genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  85  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25802587--25802640	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
25802587--25802660	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
25802587--25802651	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
25808416--25808470	17	3.4	17	65	14	53	40	9	14	36	1.78
25819423--25819500	39	2.0	39	87	5	113	25	6	37	30	1.81
25823948--25823982	18	1.9	18	88	0	52	71	8	8	11	1.31
25844905--25844953	20	2.4	21	83	10	57	24	26	12	36	1.91
25848321--25848349	13	2.1	14	93	6	51	10	6	13	68	1.37
25852374--25852619	134	1.8	135	82	2	316	30	26	23	19	1.98
25855206--25855249	23	2.0	23	82	8	56	38	9	4	47	1.56
25858720--25858986	137	1.9	138	83	0	338	32	26	21	18	1.97
25874363--25874412	19	2.6	19	81	9	57	56	6	0	38	1.24
25874376--25874464	46	2.0	44	82	12	110	49	3	1	46	1.26
25874675--25874701	14	1.9	14	100	0	54	40	14	7	37	1.74
25878140--25878265	62	2.0	62	100	0	252	39	24	14	21	1.90
25886340--25886398	30	2.0	30	86	0	82	40	6	25	27	1.80
25886740--25886932	50	3.7	50	79	4	188	26	19	27	25	1.99
25887183--25887221	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
25887192--25887230	20	2.0	20	89	0	60	58	2	25	12	1.47
25888973--25889236	87	3.0	87	82	0	339	24	25	10	38	1.88
25888973--25889247	29	9.5	29	82	1	264	24	25	12	38	1.90
25890797--25890829	17	1.9	17	93	0	57	42	15	6	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25892909--25893194	27	10.6	27	77	3	216	39	19	19	22	1.93
25892935--25893189	54	4.7	54	82	1	278	39	19	19	21	1.93
25892909--25893197	81	3.6	81	82	0	335	38	20	19	21	1.93
25893231--25893341	24	4.6	24	81	8	100	21	9	24	45	1.80
25893233--25893341	48	2.3	48	85	6	141	22	9	23	44	1.81
25893457--25893510	26	2.1	26	89	0	81	20	20	22	37	1.95
25893467--25893522	26	2.2	26	83	0	67	16	21	28	33	1.95
25893512--25893619	32	3.4	32	78	3	112	19	22	21	37	1.95
25893611--25893657	22	2.1	22	88	0	67	19	14	17	48	1.81
25894798--25894936	20	6.9	20	70	6	93	36	19	30	13	1.90
25894784--25894979	40	4.9	39	82	3	212	37	18	28	16	1.92
25894779--25894979	80	2.5	80	82	4	235	37	17	28	16	1.92
25905622--25905861	50	4.7	50	81	5	239	27	20	27	23	1.99
25907925--25907966	21	2.0	21	100	0	84	61	0	9	28	1.27
25925175--25925221	20	2.3	20	85	7	60	25	17	29	27	1.97
25927111--25927141	9	3.4	9	95	0	53	58	6	0	35	1.24
25927600--25927646	22	2.1	22	96	0	85	14	12	25	46	1.80
25931467--25931543	30	2.6	30	93	0	127	23	33	31	11	1.91
25937238--25937283	23	2.0	23	95	0	83	30	0	15	54	1.41
25937475--25937603	57	2.2	58	86	4	172	27	18	6	48	1.72
25938973--25939007	17	2.1	17	88	0	52	57	2	2	37	1.29
25942597--25943005	27	15.2	27	80	6	391	39	20	18	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25942598--25942992	80	4.9	77	78	9	314	38	21	18	21	1.93
25942597--25942992	107	3.7	105	77	8	379	39	21	18	21	1.93
25942597--25942992	161	2.5	163	80	7	414	39	21	18	21	1.93
25943080--25943166	24	3.6	24	93	3	140	28	8	20	42	1.80
25944756--25945080	27	12.1	27	83	2	341	40	20	19	19	1.92
25945123--25945170	24	2.0	24	91	0	78	27	6	22	43	1.77
25945216--25945384	32	5.3	32	85	3	216	20	18	18	42	1.90
25945381--25945422	22	1.9	22	85	0	57	19	19	19	42	1.89
25945419--25945489	37	1.9	37	94	0	124	19	22	18	39	1.92
25949868--25949896	9	3.2	9	100	0	58	41	10	0	48	1.37
25955052--25955142	28	3.2	28	90	6	148	27	23	26	23	2.00
25955560--25956038	27	17.9	27	81	5	463	20	15	20	43	1.88
25955560--25956037	54	8.9	54	83	4	520	20	15	20	43	1.88
25957045--25957091	24	1.9	24	86	4	67	25	36	0	38	1.56
25957822--25957854	16	2.0	17	88	5	50	18	27	12	42	1.85
25964654--25964712	25	2.4	25	88	0	82	23	25	18	32	1.97
25973066--25973156	42	2.2	42	93	0	155	37	15	15	31	1.89
25987641--25987678	20	1.9	19	94	5	67	31	15	28	23	1.96
25989121--25989186	20	3.2	20	81	10	71	7	25	0	66	1.18
25989640--25989665	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
25991788--25991836	20	2.4	20	80	12	55	34	16	24	24	1.95
25997172--25997198	12	2.2	12	100	0	54	7	22	40	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26003646--26003676	13	2.3	14	94	5	55	29	6	19	45	1.75
26006474--26006512	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
26006715--26006956	50	4.7	50	81	6	247	24	27	21	26	1.99
26011333--26011382	26	1.9	26	100	0	100	20	22	18	40	1.92
26012889--26012937	19	2.5	20	75	21	59	73	4	16	6	1.19
26029982--26030007	11	2.4	11	100	0	52	30	0	0	69	0.89
26031021--26031101	29	2.8	29	94	0	135	37	12	23	27	1.90
26031083--26031229	29	5.1	29	81	9	183	36	14	27	21	1.93
26031054--26031229	87	2.0	87	95	0	316	36	14	26	22	1.93
26048405--26048447	17	2.6	16	81	3	50	53	4	0	41	1.21
26048704--26048800	41	2.4	41	81	10	110	40	22	19	17	1.92
26048901--26049114	41	5.2	39	80	5	212	18	25	25	29	1.98
26048901--26049114	82	2.6	81	81	4	250	18	25	25	29	1.98
26049085--26049178	41	2.3	41	83	3	127	28	24	24	22	1.99
26056321--26056492	41	4.2	41	83	6	190	23	22	24	30	1.99
26056463--26056556	41	2.3	41	81	7	120	31	23	24	20	1.98
26057543--26057577	2	18.0	2	91	5	54	45	0	2	51	1.16
26060970--26061000	15	2.1	15	93	0	53	12	16	9	61	1.56
26061615--26061664	16	3.2	16	88	2	75	46	16	0	38	1.47
26066921--26067088	66	2.5	66	87	3	223	39	17	29	13	1.88
26067059--26067108	21	2.4	21	86	0	64	34	16	44	6	1.72
26067279--26067315	10	3.7	10	92	7	58	32	0	5	62	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26067270--26067315	20	2.3	20	78	14	51	30	0	4	65	1.12
26067432--26067555	43	2.9	42	85	2	113	25	18	29	26	1.98
26067453--26067727	43	6.4	41	79	12	205	20	21	29	28	1.98
26067546--26067727	86	2.1	86	84	2	231	19	22	29	28	1.98
26070666--26070730	30	2.2	30	97	0	121	56	15	3	24	1.53
26075178--26075221	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
26075268--26075354	45	1.9	45	95	0	156	33	25	16	25	1.96
26075376--26075505	50	2.6	50	86	3	172	30	27	18	23	1.98
26075376--26075505	51	2.6	51	86	3	183	30	27	18	23	1.98
26078773--26078907	50	2.7	50	87	1	189	20	30	23	25	1.98
26082945--26083148	29	7.0	30	78	9	140	21	25	14	39	1.91
26082946--26083119	57	3.0	59	81	8	205	20	25	13	39	1.90
26082946--26083118	59	3.0	57	80	8	199	20	25	13	39	1.90
26083104--26083166	30	2.1	29	88	2	90	25	25	14	34	1.94
26091524--26091549	13	2.0	13	100	0	52	23	23	30	23	1.99
26093075--26093099	13	1.9	13	100	0	50	32	0	32	36	1.58
26093437--26093475	20	1.9	21	89	5	62	43	12	0	43	1.42
26095491--26095523	17	1.9	17	93	0	57	18	0	18	63	1.31
26101566--26101599	5	6.6	5	93	6	59	41	0	20	38	1.53
26110527--26110558	16	1.9	17	93	6	57	46	0	15	37	1.46
26114402--26114449	25	1.9	25	87	8	71	43	10	14	31	1.79
26117147--26117476	114	2.9	114	88	0	500	27	23	13	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26120666--26120709	23	1.9	23	85	0	61	29	2	6	61	1.34
26129048--26129183	39	3.5	39	79	0	137	30	5	20	44	1.73
26136278--26136419	44	3.2	44	87	1	196	25	26	22	26	2.00
26136346--26136809	218	2.1	218	89	0	714	27	23	19	30	1.98
26140124--26140253	65	2.0	65	98	0	251	30	21	16	32	1.95
26144777--26144816	21	1.9	21	84	0	53	22	30	0	47	1.52
26149610--26149660	20	2.5	19	78	12	57	58	7	5	27	1.49
26154235--26154532	27	11.0	27	88	0	398	17	18	22	41	1.90
26155928--26156262	50	6.6	50	87	2	418	26	21	29	23	1.99
26168532--26168594	32	2.0	32	93	3	110	50	11	6	31	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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