genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 ID=Chr13-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58321163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  58  of  199  ( 23770 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17202749--17202815	30	2.2	30	91	0	107	32	35	14	16	1.90
17207507--17207625	63	1.9	62	86	5	170	36	6	5	52	1.50
17209713--17209755	22	2.0	22	100	0	86	23	25	13	37	1.92
17212416--17212446	8	3.9	8	95	0	53	48	0	0	51	1.00
17215268--17215292	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
17218565--17218610	14	3.3	13	82	14	56	71	0	2	26	0.97
17221309--17221348	13	3.0	13	85	7	53	40	2	7	50	1.44
17230863--17231175	104	3.0	103	91	2	484	30	29	19	20	1.97
17231504--17231568	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
17231511--17231568	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
17232466--17232570	34	3.1	34	82	5	149	44	15	22	17	1.86
17232466--17232593	68	1.9	68	85	0	175	46	15	19	18	1.85
17234665--17234704	18	2.2	18	86	0	53	47	5	17	30	1.69
17237072--17237143	36	2.0	36	86	10	103	22	11	4	62	1.45
17237094--17237121	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
17237110--17237165	27	2.1	27	93	0	94	28	8	7	55	1.57
17239241--17239340	34	3.0	33	78	7	112	41	14	26	19	1.89
17240455--17240518	27	2.4	27	86	2	85	37	4	7	50	1.52
17240596--17240665	34	2.0	37	88	8	110	48	7	17	27	1.72
17241744--17241772	15	1.9	15	100	0	58	37	6	6	48	1.57
17242763--17242813	25	2.0	26	88	3	77	41	5	9	43	1.62
17244152--17244247	28	3.4	28	67	5	75	25	28	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17244169--17244269	29	3.5	29	64	8	71	23	25	14	35	1.94
17244151--17244326	58	3.0	58	82	4	212	24	27	14	33	1.94
17247900--17247981	38	2.2	38	84	0	101	23	26	25	24	2.00
17247999--17248079	38	2.2	37	84	2	108	29	20	20	28	1.98
17248009--17248087	38	2.1	38	82	0	95	31	20	21	26	1.98
17249427--17249510	41	2.0	41	100	0	168	26	16	23	33	1.96
17252573--17252801	43	5.3	41	80	7	233	31	30	17	20	1.95
17252573--17252800	86	2.7	86	90	1	350	31	30	17	21	1.96
17258580--17258644	14	4.6	14	78	3	60	35	40	0	24	1.56
17258639--17258668	14	2.1	14	93	0	51	40	30	3	26	1.72
17258745--17258783	21	1.9	21	89	5	62	46	25	0	28	1.53
17259046--17259159	41	2.8	41	94	1	192	30	23	19	26	1.98
17259219--17259316	40	2.5	40	83	5	119	21	21	23	33	1.97
17262788--17262813	12	2.2	12	100	0	52	53	0	15	30	1.42
17263927--17263999	28	2.7	25	78	14	74	50	2	2	43	1.30
17264415--17264465	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
17269114--17269193	36	2.3	35	86	6	108	15	13	31	40	1.86
17273145--17273201	30	1.9	30	82	13	73	33	3	15	47	1.63
17285852--17285881	14	2.1	14	100	0	60	66	6	0	26	1.16
17287911--17287948	17	2.3	17	95	4	69	52	5	5	36	1.47
17294136--17294176	20	2.0	21	86	13	59	34	7	0	58	1.26
17303564--17303641	39	2.0	39	100	0	156	35	12	28	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17306046--17306270	108	2.1	108	97	0	423	41	14	21	23	1.89
17306774--17306881	44	2.5	44	80	8	121	29	18	20	31	1.96
17306724--17307328	45	13.8	44	74	9	427	31	19	22	26	1.98
17306907--17307156	134	1.9	134	88	3	378	31	20	22	24	1.98
17306727--17307243	89	5.9	88	76	8	390	31	20	22	25	1.98
17308863--17308903	20	2.0	21	86	13	59	34	7	0	58	1.26
17309650--17309717	33	2.1	33	97	0	127	20	17	17	44	1.87
17312658--17312690	10	3.0	11	91	8	50	51	3	0	45	1.16
17312669--17312714	15	2.9	16	81	15	51	47	2	0	50	1.13
17316898--17316951	2	27.5	2	96	3	101	50	0	0	50	1.00
17317313--17317351	6	6.7	6	88	5	53	48	12	0	38	1.42
17320908--17321089	45	4.1	44	84	8	199	34	25	16	23	1.95
17320908--17321089	90	2.0	88	83	4	222	34	25	16	23	1.95
17328304--17328374	33	2.2	33	92	5	117	26	25	25	22	2.00
17329805--17329840	6	6.0	6	100	0	72	16	0	50	33	1.46
17330454--17330708	126	2.0	125	87	5	372	42	4	5	47	1.48
17330739--17330799	29	2.1	28	81	3	68	24	13	14	47	1.80
17331005--17331342	126	2.7	126	96	1	608	30	15	21	33	1.94
17334564--17334588	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
17335862--17335912	22	2.3	22	96	0	93	41	0	31	27	1.56
17335862--17335926	22	3.0	22	88	2	78	43	0	32	24	1.55
17336139--17336201	28	2.3	27	77	2	72	42	14	15	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17339262--17339310	22	2.2	23	85	10	66	65	6	4	24	1.33
17339886--17339913	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
17355048--17355104	28	2.0	28	93	0	96	38	15	8	36	1.79
17358140--17358204	18	3.5	17	76	13	58	3	16	1	78	0.96
17358353--17358542	63	3.0	62	85	3	229	22	25	29	23	1.99
17360293--17360325	10	3.4	10	83	8	50	21	12	9	57	1.62
17363731--17363774	2	22.0	2	90	9	72	50	0	2	47	1.13
17366887--17366911	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
17371216--17371289	38	2.0	38	84	7	98	63	5	17	13	1.47
17373761--17373812	22	2.4	21	75	15	52	69	3	5	21	1.26
17373793--17373834	11	3.9	11	81	6	50	71	2	4	21	1.16
17380370--17380432	30	2.1	30	82	5	74	46	22	19	12	1.83
17393413--17393468	26	2.2	25	84	12	71	42	8	3	44	1.53
17393859--17393893	8	4.5	8	89	7	54	45	0	0	54	0.99
17393832--17393893	17	3.7	18	74	18	53	41	0	1	56	1.09
17393927--17393957	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
17399466--17399685	110	2.0	110	100	0	440	35	15	13	35	1.87
17400272--17400308	9	4.3	9	83	10	51	13	0	29	56	1.37
17401317--17401494	9	19.4	9	66	17	55	60	1	2	35	1.19
17401315--17401495	28	6.6	27	66	19	81	60	1	2	35	1.19
17401358--17401411	9	6.0	9	77	16	58	62	1	0	35	1.06
17401316--17401429	18	6.3	18	72	20	71	62	1	1	34	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17401438--17401486	19	2.6	18	80	6	53	65	0	2	32	1.04
17401390--17401492	47	2.2	48	80	7	120	61	0	2	34	1.18
17401454--17401494	19	2.2	19	86	0	55	68	0	2	29	1.03
17401944--17402180	9	25.8	9	67	16	87	33	1	2	62	1.19
17401944--17402028	37	2.2	37	81	8	100	31	2	4	61	1.29
17402051--17402145	28	3.5	27	80	12	99	30	1	2	66	1.10
17409028--17409073	17	2.7	17	96	0	83	63	6	21	8	1.46
17410851--17410883	2	16.5	2	93	0	57	3	0	45	51	1.16
17416394--17416525	67	2.0	67	92	0	219	22	18	31	27	1.98
17422564--17422798	56	4.2	56	80	9	156	36	9	16	37	1.81
17422621--17422798	56	3.2	56	85	7	229	35	8	16	39	1.79
17422935--17423272	69	4.9	69	75	4	270	21	18	24	34	1.96
17422855--17423297	138	3.2	138	76	5	349	22	20	23	33	1.97
17423074--17423329	137	1.9	138	79	2	291	22	21	22	33	1.98
17423212--17423364	69	2.2	68	82	3	173	22	22	22	32	1.98
17431377--17431411	17	2.1	17	89	5	54	2	11	25	60	1.45
17436957--17437180	41	5.5	41	93	0	358	26	27	20	25	1.99
17437582--17437611	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
17437740--17437825	2	43.5	2	88	6	113	46	4	1	47	1.30
17437720--17437811	20	4.7	20	82	5	80	44	8	2	44	1.47
17437896--17437966	2	36.0	2	84	8	92	46	4	1	47	1.30
17439117--17439145	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17440497--17440590	41	2.4	39	91	7	161	32	2	0	64	1.05
17440523--17440596	30	2.4	32	82	11	91	37	2	0	59	1.12
17440514--17440596	11	7.9	11	73	17	61	38	2	0	59	1.11
17440564--17440603	21	1.9	21	89	0	62	40	2	0	57	1.12
17443007--17443032	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
17447423--17447460	2	19.0	2	94	0	67	0	47	0	52	1.00
17458465--17458539	19	3.8	19	87	6	114	36	10	16	37	1.83
17458465--17458562	19	4.8	20	79	13	103	35	9	15	39	1.79
17467100--17467147	18	2.6	18	80	3	51	52	2	6	39	1.39
17470524--17470635	25	4.5	25	81	6	129	24	25	21	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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