171--1477195	10	2.5	10	100	0	50	64	8	0	28	1.22
1477134--1477227	24	3.4	28	72	22	90	55	7	2	35	1.40
1486397--1486459	28	2.3	27	78	10	65	7	15	1	74	1.12
1491895--1491952	29	2.0	29	100	0	116	34	20	20	24	1.97
1512284--1512324	12	3.4	12	80	12	57	75	2	0	21	0.92
1512284--1512331	24	2.0	24	84	8	62	75	4	0	20	0.97
1524764--1524891	63	2.0	63	93	0	220	37	28	5	28	1.79
1524875--1524915	20	2.0	20	95	0	73	46	17	17	19	1.85
1526835--1526859	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1527171--1527232	31	2.0	31	90	6	99	45	17	8	29	1.77
1527496--1527534	17	2.1	20	86	13	57	69	0	5	25	1.09
1528081--1528114	11	3.1	11	95	0	59	26	14	29	29	1.95
1540158--1540232	31	2.3	33	84	8	93	60	8	0	32	1.26
1541663--1541709	24	2.0	24	95	4	87	34	17	10	38	1.84
1542228--1542347	31	3.9	30	76	6	89	30	22	5	41	1.75
1554147--1554187	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1559477--1559515	19	2.0	21	85	10	55	38	2	12	46	1.56
1566294--1566325	15	2.1	15	100	0	64	28	21	6	43	1.77
1570535--1570592	25	2.3	25	85	8	73	62	5	1	31	1.27
1571637--1571673	16	2.4	16	90	4	58	59	5	2	32	1.34
1571787--1571906	60	2.0	60	88	3	179	53	11	0	34	1.43
1571903--1572031	23	5.8	23	90	8	214	51	17	0	30	1.46
1571902--1572038	65	2.1	64	97	1	256	52	17	0	29	1.45
1571906--1572066	42	4.0	41	78	18	162	54	17	0	28	1.44
1572026--1572058	8	4.1	8	100	0	66	60	12	0	27	1.32
1572042--1572464	80	5.1	80	85	10	571	57	12	0	29	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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