genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  6  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1842899--1842935	18	2.1	18	89	0	56	48	18	8	24	1.75
1846444--1846493	19	2.5	21	75	12	52	44	4	2	50	1.32
1846521--1846701	96	1.9	96	96	2	337	37	16	9	36	1.82
1846927--1846961	18	1.9	18	94	0	61	42	2	5	48	1.41
1848655--1848716	22	2.7	22	87	5	79	46	1	3	48	1.28
1848690--1848746	16	3.6	16	90	0	87	47	3	3	45	1.37
1848800--1848856	28	2.1	27	86	3	78	40	3	7	49	1.47
1848792--1848948	83	2.0	80	88	8	241	38	4	8	49	1.53
1848876--1848926	16	2.8	19	67	27	56	37	0	11	50	1.39
1848889--1848958	16	4.7	16	71	16	69	35	1	10	52	1.44
1848876--1848948	35	2.1	34	87	7	103	36	1	10	50	1.46
1852160--1852192	17	1.9	17	93	0	57	57	0	6	36	1.23
1852459--1852487	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
1858891--1858935	18	2.5	18	96	0	81	44	11	26	17	1.82
1864106--1864154	3	16.3	3	100	0	98	65	0	0	34	0.93
1875004--1875306	44	6.9	44	69	16	225	27	27	19	26	1.99
1874949--1875306	88	4.1	88	96	0	644	27	26	20	25	1.99
1877342--1877526	37	5.0	37	97	0	343	39	14	19	27	1.90
1878166--1878594	88	4.9	88	91	1	664	25	24	23	27	2.00
1878178--1878580	44	9.2	44	67	10	232	25	24	23	27	2.00
1879664--1879710	21	2.2	21	85	7	60	23	38	12	25	1.90
1880669--1880738	8	8.4	8	93	3	86	15	0	7	77	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1880669--1880739	9	8.3	9	93	4	87	15	0	7	77	0.97
1883321--1883372	19	2.7	20	82	5	63	46	11	17	25	1.81
1884780--1885184	108	3.8	108	93	1	679	34	18	17	30	1.93
1884780--1885184	215	1.9	217	93	2	699	34	18	17	30	1.93
1885636--1885713	8	9.2	8	75	15	59	51	6	1	41	1.36
1885835--1885921	3	29.3	3	77	11	81	66	2	3	27	1.20
1890063--1890110	25	2.0	25	87	4	71	45	43	4	6	1.48
1891043--1891105	3	21.3	3	90	3	101	28	0	3	68	1.05
1891125--1891224	34	2.9	34	79	4	103	39	11	2	48	1.50
1891333--1891358	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
1891593--1891631	16	2.4	16	91	0	60	35	12	2	48	1.55
1897138--1897180	22	2.0	22	90	9	70	37	4	16	41	1.69
1897646--1897773	31	4.2	31	64	14	77	41	2	2	53	1.26
1899809--1899852	22	2.0	22	82	8	54	65	0	0	34	0.93
1900141--1900173	15	2.1	16	88	5	50	36	0	3	60	1.12
1902451--1902484	17	2.0	17	100	0	68	29	0	47	23	1.52
1905060--1905088	14	2.0	15	93	6	51	44	0	0	55	0.99
1905179--1905234	26	2.2	26	83	0	67	50	3	3	42	1.37
1905136--1905263	68	1.9	68	91	6	215	50	4	3	41	1.42
1905140--1905257	34	3.5	34	71	17	111	50	5	4	39	1.44
1905759--1905801	20	2.2	20	91	4	70	32	0	2	65	1.06
1905843--1905910	21	3.3	21	77	4	68	26	4	5	63	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1905887--1906118	9	24.8	9	67	16	89	33	2	3	60	1.27
1905887--1905995	10	11.0	10	68	17	59	33	0	3	61	1.20
1905887--1905960	30	2.5	29	79	14	80	31	1	4	63	1.21
1905887--1906118	19	12.4	19	69	17	76	33	2	3	60	1.27
1906074--1906109	10	3.6	10	84	0	54	30	0	5	63	1.17
1906078--1906120	20	2.2	20	91	4	70	30	0	9	60	1.28
1907175--1907236	19	3.3	19	75	4	63	66	0	4	29	1.12
1907296--1907349	22	2.4	22	87	6	72	55	9	3	31	1.49
1908199--1908408	10	21.9	9	65	19	79	33	2	6	57	1.39
1908426--1908464	17	2.2	18	81	9	53	30	2	2	64	1.21
1908533--1908619	30	2.9	31	78	13	101	33	0	4	62	1.16
1908645--1908688	19	2.3	19	84	0	52	25	2	6	65	1.28
1909361--1909424	21	3.0	20	73	10	56	68	4	0	26	1.09
1911072--1911104	7	4.9	7	85	7	50	72	0	0	27	0.85
1911087--1911130	23	2.0	23	86	13	65	72	0	2	25	0.96
1923978--1924019	20	2.1	20	86	8	59	57	0	19	23	1.41
1927364--1927391	14	2.0	14	100	0	56	28	14	7	50	1.69
1933997--1934118	23	5.3	23	90	0	199	30	27	21	21	1.98
1933997--1934116	46	2.6	46	97	0	222	30	27	21	20	1.98
1944809--1945117	36	8.0	36	82	13	357	28	20	13	36	1.91
1944763--1945117	118	3.0	118	97	0	647	29	20	14	36	1.92
1944963--1945153	82	2.3	82	95	0	337	28	21	13	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1948780--1948903	51	2.4	51	89	2	187	43	0	25	29	1.60
1948883--1948918	11	3.2	11	88	4	54	50	0	33	16	1.46
1949107--1949192	43	2.0	43	100	0	172	39	13	18	27	1.89
1950255--1950289	18	1.9	18	100	0	70	34	8	5	51	1.56
1950259--1950303	18	2.4	18	85	3	54	35	4	4	55	1.40
1950415--1950451	19	1.9	19	88	0	56	56	0	5	37	1.22
1962976--1963004	4	7.5	4	92	7	51	51	0	0	48	1.00
1963488--1963534	19	2.5	19	77	19	53	70	2	8	19	1.24
1963604--1963643	20	2.0	20	100	0	80	60	5	0	35	1.19
1963667--1963764	3	32.3	3	72	20	71	65	1	3	30	1.15
1963653--1963766	8	14.8	8	70	21	66	64	1	2	31	1.18
1963685--1963725	11	3.8	11	90	3	57	63	0	0	36	0.95
1963678--1963764	29	3.1	29	81	12	78	65	0	3	31	1.09
1963684--1963766	30	2.7	31	78	16	84	63	0	3	32	1.11
1963698--1963774	15	5.5	15	77	21	71	62	0	5	32	1.17
1963652--1963774	38	3.2	39	80	12	121	64	1	3	30	1.19
1963788--1963816	14	2.1	14	100	0	58	58	0	0	41	0.98
1965745--1965802	29	2.0	29	96	0	107	31	1	24	43	1.64
1966275--1966326	20	2.6	19	76	11	50	32	3	17	46	1.66
1966672--1966702	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1969808--1969874	33	2.0	33	94	0	116	17	10	0	71	1.13
1976834--1976904	34	2.2	33	85	10	92	38	0	8	53	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1976992--1977039	18	2.6	19	87	6	64	41	0	4	54	1.20
1977383--1977423	20	2.0	20	86	13	57	39	0	14	46	1.45
1978007--1978060	18	3.1	17	84	7	72	46	0	20	33	1.51
1978153--1978251	37	2.5	39	83	6	121	26	18	26	29	1.98
1979417--1979642	26	8.8	26	83	3	244	20	16	28	34	1.95
1979572--1979615	22	2.0	22	95	0	79	25	13	20	40	1.89
1979417--1979658	104	2.4	101	86	2	306	20	16	28	35	1.94
1983000--1983025	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
1986887--1986936	26	1.9	26	100	0	100	12	20	4	64	1.43
1997784--1997863	31	2.6	31	88	2	108	27	13	13	45	1.82
1999144--1999176	17	1.9	17	100	0	66	48	0	9	42	1.35
2013309--2013372	11	5.7	11	87	9	94	45	0	0	54	0.99
2014247--2014281	17	1.9	19	88	11	56	20	2	11	65	1.37
2014858--2015406	278	2.0	277	81	3	638	31	12	20	34	1.90
2023404--2023850	223	2.0	223	99	0	876	32	19	13	34	1.91
2024959--2024984	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
2051275--2051299	12	2.1	12	100	0	50	8	44	0	48	1.32
2056080--2056232	76	2.0	76	100	0	306	35	18	16	28	1.94
2056690--2056730	21	2.0	21	85	0	55	63	0	17	19	1.31
2058912--2058943	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2059866--2059922	27	2.1	27	87	9	82	56	1	0	42	1.10
2063201--2063251	23	2.3	23	96	3	95	68	15	7	7	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2065517--2065581	28	2.3	29	82	10	73	66	1	4	27	1.20
2065529--2065588	19	3.2	19	81	9	61	66	1	1	30	1.11
2065529--2065588	9	6.3	10	78	16	65	66	1	1	30	1.11
2065670--2065702	11	3.1	11	91	4	50	30	0	3	66	1.06
2072176--2072234	29	2.0	29	87	6	84	47	1	8	42	1.44
2073984--2074226	121	2.0	121	95	0	432	36	13	13	37	1.83
2075190--2075624	147	3.0	147	92	0	728	33	19	13	34	1.90
2084518--2084637	63	1.9	64	84	5	163	44	3	6	45	1.46
2085776--2085825	23	2.1	24	81	3	57	44	16	6	34	1.72
2092580--2092614	18	1.9	18	88	0	52	45	25	2	25	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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