genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  81  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24413810--24413858	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
24414190--24414230	18	2.3	18	100	0	82	9	31	29	29	1.89
24418325--24418373	25	2.0	25	83	0	62	36	20	22	20	1.95
24420487--24420539	24	2.2	25	86	3	72	18	35	1	43	1.62
24423203--24423248	19	2.6	18	83	10	58	32	4	13	50	1.61
24424670--24424784	44	2.6	44	73	16	105	23	19	26	30	1.98
24427578--24427615	16	2.3	17	86	4	51	73	2	5	18	1.14
24428628--24428664	15	2.6	15	83	8	51	72	0	13	13	1.11
24428628--24428678	12	3.8	13	78	14	59	76	0	13	9	1.02
24428651--24428680	6	5.0	6	91	0	51	80	0	16	3	0.85
24428716--24428836	33	3.7	32	79	5	125	57	6	26	9	1.56
24428726--24428817	18	5.4	18	70	19	81	61	5	22	9	1.47
24428716--24428840	66	1.9	67	81	5	155	55	7	26	11	1.61
24431138--24431183	19	2.6	18	83	10	58	32	4	13	50	1.61
24433092--24433142	7	7.3	7	97	0	93	27	0	11	60	1.31
24436668--24436696	11	2.6	11	100	0	58	34	17	10	37	1.84
24437024--24437079	29	2.0	28	86	10	78	30	28	3	37	1.74
24438863--24438899	18	2.0	19	89	5	58	40	13	8	37	1.74
24438974--24439009	9	4.0	9	100	0	72	55	11	0	33	1.35
24438993--24439038	23	2.0	23	83	8	58	54	8	0	36	1.32
24440538--24440610	19	3.8	19	78	8	67	50	1	1	46	1.18
24440543--24440610	20	3.6	19	75	9	59	51	0	1	47	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24440759--24440811	19	2.8	19	77	8	63	45	3	0	50	1.19
24442277--24442332	29	1.9	29	85	7	78	46	19	10	23	1.81
24450193--24450225	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
24453490--24453535	19	2.4	19	85	3	56	76	10	0	13	1.03
24453908--24453949	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
24455171--24455235	31	2.1	31	100	0	130	35	9	9	46	1.68
24460144--24460436	51	5.8	51	81	2	313	29	25	16	29	1.96
24460148--24460436	102	2.9	100	89	3	402	29	25	15	29	1.96
24472243--24472283	21	2.0	21	100	0	82	39	4	29	26	1.77
24478424--24478463	20	2.1	18	86	9	53	70	7	2	20	1.24
24482880--24482951	22	3.3	22	94	0	117	30	16	27	25	1.97
24486545--24486590	16	2.7	18	80	12	53	47	0	36	15	1.45
24486645--24486824	94	1.9	94	100	0	360	27	11	22	38	1.88
24488777--24489107	110	3.0	110	98	0	626	30	20	14	34	1.93
24499100--24499157	26	2.2	26	90	0	89	25	15	13	44	1.83
24501202--24501250	10	4.7	11	83	14	52	40	0	2	57	1.10
24501169--24501250	20	3.9	19	78	13	74	35	2	2	59	1.24
24501207--24501251	10	4.3	10	83	16	56	37	0	0	62	0.96
24502005--24502074	22	3.2	21	86	6	104	22	24	15	37	1.93
24502278--24502313	17	2.1	18	89	5	56	36	2	0	61	1.11
24502663--24502731	33	2.1	32	84	7	86	36	30	11	21	1.89
24502779--24502848	7	10.1	7	81	3	61	32	31	10	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24502783--24502815	13	2.4	14	90	5	50	36	24	6	33	1.80
24507687--24507876	97	1.9	98	93	1	328	37	25	8	27	1.86
24508544--24508596	24	2.3	23	87	6	72	58	1	7	32	1.37
24508550--24508596	24	2.0	24	91	0	76	57	2	8	31	1.41
24509800--24510089	44	6.8	42	75	12	202	27	23	21	27	1.99
24515581--24515630	26	2.0	26	92	4	84	58	4	8	30	1.45
24515713--24515743	10	3.1	10	95	0	53	48	9	3	38	1.52
24518038--24518117	27	3.3	22	69	26	54	41	0	1	57	1.07
24529492--24529669	95	1.9	96	85	3	252	35	17	12	34	1.88
24533580--24534136	114	4.9	112	75	9	430	30	18	24	26	1.98
24534243--24534278	18	2.0	18	89	10	56	25	0	5	69	1.10
24534655--24534805	81	1.9	81	83	5	198	28	2	23	45	1.66
24535205--24535264	27	2.2	27	84	3	75	6	0	50	43	1.28
24535188--24535266	7	11.3	7	86	4	88	5	0	53	41	1.23
24537664--24537802	67	2.1	67	95	2	253	36	5	12	45	1.65
24537939--24538052	34	3.2	34	70	18	113	40	7	3	49	1.47
24537900--24538054	36	4.3	36	77	15	153	40	6	2	50	1.42
24537934--24538054	38	3.2	38	79	13	169	41	6	3	48	1.45
24538389--24538484	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
24538788--24538818	4	8.0	4	92	7	55	25	0	0	74	0.82
24539086--24539111	7	3.7	7	100	0	52	76	11	11	0	1.01
24542781--24542815	17	2.0	18	88	5	54	65	2	0	31	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24545237--24545354	60	2.0	59	85	5	157	22	21	20	36	1.95
24552519--24552544	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
24552663--24552693	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
24553241--24553310	19	3.4	19	71	21	68	67	5	1	25	1.21
24553238--24553316	25	3.4	25	66	25	73	68	6	1	24	1.20
24553260--24553292	13	2.6	13	85	4	50	69	6	3	21	1.24
24553238--24553327	44	2.0	44	100	0	180	66	6	2	24	1.27
24553797--24553859	32	2.0	31	84	3	81	20	14	9	55	1.67
24554285--24554334	20	2.5	20	80	3	55	34	0	2	64	1.05
24567747--24567808	29	2.1	31	81	6	74	30	12	17	38	1.88
24569659--24569708	26	1.9	26	100	0	100	46	22	12	20	1.83
24572861--24572921	1	61.0	1	76	0	59	88	0	11	0	0.51
24572861--24572921	14	4.4	14	83	4	79	88	0	11	0	0.51
24573125--24573281	56	2.8	55	87	3	215	33	7	15	43	1.73
24579054--24579101	17	2.9	16	81	9	60	14	10	27	47	1.76
24582677--24582743	20	3.2	20	71	22	64	40	10	23	25	1.86
24587491--24587561	27	2.6	27	75	4	81	33	14	19	32	1.92
24587553--24587613	26	2.3	26	88	0	86	22	16	29	31	1.96
24590546--24590618	19	3.8	19	94	0	119	35	8	17	38	1.80
24590546--24590641	38	2.4	39	86	6	122	35	7	17	39	1.78
24590825--24590869	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
24591018--24591066	23	2.2	22	82	10	55	36	0	2	61	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24591089--24591125	20	1.9	19	89	10	58	29	0	0	70	0.88
24592192--24592240	26	1.9	26	83	4	64	32	4	8	55	1.48
24598033--24598065	14	2.3	15	89	5	50	27	12	33	27	1.92
24599396--24599803	44	9.3	44	63	6	162	27	28	24	20	1.99
24599616--24599847	44	5.3	43	64	8	126	26	27	24	21	1.99
24599394--24599880	88	5.5	88	92	0	787	27	28	24	19	1.99
24599880--24600001	44	2.8	43	81	7	147	26	18	26	28	1.98
24600410--24600693	84	3.3	84	72	13	272	26	19	23	30	1.98
24600492--24600781	45	6.6	45	72	11	192	27	20	23	28	1.99
24601339--24601392	19	2.8	19	88	0	81	33	9	18	38	1.83
24601355--24601415	19	2.9	22	83	9	65	37	6	18	37	1.76
24601599--24601643	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
24601805--24601851	23	2.0	23	84	8	60	38	2	2	57	1.23
24601947--24601997	23	2.2	24	76	13	63	33	5	5	54	1.48
24604164--24604243	7	11.4	7	98	0	142	70	0	27	2	1.01
24604695--24604920	112	2.0	112	98	0	434	35	5	27	31	1.79
24605667--24605771	27	3.9	28	81	12	139	28	15	23	32	1.95
24605704--24605782	26	3.0	26	90	5	124	30	15	24	30	1.95
24608310--24608345	8	4.5	8	96	0	54	27	0	5	66	1.13
24611278--24611302	12	2.1	12	100	0	50	16	32	36	16	1.90
24620104--24620142	19	2.0	21	90	10	64	56	10	10	23	1.63
24630988--24631636	322	2.0	322	98	0	1262	34	15	20	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24645574--24645715	74	1.9	74	88	0	212	22	16	21	38	1.93
24648183--24648236	26	2.2	24	81	18	58	35	0	5	59	1.21
24654546--24654640	25	3.8	25	73	5	93	29	24	23	23	1.99
24666366--24666399	17	2.0	17	100	0	68	29	35	11	23	1.90
24679976--24680161	29	6.4	29	80	3	169	38	12	25	23	1.90
24679976--24680248	29	9.4	29	76	7	144	38	12	26	23	1.90
24680143--24680263	29	4.1	29	82	2	80	39	10	25	23	1.87
24679962--24680263	116	2.6	116	82	3	284	38	13	24	22	1.91
24683898--24683934	14	2.6	14	95	0	65	16	24	10	48	1.77
24683912--24684540	89	7.1	87	84	5	566	27	25	16	30	1.97

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