genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  24  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7081072--7081143	20	3.5	20	68	17	65	63	2	6	26	1.33
7090489--7090539	24	2.1	24	82	7	59	31	13	15	39	1.87
7093694--7093736	21	2.0	22	86	9	61	39	9	6	44	1.64
7094422--7094471	5	9.8	5	89	4	64	0	26	0	74	0.83
7094422--7094472	15	3.3	15	86	2	75	0	27	0	72	0.85
7095369--7095410	16	2.7	15	82	7	57	54	14	0	30	1.40
7095683--7095734	22	2.4	21	75	15	61	44	0	0	55	0.99
7102760--7102792	15	2.1	16	88	5	50	39	3	0	57	1.14
7104958--7104991	16	2.1	16	94	0	59	26	2	17	52	1.58
7107853--7108371	284	1.8	284	87	2	774	47	16	14	21	1.82
7112271--7112297	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
7113768--7113819	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
7118643--7118682	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
7118628--7118694	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
7118622--7118698	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
7124508--7124542	18	1.9	18	100	0	70	22	14	17	45	1.84
7127729--7127761	4	8.2	4	100	0	66	75	0	0	24	0.80
7128023--7128086	3	22.3	3	84	15	91	64	0	1	34	1.03
7128011--7128090	21	3.9	21	81	18	82	65	0	2	32	1.06
7128020--7128080	8	7.4	8	89	10	88	63	0	0	36	0.94
7128895--7128933	19	2.1	19	100	0	78	64	0	15	20	1.30
7128895--7128953	19	2.9	22	83	14	65	66	1	15	16	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7141076--7141101	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
7142603--7142649	24	1.9	25	95	4	87	17	4	4	74	1.14
7142879--7142964	24	3.7	23	74	13	77	58	1	0	40	1.06
7142772--7142925	73	2.0	76	88	6	233	44	1	1	51	1.20
7142892--7142940	22	2.2	23	85	7	66	59	0	0	40	0.98
7142873--7142968	24	4.3	21	72	18	68	57	1	0	41	1.06
7143008--7143067	31	1.9	32	83	10	79	75	1	5	18	1.07
7149909--7150007	40	2.5	40	79	4	105	30	25	18	26	1.98
7150954--7151030	40	1.9	41	86	7	113	46	7	1	44	1.40
7152913--7152942	14	2.1	14	100	0	60	40	36	0	23	1.55
7163639--7163681	16	2.6	16	85	3	50	72	11	13	2	1.22
7165312--7165416	31	3.3	32	74	9	92	51	6	7	34	1.57
7165305--7165385	32	2.5	31	78	9	83	53	3	8	34	1.50
7165434--7165468	18	2.0	17	94	5	61	51	5	0	42	1.25
7167174--7167870	127	5.5	127	91	1	1066	30	16	23	28	1.97
7171032--7171136	21	5.0	21	86	4	158	23	0	30	44	1.60
7171035--7171136	43	2.4	41	91	4	168	24	0	31	43	1.61
7171106--7171158	15	3.8	15	70	25	53	18	0	37	43	1.51
7171104--7171157	27	2.0	27	96	0	99	20	0	38	40	1.53
7172398--7172423	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
7172592--7172629	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
7173565--7173663	50	2.0	51	84	6	130	43	2	27	27	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7173623--7173698	11	6.8	12	73	18	74	42	1	30	26	1.64
7173623--7173699	22	3.4	23	84	8	97	42	1	29	25	1.63
7176996--7177030	7	5.0	7	100	0	70	42	28	0	28	1.56
7183069--7183096	7	4.0	7	100	0	56	42	28	0	28	1.56
7185135--7185182	4	12.5	4	81	16	57	22	4	0	72	1.01
7185201--7185280	3	26.0	3	76	9	54	26	5	5	63	1.35
7195714--7196918	45	26.9	44	76	8	867	34	16	18	30	1.93
7195714--7196918	89	13.4	88	75	7	892	34	16	18	30	1.93
7195714--7196925	134	9.0	133	75	8	853	34	16	18	30	1.93
7195714--7196925	179	6.8	179	74	9	762	34	16	18	30	1.93
7195714--7196727	313	3.2	309	79	5	969	34	16	18	30	1.93
7196108--7197128	134	7.4	140	74	11	492	35	15	18	30	1.92
7196947--7197139	44	4.2	44	71	10	136	34	15	20	30	1.93
7196784--7197092	156	2.0	157	88	0	458	36	14	18	30	1.90
7196991--7197189	95	2.1	95	88	1	292	33	17	20	29	1.95
7197822--7197876	23	2.5	22	73	5	56	70	5	12	10	1.31
7198813--7198922	3	36.7	3	76	10	100	32	3	2	60	1.28
7201096--7201133	9	4.2	9	86	0	58	52	0	2	44	1.14
7201096--7201134	13	2.9	13	80	3	51	51	0	2	46	1.14
7201939--7201995	30	1.9	29	86	10	80	50	7	1	40	1.40
7203972--7204071	19	5.3	19	73	13	73	68	2	3	27	1.15
7203968--7204071	10	10.8	10	69	13	58	66	1	2	28	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7204300--7204353	27	2.0	27	82	7	65	42	0	0	57	0.98
7204416--7204600	90	2.0	90	84	6	239	30	8	18	41	1.81
7221651--7221679	8	3.8	8	95	4	51	55	10	0	34	1.34
7221995--7222025	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
7223615--7223668	20	2.7	20	82	5	74	44	1	3	50	1.30
7227104--7227329	27	8.4	27	82	4	269	43	19	19	17	1.88
7227104--7227327	54	4.2	54	85	1	297	44	19	19	17	1.87
7227105--7227308	107	1.9	107	90	0	327	44	18	19	17	1.87
7227502--7227578	26	3.0	26	84	0	100	14	20	24	40	1.90
7227686--7227805	28	4.3	28	83	2	143	22	24	25	27	2.00
7237285--7237357	21	3.4	21	84	5	94	0	31	19	49	1.48
7240742--7240862	60	2.0	62	88	8	185	27	6	47	19	1.74
7240949--7240995	23	2.0	23	83	0	58	46	23	19	10	1.80
7241657--7241722	19	3.6	19	71	22	68	18	3	45	33	1.65
7241668--7241725	17	3.3	17	74	25	66	17	1	51	29	1.55
7241696--7241735	17	2.6	15	88	11	55	15	0	50	35	1.44
7242129--7242209	24	3.2	24	81	13	108	45	0	8	45	1.34
7242142--7242185	13	3.2	13	77	22	54	43	0	4	52	1.22
7242219--7242244	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
7242767--7242940	30	5.8	29	92	5	285	52	0	9	36	1.39
7242767--7242940	62	2.9	59	90	5	287	52	0	9	36	1.39
7244566--7244590	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7249382--7249450	28	2.5	28	86	9	79	72	5	10	11	1.27
7251068--7251528	88	5.3	88	90	0	710	28	22	23	25	1.99
7251068--7251528	175	2.6	175	89	2	701	28	22	23	25	1.99
7251657--7251841	44	4.2	44	71	4	140	30	23	23	22	1.99
7251786--7251900	44	2.6	44	81	2	133	26	18	25	29	1.98
7253272--7253320	25	2.0	25	83	0	62	32	6	6	55	1.49
7253368--7253433	26	2.5	27	72	18	75	36	3	4	56	1.35
7257920--7257971	21	2.5	21	87	0	77	34	30	5	28	1.81
7265555--7265598	23	2.0	22	81	4	52	43	13	15	27	1.85
7272049--7272121	35	2.1	35	97	0	137	28	12	19	39	1.88
7274617--7274682	29	2.2	30	84	13	82	50	0	12	37	1.40
7274646--7274698	28	1.9	27	85	11	72	37	0	16	45	1.48
7274770--7275441	126	5.4	125	84	4	811	39	15	16	29	1.89
7274773--7275441	124	5.4	125	84	5	818	39	14	16	28	1.89
7275514--7275585	25	2.9	25	87	4	101	50	2	26	20	1.62
7277229--7277261	2	17.0	2	87	6	50	45	0	3	51	1.16
7277471--7277517	22	2.2	22	85	11	62	55	0	4	40	1.19
7283668--7283702	18	2.0	18	88	5	54	14	28	45	11	1.79
7284661--7284708	18	2.7	18	83	0	60	43	2	16	37	1.60
7285372--7285401	8	3.8	8	100	0	60	66	0	0	33	0.92
7285718--7285750	17	1.9	17	100	0	66	15	30	12	42	1.83
7288664--7288717	12	4.8	12	73	13	51	33	24	1	40	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7288693--7288733	21	2.0	21	85	0	55	29	24	2	43	1.67
7290380--7290462	25	3.3	25	77	11	89	30	21	26	21	1.99
7295050--7295177	53	2.5	50	71	15	118	50	1	26	21	1.58
7296727--7296792	8	8.9	7	76	20	55	3	21	0	75	0.93
7296722--7296795	14	4.9	15	82	15	91	2	24	0	72	0.97
7296722--7296797	31	2.5	31	93	0	125	2	25	0	72	0.98
7303466--7303644	8	21.2	8	70	12	67	13	6	5	74	1.17
7303542--7303620	20	3.8	20	80	9	86	13	5	3	77	1.08
7303534--7303630	4	24.5	4	72	10	56	15	4	4	76	1.09
7303542--7303633	20	4.4	20	76	12	71	16	4	3	76	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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