genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  90  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27704618--27704672	22	2.5	21	78	18	58	63	7	9	20	1.47
27715561--27715602	20	2.0	21	86	4	59	33	2	19	45	1.63
27720201--27720490	50	5.7	50	86	2	355	23	30	18	27	1.97
27720831--27720889	30	2.0	30	83	6	75	28	22	6	42	1.79
27727811--27727837	13	2.1	13	100	0	54	51	0	0	48	1.00
27728399--27728426	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
27742342--27742416	36	2.1	36	97	0	141	28	25	22	24	2.00
27744301--27744362	29	2.1	29	93	0	106	19	30	32	17	1.95
27745429--27745471	21	2.1	19	87	12	59	27	2	0	69	1.00
27745440--27745480	14	3.0	14	79	17	50	29	2	0	68	1.03
27745436--27745478	19	2.1	21	83	8	54	30	2	0	67	1.03
27748727--27748860	53	2.6	49	75	11	124	35	11	26	26	1.90
27751897--27752025	60	2.2	60	87	2	179	38	23	13	24	1.90
27751891--27752024	30	4.5	30	76	3	126	39	23	13	23	1.90
27762668--27762712	22	2.0	22	82	0	54	24	20	24	31	1.98
27763017--27763064	19	2.4	20	83	16	64	43	6	10	39	1.64
27765543--27765598	28	2.0	28	100	0	112	32	7	21	39	1.80
27767189--27767245	29	1.9	30	89	3	89	31	1	12	54	1.48
27768061--27768119	27	2.2	27	85	8	77	27	1	18	52	1.55
27768412--27768478	32	2.1	33	83	8	84	28	11	16	43	1.83
27768737--27768765	14	2.1	14	100	0	58	44	20	20	13	1.85
27771032--27771066	14	2.5	14	100	0	70	60	0	5	34	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27771062--27771090	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
27775859--27775920	30	2.1	30	100	0	124	22	12	20	43	1.86
27785956--27786017	28	2.2	28	91	0	97	37	20	17	24	1.94
27786215--27786270	29	1.9	29	96	0	103	39	10	7	42	1.67
27790531--27790557	13	2.1	13	100	0	54	29	0	7	62	1.22
27790612--27790654	20	2.0	22	86	8	63	58	0	2	39	1.11
27802964--27803155	25	7.7	24	73	9	170	21	12	25	40	1.88
27802969--27803155	50	3.7	50	94	1	306	21	12	25	40	1.89
27805978--27806014	14	2.5	15	91	4	58	51	18	0	29	1.47
27806181--27806284	47	2.2	48	87	1	147	36	18	17	27	1.93
27808246--27808293	22	2.2	22	84	0	60	39	22	12	25	1.89
27813139--27813506	184	2.0	183	88	5	546	29	19	14	35	1.92
27815239--27815492	141	1.8	141	79	3	296	51	12	14	21	1.75
27818789--27818864	35	2.2	34	83	2	89	28	15	27	27	1.96
27818820--27818904	34	2.5	34	81	9	84	28	15	25	30	1.96
27820274--27820418	43	3.4	43	78	0	155	24	20	23	32	1.98
27821136--27821231	41	2.3	41	96	0	174	27	12	13	46	1.79
27828113--27828147	15	2.4	14	90	4	52	17	2	5	74	1.14
27828693--27828743	26	1.9	27	88	4	77	35	0	1	62	1.06
27830843--27830879	17	2.2	17	90	0	56	48	21	0	29	1.50
27834743--27834781	20	2.0	20	84	0	51	43	2	2	51	1.29
27838562--27838617	27	2.1	26	83	9	69	16	19	1	62	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27843984--27844024	21	2.0	21	95	0	73	29	29	17	24	1.97
27846546--27846596	23	2.2	24	92	3	86	19	15	7	56	1.63
27847777--27847828	18	2.9	18	86	11	79	63	1	3	30	1.23
27854209--27854260	7	7.4	7	79	16	63	44	0	13	42	1.44
27854510--27854576	5	13.4	5	70	0	53	38	5	17	37	1.75
27854486--27854574	10	8.9	10	73	0	52	34	8	17	38	1.82
27854491--27854564	20	3.7	20	90	0	103	33	9	17	39	1.82
27863887--27863990	52	2.0	52	98	0	199	40	29	17	12	1.86
27865065--27865143	41	1.9	41	87	5	115	56	12	5	25	1.56
27866970--27867023	28	1.9	28	88	0	81	29	20	20	29	1.98
27867975--27868142	40	4.2	40	79	6	178	32	20	20	26	1.98
27868200--27868293	40	2.4	39	81	10	102	29	18	20	31	1.96
27868302--27868384	7	11.9	7	73	10	53	20	0	36	43	1.52
27872210--27872576	23	16.1	23	80	7	378	33	4	23	38	1.75
27872210--27872576	68	5.4	69	80	10	387	33	4	23	38	1.75
27872210--27872576	91	4.0	91	83	7	458	33	4	23	38	1.75
27873437--27873658	43	5.2	43	83	4	288	24	17	28	29	1.97
27873437--27873658	84	2.6	86	86	1	322	24	17	28	29	1.97
27874257--27874540	138	2.1	138	93	0	478	40	8	5	45	1.58
27894306--27894581	132	2.0	136	88	4	416	38	9	6	46	1.61
27900745--27900882	39	3.5	39	88	4	197	39	2	0	58	1.10
27900792--27900883	11	9.3	11	79	11	60	43	1	0	55	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27900825--27900882	30	2.0	30	93	3	100	39	1	0	58	1.08
27900747--27900881	11	14.1	9	71	17	51	38	2	0	59	1.10
27907082--27907151	6	11.8	6	86	3	70	71	11	5	11	1.30
27907069--27907132	29	2.1	29	88	8	92	75	10	6	7	1.20
27907066--27907132	35	1.9	34	90	3	107	74	11	5	7	1.20
27907142--27907186	22	2.1	22	83	4	56	75	0	20	4	0.97
27908030--27908079	7	7.0	7	86	9	66	70	0	16	14	1.18
27908030--27908068	20	1.9	21	94	5	71	71	0	15	12	1.14
27908025--27908079	13	4.0	14	83	9	60	72	0	14	12	1.12
27909359--27909741	128	3.0	128	91	1	599	34	20	20	25	1.96
27909734--27910138	218	1.9	218	90	2	652	27	19	24	28	1.99
27909820--27910138	44	7.3	45	71	10	142	26	20	25	27	1.99
27910126--27910380	99	2.6	100	79	5	275	30	20	22	26	1.98
27910414--27910710	129	2.3	127	90	1	450	33	24	19	23	1.97
27910681--27910783	44	2.3	44	81	6	120	31	22	24	22	1.99
27911303--27911332	13	2.3	13	94	0	51	66	23	10	0	1.21
27911472--27911521	23	2.2	23	82	3	57	12	4	2	82	0.90
27911481--27911521	14	2.9	14	85	14	57	14	2	0	82	0.76
27913739--27913781	18	2.3	19	88	4	61	53	0	23	23	1.46
27913739--27913785	19	2.6	18	89	3	67	55	0	21	23	1.44
27920476--27920515	16	2.6	16	85	14	57	40	0	2	57	1.12
27920996--27921041	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27921265--27921325	19	3.1	19	80	13	77	60	0	0	39	0.97
27921279--27921315	11	3.4	11	100	0	74	59	0	0	40	0.97
27921696--27921720	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
27924058--27924093	18	2.1	17	94	5	63	66	0	8	25	1.19
27924118--27924175	11	5.5	11	78	12	68	53	0	5	41	1.23
27924120--27924183	30	2.1	30	97	0	119	57	0	4	37	1.19
27934030--27934091	19	3.3	19	66	20	58	29	6	20	43	1.77
27934030--27934105	37	2.1	37	100	0	152	32	7	19	39	1.81
27944501--27944544	16	2.7	16	82	3	52	38	0	2	59	1.10
27944475--27944828	171	2.1	171	95	1	640	42	5	8	44	1.57
27946090--27946143	11	5.1	11	72	17	51	29	0	3	66	1.09
27948988--27949113	28	4.5	28	87	2	173	31	13	25	29	1.94
27949810--27950155	23	14.9	23	75	14	264	28	15	16	39	1.90
27949804--27950680	93	9.5	93	91	2	1371	28	14	17	39	1.89
27950203--27950655	23	19.5	22	71	18	253	28	13	17	40	1.88
27949804--27950680	362	2.4	365	90	2	1375	28	14	17	39	1.89
27959434--27959464	16	1.9	16	100	0	62	51	0	3	45	1.17
27959431--27959488	22	2.7	22	80	15	68	51	0	1	46	1.11
27959568--27959624	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
27959678--27959736	29	2.0	31	83	12	79	28	13	6	50	1.67
27960414--27960457	22	2.0	22	82	8	54	47	2	0	50	1.13
27963620--27963918	130	2.3	131	92	2	494	24	25	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27963879--27964399	44	11.9	44	84	5	628	25	26	18	28	1.98
27969041--27969092	21	2.5	21	100	0	104	30	25	19	25	1.98
27971400--27971455	18	3.1	18	79	18	55	16	5	5	73	1.21
27983256--27983282	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
27987941--27987992	24	2.2	24	89	0	77	50	7	3	38	1.50
27990885--27990936	24	2.2	24	89	0	77	53	7	3	34	1.48
27993675--27993702	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
28002908--28002937	16	1.9	15	93	6	51	30	10	13	46	1.75
28010587--28011221	313	2.0	313	100	0	1270	30	9	13	47	1.74
28013270--28013422	37	4.2	37	79	9	152	34	15	17	32	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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