genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  93  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28528452--28528483	15	2.0	17	88	11	50	21	18	9	50	1.75
28531377--28531412	17	2.1	18	89	5	56	50	16	2	30	1.60
28537932--28537974	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
28538140--28538177	11	3.5	11	85	3	51	84	0	7	7	0.79
28541229--28541322	32	3.1	31	80	6	111	24	23	6	45	1.76
28541263--28541330	32	2.1	32	86	0	91	25	22	5	47	1.73
28543994--28544033	17	2.3	18	86	4	55	45	0	5	50	1.23
28548798--28548836	20	2.0	20	90	10	62	33	0	20	46	1.51
28548770--28548835	29	2.4	25	78	14	69	28	0	18	53	1.45
28557430--28557676	63	3.9	63	81	4	284	26	6	32	34	1.81
28557430--28557674	125	2.0	126	85	0	330	26	6	31	35	1.81
28561376--28561416	11	3.7	11	81	18	50	9	14	0	75	1.04
28562330--28562400	6	11.8	6	90	0	106	64	12	2	19	1.39
28563944--28563972	14	2.1	14	93	6	51	75	0	0	24	0.80
28564235--28564504	141	1.9	141	99	0	531	21	18	27	32	1.97
28568391--28568513	50	2.4	50	80	10	151	38	13	13	34	1.84
28574524--28574573	23	2.2	22	89	3	73	36	0	12	52	1.39
28575580--28575635	28	2.0	28	86	6	78	41	7	5	46	1.54
28585397--28585486	46	2.0	46	97	0	171	41	4	15	38	1.67
28585974--28586062	44	2.0	44	100	0	178	24	8	31	34	1.87
28588257--28588401	40	3.6	39	76	7	139	36	22	20	21	1.95
28588455--28588890	41	10.6	41	90	0	665	24	22	22	31	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28591826--28591854	15	1.9	15	100	0	58	34	20	17	27	1.95
28593747--28593781	16	2.2	16	94	0	61	14	11	14	60	1.60
28594777--28594806	14	2.1	14	100	0	60	13	13	20	53	1.72
28594917--28594974	27	2.2	26	78	3	62	29	6	0	63	1.20
28595181--28595288	43	2.5	43	84	3	137	26	18	28	25	1.98
28605984--28606071	25	3.5	26	77	9	94	34	22	21	21	1.97
28613574--28613628	25	2.2	25	83	6	67	34	18	20	27	1.95
28615451--28615568	27	4.4	27	78	6	114	24	20	30	24	1.99
28615448--28615554	54	2.0	54	84	0	142	24	22	28	25	2.00
28615451--28615568	54	2.2	54	81	3	130	24	20	30	24	1.99
28626380--28626507	51	2.5	51	80	2	150	48	1	5	44	1.35
28632910--28632950	16	2.6	16	100	0	82	36	0	21	41	1.54
28634205--28634246	21	2.0	21	86	9	59	47	4	26	21	1.70
28634412--28634572	82	2.0	82	82	4	200	25	19	16	37	1.93
28634413--28634591	41	4.4	40	73	12	107	25	18	18	36	1.94
28634449--28634591	40	3.5	40	72	7	128	25	19	17	37	1.94
28634435--28634596	82	2.0	82	84	7	213	25	21	16	36	1.94
28634449--28634596	41	3.6	40	75	4	143	25	20	17	35	1.95
28636073--28636221	63	2.4	61	85	4	208	35	11	13	39	1.81
28636088--28636206	63	1.9	63	94	0	211	34	13	11	40	1.81
28639385--28640581	597	2.0	597	100	0	2394	33	18	21	27	1.96
28646594--28646622	14	2.1	14	100	0	58	27	10	20	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28648262--28648336	33	2.4	32	80	8	91	29	4	1	65	1.19
28649297--28649326	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
28657021--28657479	157	3.0	153	83	9	564	42	4	9	43	1.59
28657445--28657489	23	2.0	22	87	8	65	42	2	8	46	1.47
28658753--28658782	3	9.7	3	92	7	51	66	0	0	33	0.92
28658755--28658780	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
28660598--28660695	23	4.3	23	94	2	171	21	21	25	31	1.98
28660598--28660695	45	2.2	46	92	3	171	21	21	25	31	1.98
28668090--28668187	23	4.3	23	96	2	180	20	21	26	31	1.98
28668090--28668187	45	2.2	46	94	3	180	20	21	26	31	1.98
28670683--28670743	14	4.1	14	74	15	52	8	18	1	72	1.18
28675308--28675340	15	2.1	16	88	5	50	30	3	12	54	1.52
28680376--28680442	25	2.6	26	85	4	100	32	22	14	29	1.94
28681351--28681558	103	2.0	103	97	0	389	36	12	5	45	1.65
28682401--28682482	41	2.0	41	97	0	155	23	17	17	42	1.88
28689572--28689596	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28691522--28691560	17	2.3	17	90	0	60	69	2	2	25	1.14
28693650--28693690	21	2.0	20	85	4	55	53	2	2	41	1.27
28695159--28695190	7	4.6	7	96	0	55	9	0	3	87	0.64
28709049--28709092	23	1.9	23	95	0	79	47	11	13	27	1.77
28712789--28712818	8	3.6	8	95	4	51	23	0	0	76	0.78
28722408--28722573	46	3.9	45	72	17	167	31	15	25	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28722478--28722544	34	2.0	34	81	0	80	31	16	28	23	1.96
28722882--28723264	169	2.3	170	89	0	570	32	20	20	26	1.97
28727613--28727648	18	2.0	18	100	0	72	27	22	22	27	1.99
28728253--28728288	10	3.8	9	86	13	54	38	2	0	58	1.13
28728251--28728288	20	1.9	19	94	5	67	39	2	0	57	1.12
28731588--28731619	5	6.4	5	100	0	64	81	0	0	18	0.70
28732464--28732532	26	2.7	26	88	0	93	24	27	23	24	2.00
28737577--28737631	13	3.9	13	78	17	65	40	45	0	14	1.45
28737568--28737631	30	2.1	31	94	2	112	40	42	0	17	1.49
28737590--28737631	17	2.4	18	88	4	68	40	45	0	14	1.45
28737612--28737689	38	2.0	39	95	2	140	51	28	2	17	1.59
28737822--28737884	17	3.5	17	69	12	54	34	3	12	49	1.57
28737819--28737893	37	2.0	37	94	0	114	36	4	14	45	1.64
28737892--28737922	9	3.4	9	95	0	53	25	9	22	41	1.84
28740448--28740943	231	2.1	231	88	1	726	34	20	14	30	1.92
28743481--28743508	12	2.3	12	100	0	56	57	14	14	14	1.66
28763320--28763366	21	2.4	19	82	10	58	59	2	8	29	1.39
28769287--28769321	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
28769497--28769522	12	2.2	12	100	0	52	57	0	7	34	1.27
28771625--28771751	43	3.0	42	80	15	161	22	18	28	29	1.98
28772396--28772430	15	2.3	15	90	9	54	25	0	22	51	1.48
28772772--28772812	21	2.0	21	85	0	55	26	7	14	51	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28772794--28773183	47	8.4	47	94	1	628	32	10	15	41	1.81
28772784--28773183	24	17.4	21	69	13	116	32	10	15	41	1.81
28773202--28773253	23	2.3	23	93	0	86	28	17	15	38	1.90
28778840--28778953	43	2.7	43	78	13	135	23	19	28	28	1.98
28779970--28780010	21	2.0	21	90	0	64	24	7	17	51	1.70
28779992--28780334	185	1.9	185	90	2	546	31	10	15	42	1.81
28779992--28780334	47	7.4	47	91	2	534	31	10	15	42	1.81
28779992--28780342	92	3.8	90	89	1	459	31	10	15	41	1.81
28780353--28780404	23	2.3	23	89	0	77	28	19	15	36	1.92
28780857--28781427	44	12.8	44	70	12	306	26	22	18	31	1.97
28781473--28782034	50	11.2	50	77	2	536	26	21	20	31	1.98
28781473--28782034	100	5.6	100	89	0	847	26	21	20	31	1.98
28784010--28784129	51	2.6	44	80	16	159	30	15	25	29	1.96
28784017--28784243	50	4.4	50	89	8	319	33	13	24	29	1.93
28791828--28791852	13	1.9	13	100	0	50	32	28	16	24	1.96
28793349--28793390	15	2.5	17	85	14	52	64	4	4	26	1.33
28793735--28793778	22	2.0	22	100	0	88	13	9	22	54	1.67
28796749--28796773	13	1.9	13	100	0	50	32	28	16	24	1.96
28798003--28798035	17	1.9	17	88	11	50	69	0	27	3	1.03
28798651--28798728	33	2.3	33	86	2	102	12	33	1	52	1.48
28798777--28798816	21	1.9	21	84	0	53	27	30	17	25	1.97
28798883--28798929	20	2.3	20	96	0	85	25	2	38	34	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28804615--28804654	21	1.9	21	85	10	55	35	20	0	45	1.51
28816325--28816406	39	2.1	39	100	0	164	17	31	21	29	1.96
28820089--28820151	24	2.7	24	80	2	65	20	17	14	47	1.82
28821731--28821910	74	2.4	74	94	0	315	27	24	16	32	1.96
28825666--28825715	9	5.6	9	79	15	59	44	0	2	54	1.11
28827114--28827196	39	2.1	39	82	12	100	20	20	20	38	1.94
28827146--28827246	45	2.2	45	87	0	148	20	18	19	40	1.92
28827226--28827268	6	6.8	6	83	2	50	18	20	16	44	1.87
28828809--28828873	32	2.0	32	85	5	87	16	18	35	29	1.93
28830682--28830732	18	2.8	18	80	11	59	60	0	3	35	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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