genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  30  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8579243--8579292	15	3.2	15	76	20	57	36	0	12	52	1.39
8581839--8581958	42	2.9	42	89	0	177	29	22	17	30	1.97
8581872--8581984	42	2.7	42	87	1	129	30	21	18	30	1.97
8582396--8582438	21	2.0	22	81	4	52	48	4	0	46	1.22
8582417--8582509	49	2.0	46	85	6	123	46	10	3	39	1.55
8587612--8587671	21	3.0	21	92	4	97	43	20	23	13	1.86
8592396--8592431	17	2.0	19	89	10	58	72	0	8	19	1.10
8604154--8604422	147	1.8	147	96	0	502	37	7	17	37	1.79
8613671--8613840	31	5.5	31	71	13	127	34	4	17	44	1.69
8613625--8613914	92	3.2	92	85	2	361	32	6	17	43	1.74
8613858--8613989	61	2.1	63	79	8	146	28	8	17	45	1.77
8618881--8618942	22	2.8	22	97	0	115	25	25	14	33	1.94
8620799--8620824	13	2.0	13	100	0	52	23	30	0	46	1.53
8628157--8628222	28	2.4	28	92	0	105	42	7	0	50	1.31
8629674--8629733	25	2.3	27	91	8	97	50	0	8	41	1.33
8631295--8631344	14	3.5	14	81	5	64	48	10	0	42	1.37
8634602--8634659	28	2.1	28	93	0	98	25	18	13	41	1.88
8644550--8644584	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
8649101--8649190	46	2.0	46	86	0	126	23	21	8	46	1.79
8651085--8651131	22	2.1	22	100	0	94	38	12	12	36	1.82
8652615--8652671	30	1.9	30	85	0	78	19	26	26	28	1.99
8654476--8654541	6	10.5	6	80	9	60	77	6	4	12	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8655467--8655498	16	2.0	16	100	0	64	31	25	25	18	1.98
8660071--8660107	6	6.0	6	96	3	65	81	0	0	18	0.70
8669319--8669371	26	2.0	26	96	0	97	18	16	11	52	1.73
8669326--8669371	14	3.4	14	73	11	51	19	15	10	54	1.70
8680075--8680102	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
8680920--8680977	26	2.2	25	85	11	73	53	8	20	17	1.70
8681673--8681699	3	9.0	3	100	0	54	33	0	66	0	0.92
8684328--8684362	18	1.9	18	88	0	52	37	0	0	62	0.95
8684454--8684478	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
8684641--8684743	9	11.4	9	92	0	143	41	26	8	23	1.83
8684641--8684743	27	3.8	27	92	0	170	41	26	8	23	1.83
8684641--8684735	18	5.3	18	94	0	163	41	26	9	23	1.84
8685927--8685966	17	2.4	17	86	0	53	22	5	0	72	1.04
8687936--8687968	17	1.9	17	88	11	50	24	0	3	72	0.98
8688333--8688381	20	2.6	18	80	9	53	44	0	4	51	1.20
8690676--8690767	19	4.8	19	91	0	157	39	9	14	36	1.79
8690676--8690790	19	5.7	22	80	15	94	38	8	14	38	1.77
8696606--8697499	132	6.8	132	95	0	1551	28	18	24	28	1.98
8697827--8697937	19	5.8	19	86	0	168	38	9	14	37	1.78
8697834--8697937	38	2.7	38	96	0	190	39	8	13	38	1.75
8697827--8697963	19	6.9	21	84	4	105	37	8	15	38	1.77
8700829--8701116	143	2.0	143	100	0	576	31	20	13	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8705329--8705362	14	2.4	14	85	0	50	44	38	0	17	1.49
8706507--8706546	19	2.1	19	90	4	62	25	0	0	75	0.81
8706526--8706554	8	3.8	8	90	9	51	24	0	0	75	0.80
8706524--8706554	15	2.1	15	100	0	62	25	0	0	74	0.82
8706633--8706674	19	2.3	18	84	8	57	21	7	0	71	1.09
8710949--8711000	2	26.5	2	94	3	88	51	0	1	46	1.12
8711295--8711339	3	15.0	3	90	0	72	66	0	2	31	1.04
8711297--8711344	15	3.1	15	84	3	69	68	0	4	27	1.07
8713688--8713724	14	2.6	14	86	0	56	59	10	10	18	1.59
8713700--8713740	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
8713701--8713750	22	2.3	22	86	6	66	62	6	14	18	1.51
8716852--8716886	3	11.7	3	100	0	70	34	0	31	34	1.58
8719038--8719071	16	2.1	16	89	10	52	20	8	0	70	1.13
8719315--8719377	20	3.2	20	79	2	74	65	3	3	28	1.24
8719285--8719377	10	9.3	10	72	9	55	61	3	3	32	1.28
8719351--8719388	19	2.0	19	90	10	60	68	5	0	26	1.11
8719490--8719532	10	4.6	9	81	18	52	79	2	2	16	0.95
8719602--8719697	10	9.4	10	70	20	56	28	4	1	66	1.16
8719629--8719669	21	1.9	22	85	5	57	34	0	2	63	1.08
8719632--8719697	11	6.2	11	72	13	57	24	3	1	71	1.09
8719632--8719704	19	3.7	20	82	10	78	24	2	1	71	1.07
8719698--8719767	26	2.8	25	77	12	81	34	1	0	64	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8719753--8719851	28	3.5	28	72	9	74	27	4	2	66	1.20
8720585--8720651	32	2.1	32	88	2	100	32	14	10	41	1.80
8728739--8728923	101	1.8	102	91	3	311	23	16	28	32	1.96
8728735--8728913	51	3.5	50	78	7	209	22	16	29	32	1.95
8728932--8729018	45	1.9	45	97	0	165	26	16	22	34	1.95
8735627--8735671	22	2.1	22	95	4	83	64	15	4	15	1.44
8740808--8740855	22	2.2	22	84	0	60	29	10	37	22	1.88
8742444--8742468	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
8742494--8742526	16	2.1	16	88	11	50	30	9	6	54	1.56
8745482--8745526	22	2.0	22	86	0	63	60	2	0	37	1.09
8754058--8754117	30	2.0	31	86	3	86	50	1	21	26	1.59
8756209--8756474	51	5.3	51	92	2	430	31	15	24	28	1.96
8759609--8759726	62	2.0	61	85	8	161	50	3	5	41	1.41
8759711--8759777	25	2.7	24	84	11	73	50	2	2	43	1.32
8759705--8759791	20	4.4	19	72	20	63	51	2	2	43	1.26
8762223--8762360	45	3.1	44	88	2	179	32	21	23	21	1.98
8766332--8766357	3	8.7	3	100	0	52	65	34	0	0	0.93
8770851--8770948	33	2.9	35	73	19	91	46	3	0	50	1.17
8770899--8770955	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
8773263--8773348	22	3.9	22	90	0	118	29	27	15	27	1.96
8776329--8776472	25	5.9	25	68	8	82	33	22	26	18	1.96
8776502--8776576	26	3.0	26	72	18	77	37	24	24	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8781946--8781976	15	2.1	15	100	0	62	25	25	29	19	1.99
8794349--8794380	17	1.9	16	93	6	55	0	9	0	90	0.45
8794353--8794379	11	2.5	11	100	0	54	0	7	0	92	0.38
8795838--8795880	18	2.3	19	80	8	52	34	2	0	62	1.08
8796546--8796616	21	3.4	21	66	0	61	28	0	25	46	1.53
8796666--8796757	34	2.7	34	83	8	116	41	0	16	42	1.48
8796831--8797286	126	3.6	126	90	2	672	38	17	16	28	1.91
8798846--8798897	17	2.9	17	80	11	50	57	15	9	17	1.64
8799572--8799617	23	1.9	25	82	8	60	58	4	4	32	1.37
8799572--8799650	30	2.5	32	82	17	87	58	5	5	31	1.42
8799692--8799748	3	19.0	3	80	7	62	57	1	5	35	1.31
8799702--8799771	18	3.7	20	76	19	62	60	0	5	34	1.21
8799806--8799830	12	2.1	12	100	0	50	68	16	16	0	1.22
8800191--8800260	36	1.9	37	82	8	90	40	1	0	58	1.07
8803459--8803531	26	2.7	27	71	16	69	50	4	0	45	1.20
8803593--8803637	21	2.1	21	95	0	81	4	20	42	33	1.72
8805892--8805927	18	2.0	18	94	0	63	38	8	27	25	1.84
8807591--8807649	30	2.0	30	89	0	91	45	3	22	28	1.68
8807591--8807676	30	2.9	29	81	8	84	41	3	20	33	1.70
8808278--8808327	17	2.8	17	79	8	55	18	18	2	62	1.43
8808307--8808368	23	2.7	23	78	14	65	8	14	0	77	0.98
8810972--8810998	13	2.1	13	100	0	54	77	0	14	7	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8814087--8814118	14	2.3	14	100	0	64	21	12	15	50	1.77
8815320--8815359	20	2.0	20	86	13	57	47	5	7	40	1.54
8817943--8818000	22	2.6	22	78	5	55	39	1	6	51	1.39
8823374--8823416	18	2.5	17	79	20	54	58	0	0	41	0.98
8827925--8827954	16	1.9	15	93	6	51	46	3	6	43	1.46
8827925--8827965	16	2.6	16	85	11	50	43	2	9	43	1.50
8828293--8828337	22	2.0	22	91	0	72	15	24	22	37	1.93
8828865--8829032	17	9.5	18	76	11	134	45	11	14	27	1.79
8828876--8829032	35	4.5	34	81	10	149	45	10	14	29	1.79
8829046--8829101	29	1.9	29	92	0	94	53	14	17	14	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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