genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  27  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7856510--7856540	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
7866422--7866478	27	2.1	27	83	6	71	29	7	31	31	1.84
7867005--7867242	27	8.9	27	87	2	338	42	21	17	18	1.89
7867005--7867243	53	4.5	53	87	1	352	42	21	17	18	1.89
7867005--7867242	80	3.0	80	88	4	356	42	21	17	18	1.89
7869820--7869871	4	13.0	4	100	0	104	25	0	25	50	1.50
7871264--7871300	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
7877941--7878178	119	2.0	119	86	6	340	34	15	19	30	1.93
7881111--7881136	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
7883381--7883415	18	1.9	18	88	0	52	68	8	0	22	1.16
7885485--7885566	40	2.0	40	100	0	164	34	18	24	23	1.96
7886433--7886465	15	2.2	16	89	10	52	39	6	6	48	1.53
7893031--7893061	16	1.9	16	93	0	53	74	0	0	25	0.82
7893031--7893064	5	6.6	5	86	6	50	76	0	0	23	0.79
7903730--7903812	41	2.0	41	92	0	139	32	8	10	48	1.68
7909322--7909682	178	2.0	174	86	7	501	51	13	17	17	1.76
7915906--7915938	17	1.9	17	93	0	57	36	3	6	54	1.41
7921479--7921514	16	2.2	17	90	9	58	16	22	0	61	1.35
7922255--7922295	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
7924013--7924110	46	2.2	46	98	1	189	33	6	20	39	1.77
7924567--7925090	97	5.4	97	89	4	794	41	2	19	37	1.64
7924567--7925090	192	2.7	191	89	6	772	41	2	19	37	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7925122--7925540	126	3.3	125	89	3	644	35	17	19	26	1.94
7929211--7929273	30	2.1	30	84	0	81	6	12	47	33	1.67
7932159--7932413	103	2.5	103	85	1	323	33	15	19	31	1.93
7933733--7933823	23	4.0	23	92	0	155	18	21	27	31	1.97
7933734--7933824	46	2.0	46	97	0	173	19	21	27	30	1.98
7935410--7935449	21	1.9	21	94	0	71	55	10	12	22	1.67
7936812--7936898	34	2.6	34	81	3	95	42	14	10	32	1.80
7937805--7937838	11	3.1	11	86	0	50	73	0	17	8	1.08
7940232--7940328	45	2.2	45	89	7	146	34	15	22	27	1.94
7942369--7942425	16	3.6	16	90	0	87	57	10	1	29	1.42
7944106--7944161	29	1.9	29	88	0	85	37	7	17	37	1.78
7959711--7959748	16	2.4	17	82	13	53	23	0	2	73	0.95
7967803--7967846	22	2.0	23	82	13	56	38	9	11	40	1.73
7972071--7972100	16	1.9	15	93	6	51	73	0	3	23	0.98
7974359--7974399	21	2.0	21	85	0	55	43	19	9	26	1.82
7975822--7975869	25	2.0	24	87	4	69	27	27	14	31	1.95
7981539--7981626	38	2.3	38	90	0	140	35	20	15	28	1.94
7981644--7981777	40	3.5	40	82	8	170	31	22	26	20	1.98
7983692--7983753	19	3.2	19	82	8	63	45	17	20	16	1.86
7983692--7983753	20	3.2	20	84	6	65	45	17	20	16	1.86
7984350--7984459	31	3.5	31	75	8	125	36	1	7	54	1.39
7987847--7987879	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7997220--7997290	28	2.6	28	80	8	83	35	23	21	19	1.96
7997267--7997331	29	2.2	29	86	0	85	26	16	26	30	1.97
8010345--8010394	24	2.1	24	81	7	57	20	18	0	62	1.34
8012827--8012902	9	8.4	9	83	0	89	40	23	7	27	1.82
8012999--8013048	18	2.7	18	81	3	55	14	2	42	42	1.56
8015761--8015877	25	4.7	25	80	2	110	37	19	24	17	1.94
8015723--8015886	50	3.3	50	79	2	161	34	21	25	19	1.96
8016211--8016244	17	2.0	17	88	0	50	41	0	0	58	0.98
8019442--8019511	24	2.9	24	84	2	86	17	25	0	57	1.40
8019680--8019711	7	4.6	7	100	0	64	40	0	0	59	0.97
8026117--8026160	20	2.1	21	84	12	56	70	0	2	27	0.99
8027116--8027165	26	1.9	26	84	15	68	44	6	4	46	1.47
8032225--8032292	22	2.8	24	76	12	68	54	2	0	42	1.15
8039058--8039136	11	7.4	11	71	21	51	40	3	1	54	1.26
8039083--8039116	17	2.0	17	94	0	59	44	0	0	55	0.99
8039122--8039182	28	2.1	29	85	8	81	32	1	0	65	1.02
8039150--8039175	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
8039058--8039175	50	2.3	52	89	4	177	38	2	0	57	1.18
8039111--8039201	39	2.2	41	90	5	141	35	2	1	61	1.15
8039885--8039913	3	9.7	3	100	0	58	31	0	34	34	1.58
8055658--8055778	43	2.8	42	83	7	111	32	25	16	25	1.96
8056956--8057043	40	2.2	40	95	2	158	34	27	11	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8059022--8059079	28	2.1	28	84	12	75	6	25	8	58	1.53
8068648--8068674	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8070711--8070745	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8070699--8071015	157	2.0	157	98	0	607	47	5	3	44	1.41
8070868--8070902	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8070700--8070938	75	3.1	75	64	18	200	46	3	3	46	1.35
8071136--8071205	16	4.4	16	94	0	104	34	34	0	31	1.58
8071060--8071157	45	2.2	44	81	1	115	32	26	4	36	1.75
8072564--8072603	19	2.1	19	86	9	55	25	7	0	67	1.16
8079483--8079550	32	2.1	32	100	0	136	52	13	14	19	1.73
8081662--8081731	35	2.0	35	97	0	131	48	7	14	30	1.70
8082309--8082359	19	2.8	18	80	8	59	64	1	5	27	1.27
8082304--8082365	25	2.5	24	80	10	63	61	3	4	30	1.33
8085346--8085395	9	5.6	9	80	0	55	44	18	10	28	1.81
8085365--8085406	18	2.3	18	83	0	57	38	26	9	26	1.87
8093634--8093673	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
8093599--8093665	34	1.9	35	84	3	91	46	10	8	34	1.70
8094304--8094396	40	2.3	40	81	9	118	30	24	20	24	1.99
8098522--8098553	16	1.9	17	93	6	57	34	12	3	50	1.56
8106249--8106299	19	2.9	17	80	11	57	82	3	0	13	0.81
8106254--8106293	19	2.1	19	90	0	62	82	2	0	15	0.77
8106248--8106299	24	2.2	24	86	6	70	82	3	0	13	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8108007--8108881	455	1.9	455	95	0	1581	32	17	14	36	1.90
8111071--8111113	21	2.0	21	100	0	86	27	9	18	44	1.80
8115352--8115378	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
8119584--8120607	211	4.9	209	78	7	970	34	21	16	28	1.95
8119582--8120607	419	2.4	422	80	7	1154	34	21	16	28	1.95
8124514--8124554	20	2.0	20	100	0	82	34	26	19	19	1.96
8126959--8127278	27	11.9	27	81	0	320	20	15	21	42	1.88
8130788--8130846	29	2.0	30	86	3	84	32	5	15	47	1.67
8140151--8140201	27	2.0	27	92	7	88	50	0	5	43	1.26
8147435--8147482	20	2.3	21	89	3	71	43	6	18	31	1.75
8148273--8148310	14	2.4	17	87	12	55	47	0	0	52	1.00
8148337--8148361	12	2.1	12	100	0	50	24	0	32	44	1.54
8148644--8148683	9	4.4	9	87	9	55	67	0	30	2	1.04
8149053--8149086	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
8150415--8150466	26	2.0	26	88	0	77	32	1	30	34	1.69
8158875--8158946	22	3.3	22	74	14	67	13	27	15	43	1.85
8158863--8158972	44	2.5	44	83	4	134	14	24	16	44	1.85
8158892--8158959	22	3.0	23	71	16	70	13	27	14	44	1.83
8160609--8160660	20	2.7	20	81	3	70	36	9	5	48	1.60
8161100--8161139	18	2.2	19	82	13	57	42	0	0	57	0.98
8161108--8161145	18	2.1	18	90	0	58	39	2	0	57	1.12
8161228--8161322	40	2.4	41	82	7	106	34	24	23	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8161358--8161499	41	3.5	41	88	3	214	16	19	31	32	1.94
8161542--8161842	161	1.9	157	89	2	467	23	1	25	49	1.58
8162382--8162412	13	2.5	13	94	5	55	54	0	0	45	0.99
8162492--8163256	253	3.0	253	92	0	1228	38	15	17	28	1.90
8163944--8164187	122	2.0	122	91	1	400	33	20	16	29	1.95
8166060--8166189	43	3.1	42	80	4	120	28	15	29	26	1.96
8166074--8166194	43	2.8	43	86	1	154	28	17	30	23	1.97
8166196--8166319	43	3.1	42	75	15	143	25	17	31	25	1.97
8173748--8173785	19	2.0	19	89	0	58	63	0	0	36	0.95
8174202--8174320	62	2.0	59	88	5	175	42	4	4	49	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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